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        抗CMV和ToMV RNAi載體的構(gòu)建及加工番茄遺傳轉(zhuǎn)化

        2014-03-25 02:19:02喬亞紅田桂英鄭銀英崔百明李詩(shī)林向本春

        喬亞紅,田桂英,鄭銀英,崔百明,李詩(shī)林,向本春

        (石河子大學(xué) 農(nóng)學(xué)院 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,新疆 石河子 832003)

        病毒病是加工番茄生產(chǎn)中的主要病害之一。近年來,隨著加工番茄的大面積種植和連續(xù)種植,連作和重茬增多,病毒病害也日趨嚴(yán)重。黃瓜花葉病毒(Cucumbermosaicvirus,CMV)和番茄花葉病毒(Tomatomosaicvirus,ToMV)是嚴(yán)重危害加工番茄的2種主要病毒[1-2]。其中,CMV屬于雀麥花葉病毒科(Bromoviridae)黃瓜花葉病毒屬(Cucumovirus),是目前世界范圍內(nèi)危害蔬菜最嚴(yán)重的病毒之一。ToMV是與煙草花葉病毒(Tobaccomosaicvirus,TMV)關(guān)系最近的一種病毒,屬于煙草花葉病毒屬,其寄主范圍廣,能侵染茄科、禾本科、十字花科、豆科等許多植物。在實(shí)際生產(chǎn)中,這2種病毒往往是復(fù)合侵染加工番茄,使加工番茄枝條上出現(xiàn)嚴(yán)重的條斑壞死癥狀,果實(shí)表面則生成褐色斑塊,僵小畸形,嚴(yán)重影響了加工番茄的產(chǎn)量和品質(zhì),給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)造成了較大的經(jīng)濟(jì)損失[3-6]。

        RNAi 是生物體本身的一種RNA防御機(jī)制,普遍存在于植物、動(dòng)物和真菌等大多數(shù)真核生物中[7-9]。植物體天然的 RNAi 系統(tǒng)不能完全抵御某種病毒的入侵,如果人為地將該病毒的某一段序列設(shè)計(jì)成含反向重復(fù)的結(jié)構(gòu)雙鏈,轉(zhuǎn)入植物體內(nèi),使其在植物體內(nèi)表達(dá)從而誘發(fā)RNAi 產(chǎn)生 dsRNA,可有效地強(qiáng)化植物體自身的 RNAi 抗病毒機(jī)制,獲得較高抗性的轉(zhuǎn)基因植物,達(dá)到延遲和減輕病毒病害的目的。目前,該技術(shù)已廣泛應(yīng)用于植物抗病毒方面的研究,并取得了很好的效果[10-12]。Waterhouse等[13]針對(duì)馬鈴薯 Y 病毒(PVY)蛋白酶基因片段構(gòu)建 IRS 載體,用其轉(zhuǎn)化煙草獲得了抗性植株。Wang等[14]用大麥黃矮病毒(BYDV-PAV)多聚酶基因的反向重復(fù)序列載體轉(zhuǎn)化大麥,獲得了對(duì)BYDV免疫級(jí)抗性的轉(zhuǎn)基因大麥植株。朱俊華等[15]將 PVYCP部分序列的反向重復(fù)序列載體轉(zhuǎn)化煙草, 獲得了對(duì)PVY免疫的轉(zhuǎn)基因植株。顏培強(qiáng)等[16]利用 TMVCP和 CMVCP部分序列的融合基因片段構(gòu)建載體轉(zhuǎn)化煙草,獲得了抗TMV、CMV的轉(zhuǎn)基因煙草植株。但實(shí)際生產(chǎn)中,往往是多種病毒復(fù)合侵染同一寄主植物,利用RNAi技術(shù),可以將多個(gè)病毒部分基因序列進(jìn)行融合,構(gòu)建抗多種病毒的載體,轉(zhuǎn)化植株后即可獲得具有抗多種病毒能力的植株。

        本研究利用 RNAi 技術(shù),分別選取新疆加工番茄 CMV 分離物 NS0-4 和 ToMV 分離物SCS-2,以二者的復(fù)制酶部分序列作為干擾片段,通過 T 克隆載體拼接,構(gòu)建含反向重復(fù)結(jié)構(gòu)拼接片段的 RNAi 表達(dá)載體 pBi35STC12, 以期獲得抗這 2 種病毒的轉(zhuǎn)基因加工番茄,為加工番茄病毒病的防治奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材 料

