亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        略陽烏雞酪氨酸酶基因(TYR)遺傳變異分析

        2014-07-05 11:27:42路宏朝張濤江海李麗霞樊鵬輝
        湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2014年5期
        關(guān)鍵詞:遺傳變異

        路宏朝 張濤 江?!±铥愊肌》i輝

        摘要:試驗(yàn)通過PCR-SSCP技術(shù)檢測(cè)略陽烏雞酪氨酸酶基因(TYR)部分啟動(dòng)子區(qū)、全部外顯子和部分內(nèi)含子的遺傳多樣性,并對(duì)不同基因型進(jìn)行了測(cè)序和比對(duì)分析。結(jié)果表明,略陽雞群體在TYR位點(diǎn)具有較為豐富的遺傳變異,在所檢測(cè)的啟動(dòng)子區(qū)有2個(gè)單核苷酸多態(tài)(SNP)位點(diǎn);外顯子1有2個(gè)SNP位點(diǎn),外顯子2、3、4沒有檢測(cè)到變異位點(diǎn),外顯子5存在5個(gè)SNP位點(diǎn);檢測(cè)的部分內(nèi)含子2中發(fā)現(xiàn)2個(gè)SNP位點(diǎn)。mRNA上的7個(gè)變異位點(diǎn)有3個(gè)發(fā)生在編碼區(qū),但都是同義突變,沒有造成氨基酸變異。表明略陽烏雞和普通雞的酪氨酸酶沒有氨基酸序列差異,TYR基因在雞的遺傳上是高度保守的。啟動(dòng)子區(qū)和內(nèi)含子區(qū)的遺傳變異是否與酪氨酸酶的轉(zhuǎn)錄剪接和表達(dá)量有關(guān),進(jìn)而影響烏雞黑色素的沉積還有待進(jìn)一步研究。

        關(guān)鍵詞:略陽烏雞;酪氨酸酶基因(TYR);遺傳變異

        中圖分類號(hào):S831;S813.8 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A 文章編號(hào):0439-8114(2014)05-1123-05

        略陽烏雞又稱黑河烏雞,具有“六端烏”(烏皮、烏喙、烏腿、烏趾、烏舌、烏冠),體形大,生長(zhǎng)快、產(chǎn)肉多、肉質(zhì)細(xì)嫩鮮香,營(yíng)養(yǎng)豐富,兼有藥用價(jià)值,屬優(yōu)良肉用型地方雞種,其羽色復(fù)雜,有黑羽、麻羽、白羽等,是經(jīng)過長(zhǎng)期選育形成的寶貴資源,主要分布于秦嶺以南略陽縣的黑河壩、觀音寺、仙臺(tái)壩、兩河口等地,是陜西省惟一的家禽保護(hù)品種,農(nóng)業(yè)部專家組來略陽調(diào)研時(shí),將其與泰和烏雞、鄖陽烏雞、江山烏雞共同列為中國(guó)四大烏雞品種,2008年被確立為“中國(guó)地理標(biāo)志產(chǎn)品” [1-4]。

        烏雞的滋補(bǔ)、藥用價(jià)值主要是與其體內(nèi)豐富的黑色素有關(guān), 黑色素具有延緩衰老、清除自由基、抗氧化、抗誘變、抗紫外線、抑制流感病毒等多種生理功能[5-10]。動(dòng)物黑色素可分為兩類, 一是真黑色素(Eumelanin), 不含硫原子, 呈棕色或黑色; 二是脫黑色素(Pheomelanin),含硫原子, 呈黃色或微紅棕色,烏骨雞黑色素屬于真黑色素,主要分布于烏雞的羽毛、皮膚、骨骼和肌肉中[11,12]。黑色素沉著決定于其所含真黑色素與脫黑色素的相對(duì)數(shù)量,而黑色素細(xì)胞中酪氨酸酶活性和表達(dá)量與兩種黑色素合成量比例呈正相關(guān)[11,13]。

        酪氨酸酶是控制黑色素生成的限速酶,酪氨酸在酪氨酸酶催化下生成3, 4-二羥基丙苯氨酸(多巴), 多巴進(jìn)一步氧化生成多巴醌, 多巴醌經(jīng)多聚化反應(yīng)與氧化反應(yīng)生成多巴色素, 在多巴色素異構(gòu)酶作用下, 多巴色素羥化為5, 6-二羥基吲哚羧酸( DHICA) , 脫羧成5, 6-二羥基吲哚, 再在酪氨酸酶催化下氧化成5, 6-吲哚醌, 最后與其他中間產(chǎn)物結(jié)合形成真黑色素。脫黑色素合成前期(酪氨酸到多巴醌)與真黑色素一致, 但在以后反應(yīng)中有半胱氨酸(Cys) 參加, 產(chǎn)生Cys-多巴和Cys-多巴醌, 然后通過關(guān)環(huán)、脫羧、最終形成脫黑色素[13]。家禽中真黑色素的合成目前多遵循經(jīng)典的Mason-Raper途徑,雞的酪氨酸酶基因(TYR)定位在1號(hào)染色體的長(zhǎng)臂4區(qū)4帶[12,14]。

