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        人造DNA來襲

        2014-04-29 00:00:00郭爽
        財(cái)經(jīng)國家周刊 2014年12期

        數(shù)十億年來,地球生命對“一切生物多樣性都由DNA中的4種堿基承載”一直沒有異議。

        突然,有的科學(xué)家不干了。

        “這實(shí)在太局限了?!泵绹箍死锲账寡芯克瘜W(xué)家弗洛伊德·羅姆斯伯格(Floyd E. Romesberg)說,設(shè)想一下,如果英語只有四個(gè)字母,“也許可以寫幾個(gè)詞,用它講幾個(gè)粗糙的故事,但是如果多幾個(gè)字母,你就能多寫很多東西。能夠儲(chǔ)存更多的信息,就能寫更有意思的詞,更大的詞,更復(fù)雜的詞,更微妙的詞,更好的故事”。

        史上第一次,“得瑟”的科學(xué)家終于成功了。他們擴(kuò)展了生命遺傳字母表,向細(xì)菌里加入了兩個(gè)新的人造“字母”——而且這段新DNA是可以復(fù)制的。2014年5月,美國科學(xué)家在《自然》雜志刊發(fā)文章宣布,這一研究已在改變生命的基本字母表方面邁出了一大步。

        多兩個(gè)字母能講什么新故事?科學(xué)家們認(rèn)為,基于相關(guān)研究有望最終培養(yǎng)一些有機(jī)體,來制作僅含自然遺傳密碼的細(xì)胞所無法制作的疫苗、藥物和其他產(chǎn)品,并可能最終誕生出特殊的人造生物,合成天然生物辦不到的藥品或者工業(yè)產(chǎn)品。

        當(dāng)然,這在變得真正可行之前,相關(guān)領(lǐng)域的研究還面臨不少爭議和質(zhì)疑,還有很多工作要做。

        密碼表“擴(kuò)容”

        盡管生命千差萬別,但無論簡單的細(xì)菌,還是復(fù)雜的人類,所有物種都擁有相同的遺傳密碼。

        這一密碼由DNA中的四種化學(xué)單位,也僅僅是由這四種化學(xué)單位組成。它們也被稱為核苷酸或堿基,分別是胞嘧啶(通常用字母C表示)、鳥嘌呤(G)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)。其中,A與T“情比金堅(jiān)”,C和G不可分割。地球上的生物如此豐富多彩,歸根結(jié)底都是由這兩對堿基承載。

        在每一種已知生物體的正常DNA中,雙螺旋結(jié)構(gòu)的雙鏈與T、G、A、C四種堿基連接在一起,它們決定了細(xì)胞生成哪些蛋白質(zhì),而這些蛋白質(zhì)又反過來決定了細(xì)胞乃至機(jī)體組織和器官的結(jié)構(gòu)、功能和調(diào)節(jié),并完成其絕大部分工作。

        但現(xiàn)在,美國科研人員卻在DNA字母表中增加了兩個(gè)新字母,人工合成了一對堿基對,并且把它塞到了活細(xì)胞中。

        更令人激動(dòng)的是,這“入侵”的堿基對還存活了下來,參與了細(xì)胞的復(fù)制過程。這一實(shí)驗(yàn)結(jié)果給人無限遐想,或許未來,新的蛋白質(zhì)、新的生命體都將會(huì)出現(xiàn)。

        加州大學(xué)圣迭戈分校斯克里普斯研究所(Scripps Research Institute)的科學(xué)家5月在《自然》雜志發(fā)表論文說,他們使用化學(xué)方法,生成了兩個(gè)新的核苷酸,稱為新堿基X和Y,創(chuàng)造了一種新的DNA形式,成功地制造了第一個(gè)“包含擴(kuò)大遺傳字母的半合成生物體”。

