2002年春，五師八十四團(tuán)在三連開展民主選舉連隊(duì)領(lǐng)導(dǎo)工作，卜憲運(yùn)以全票當(dāng)選為三連連長。

這年，兵團(tuán)黨委出臺了深化農(nóng)牧團(tuán)場改革“1+3”系列文件，全面落實(shí)土地長期固定承包政策，擴(kuò)大職工經(jīng)營自主權(quán)?？捎捎谑?001年冰雹災(zāi)害的影響，三連有90%的職工沒有資金種地。

怎么辦？三連黨支部通過權(quán)衡，根據(jù)團(tuán)場允許土地轉(zhuǎn)包，但土地的使用權(quán)、自主權(quán)始終歸承包者所有的規(guī)定，鼓勵連隊(duì)的種植大戶給職工帶地，以保留住困難職工的職工身份，讓他們騰出手來發(fā)展養(yǎng)殖業(yè)。卜憲運(yùn)拿出120萬元積蓄，又貸款50余萬元，將51戶困難職工的3000余畝土地一并種了。在他的帶動下，其他種植大戶也積極給困難職工帶地，全連共有57戶困難職工的3930畝土地實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)包。

年底結(jié)算，三連出現(xiàn)了奇跡，全連無一戶虧損，職均收入8000余元，上交團(tuán)場利費(fèi)75.5萬元。此舉創(chuàng)造了三連近5年來的三個第一：第一次消滅虧損戶，第一次實(shí)現(xiàn)盈利，第一次向團(tuán)場上繳利費(fèi)。

2003年，卜憲運(yùn)進(jìn)一步提出了“適合什么種什么，什么高效種什么，什么掙錢干什么”的農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整和多種經(jīng)營的發(fā)展思路。產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整激活了連隊(duì)經(jīng)濟(jì)。2003年，全連上繳利費(fèi)77.5萬元，職工總收入180余萬元，兌現(xiàn)110萬元。

卜憲運(yùn)把對黨和人民的一片忠心，傾注在三連這片熱土和團(tuán)場公益事業(yè)上。多年來，他先后為團(tuán)場的基本建設(shè)、教育等公益事業(yè)和扶貧幫困捐款累計(jì)達(dá)12萬余元，為困難職工種地墊付資金達(dá)80余萬元。有人給他算了這樣一筆賬：5年中，他自己的家庭農(nóng)場至少因此少收入100余萬元。