        本研究以略陽普通雞、略陽麻羽烏雞與略陽黑羽烏雞3個(gè)群體為對(duì)象,通過PCR和測(cè)序技術(shù)檢測(cè)略陽雞TYR基因的SNP,分析略陽雞TYR基因的遺傳變異對(duì)黑色素形成的影響,探討略陽烏雞黑色素形成過程中TYR的分子作用機(jī)制,為開發(fā)利用這一寶貴資源提供理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        從陜西漢中黑鳳烏雞產(chǎn)業(yè)園采集21只略陽黑羽烏雞(LYHY)的血液,漢中農(nóng)貿(mào)市場(chǎng)采集略陽普通雞(LYPT)和略陽麻羽烏雞(LYMY)各1只的血液,加ACD抗凝,置于-70 ℃低溫冰箱中保存, 根據(jù)《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》[15],采用酚-氯仿抽提法提取基因組DNA,溶于TE中,4 ℃保存。

        1.2 引用序列及引物序列

        從GenBank查得雞的TYR基因序列(GenBank登錄號(hào):L46805 和NC006088), TYR外顯子1及上游序列引物引自文獻(xiàn)[16],采用Primer5.0自行設(shè)計(jì)TYR外顯子2-5的引物,引物由上海桑尼生物科技有限公司合成(表1)。

        1.3 PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系及程序

        PCR反應(yīng)總體系為25 μL:10×PCR緩沖液

        2.5 μL, dNTP(10 mmol/L)0.5 μL,上下游引物

        (10 pmol/L)各1.2 μL,Taq DNA聚合酶(5 U/μL)

        0.2 μL ,DNA模板(50 ng/μL)1.2 μL,超純水18.2 μL。

        PCR反應(yīng)程序:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,55~60 ℃(表1)退火30 s,72 ℃延伸1 min,進(jìn)行34個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min;12 ℃保存。

        1.4 SSCP檢測(cè)

        取2 μLPCR產(chǎn)物與8 μL上樣緩沖液(95%甲酰胺, 0.25%二甲苯青,0.25%溴酚藍(lán), 20 mmol/L EDTA)混勻,放入沸水煮沸10 min,立即取出冰浴30 min,取混合物于12%的聚丙烯酰胺凝膠180 V電泳18 h后進(jìn)行銀染[17]。

        1.5 DNA測(cè)序與分析

        對(duì)SSCP技術(shù)檢測(cè)出的不同基因型的個(gè)體進(jìn)行擴(kuò)增,對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,然后進(jìn)行比對(duì)和拼接,采用DNAMAN 5.0軟件對(duì)略陽烏雞TYR基因序列和NCBI公布的雞TYR基因序列進(jìn)行比對(duì)分析。

        2 結(jié)果及分析

        2.1 不同類型略陽雞TYR基因SSCP檢測(cè)結(jié)果

        雞的TYR序列總長(zhǎng)49 778 bp(NC006088),有5個(gè)外顯子,mRNA全長(zhǎng)1 935 bp,編碼區(qū)為

        1 590 bp,編碼529個(gè)AA。通過SSCP檢測(cè)所研究群體的遺傳多樣性,發(fā)現(xiàn)在啟動(dòng)子區(qū)有2種基因型AA和BB型;外顯子1的5號(hào)引物檢測(cè)到AA、AB和BB 3種基因型;外顯子1的6號(hào)引物也存在AA、AB和BB 3種基因型。外顯子2、3、4沒有發(fā)現(xiàn)多態(tài)性,只檢測(cè)到一種基因型。外顯子5的1號(hào)引物有2種基因型(AA、AB型);2號(hào)引物檢測(cè)到3種基因型(AA、AB和 BB型);3號(hào)引物也檢測(cè)到3種基因型(AA、AB和BB型),各基因型在略陽雞中的頻率見表2。