        1.1.1 毒源、植物、菌株及載體 供試毒源為黃瓜花葉病毒(CMV)分離物 NS0-4 和番茄花葉病毒(ToMV)分離物 SCS-2,均為石河子大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存。供試植物為加工番茄紅番3號(hào)種子,為市售。菌株為大腸桿菌(Escherichiacoli)DH5α、農(nóng)桿菌(Agrobacteriumtumefaciens)GV3101,均為石河子大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存。載體為中間載體 piRDG12 和表達(dá)載體 pBi35SDG12,均為石河子大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存。

        1.1.2 主要試劑 逆轉(zhuǎn)錄酶試劑盒(AMV)、pGEM-T easy、T4DNA連接酶、Plant Genomic DNA Kit 植物基因組 DNA 提取試劑盒、Wizard DNA clean-up kit 凝膠回收試劑盒,均購(gòu)自 Promega公司;TaqDNA 聚合酶和RNA prep pure plant kit,均購(gòu)自TIANGEN 公司;限制性內(nèi)切酶購(gòu)自 Fermentas 公司;引物由北京六合華大基因科技股份有限公司合成。

        1.1.3 培養(yǎng)基 1/2MS 液體培養(yǎng)基:1/2MS 大量元素+MS 微量元素+MS 鐵鹽+MS 有機(jī)物質(zhì)+15 g/L 蔗糖,pH 5.8;分化培養(yǎng)基:MS+6-BA 2 mg/L+IAA 0.1 mg/L+植物凝膠 2 g/L,pH 5.8;共培養(yǎng)基:MS+6-BA 2 mg/L+IAA 0.1 mg/L+AS(乙酰丁香酮)100 μmol/L+植物凝膠 2 g/L,pH 5.8;篩選培養(yǎng)基:MS+ZT 0.5 mg/L+IAA 0.1 mg/L+Carb(羧芐青霉素) 300 mg/L+Kan(卡那霉素) 50 mg/L+植物凝膠2 g/L,pH 5.8;生根培養(yǎng)基:1/2 MS+IAA 0.1 mg/L+Carb 300 mg/L+Kan 50 mg/L+植物凝膠2 g/L,pH 5.8。

        1.2 RNAi 載體的構(gòu)建

        1.2.1 毒源活化和總RNA提取 通過機(jī)械摩擦的方法,用NS0-4接種西方煙(Nicotianaoccidentalis),SCS-2接種心葉煙(Nicotianaglutinosa)。 NS0-4 在接種約 20 d 后出現(xiàn)癥狀,提取西方煙總 RNA1;SCS-2在接種第 3天出現(xiàn)癥狀后,提取心葉煙總 RNA2。具體操作方法依照 RNA prep pure plant kit說明書進(jìn)行。

        1.2.2 干擾片段的選擇 根據(jù) NS0-4 和 SCS-2 基因全序列,利用 Vector NTI 軟件進(jìn)行分析,選取NS0-4 1a復(fù)制酶第 1 051-1 350 bp 序列(300 bp)和 SCS-2 130/180 ku復(fù)制酶第 1 920-2 200 bp 序列(281 bp)的cDNA 作為干擾片段。

        1.2.3 引物設(shè)計(jì) 根據(jù)干擾片段和pBi35SDG12載體Intron序列兩端的限制性內(nèi)切酶位點(diǎn),設(shè)計(jì)2對(duì)引物,CR12SP:5′-CGGGATCCTGCCCACCCGAACTCATTCGA-3′(BamHⅠ),CR12ASP:5′-GGGGTACCGCAATATAATGATAATCGTT-AATATCGATGCGTT-3′(KpnⅠ);To12SP:5′-CGAGCTCGGATCCTGTTGCGCTAGCATTGC-AAGATTCT-3′(SacⅠ+BamHⅠ),To12ASP:5′-GAAGATCTTAAAGTTTTTCATTTGTTGAA-CTTTAAGAGGGC-3′(BglⅡ),下劃線部分為酶切位點(diǎn),酶切位點(diǎn)之前的堿基為保護(hù)堿基。

