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        同位素標(biāo)記相對和絕對定量蛋白組技術(shù)研究進(jìn)展

        2014-05-04 08:03:40孔漢金張克山劉永杰尚佑軍吳斌劉湘濤
        生物技術(shù)通訊 2014年2期
        關(guān)鍵詞:基團(tuán)質(zhì)譜定量

        孔漢金,張克山,劉永杰,尚佑軍,吳斌,劉湘濤

        1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 蘭州獸醫(yī)研究所,家畜疫病病原生物學(xué)國家重點實驗室,國家口蹄疫參考實驗室,甘肅 蘭州730046;2.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國家重點實驗室,動物醫(yī)學(xué)院,湖北 武漢 430070

        蛋白質(zhì)組學(xué)是一種新興的高通量分析技術(shù),與基因組學(xué)方法相結(jié)合,不僅能深入分析單個蛋白,還能對總體蛋白表達(dá)譜進(jìn)行分析,能在總體層面上闡釋蛋白-蛋白相互作用以及細(xì)胞生物學(xué)事件,有助于發(fā)現(xiàn)各細(xì)胞因子之間全新的聯(lián)系。隨著蛋白質(zhì)組學(xué)研究的深入,人們已不再滿足對生物個體組織細(xì)胞蛋白質(zhì)組進(jìn)行定性研究,而是著眼于蛋白質(zhì)量的研究。定量蛋白質(zhì)組學(xué)就是把一個基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個復(fù)雜的混合體系中所有的蛋白質(zhì)進(jìn)行精確的定量和鑒定,在比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究中扮演重要角色。通過比較正常與異常細(xì)胞或組織中蛋白質(zhì)表達(dá)水平的差異,找到與疾病密切相關(guān)的差異蛋白,進(jìn)而確定靶分子,為臨床診斷、病理研究、藥物篩選、新藥開發(fā)、新陳代謝研究等提供理論依據(jù)。但這些蛋白很少處于有或沒有的狀態(tài),而是更多地呈現(xiàn)不同豐度的水平,因此必須采用一種無偏見的策略,以一種敏感和準(zhǔn)確的方法衡量這些蛋白的變化。鳥槍法蛋白組學(xué)策略能夠有效鑒定不同細(xì)胞和組織特定狀態(tài)下上調(diào)和下調(diào)的蛋白?;诜€(wěn)定同位素標(biāo)簽和液相色譜與串聯(lián)質(zhì)譜,最早由Gygi[1]等提出的同位素親和標(biāo)記(isotope-codedaffinity tags,ICAT)技術(shù),其最大的缺點是蛋白質(zhì)序列中必須含有半胱氨酸,那些在功能上有重要作用但不含半胱氨酸的蛋白質(zhì)將會被遺失。美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司(Applied Bio?systems Incorporation,ABI)研發(fā)的功能強(qiáng)大的同位素標(biāo)記相對和絕對定量技術(shù)(isobaric tags for rela?tive and absolute quantification,iTRAQ)能在同一實驗中同時對8種不同樣品進(jìn)行定性和定量分析,具有很好的精確性和重復(fù)性,并且彌補(bǔ)了ICAT技術(shù)的不足,迅速被廣大學(xué)者接受。我們簡要綜述iTRAQ在定量蛋白組史中的地位作用、研究策略,及其在病毒致病機(jī)制研究和醫(yī)藥臨床相關(guān)問題中的應(yīng)用。

        1 定量蛋白組學(xué)的研究歷史

        過去20年,大量基因組數(shù)據(jù)信息的出現(xiàn)徹底改變了利用化學(xué)方法鑒定單個蛋白的方式。蛋白數(shù)據(jù)庫中覆蓋眾多蛋白,并且增加了注釋部分,使蛋白信息更詳細(xì)。但是數(shù)據(jù)庫中的蛋白信息只能用于定性鑒定,目前還不可能僅根據(jù)數(shù)據(jù)庫中的參比蛋白對攝動系統(tǒng)內(nèi)蛋白表達(dá)水平進(jìn)行差異比較,不過結(jié)合膠染色和蛋白標(biāo)簽技術(shù)去探知不同系統(tǒng)中蛋白表達(dá)的平行比較還是可能的。

