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        孤立條件下α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變機制的密度泛函理論

        2014-03-06 05:40:36王佐成劉鳳閣趙衍輝于天榮
        關(guān)鍵詞:結(jié)構(gòu)

        王佐成,劉鳳閣,呂 洋,趙衍輝,于天榮

        (1.白城師范學(xué)院 物理學(xué)院,吉林 白城 137000;2.吉林大學(xué) 原子與分子物理研究所,長春 130012;3.白城醫(yī)學(xué)高等??茖W(xué)校 醫(yī)學(xué)二系,吉林 白城 137000;4.白城師范學(xué)院 網(wǎng)絡(luò)管理中心,吉林 白城 137000)

        α-丙氨酸有左旋和右旋一對對映體,左旋體廣泛存在于動物體內(nèi),對預(yù)防腎結(jié)石和協(xié)助葡萄糖代謝的作用較大,并有助于緩和低血糖[1];右旋體有抑菌作用,是自然保濕因子的主要成分,主要應(yīng)用于手性藥物、手性助劑和化妝品等領(lǐng)域[2].目前,關(guān)于手性α-丙氨酸分子的研究報道較多:如劉鳳閣等[3]對α-丙氨酸分子手性對映體的結(jié)構(gòu)特性進行了理論研究,龔?等[4]研究了丙氨酸對映體單晶變溫偏振激光Raman光譜;王文清等[5]研究了α-丙氨酸分子的變溫中子結(jié)構(gòu).本文通過對α-丙氨酸手性轉(zhuǎn)變過程的研究,給出α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變的反應(yīng)路徑及反應(yīng)能壘,得到了α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變的反應(yīng)機制.

        1 計算方法

        本文在文獻[3]的基礎(chǔ)上將S型α-丙氨酸分子作為反應(yīng)物,研究其到產(chǎn)物R型α-丙氨酸分子的過渡態(tài)[6-8]及中間體,并對包括過渡態(tài)在內(nèi)的極值點前線分子軌道進行分析以獲得分子的鍵特性.

        計算基于密度泛函理論(DFT)的B3LYP[9-10]方法,采用雙分裂價基選擇基組,對C,O,N等原子加d極化函數(shù),對H原子加p極化函數(shù),即采用6-31+g(d,p)基組進行單重態(tài)勢能面上的極小值、紅外振動頻率及前線分子軌道的理論計算.為驗證過渡態(tài)的可靠性,對過渡態(tài)進行了內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)[11-14]分析.將過渡態(tài)和中間體等各極值點連接以確定反應(yīng)路徑.本文所有計算及圖形均用Gaussian03/GaussView[15]軟件完成.

        2 結(jié)果與討論

        2.1 α-丙氨酸分子對映體的結(jié)構(gòu)

        在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上的R型和S型α-丙氨酸分子的幾何結(jié)構(gòu)如圖1所示.對于這種點手性分子對映體的轉(zhuǎn)變,氫轉(zhuǎn)移過程是最佳的反應(yīng)途徑[16].由圖1可見,若實現(xiàn)對映體從S型到R型的手性轉(zhuǎn)變,則需實現(xiàn)13H的位置移動.其過程會出現(xiàn)4C—1C—9C碳骨架的異構(gòu)、4C與2H,3H,5H基團的異構(gòu)、6N與7H,8H基團的異構(gòu)以及13H—1C—6N鍵角對稱改變的異構(gòu).

        圖1 在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上的S型與R型α-丙氨酸分子的幾何結(jié)構(gòu)Fig.1 Geometries of(S)-and(R)-α-alanine molecules at the level of B3LYP/6-31+g(d,p)

        2.2 α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變路徑的中間體及過渡態(tài)

        對13H轉(zhuǎn)移至10O上的結(jié)構(gòu)在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上進行幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化、計算單重態(tài)的最低單點能和紅外振動頻率,并分析前線分子軌道,得到中間體(INT)的結(jié)構(gòu)如圖2(A)所示.計算結(jié)果顯示,4C,1C,6N,9C,10O,11O,12H,13H基本處于同一平面上,二面角偏差均小于0.1°.能量為EINT(B3LYP)=-323.742 1a.u.,頻率計算結(jié)果為無虛頻,表明所得結(jié)構(gòu)穩(wěn)定.其前線分子軌道如圖2(B)和(C)所示.INT的最高占據(jù)軌道(HOMO)主要來源于骨架原子p電子的貢獻,骨架原子間1C與9C呈π鍵效應(yīng),其他原子的p電子呈局域特性.最低非占據(jù)軌道(LUMO)的骨架原子間及羧基的O和H間呈非鍵特性.在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上分析過渡態(tài)TS1和TS2,計算過渡態(tài)的幾何結(jié)構(gòu)、能量、紅外振動頻率及其前線分子軌道.對過渡態(tài)進行全優(yōu)化后的能量為:ETS1(B3LYP)=ETS2(B3LYP)=-323.649 5a.u.;紅外振動均存在虛頻:FreqTS1=-2 063.94cm-1,過渡態(tài)TS1和TS2的幾何構(gòu)型及虛頻下的振動模式分別如圖3和圖4所示.