        研究人員說,這種新堿基真正的名字是d5SICS-dNaM,其結(jié)構(gòu)和已知堿基完全不同,并把它放進(jìn)了最常見的實(shí)驗(yàn)室細(xì)菌——大腸桿菌里。需要強(qiáng)調(diào)的是,這種半合成的外源生物體能夠繼續(xù)正常繁殖,并在繁殖中保存新的外源DNA??蒲腥藛T把一對XY導(dǎo)入常見的大腸桿菌中后發(fā)現(xiàn),盡管速度比平常稍慢一點(diǎn),但細(xì)菌確實(shí)可以像復(fù)制天然的核苷酸一樣復(fù)制X和Y。當(dāng)大腸桿菌復(fù)制時(shí),這些人造堿基也成功復(fù)制了,論文的數(shù)據(jù)表明,它們至少復(fù)制了24輪。

        自2009年以來,他們已經(jīng)嘗試了三百多種人造堿基,但這是第一個(gè)能被細(xì)胞的復(fù)制機(jī)制識(shí)別的堿基對。斯科普里斯研究所找到了一個(gè)十分巧妙的辦法:植物中的葉綠體有一個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白能夠從周圍別的組織提取堿基,相關(guān)基因已經(jīng)被發(fā)現(xiàn),于是他們將來自藻類的相關(guān)基因轉(zhuǎn)入大腸桿菌,讓它們在復(fù)制時(shí)成功地?cái)z入并利用了這些新堿基。

        “兩種DNA堿基對,即A-T和C-G,編碼出地球上多姿多彩的生命。而我們構(gòu)建出一種有機(jī)體穩(wěn)定了這兩對DNA堿基對,還有第三種新的堿基對。這表明有可能存在其他儲(chǔ)存信息方式,使我們進(jìn)一步擴(kuò)展DNA生物學(xué),也包括新藥物和新型納米技術(shù)等?!绷_姆斯伯格說。

        事實(shí)上,關(guān)于生命是否能用其他化合物存儲(chǔ)遺傳信息的問題,早在1960年代就有科學(xué)家在思考,但直到1980?1990年代,人類才獲得實(shí)質(zhì)性突破。

        隨著生物技術(shù)呈指數(shù)級(jí)快速進(jìn)步。近些年來,也有不少關(guān)于新堿基的報(bào)道。但它們要么是不能在體內(nèi)穩(wěn)定復(fù)制的人工堿基,要么是在生物體內(nèi)從“普通”堿基修飾而來,在嚴(yán)格意義上,都不是真正的“新堿基”。

        所以說,羅姆斯伯格團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,是個(gè)非常大的突破。

        斯克里普斯研究所的科學(xué)家早在2010年就曾開發(fā)出一對非天然堿基對(d5SICSTP和dNaMT),這對堿基對可以在一個(gè)純凈的無細(xì)胞系統(tǒng)中實(shí)現(xiàn)DNA復(fù)制過程。但把這個(gè)結(jié)果推衍到一個(gè)細(xì)胞中并非輕而易舉。

        例如,如何把這些非自然的堿基對引導(dǎo)入細(xì)胞就是一個(gè)挑戰(zhàn)。

        新密碼的未來價(jià)值

        就在斯科里普斯研究所刊發(fā)論文的同時(shí),軟件設(shè)計(jì)和工程公司歐特德斯科(Autodesk)花費(fèi)2周時(shí)間和大約1000美元,設(shè)計(jì)了一種合成噬菌體(即病毒),然后通過3D打印把結(jié)果呈現(xiàn)出來。該公司研究員安德魯·海斯?fàn)枺ˋndrew Hessel)說,“我們正在考慮這樣一種可能性,即你可以使用生物代碼(即DNA)為生物編寫軟件?!?/p>

        斯科里普斯研究所如今已經(jīng)成立了一家公司,嘗試用這一新技術(shù)研發(fā)新的抗生素、疫苗和其他產(chǎn)品。

        羅姆斯伯格說,導(dǎo)入合成核苷酸的細(xì)菌逃逸到了環(huán)境中,或者進(jìn)入某種生物體內(nèi),它們將無法獲得合成活動(dòng)所需的原料,要么死亡,要么恢復(fù)到只使用天然DNA的狀態(tài)。