        傳統(tǒng)雙向電泳通過凝膠分離和質(zhì)譜鑒定差異表達(dá)蛋白存在許多局限性,如不能檢測具有極端等電點的、分子過大或過小的、低豐度的蛋白及膜蛋白,而且膠依賴技術(shù)的重現(xiàn)性較低,意味著定量困難和不準(zhǔn)確。涉及同位素標(biāo)簽的鳥槍法蛋白組技術(shù)克服了傳統(tǒng)雙向電泳策略定量的諸多問題[2]。細(xì)胞培養(yǎng)條件下穩(wěn)定同位素標(biāo)記技術(shù)(stable isotope label?ing with amino acids in cell culture,SILAC)采用含有輕、重同位素型必需氨基酸的培養(yǎng)基進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),使胞內(nèi)蛋白被同位素穩(wěn)定標(biāo)記,將蛋白質(zhì)等量混合后進(jìn)行分離和質(zhì)譜鑒定,氨基酸代謝滲入蛋白中,導(dǎo)致相應(yīng)肽的質(zhì)量偏移和質(zhì)譜峰值強(qiáng)度改變,從而顯示蛋白的相對豐度,對不同樣品間的相同蛋白做出相對定量,屬于體內(nèi)代謝標(biāo)記法[3]。盡管SILAC是一種高通量、高靈敏度、標(biāo)記效果穩(wěn)定的技術(shù),但其主要缺陷在于必須依賴細(xì)胞系的內(nèi)源標(biāo)簽,因而只能用于活體培養(yǎng)的細(xì)胞或低等有機(jī)體(如蠕蟲),對于疾病研究中常用的組織樣品、體液樣品等無法分析。同位素親和標(biāo)簽技術(shù)(isotope affinity coded tag,ICAT)是一種能比較2個不同樣品中含半胱氨酸殘基的特異性蛋白的標(biāo)簽策略[1]。2組樣品分別通過重鏈和輕鏈標(biāo)記后混合,經(jīng)液相色譜分離質(zhì)譜鑒定差異表達(dá)蛋白。ICAT標(biāo)記的肽段信號強(qiáng)度定量著2種樣品中同一蛋白的相對豐度。ICAT技術(shù)減少了樣品的復(fù)雜性,但其對半胱氨酸殘基的特異性意味著不含半胱氨酸的肽段將不被標(biāo)記,那些在功能上有重要作用但不含半胱氨酸的蛋白將會被遺失。為了克服ICAT技術(shù)的主要局限,ABI公司開發(fā)了iTRAQ技術(shù),這是一種新的、功能強(qiáng)大的進(jìn)行絕對和相對定量研究的方法[4]。該技術(shù)起初的設(shè)計可同時對4組樣品進(jìn)行分析,現(xiàn)已發(fā)展到8組樣品[5]。iTRAQ試劑為肽段N端及賴氨酸側(cè)鏈氨基標(biāo)記同重元素,標(biāo)記后的不同樣本間的同一蛋白表現(xiàn)為相同的質(zhì)荷比,意味著不同樣品的同一肽段在一級質(zhì)譜中表現(xiàn)為同一信號峰,減少了樣品分析的復(fù)雜性。而在二級質(zhì)譜中,肽段丟失平衡基團(tuán)后信號離子表現(xiàn)為不同質(zhì)荷比的峰,根據(jù)波峰的高度及面積可以定量不同樣品間的同一蛋白。

        2 iTRAQ試劑結(jié)構(gòu)

        iTRAQ試劑是一種小分子同重元素化學(xué)物質(zhì),包括報告基團(tuán)、肽反應(yīng)基團(tuán)和平衡基團(tuán),組合成相對分子質(zhì)量為145的基團(tuán)(圖1)。iTRAQ試劑通過肽反應(yīng)基團(tuán)與肽段N端和賴氨酸側(cè)鏈上的氨基結(jié)合,幾乎可以標(biāo)記樣本中的所有蛋白。標(biāo)記肽段經(jīng)MS/MS打碎后,報告基團(tuán)脫落產(chǎn)生不同質(zhì)荷比(114、115、116、117、118、119、121和122)的診斷離子。診斷離子是iTRAQ技術(shù)蛋白質(zhì)定量研究的關(guān)鍵,其峰高及面積與樣品中同一肽段的相對豐度呈正比。iTRAQ標(biāo)記肽除了能產(chǎn)生用于肽段定量的診斷離子外,還產(chǎn)生強(qiáng)大的y-ion和b-ion離子信號用于蛋白鑒定。iTRAQ標(biāo)簽設(shè)計中,選擇合適的報告基團(tuán)可減少低質(zhì)量區(qū)域如基質(zhì)、碎片離子噪音的干擾。iTRAQ 8-plex試劑報告基團(tuán)缺少120,因為苯丙氨酸質(zhì)荷比為120,會對質(zhì)譜鑒定結(jié)果有干擾。