        1.2.4 干擾片段的RT-PCR擴(kuò)增 將總RNA1(NS0-4)和總RNA2(SCS-2)根據(jù)逆轉(zhuǎn)錄酶試劑盒(AMV)說明書分別合成cDNA1 和cDNA2 。以cDNA1為模板,用引物CR12SP和CR12ASP進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到1a復(fù)制酶第1 051-1 350 bp 316 bp大小的片段CR12;以cDNA2為模板,用引物To12SP和To12ASP進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到130/180 ku復(fù)制酶第1 920-2 200 bp約302 bp大小的片段To12。PCR產(chǎn)物經(jīng)10 g/L瓊脂糖電泳檢測(cè)后,將CR12和To12分別克隆到pGEM-T easy載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌E.coilDH5α,酶切鑒定正確后,重組質(zhì)粒送北京六合華大基因科技股份有限公司進(jìn)行測(cè)序。將構(gòu)建的載體命名為pGEM-T-CR12和pGEM-T-To12。

        1.2.5 干擾片段的拼接 將 pGEM-T-CR12 用BamHⅠ/PstⅠ酶切回收含 CR12 的小片段,pGEM-T-To12 用BglⅡ/PstⅠ酶切回收含 To12 的大片段,然后將回收的大小片段通過同位酶(BamHⅠ/BglⅡ)連接得到pGEM-T-TC12。轉(zhuǎn)化大腸桿菌E.coilDH5α,酶切鑒定正確后,重組質(zhì)粒送北京六合華大基因科技股份有限公司進(jìn)行測(cè)序。干擾片段的拼接流程見圖1。

        1.2.6 中間載體的構(gòu)建 用BamHⅠ/KpnⅠ雙酶切 pGEM-T-TC12 質(zhì)粒及piRDG12 載體質(zhì)粒,回收含 CR12-To12 的正向片段和 piRDG12 載體的相應(yīng)片段,將它們連接并轉(zhuǎn)化大腸桿菌E.coilDH5α,酶切鑒定正確后,將構(gòu)建的載體命名為 piRTC12_R。用SpeⅠ/SacⅠ雙酶切 pGEM-T-TC12 質(zhì)粒及 piRTC12_R 質(zhì)粒,回收含CR12-To12 的反向片段和 piRTC12_R 的相應(yīng)片段,將它們連接并轉(zhuǎn)化大腸桿菌E.coilDH5α,酶切鑒定正確后,將構(gòu)建的載體命名為 piRTC12。

        1.2.7 RNAi載體的構(gòu)建 用XbaⅠ/EcoRⅠ雙酶切中間載體 piRTC12 及植物表達(dá)載體pBi35SDG12,回收目的片段,連接轉(zhuǎn)化到大腸桿菌E.coilDH5α 中,酶切鑒定正確后,將構(gòu)建正確的 RNAi 載體命名為 pBi35STC12。RNAi 載體的構(gòu)建見圖2。

        1.3 加工番茄的遺傳轉(zhuǎn)化

        將含有 pBi35STC12 質(zhì)粒 DNA 的農(nóng)桿菌 GV3101,在200 r/min、28 ℃ 振蕩培養(yǎng) 1 d,然后將該菌液以 1∶10 比例擴(kuò)大,在200 r/min、28 ℃ 振蕩培養(yǎng) 6 h后于4 ℃ 、5 000 r/min離心15 min,回收菌體,用 1/2MS 液體培養(yǎng)基稀釋到OD600為 0.6~0.8。切取發(fā)芽8~10 d的加工番茄幼苗子葉,置于分化培養(yǎng)基上,于 24 ℃ 黑暗條件下預(yù)培養(yǎng)3 d后,將子葉置于含菌體的1/2MS 液體培養(yǎng)基中侵染 20 min,撈出后用無菌濾紙吸去多余的農(nóng)桿菌液,置于共培養(yǎng)基中共培養(yǎng) 2 d 后移至含 300 mg/L Carb(羧芐青霉素)和 50 mg/L Kan(卡那霉素)的篩選培養(yǎng)基上,進(jìn)行抑菌﹑篩選培養(yǎng),之后約 2 周左右換 1 次培養(yǎng)基進(jìn)行繼代培養(yǎng) 1 次,直至葉緣產(chǎn)生再生芽;當(dāng)不定芽長(zhǎng)到1.5~2 cm 時(shí),從基部切下,插入生根培養(yǎng)基中誘導(dǎo)生根。待植株長(zhǎng)到 6~8 cm 時(shí)進(jìn)行馴化培養(yǎng),1 周后移栽到盆中。

        圖1 CMV和ToMV RNA干擾片段的拼接

        1.4 轉(zhuǎn)基因加工番茄植株的 PCR 檢測(cè)