        2.2 略陽雞群體TYR基因序列變異分析

        對(duì)不同的基因型進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)不同位點(diǎn)各基因型DNA水平的單核苷酸遺傳變異(圖1-9)。以NCBI公布紅色原雞TYR基因序列為參照,采用DNAMAN5.0 軟件對(duì)略陽普通雞、略陽麻羽烏雞和略陽黑羽烏雞TYR部分啟動(dòng)子區(qū)、外顯子區(qū)和部分內(nèi)含子區(qū)進(jìn)行序列比對(duì),發(fā)現(xiàn)略陽烏雞群體中的多數(shù)個(gè)體啟動(dòng)子區(qū)-392和-409位點(diǎn)由G→A(圖1、圖2),外顯子1的第757位點(diǎn)C→T(圖3),第849位點(diǎn)C→T(圖4),外顯子5的第49351位點(diǎn)C→T(圖7),第49567位點(diǎn)A→G(圖8),第49663位點(diǎn)G→C,第49672位點(diǎn)T→A,第49692位點(diǎn)C→G(圖9)。對(duì)略陽麻羽烏雞、略陽普通雞、略陽黑羽烏雞、紅色原雞TYR基因編碼區(qū)進(jìn)行翻譯和比對(duì),發(fā)現(xiàn)在編碼區(qū)第757位點(diǎn)、第849位點(diǎn)、第49351位點(diǎn)3個(gè)堿基存在遺傳變異,但是其中均為同義突變,并不導(dǎo)致氨基酸序列的改變。對(duì)于啟動(dòng)子區(qū)和內(nèi)含子區(qū)的堿基變異是否影響略陽雞TYR基因的表達(dá)量,進(jìn)而影響黑色素的形成還有待進(jìn)一步研究。

        3 小結(jié)與討論

        烏雞在表型性狀上與普通雞最明顯的差異是體內(nèi)含有大量黑色素,酪氨酸酶是黑色素合成的關(guān)鍵酶, 其表達(dá)和活性決定著黑色素生成的速度和產(chǎn)量[18]。另有研究發(fā)現(xiàn)黑色素的合成是由多個(gè)基因位點(diǎn)編碼產(chǎn)物共同參與與調(diào)控的級(jí)聯(lián)過程[19]。Levine[20]提出至少有4個(gè)TYR基因家族成員參與黑色素的合成,由于酪氨酸酶的重要性,編碼酪氨酸酶的基因也就成了研究黑色素性狀和白化病的熱點(diǎn)候選基因。雞的TYR位點(diǎn)是復(fù)等位基因位點(diǎn),雞的第1外顯子6個(gè)核苷酸的缺失導(dǎo)致白化,這些核苷酸編碼天冬氨酸和色氨酸,而這2個(gè)氨基酸從兩棲動(dòng)物到人都是保守的,可見這2個(gè)氨基酸在結(jié)構(gòu)和功能上都起著重要作用[21,22]。目前雞的TYR基因的全序列和控區(qū)序列均已完成測(cè)序,但在不同家禽品種上的研究相對(duì)較少,陳志強(qiáng)等[23]通過研究明星肉雞與絲羽烏雞的TYR基因5′調(diào)控區(qū)單鏈構(gòu)想多態(tài),發(fā)現(xiàn)調(diào)控區(qū)有3個(gè)SNP,并且這些SNP位點(diǎn)與雞的脛色和膚色顯著相關(guān)。張建勤等[24]、Zhang等[25]采用PCR-SSCP方法,對(duì)中國(guó)寧夏固原雞、海南文昌雞、西藏藏雞和引進(jìn)品種海賽克斯雞TYR基因5′側(cè)翼區(qū)及外顯子1的遺傳變異進(jìn)行了研究。結(jié)果表明中國(guó)地方雞品種的TYR基因蘊(yùn)藏豐富的變異資源。