        3 iTRAQ的基本實驗流程

        圖1 iTRAQ試劑結(jié)構(gòu)圖[6]

        iTRAQ實驗流程包括樣品還原、烷基化、半胱氨酸封閉和胰蛋白酶消化。消化后的肽段用4或8-plex iTRAQ試劑標(biāo)記,然后混合到同一支試管內(nèi),經(jīng)色譜純化后進(jìn)行質(zhì)譜檢測及分析。質(zhì)譜分析中,不同樣品來源的相同肽段以單一峰出現(xiàn)(iTRAQ平衡基團(tuán)確保所有標(biāo)記呈現(xiàn)相同的質(zhì)荷比)。在二級串聯(lián)質(zhì)譜,iTRAQ報告基團(tuán)脫落,其相對強(qiáng)度用于定量。每個四肽段以相同方式產(chǎn)生b-ion和y-ion離子用于蛋白鑒定。一般情況下iTRAQ并不需要在酶解前分離蛋白,但為了檢測低豐度蛋白,可提前對樣品進(jìn)行分離,富集感興趣的蛋白組分。經(jīng)一維液相分離的肽段上質(zhì)譜鑒定會存在高豐度肽段掩蓋低豐度蛋白的檢測,目前往往偶合多維分離蛋白鑒定技術(shù)(MudPIT)[7],包括親和層析、離子交換層析、反向色譜層析和凝膠排阻層析。質(zhì)譜檢測后的數(shù)據(jù)經(jīng)由生物信息學(xué)元件分析用于蛋白定量和鑒定。已經(jīng)開發(fā)了多種功能強(qiáng)大的用于iTRAQ數(shù)據(jù)庫搜索和分析的生物信息學(xué)元件,其中MASCOT是目前應(yīng)用最為廣泛的蛋白搜索引擎。這些生物信息軟件具有很多特性,包括排除二級質(zhì)譜iTRAQ報告基團(tuán)、肽段N端修飾、賴氨酸修飾、半胱氨酸殘基的甲基硫甲磺酸酯(MMTS)修飾的光譜鑒定及校正iTRAQ報告基團(tuán)的肽譜峰值。而且這些生物信息分析軟件也可自動完成相對定量。GPS Explorer(AB Sciex)能夠定量數(shù)據(jù)庫中所有肽段的iTRAQ蛋白和肽段比值。選擇一個標(biāo)簽作為基準(zhǔn)質(zhì)量,比值通過片段校正面積/參考校正面積得到。計算過程中常常用到的歸一化因子能夠規(guī)范不同樣品因含不平等總蛋白導(dǎo)致的iTRAQ比值異常。

