據(jù)中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所2013年9月發(fā)布的《2013版中國(guó)期刊引證報(bào)告（核心版）》，《生態(tài)環(huán)境學(xué)報(bào)》2012年的核心影響因子為1.105（即在1994種中國(guó)科技核心期刊中統(tǒng)計(jì)的數(shù)據(jù)）、核心總被引頻次為4025次，核心他引率0.93，基金論文比0.90（即90%）。影響因子、被引頻次在生態(tài)學(xué)類（2013年新分出的一類）7種核心期刊中分別列第3和第4位，在全國(guó)1994種核心期刊中分別列第101和70位。

另?yè)?jù)中國(guó)知網(wǎng)中國(guó)科學(xué)文獻(xiàn)計(jì)量評(píng)價(jià)研究中心2013年11月發(fā)布的《中國(guó)學(xué)術(shù)期刊影響因子年報(bào)(自然科學(xué)與工程技術(shù)?2013版)》，《生態(tài)環(huán)境學(xué)報(bào)》2012年的影響因子為1.969，總被引頻次為9832，影響因子在環(huán)境科學(xué)類66種期刊中的排序?yàn)榈?位，在農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)科學(xué)類20種期刊中的排序?yàn)榈?位。5年影響因子為2.401。2012年Web全篇下載量為19.50萬(wàn)次。