        圖2 在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上計算的INT幾何結(jié)構(gòu)(A)與HOMO(B)和LUMO(C)前線分子軌道Fig.2 Calculated geometries of INT(A),frontier molecular orbitals HOMO(B)and LUMO (C)at the B3LYP/6-31+g(d,p)level

        圖3 TS1結(jié)構(gòu)及虛頻對應(yīng)的振動模式Fig.3 Geometry and imaginary frequency vibrational mode of TS1

        圖4 TS2結(jié)構(gòu)及虛頻對應(yīng)的振動模式Fig.4 Geometry and imaginary frequency vibrational mode of TS2

        由圖3可見,13H可從S型α-丙氨酸分子的1C遷移至10O上,該過程伴隨碳氮骨架、6N基團與羧基的異構(gòu),形成INT.由圖4可見,13H可從INT的10O上遷移至R型α-丙氨酸分子的1C上,該過程也伴隨碳氮骨架、6N基團與羧基的異構(gòu),形成R型α-丙氨酸分子.TS1和TS2的HOMO及LUMO分別如圖5和圖6所示.

        圖5 TS1的HOMO(A)及LUMO(B)Fig.5 HOMO(A)and LUMO(B)of TS1

        由圖5和圖6可見:HOMO軌道均為10O原子的p電子與13H原子的s電子貢獻,具有明顯的反鍵特征;LUMO軌道為1C和10O原子的p電子與13H的s電子貢獻,具有成鍵鍵特征.因此,TS1和TS2是分別連接反應(yīng)物與中間體及中間體與生成物的過渡態(tài).

        2.3 α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變過渡態(tài)的IRC計算

        為驗證過渡態(tài)的可靠性,即過渡態(tài)TS1為連接S型對映體與INT,TS2為連接INT與R型對映體,分別對TS1和TS2在B3LYP/6-31+g(d,p)理論水平上進行IRC路徑探測,結(jié)果如圖7所示.

        由圖7(A)可見,其能量最高點為過渡態(tài)TS1,最低點分別為中間體INT和S型α-丙氨酸分子的結(jié)構(gòu),優(yōu)化后得到中間體和S型α-丙氨酸分子結(jié)構(gòu).由圖7(B)可見,其能量最高點為過渡態(tài)TS2,最低點分別為R型α-丙氨酸分子和中間體INT,優(yōu)化后分別得到中間體和R型α-丙氨酸分子的結(jié)構(gòu).S型對映體轉(zhuǎn)變?yōu)橹虚g體的過程如圖8所示.中間體轉(zhuǎn)變?yōu)镽型對映體的過程如圖9所示.

        圖6 TS2的HOMO(A)和LUMO(B)Fig.6 HOMO(A)and LUMO(B)of TS2

        圖7 B3LYP/6-31+g(d,p)理論水平上對過渡態(tài)TS1(A)和TS2(B)進行的IRC分析Fig.7 IRC analysis for transition state TS1(A)and TS2(B)at the level of B3LYP/6-31+g(d,p)

        圖8 S型對映體轉(zhuǎn)變?yōu)橹虚g體的過程Fig.8 Conversion process from (S)-enantiomer into intermediates

        2.4 α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變路徑

        綜上可知,α-丙氨酸分子從S型到R型的手性轉(zhuǎn)變路徑為S→TS1→INT→TS2→R,反應(yīng)路徑中各狀態(tài)結(jié)構(gòu)的主要幾何參數(shù)列于表1,穩(wěn)定點與過渡態(tài)的能量列于表2.由表2可見,S型α-丙氨酸分子經(jīng)過渡態(tài)TS1轉(zhuǎn)變至中間體INT需跨越的能壘為326.6kJ/mol.實現(xiàn)此過程需要外界干預(yù).中間體INT再跨越1個243.1kJ/mol的能壘,即可由過渡態(tài)TS2轉(zhuǎn)變至R型α-丙氨酸分子,實現(xiàn)手性對映體轉(zhuǎn)變.完成手性轉(zhuǎn)變所對應(yīng)的勢能面示意圖如圖10所示.

        圖9 中間體轉(zhuǎn)變?yōu)镽型對映體的過程Fig.9 Conversion process from intermediates into(R)-enantiomer

        表1 反應(yīng)路徑中各穩(wěn)定點及過渡態(tài)的主要幾何參數(shù)*Table 1 Principal geometric parameters of stable points and transition states in pathway

        表2 在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上計算的反應(yīng)路徑中穩(wěn)定點及過渡態(tài)的能量和相對能量Table 2 Energies,relative energies of each stable point and transition state of pathways calculated at the B3LYP/6-31+g(d,p)level

        圖10 在B3LYP/6-31+g(d,p)水平上計算的α-丙氨酸分子手性轉(zhuǎn)變過程勢能面示意圖Fig.10 Potential surfaces diagram ofα-alanine molecule chiral transition process calculated at the B3LYP/6-31+g(d,p)level

        綜上,本文使用DFT的B3LYP方法,采用6-31+g(d,p)基組,計算了α-丙氨酸分子從S型到R型的手性轉(zhuǎn)變過程.結(jié)果表明,該反應(yīng)路徑為:先由S型α-丙氨酸分子跨越1個326.6kJ/mol的能壘達到過渡態(tài)TS1,TS1經(jīng)過1個放熱過程轉(zhuǎn)變?yōu)橹虚g體INT后,再跨越1個243.1kJ/mol的能壘,經(jīng)過渡態(tài)TS2轉(zhuǎn)變至R型α-丙氨酸分子,經(jīng)過1個放熱過程,即可實現(xiàn)手性對映體轉(zhuǎn)變.由于2個能壘均較高,因此該手性轉(zhuǎn)變過程需在一定的外界條件干預(yù)下才能實現(xiàn).

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