        4 iTRAQ實驗設(shè)備和定量的準(zhǔn)確性

        iTRAQ技術(shù)中兩大最普遍的質(zhì)譜儀分別為MALDI-TOF-MS/MS和ESI-TOF-MS/MS,兩者在不同iTRAQ分析中的準(zhǔn)確性和性能各有所長。Kuzyk和Scheri對確定濃度的6種蛋白混合物的分析表明MALDI-TOF-MS/MS的鑒定結(jié)果更可靠,而在分析復(fù)雜的生物樣品時MALDI-TOF-MS/MS與ESITOF-MS/MS相差不多[8-9]。經(jīng)液相色譜分離的肽段MALDI-TOF-MS/MS通常比ESI-TOF-MS/MS更常用。傳統(tǒng)iTRAQ不能聯(lián)用含離子阱的質(zhì)譜儀如LTQ-Orbitrap進(jìn)行蛋白定量,這是由于在標(biāo)準(zhǔn)的MS/MS碎片離子碰撞誘導(dǎo)解離(CID)下,質(zhì)譜儀中的離子阱不能識別低分子量閾值的小產(chǎn)物離子。有人利用LTQ-Orbitrap質(zhì)譜儀,通過改進(jìn)脈沖解離(PQD)和高能碰撞誘導(dǎo)解離(HCD)片段方法,與CID聯(lián)合,使iTRAQ全蛋白組定量更敏感更準(zhǔn)確[10]。iTRAQ分析結(jié)果經(jīng)生化檢測方法如定量Western印跡和免疫熒光顯微技術(shù)驗證有著很高的相關(guān)性,但提供合適的iTRAQ數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析也是必要的[11]。無論使用什么質(zhì)譜儀,低信號數(shù)據(jù)都有相對較高的變異性[12]。低豐度蛋白常以小肽段形式檢測,但當(dāng)使用基于統(tǒng)計的濾波方法時,小肽段會被數(shù)據(jù)庫漏掉。許多生物模型有助于解決這些問題,包括峰值強(qiáng)度的加乘誤差模型和IsobariQ元件采用的方差穩(wěn)定規(guī)范化(VSN)算法[13]。同位素污染和背景干擾常會引起iTRAQ值的一系列低估。利用數(shù)據(jù)處理軟件校正化學(xué)濃縮和iTRAQ試劑中天然同位素雜質(zhì),從而可提供相對準(zhǔn)確的同位素標(biāo)記。在前體離子選擇期間,質(zhì)譜儀不能識別相似質(zhì)荷比的2個肽段,這些肽段產(chǎn)生的二級質(zhì)譜光譜將會包含碎片離子和iTRAQ報告基團(tuán),通過高分辨率的樣品分離,可以緩解相似肽段之間的覆蓋[14]。

        5 iTRAQ分析結(jié)果的校驗

        iTRAQ能夠無偏見地定量和分析樣品蛋白組信息,其目的是為我們進(jìn)一步研究提供線索,而不是提供最終結(jié)論。iTRAQ實驗產(chǎn)生大量數(shù)據(jù),須提取有用信息并進(jìn)一步驗證,驗證方法取決于實驗?zāi)康模恍╆P(guān)鍵點應(yīng)考慮。用cut-off值去除檢測低于確定數(shù)目和離子總量分?jǐn)?shù)置信區(qū)間的肽段,可大大簡化數(shù)據(jù)分析(檢測低于95%總離子分?jǐn)?shù)置信區(qū)間和小于2肽)。iTRAQ蛋白率是平均值,通過計算每個肽段的單個肽段率來鑒定蛋白。任何一個不準(zhǔn)確的肽段率可能會改變整個蛋白的平均比值,因此須密切關(guān)注每個蛋白的單個肽段率。iTRAQ檢測的蛋白差異表達(dá)情況可通過生化方法進(jìn)行驗證,如Western印跡、ELISA或免疫組化。當(dāng)免疫學(xué)方法不可用時,基于多反應(yīng)監(jiān)測(MRM)的高通量質(zhì)譜能有效用于驗證生物標(biāo)記物[15]。

        6 iTRAQ揭示病毒致病機(jī)制

        基于質(zhì)譜技術(shù)的定量或半定量蛋白組方法,已廣泛應(yīng)用于病毒宿主相互作用的研究中,針對病毒感染的宿主研究闡釋了諸多病毒宿主相互作用的分子事件,為揭示病毒致病機(jī)制和診斷治療提供了重要線索。

        Lu[16]等用iTRAQ技術(shù)比較了豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)感染和非感染條件下,豬肺泡巨噬細(xì)胞(PAM)的蛋白表達(dá)情況,共鑒定到160個宿主蛋白在病毒感染后明顯改變,這些差異表達(dá)蛋白參與病毒結(jié)合、細(xì)胞結(jié)構(gòu)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞黏附等多個生物過程,他們通過Western印跡對IFIT3、SOD2和hnRNP A1等3個蛋白的表達(dá)進(jìn)行了驗證,發(fā)現(xiàn)hnRNP A1在PRRSV的宿主細(xì)胞內(nèi)復(fù)制中扮演重要角色。Liu[17]等用相同方法比較了豬圓環(huán)病毒感染豬肺泡巨噬細(xì)胞的蛋白組學(xué)變化,共鑒定到145個宿主細(xì)胞蛋白發(fā)生了差異表達(dá),這些差異表達(dá)蛋白對于闡明病毒復(fù)制和致病機(jī)制具有重要作用。Li[18]等對石斑魚虹彩病毒感染石斑魚胚胎細(xì)胞系做了iTRAQ分析,鑒定到49個病毒蛋白,其中11個是首次報道。另外還鑒定到743個宿主蛋白,這些蛋白可歸類到218個不同的蛋白分類中,其中分別有14個和5個宿主蛋白在病毒感染后出現(xiàn)表達(dá)上調(diào)和下調(diào)。α-2-巨球蛋白同型體1參與蛋白酶抑制,該蛋白在石斑魚虹彩病毒感染石斑魚胚胎細(xì)胞后表達(dá)上調(diào),表明病毒可能通過抑制宿主蛋白酶和泛素表達(dá)而保護(hù)自身蛋白組分不被降解。iTRAQ技術(shù)分析結(jié)果為進(jìn)一步研究和了解病毒宿主的相互作用、病毒感染的分子機(jī)制和發(fā)病機(jī)理提供了重要線索。