        烏雞因其體內(nèi)豐富的黑色素沉積而具有很高的營(yíng)養(yǎng)保健功能和重要經(jīng)濟(jì)性狀。略陽烏雞是中國(guó)四大烏雞品種之一,現(xiàn)已成功申報(bào)國(guó)家地理標(biāo)志產(chǎn)品,具有“六端烏”的特性,探索其黑色素形成機(jī)理為略陽烏雞進(jìn)一步品系化培育和資源保護(hù)提供了較好的理論基礎(chǔ),也可為烏骨雞和禽類黑色素的形成機(jī)制研究提供一定的試驗(yàn)數(shù)據(jù)。本研究以略陽普通雞和麻羽烏雞為對(duì)照,結(jié)合GenBank公布雞的TYR基因序列,分析了23只略陽雞TYR基因編碼區(qū)的遺傳變異,分析不同SNP位點(diǎn)與雞的羽色和肉色的關(guān)系。略陽普通雞的羽色為麻色,肉色為普通色,麻羽烏雞的羽色為雜色,肉色為黑色,略陽黑羽烏雞所有性狀均為黑色。研究發(fā)現(xiàn)TYR基因編碼區(qū)3個(gè)突變位點(diǎn)在略陽烏雞群體均有分布,但是突變位點(diǎn)均為同義突變,沒有造成氨基酸序列的變異,不影響酪氨酸酶的蛋白質(zhì)構(gòu)象和功能。這一結(jié)果與前人研究結(jié)果基本符合,因?yàn)槔野彼崦甘呛谏睾铣傻南匏倜?,一般是高度保守的,如果一些氨基酸序列的變異將影響其功能,可能?dǎo)致白化病等生理現(xiàn)象。由于本研究的略陽雞是正常個(gè)體,毛色都有顏色,所以TYR的氨基酸序列沒有差異是正常的,說明略陽烏雞和普通雞的TYR基因是高度保守的,但是它們?cè)谀w色和毛色黑色素含量上的差異可能是由另外的基因造成的,也可能是由TYR基因表達(dá)量的差異引起的。本研究另外發(fā)現(xiàn)略陽烏雞與普通雞的TYR基因在啟動(dòng)子區(qū)和內(nèi)含子區(qū)的DNA序列存在遺傳差異,這些差異是否與酪氨酸酶的表達(dá)和轉(zhuǎn)錄剪接有關(guān),進(jìn)而影響烏雞黑色素的沉積還有待進(jìn)一步研究。

        參考文獻(xiàn):

        [1] 陜西省家畜家禽品種志編輯委員會(huì).陜西省家畜家禽品種志[M].西安:三秦出版社,1988.

        [2] 侯文通.中國(guó)西北重要地方畜禽遺傳資源[M].北京:中國(guó)農(nóng)業(yè)出版社,2010.

        [3] 趙漢成,朱勇斌,王泉鑌,等.略陽烏雞申報(bào)國(guó)家地理標(biāo)志產(chǎn)品保護(hù)的探討[J].家禽科學(xué),2008(11):38-39.

        [4] 李彩霞.略陽烏雞保種利用現(xiàn)狀與綜合開發(fā)對(duì)策探討[J]. 家禽科學(xué),2010(11):31-33.

        [5] 王哲鵬,鄧學(xué)梅,王安如.烏雞黑色素對(duì)果蠅的紫外輻射保護(hù)作用[J].中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2007,12(1):17-21.

        [6] 蔡華珍,吳 勇.烏雞黑色素抗紫外線功能的應(yīng)用研究[J].食品與發(fā)酵工業(yè),2006,32(11):47-49.

        [7] SARNA T J, WIELGUS A, SKUMATZ C M,et al. Antioxidant properties of human iridial melanin[J]. Investigative Ophthalmology & Visual Science,2003,44(5):1866-1870.

        [8] JACOBSON E S, HOVE E, EMERY H S. Antioxidant function of melanin in Black Fungi[J]. Infection and Immunity,1995, 63(12):4944-4945.

        [9] ROZANOWSKA M, SARNA T, LAND E J,et al. Free radical scavenging properties of melanin interaction of eu-and pheo-melanin models with reducing and oxidising radicals[J]. Free Radical Biology and Medicine,1999,26(5-6):518-525.

        [10] WANG Z, DILLON J, GAILLARD E R. Antioxidant properties of melanin in retinal pigment epithelial cells[J]. Photochemistry and Photobiology,2006,82(2):474-479.

        [11] ITO S,WAKAMATSU K,OEKI H.Chemical analysis of melanins and its application to the study of the regulation of melanogenesis[J]. Pigment Cell Research,2000,13(8):103-109.

        [12] 李瑞成,尚永彪,管俊峰.烏骨雞黑色素及其研究進(jìn)展[J].肉類研究,2010, 140(10): 54-59.

        [13] JUAN C E, RAMON V, LORENA G F, et al. Kinetic characterization of the substrate specificity and mechanism of mushroom tyrosinase[J]. European Journal of Biochemistry, 2000,267(5):1270-1278.

        [14] DENOVAN-WRIRHT E M, RAMSEY N B, MCCORMICK J, et al. Nucleotide sequence of transferrin cDNA and tissue-specific.of the transferrin gene in a tlantic cod[J]. Comparative Biochemistry and Physiolog,1996,113(2):269-273.

        [15] DAVID W. Russell Joseph Sambrook Molecular Cloning, 3nd edn[M]. New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2002.463-481.

        [16] 鄧學(xué)梅.用于雞基因定位的資源群體的建立和黑色素等質(zhì)量性狀的遺傳分析[D].北京:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué),2001.