        取轉(zhuǎn)基因加工番茄植株葉片,用方宣鈞等[17]的方法提取基因組 DNA 進(jìn)行 PCR 分析。根據(jù)拼接的干擾片段序列,采用Primer 軟件,設(shè)計(jì)檢測(cè)干擾片段正向序列的特異性引物,TC12SP:5′-CGGATCCTGTTGCGCTAGCATTGCAAGATTCT-3′ (BamHⅠ)和 TC12ASP: 5′-GCAATATAATGATAATCGTTAATATCGATGCGTT-3′(下劃線部分為酶切位點(diǎn),酶切位點(diǎn)之前的堿基為保護(hù)堿基),產(chǎn)物大小為 608 bp。PCR 產(chǎn)物用10 g/L瓊脂糖電泳檢測(cè)。

        根據(jù)pBi35STC12載體的Intron序列和NOS終止子序列,設(shè)計(jì)檢測(cè)干擾片段反向序列的特異性引物,SP/In-Nos:ACCCTAAATTTATCAAGACAAGGTT和ASP/In-Nos:AAGACCGGCAACAGGATTC,產(chǎn)物大小為762 bp。PCR產(chǎn)物用10 g/L瓊脂糖電泳檢測(cè)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 CMV和ToMV RNA干擾片段的 RT-PCR 擴(kuò)增

        以 cDNA1 為模板、CR12SP 和 CR12ASP 為引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,得到1條與預(yù)期大小一致的約316 bp 的片段 CR12;以 cDNA2 為模板、To12SP 和 To12ASP 為引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,得到1條與預(yù)期大小一致的約302 bp 的片段 To12 (圖3)。將 CR12 和 To12 分別與 pGEM-T easy 連接,得到 pGEM-T-CR12 和 pGEM-T-To12,提取質(zhì)粒,經(jīng)酶切鑒定,所得序列正確。

        2.2 RNAi 載體 pBi35STC12 的構(gòu)建及鑒定

        2.2.1 干擾片段的拼接 將質(zhì)粒 pGEM-T-CR12 用BamHⅠ/PstⅠ酶切回收,得到含 CR12 的長(zhǎng)約340 bp 的小片段;將 pGEM-T-To12 質(zhì)粒用BglⅡ/PstⅠ酶切回收,得到含 To12 的長(zhǎng)約 3 280 bp 的大片段(圖4)。通過同位酶(BamHⅠ/BglⅡ)將回收的片段連接,得到pGEM-T-TC12,提取質(zhì)粒,經(jīng)酶切鑒定,所得序列正確(圖5)。

        圖2 CMV 和ToMV RNAi 載體的構(gòu)建

        圖3 CMV和ToMV RNA干擾片段的RT-PCR擴(kuò)增

        2.2.2 中間載體 piRTC12 的構(gòu)建及鑒定 重組質(zhì)粒 pGEM-T-TC12 用BamHⅠ/KpnⅠ雙酶切鑒定正確,回收含 CR12-To12 的長(zhǎng) 597 bp 的正向片段; 用SpeⅠ/SacⅠ雙酶切重組質(zhì)粒pGEM-T-TC12 后,回收到含 CR12-To12 的長(zhǎng) 597 bp 的反向片段(圖5)。將回收的正向和反向片段連接到載體 piRDG12 的相應(yīng)酶切位點(diǎn),獲得中間載體 piRTC12。經(jīng)XbaⅠ/EcoR Ⅰ 雙酶切鑒定正確(圖6)。

        2.2.3 pBi35STC12的構(gòu)建及鑒定 將鑒定正確的中間載體 piRTC12,用XbaⅠ/EcoRⅠ雙酶切,回收到長(zhǎng) 1 752 bp 的目的片段(圖6),連接到表達(dá)載體 pBi35SDG12 的相應(yīng)位點(diǎn),得到植物表達(dá)載體 pBi35STC12,對(duì)其進(jìn)行XbaⅠ/EcoRⅠ雙酶切,獲得長(zhǎng)1 752 bp 和 9 571 bp 的片段(圖7)。