        iTRAQ技術(shù)也可用于全病毒的組分分析。Li[19]等用iTRAQ技術(shù)聯(lián)合LC/MALDI-TOF MS/MS對對蝦白斑綜合征病毒(WSSV)做了蛋白質(zhì)組學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)7個蛋白具有乙?;腘端,RT-PCR確定了13個新鑒定的病毒蛋白。而且利用iTRAQ技術(shù)可區(qū)分WSSV病毒粒子膜蛋白與核衣殼蛋白,共鑒定到23個包膜蛋白和6個核衣殼蛋白,提示iTRAQ是一種能有效鑒定病毒蛋白亞細(xì)胞定位的方法。

        7 iTRAQ在醫(yī)藥領(lǐng)域的應(yīng)用

        近年來iTRAQ技術(shù)在癌癥、神經(jīng)退行性疾病、肝臟和腎臟問題、妊娠毒血癥、糖尿病、胰腺炎和自身免疫性疾病等醫(yī)療領(lǐng)域應(yīng)用廣泛。通過研究發(fā)現(xiàn)疾病標(biāo)記物,以便弄清疾病的發(fā)病機(jī)制,提供疾病早期診斷方法,鑒定潛在的治療靶點,以及弄清藥物的作用機(jī)制。還有研究試圖找到一些標(biāo)記物用于預(yù)測癌癥病人預(yù)后[20-21]。

        DeSouza等[22]利用iTRAQ試劑定量標(biāo)記正常子宮和子宮癌組織,鑒定到9個潛在的生物標(biāo)記物,后試圖采用40份臨床樣品驗證這一結(jié)果,最后發(fā)現(xiàn)用這9個標(biāo)記物區(qū)別正常和癌癥病人時并不具備敏感性和特異性,但卻發(fā)現(xiàn)另外3個蛋白(丙酮酸激酶、伴侶蛋白10和α1-抗胰蛋白酶)有著很好的敏感性和特異性。Richard[23]等用iTRAQ試劑對白血病癌基因TEL/PDGFRβ轉(zhuǎn)染和未轉(zhuǎn)染的干細(xì)胞系(FD?CP2mix)裂解液進(jìn)行標(biāo)記,并用液相色譜進(jìn)行檢測,根據(jù)報告離子的比值得到蛋白表達(dá)量的變化,并與用微陣列技術(shù)檢測的轉(zhuǎn)染和對照干細(xì)胞系結(jié)果進(jìn)行對比,具有一致性,可能對癌基因作用機(jī)制研究有幫助。Glen等[24]利用iTRAQ鑒定到前列腺癌退化抗原gp96,一種對區(qū)分惡性和良性腫瘤有重要意義的標(biāo)記物。Rudrabhatla[25]等利用iTRAQ技術(shù)發(fā)現(xiàn)神經(jīng)微絲蛋白氨基酸殘基在Alzheimer病人中有著顯著的磷酸化。用iTRAQ也可以鑒定到膜蛋白,Han等[26]利用iTRAQ比較了常染色體顯性多囊腎病野生型和患病鼠模型的腎臟質(zhì)膜,鑒定到潛在的治療靶標(biāo)。Grant[27]等利用iTRAQ研究心臟左心室衰老后蛋白組變化,揭示隨著年齡的增長心臟失去舒張功能的機(jī)制。Pendyala[28]等利用iTRAQ研究HIV-1感染后出現(xiàn)的神經(jīng)認(rèn)知性障礙(HAND)的蛋白組學(xué)變化,發(fā)現(xiàn)維生素E結(jié)合蛋白Afamin表達(dá)下調(diào)。