        [17] 高 東,杜 飛,朱有勇.低背景、高分辨率PAGE 簡(jiǎn)易銀染法[J].遺傳,2009,31(6):668-673.

        [18] KOWICHI J,DONG L,HUA C,et al. Coordinated mRNA and protein expression of human LAMP-1 in induction of melanogenesis after UV-B exposure and co-Transfection of human tyrosinase and TRP-1 cDNAs[J]. Pigment cell Res. 1994, 7(5):311-319.

        [19] JOHN C A, ALAN H K ,CHERYL A, et al. Skin-nervous system interactions[J]. Journal of Investigative Dermatology,1996,106(1):198-204.

        [20] LEVINE N. Pigmentation and Pigmentary Disorders 1st ed [M].Florida:CRC Press,1993.334-335.

        [21] 楊舒黎,毛華明.酪氨酸酶基因研究進(jìn)展[J].動(dòng)物科學(xué)與動(dòng)物醫(yī)學(xué),2003,20(9):22-23.

        [22] BOISSY R E,MOELLMANN G E,HALABAN R. Tyrosinase and acid phosphatase activities in melanocytes from avian albinos[J]. Journal of Investigative Dermatology,1987,88(3):292-300.

        [23] 陳志強(qiáng),鄧學(xué)梅,周 軍,等.雞的酪氨酸酶基因5′調(diào)控區(qū)的單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析[J]. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào),2005,13(2):191-194.

        [24] 張建勤,陳 宏,孫兆軍,等.不同雞品種TYR基因遺傳變異分析[J].畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào),2008,39(9):1153-1158.

        [25] ZHANG J Q,CHEN H,SUN Z J,et al.Flesh color association with polymorphism of the tyrosinase gene in different Chinese chicken breeds[J].Mol Biol Rep,2010,37(1):165-169.

        猜你喜歡
        遺傳變異
        葡萄醇酰基轉(zhuǎn)移酶編碼基因遺傳變異研究
        武漢市園科院“蓮基因組遺傳變異與表達(dá)數(shù)據(jù)庫”數(shù)據(jù)信息被國(guó)家基因庫收錄
        園林科技(2021年2期)2022-01-19 02:22:38
        先導(dǎo)編輯技術(shù)可編輯近90%的人類遺傳變異
        基于改進(jìn)遺傳變異算子的海島算法
        電子制作(2019年24期)2019-02-23 13:22:18
        寬葉藍(lán)靛果葉片不同海拔和郁閉度的遺傳變異研究
        森林工程(2018年3期)2018-06-26 03:40:46
        豬偽狂犬病毒的分離鑒定及其gE、TK全基因序列遺傳變異分析(內(nèi)文第133~144頁)圖版
        火力楠子代遺傳變異分析及優(yōu)良家系選擇
        江南油杉優(yōu)樹子代家系苗期遺傳變異與早期選擇
        GABABR2基因遺傳變異與肥胖及代謝相關(guān)表型的關(guān)系
        廣西鴨圓環(huán)病毒流行毒株遺傳變異分析
        免费在线亚洲视频| 亚洲国产成人久久综合下载| 日本一区二区三区视频国产| 亚洲欧洲日产国码av系列天堂 | 亚洲综合无码一区二区三区| 亚洲最大成av人网站| 啊v在线视频| 国产乱老熟视频乱老熟女1| 亚洲成熟中老妇女视频| 日韩一区在线精品视频| 成人性生交大片免费| 在线播放亚洲第一字幕| 亚洲国产A∨无码影院| 一区二区三区婷婷中文字幕| 日本高清不卡二区三区| 国产精品一区二区黑丝| 熟妇熟女乱妇乱女网站| 日本丰满熟妇bbxbbxhd| 热の国产AV| 欧美高h视频| 日韩精品久久伊人中文字幕| 日本黑人亚洲一区二区| 中国午夜伦理片| 亚洲国产长腿丝袜av天堂 | 黑人巨大精品欧美一区二区| av人摸人人人澡人人超碰小说| 乱人伦中文字幕在线不卡网站| 日韩精品极品视频在线观看蜜桃| 国产一区二区三区不卡视频| 精品国产一区av天美传媒| 风流少妇又紧又爽又丰满| 亚洲精品日本| 神马不卡影院在线播放| 亚洲精品国产av成人精品| 亚洲性爱视频| 久久中文字幕日韩无码视频| 精品专区一区二区三区| 国产成人国产三级国产精品| 亚洲va韩国va欧美va| 97se亚洲精品一区| 亚洲最新版无码AV|