        因此,他們正考慮采用這一技術(shù)來培養(yǎng)一些病毒或細(xì)菌,讓它們成為活疫苗。因?yàn)檫@種活疫苗進(jìn)入血液后,將可能誘發(fā)免疫反應(yīng),但卻不會(huì)復(fù)制。

        另一個(gè)可能用途是讓細(xì)胞生成新型蛋白質(zhì)。新型蛋白質(zhì)將擁有更多應(yīng)用價(jià)值。如在制藥領(lǐng)域,可讓藥物更加有效地殺滅腫瘤,或者使有效成分在血液中停留的時(shí)間更長。

        更讓人激動(dòng)的是,科學(xué)家認(rèn)為,這項(xiàng)研究還在某種程度上支持了這樣一個(gè)假說:宇宙的其他地方可能有生命存在,它們的遺傳方式與地球上的不同。

        不過,雖然大腸桿菌能夠復(fù)制這對新堿基,它還不能“識(shí)別”。這兩個(gè)堿基無法表達(dá)?!拔覀冞€沒到那一步,我們現(xiàn)在關(guān)注的只是遺傳信息的儲(chǔ)存過程。”羅姆斯伯格說。

        有爭議的科學(xué)

        有些人擔(dān)心,新生物會(huì)不會(huì)失控并造成危害,對此,羅姆斯伯格認(rèn)為,這項(xiàng)技術(shù)是安全的。

        盡管如此,《自然》雜志刊發(fā)的這項(xiàng)研究成果,已經(jīng)再次引發(fā)人們對安全的擔(dān)憂,以及在科學(xué)領(lǐng)域加強(qiáng)監(jiān)管的呼聲:人類是否又在扮演上帝了?

        在基因組計(jì)劃時(shí)期,即使是編寫最小的生命基因組,DNA合成技術(shù)也顯得過于粗糙和昂貴。而如今,“合成生物學(xué)”等研究已可以把上述工作從分子層面轉(zhuǎn)移到數(shù)字層面。

        合成生物學(xué)(synthetic biology)即為特定目的創(chuàng)建生物系統(tǒng)??蒲腥藛T可以像使用文字處理器編輯文本那樣剪切和粘貼DNA信息,將單個(gè)遺傳字母精確地調(diào)入調(diào)出。在點(diǎn)擊發(fā)送后,十幾家不同的DNA打印工廠就可以把這些字節(jié)轉(zhuǎn)變?yōu)樯?/p>

        創(chuàng)建使用非天然核苷酸的新生物,一直是合成生物學(xué)的目標(biāo)。這樣的生物,可以為很多細(xì)胞工程(使用非天然氨基酸合成新蛋白)提供平臺(tái)。

        盡管目前還處于萌芽狀態(tài),然而合成生物學(xué)的研究領(lǐng)域正在風(fēng)起云涌。不過,這類科學(xué)始終面臨質(zhì)疑。

        此外,這一領(lǐng)域還面臨渴望專利和支持所有內(nèi)容免費(fèi)開放這兩方之間的摩擦。

        “合成生物學(xué)家發(fā)明了玩弄生命基本元素的新方法,而政府連監(jiān)督、評(píng)估、監(jiān)管該領(lǐng)域的基本對策都還沒有準(zhǔn)備好”,加拿大權(quán)益倡導(dǎo)組織ETC集團(tuán)(ETC Group)的吉姆·托馬斯對媒體說。他認(rèn)為,假以時(shí)日,這種前所未有的“外來”生命形式可能會(huì)在倫理、法律和監(jiān)管方面產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。

        顯然,這將是人類社會(huì)未來需要直面的新挑戰(zhàn)。

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