        利用iTRAQ比較正常與病理情況下蛋白組學(xué)變化,對于診斷疾病具有重要意義。但體內(nèi)皮膚成纖維細(xì)胞、血清、唾液和其他組織常因病人年齡、性別和基因背景不同而出現(xiàn)變化,而不是由于基因突變或疾病本身狀態(tài)導(dǎo)致的特異性。例如,Miike[29]等利用iTRAQ技術(shù)展現(xiàn)了血清蛋白組分的性別差異;Truscott[30]等利用iTRAQ分析人類水晶體,表明隨著年齡差異,蛋白-膜的相互作用有顯著改變。在關(guān)于遺傳神經(jīng)肌肉疾病的研究中,脊髓性肌萎縮(SMA)病人的GM03813皮膚成纖維細(xì)胞基因突變導(dǎo)致SMN蛋白大量減少。結(jié)合iTRAQ標(biāo)簽技術(shù)和二維液相色譜及MALDI TOF/TOF質(zhì)譜分析,比較SMA病人和正常人的成纖維細(xì)胞的定量蛋白質(zhì)組變化,發(fā)現(xiàn)SMA病人和相同年齡的陰性組最大的差異是他們具備不同基因型。但是,存在于惟一原代細(xì)胞系的肌源細(xì)胞(GM03813)而不是其他因素導(dǎo)致成肌細(xì)胞特定蛋白如SMA細(xì)胞中的肌間線蛋白顯著增加。這些現(xiàn)象為我們獲得無成肌細(xì)胞的纖維細(xì)胞群體的無限增殖和克隆原代細(xì)胞系提供了線索[11]。

        在體內(nèi)進(jìn)行藥物對病人影響的研究非常困難,面臨諸多問題,如組織樣品采集、飲食改變、感染和病人年齡等,但通過藥物和非藥物作用單細(xì)胞系的iTRAQ比較用于研究藥物作用和影響機(jī)制則直截了當(dāng)。Wang[31]等利用iTRAQ技術(shù)研究β-受體阻滯藥卡維地洛對血管平滑肌細(xì)胞的影響,發(fā)現(xiàn)13個蛋白發(fā)生了差異表達(dá)。Bai等利用iTRAQ技術(shù)觀察抗凝結(jié)藥物華法林對HepG2細(xì)胞的影響,鑒定到2種蛋白DJ-1和14-3-3發(fā)生了明顯的差異表達(dá)。2-丙基戊酸鈉被用作抗驚厥和心境穩(wěn)定劑,是一種脫乙?;福℉DAC)抑制劑,被認(rèn)為是治療SMA的有效藥物,常見副作用是導(dǎo)致骨質(zhì)疏松。為了探清藥物治療SMA出現(xiàn)的副作用情況,利用iTRAQ技術(shù)對藥物治療和無藥物治療的SMA皮膚成纖維細(xì)胞進(jìn)行定量蛋白組學(xué)研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)治療組的膠原Ⅰ和Ⅵ、膠原結(jié)合糖蛋白、骨鈣化素顯著減少。膠原Ⅰ是骨基質(zhì)的主要蛋白成分,骨粘連蛋白在骨形成中扮演重要角色,這些結(jié)果揭示了長期服用2-丙基戊酸鈉后導(dǎo)致出現(xiàn)骨質(zhì)疏松的機(jī)制。

        8 生物靶標(biāo)

        盡管已有很多文獻(xiàn)報道利用iTRAQ鑒定到潛在疾病標(biāo)記物,但是只有很少的靶標(biāo)得到充分驗證,可以作為臨床患者受益的靶標(biāo)。為了讓一個新的生物標(biāo)記物引入臨床實踐,必須提供充分的證據(jù)來證明該標(biāo)記物是有效的、精確的和可重復(fù)的,并且它除了能夠有助于診斷病情或改善病情狀況,也應(yīng)當(dāng)有成本效益[32]。