        圖4 pGEM-T-CR12和pGEM-T-To12干擾片段的融合酶切

        圖6 中間載體 piRTC12的酶切鑒定

        2.3 轉(zhuǎn)基因加工番茄植株的獲得

        以紅番 3 號(hào)加工番茄為轉(zhuǎn)化受體,利用農(nóng)桿菌轉(zhuǎn)化法對(duì) 1 500 個(gè)外植體進(jìn)行侵染、轉(zhuǎn)化,然后轉(zhuǎn)入篩選培養(yǎng)基上培養(yǎng),直至長(zhǎng)出愈傷組織、分化出綠芽,待小芽長(zhǎng)到 1.5~2 cm 后轉(zhuǎn)入生根培養(yǎng)基。待植株長(zhǎng)到 6~8 cm 時(shí)進(jìn)行煉苗,然后再移入盆中,共移栽 33 株,成活了 33 株(圖8)。

        圖8 轉(zhuǎn)基因加工番茄植株的獲得

        2.4 轉(zhuǎn)基因加工番茄植株的PCR檢測(cè)

        提取轉(zhuǎn)基因加工番茄植株葉片總DNA,分別以 TC12SP、TC12ASP 和 SP/In-Nos、ASP/In-Nos 為引物,通過 PCR 檢測(cè)干擾片段是否成功導(dǎo)入。PCR 檢測(cè)結(jié)果顯示,33 株加工番茄轉(zhuǎn)基因再生植株中有19 株均含正向(圖9)和反向干擾片段(圖10),表明干擾片段已經(jīng)成功整合到加工番茄的基因組中,轉(zhuǎn)化率為 1.26%。

        圖9 部分轉(zhuǎn)基因加工番茄植株正向干擾片段的PCR鑒定

        圖10 部分轉(zhuǎn)基因加工番茄植株反向干擾片段的PCR鑒定

        3 結(jié)論與討論

        近年來,隨著 RNAi 技術(shù)的快速發(fā)展及其工作機(jī)理的不斷闡明,其在植物基因工程研究方面得到了廣泛的應(yīng)用。但在研究中發(fā)現(xiàn),RNAi 植物表達(dá)載體的結(jié)構(gòu)、靶基因序列長(zhǎng)度及其在靶基因中的位置,都對(duì) RNAi 的效率和效果產(chǎn)生影響[18]。Wesley等[19]對(duì)幾種不同的 RNAi 載體構(gòu)建獲得的抑制基因表達(dá)轉(zhuǎn)基因植株進(jìn)行了評(píng)價(jià),結(jié)果顯示,含有2個(gè)反向重復(fù)序列且中間夾1個(gè)內(nèi)含子所形成的發(fā)夾 hpRNA 結(jié)構(gòu),能顯著提高 RNA 沉默效果,且沉默效率平均高達(dá) 90% 以上。本研究在2個(gè)反向重復(fù)序列中間有一段大小約266 bp的 Intron 片段,這種結(jié)構(gòu)保證了干擾片段可以按照完全相反的方向插入到目的載體,并在轉(zhuǎn)化后形成發(fā)夾 RNA 結(jié)構(gòu)(hpRNA)。在 RNAi 載體設(shè)計(jì)中,有關(guān)干擾序列長(zhǎng)度以及靶標(biāo)基因片段選擇的位置尚存在爭(zhēng)議,還有待于進(jìn)一步深入研究。

        目前,農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化方法已被廣泛地應(yīng)用于煙草﹑棉花﹑番茄等作物上,其轉(zhuǎn)化效果受外植體大小、外植體取材部位及培養(yǎng)基中凝膠種類和培養(yǎng)皿封口膜材料等的影響[20],且轉(zhuǎn)化效率不高,僅為 1.4%~34%[21-23]。本研究中加工番茄遺傳轉(zhuǎn)化率僅為 1.26% ,比已報(bào)道的轉(zhuǎn)化率低,這可能與試驗(yàn)中所選取材料的苗齡、外植體的種類和大小、接種方式、不同作物和品種及其基因型有關(guān)[24-25]。

        本研究成功將含 CMV 和 ToMV 分離物復(fù)制酶部分基因的 RNAi 載體 pBi35STC12 轉(zhuǎn)入到加工番茄紅番 3 號(hào),經(jīng)過 PCR 檢測(cè)獲得了19 株轉(zhuǎn)基因加工番茄植株,通過對(duì) CMV 和 ToMV復(fù)制酶表達(dá)的干擾,影響這 2 種病毒的復(fù)制,從而達(dá)到抗這2種病毒的效果。至于其干擾效果還有待于進(jìn)一步的檢測(cè)驗(yàn)證。

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