        9 結(jié)語

        毋庸置疑,最近iTRAQ標(biāo)簽技術(shù)對定量蛋白組學(xué)的發(fā)展有著重要的影響。在同一實驗中可分析8種樣品增加了實驗設(shè)計的靈活性,并且沒有復(fù)雜的質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析。新的生物標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)將幫助我們更好地弄清疾病致病機(jī)制和預(yù)后,用于提高早期診斷的敏感性,找到治療靶點,弄清藥物治療作用的機(jī)制。盡管iTRAQ在發(fā)現(xiàn)潛在生物標(biāo)記物中有著重要作用,但將iTRAQ技術(shù)用于臨床實驗室的日常分析仍需要解決眾多問題。隨著影響iTRAQ定量準(zhǔn)確性問題的解決和數(shù)據(jù)分析工具的改進(jìn),在未來幾年內(nèi)醫(yī)學(xué)研究將從iTRAQ定量蛋白質(zhì)組技術(shù)中得到巨大的幫助。

        [1] Gygi S P,Rist B,Gerber S A,et al.Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags[J].Nat Biotechnol,1999,17(10):994-999.

        [2] Wu W W,Wang G,Baek S J,et al.Comparative study of three proteomic quantitative methods,DIGE,cICAT,and iTRAQ,using 2D gel or LC-MALDI TOF/TOF[J].J Proteome Res,2006,5(3):651-658.

        [3] Ong S E,Blagoev B,Kratchmarova I,et al.Stable isotope la?beling by amino acids in cell culture,SILAC,as a simple and accurate approach to expression proteomics[J].Mol Cell Proteomics,2002,1(5):376-386.

        [4] Ross P L,Huang Y N,Marchese J N,et al.Multiplexed pro?tein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-re?active isobaric tagging reagents[J].Mol Cell Proteomics,2004,3(12):1154-1169.

        [5] Choe L,D'Ascenzo M,Relkin N R,et al.8-Plex quantita?tion of changes in cerebrospinal fluid protein expression in subjects undergoing intravenous immunoglobulin treatment for Alzheimer's disease[J].Proteomics,2007,7(20):3651-3660.

        [6] Fuller H,Morris G.Quantitative proteomics using iTRAQ la?beling and mass spectrometry[M]//Leung H E.Integrative pro?teomics.Croatia:InTech,2012:347-362.

        [7] Washburn M P,Wolters D,Yates J R.Large-scale analysis of the yeast proteome by multidimensional protein identifica?tion technology[J].Nat Biotechnol,2001,19(3):242-247.

        [8] Kuzyk M A,Ohlund L B,Elliott M H,et al.A comparison of MS/MS-based,stable-isotope-labeled,quantitation perfor?mance on ESI-quadrupole TOF and MALDI-TOF/TOF mass spectrometers[J].Proteomics,2009,9(12):3328-3340.

        [9] Scheri R C,Lee J,Curtis L R,et al.A comparison of rela?tive quantification with isobaric tags on a subset of the mu?rine hepatic proteome using electrospray ionization quadrupole time-of-flight and matrix-assisted laser desorption/ionization tandem time-of-flight[J].Rapid Commun Mass Sp,2008,22(20):3137-3146.

        [10]K?cher T,Pichler P,Schutzbier M,et al.High precision quantitative proteomics using iTRAQ on an LTQ Orbitrap:a new mass spectrometric method combining the benefits of all[J].J Proteome Res,2009,8(10):4743-4752.

        [11]Fuller H R,Man N T,Lam L T,et al.Valproate and bone loss:iTRAQ proteomics show that valproate reduces collagens and osteonectin in SMA cells[J].J Proteome Res,2010,9(8):4228-4233.

        [12]Karp N A,Huber W,Sadowski P G,et al.Addressing accura?cy and precision issues in iTRAQ quantitation[J].Mol Cell Proteomics 2010,9(9):1885-1897.

        [13]Arntzen M ?,Koehler C J,Barsnes H,et al.IsobariQ:soft?ware for isobaric quantitative proteomics using IPTL,iTRAQ,and TMT[J].J Proteome Res,2010,10(2):913-920.

        [14]Ow S Y,Salim M,Noirel J,et al.Minimising iTRAQ ratio compression through understanding LC-MS elution depen?dence and high-resolution HILIC fractionation[J].Proteomics,2011,11(11):2341-2346.

        [15]Anderson L,Hunter C L.Quantitative mass spectrometric mul?tiple reaction monitoring assays for major plasma proteins[J].Mol Cell Proteomics,2006,5(4):573-588.

        [16]Lu Q,Bai J,Zhang L,et al.Two-dimensional liquid chroma?tography-tandem mass spectrometry coupled with isobaric tags forrelative and absolute quantification(iTRAQ)labeling ap?proach revealed first proteome profiles of pulmonary alveolar macrophages infected with porcine reproductive and respirato?ry syndrome virus[J].J Proteome Res,2012,11(5):2890-2903.

        [17]Liu J,Bai J,Lu Q,et al.Two-dimensional liquid chromatog?raphy-tandem mass spectrometry coupled with isobaric tags forrelative and absolute quantification(iTRAQ)labeling ap?proach revealed first proteome profiles of pulmonary alveolar macrophages infected with porcine circovirus type 2[J].J Pro?teomics,2013,79:72-86.

        [18]Chen L M,Tran B N,Lin Q,et al.iTRAQ analysis of Singa?pore grouper iridovirus infection in a grouper embryonic cell line[J].J Gen Virol,2008,89(Pt 11):2869-2876.

        [19]Li Z,Lin Q,Chen J,et al.Shotgun identification of the struc?turalproteome ofshrimp white spotsyndrome virus and iTRAQ differentiation of envelope and nucleocapsid subpro?teomes[J].Mol Cell Proteomics,2007,6(9):1609-1620.

        [20]Matta A,Tripathi S C,DeSouza L V,et al.Heterogeneous ri?bonucleoprotein K is a marker of oral leukoplakia and corre?lates with poor prognosis of squamous cell carcinoma[J].Int J Cancer,2009,125(6):1398-1406.

        [21]Tripathi S C,Matta A,Kaur J,et al.Nuclear S100A7 is asso?ciated with poor prognosis in head and neck cancer[J].PloS One,2010,5(8):e11939.

        [22]DeSouza L V,Grigull J,Ghanny S,et al.Endometrial carcino?ma biomarkerdiscovery and verification using differentially tagged clinical samples with multidimensional liquid chroma?tography and tandem mass spectrometry[J].Molecular&Cellu?lar Proteomics,2007,6(7):1170-1182.

        [23]Unwin R D,Pierce A,Watson R B,et al.Quantitative pro?teomic analysis using isobaric protein tags enables rapid com?parison of changes in transcript and protein levels in trans?formed cells[J].Mol Cell Proteomics,2005,4(7):924-935.

        [24]Glen A,Gan C S,Hamdy F C,et al.iTRAQ-facilitated pro?teomic analysis of human prostate cancer cells identifies pro?teins associated with progression[J].J Proteome Res,2008,7(3):897-907.

        [25]Rudrabhatla P,Grant P,Jaffe H,et al.Quantitative phospho?proteomic analysis of neuronal intermediate filament proteins(NF-M/H)inAlzheimer'sdiseasebyiTRAQ[J].FASEB J,2010,24(11):4396-4407.

        [26]Han C L,Chien C W,Chen W C,et al.A Multiplexed quan?titative strategy for membrane proteomics opportunities for min?ing therapeutic targets for autosomal dominant polycystic kid?ney disease[J].Mol Cell Proteomics,2008,7(10):1983-1997.

        [27]Grant J E,Bradshaw A D,Schwacke J H,et al.Quantifica?tion of protein expression changes in the aging left ventricle of Rattus norvegicus[J].J Proteome Res,2009,8(9):4252-4263.

        [28]Pendyala G,Trauger S A,Siuzdak G,et al.Quantitative plas?ma proteomic profiling identifies the vitamin E binding pro?tein afamin as a potential pathogenic factor in SIV induced CNS disease[J].J Proteome Res,2009,9(1):352-358.

        [29]Miike K,Aoki M,Yamashita R,et al.Proteome profiling re?veals gender differences in the composition of human serum[J].Proteomics,2010,10(14):2678-2691.

        [30]Truscott R J,Comte-Walters S,Ablonczy Z,et al.Tight bind?ing of proteins to membranes from older human cells[J].Age(Dordr),2011,33(4):543-554.

        [31]Wang M,Wang X,Ching C B,et al.Proteomic profiling of cellular responses to Carvedilol enantiomers in vascular smooth muscle cells by iTRAQ-coupled 2-D LC-MS/MS[J].J Proteomics,2010,73(8):1601-1611.

        [32]Sturgeon C,Hill R,Hortin G L,et al.Taking a new biomark?er into routine use-a perspective from the routine clinical bio?chemistry laboratory[J].Proteomics Clin Appl,2010,4(12):892-903.

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