2008年3月，首輪大部門制改革在萬眾矚目中高調(diào)啟程。無論是整合相同或相近的職能，對政府機(jī)構(gòu)進(jìn)行綜合設(shè)置；還是理順部門之間關(guān)系，形成更加精干高效的政府組織結(jié)構(gòu)，都超出了人們之前的想象。

2013年3月，新一輪大部制改革再次啟動。

3月10日，國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變方案（草案）公布，引發(fā)各界廣泛討論。3月14日，十二屆全國人大一次會議表決通過了關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變方案（下稱“機(jī)構(gòu)改革方案”）的決定。

曾經(jīng)參與機(jī)構(gòu)改革方案研究設(shè)計(jì)的中國行政管理學(xué)會副秘書長沈榮華向《中國經(jīng)濟(jì)周刊》介紹，2008年機(jī)構(gòu)改革后，新一輪大部制改革就已經(jīng)開始醞釀。中央機(jī)構(gòu)編制委員會辦公室（下稱“中編辦”）組織力量先對2008年機(jī)構(gòu)改革進(jìn)行了全面調(diào)研和評估，就成績、問題和改革方向提出了一些設(shè)想。

改革真正進(jìn)入議事日程是在2012年4月。據(jù)記者了解，當(dāng)時中編辦委托國家行政學(xué)院承擔(dān)機(jī)構(gòu)改革的課題。課題組先后走訪相關(guān)部委，尤其在2008年進(jìn)行過大部制改革的國家民用航空局等部門進(jìn)行調(diào)研，了解大部制的現(xiàn)狀以及運(yùn)行中存在的障礙和問題，并將這些問題理順后進(jìn)行重新設(shè)計(jì)，以形成大部制改革的整體框架和思路。半年后，2012年9月底，國家行政學(xué)院將該課題成果交付中編辦。

黨的十八大閉幕后，中央政治局常委會決定成立文件起草組，由中編辦牽頭負(fù)責(zé)起草改革方案。起草組成員有國務(wù)院辦公廳、國家發(fā)改委、國務(wù)院法制辦等綜合部門的人員，主要是以專家型官員為主。

在方案形成過程中，文件起草組就機(jī)構(gòu)改革問題聽取了黨中央、國務(wù)院有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)同志以及相關(guān)部門主要負(fù)責(zé)同志的意見。就國務(wù)院部門轉(zhuǎn)變職能、提高效率、搞好服務(wù)問題，召開4個座談會，聽取了20個省級政府或其部門負(fù)責(zé)同志、10個國務(wù)院部門主要負(fù)責(zé)同志、部分國有和民營企業(yè)負(fù)責(zé)人以及專家學(xué)者的意見，還書面征求了黨中央、全國人大和國務(wù)院46個部門主要負(fù)責(zé)同志的意見。

在一系列緊鑼密鼓的安排后，由中編辦牽頭的機(jī)構(gòu)改革方案草案終于完成，于2月23日通過中共中央政治局會議的討論，并在2月28日召開的中共十八屆二中全會上進(jìn)行了完善。而改革方案要具有法律效力，最終要經(jīng)過全國人民代表大會審議通過。

對此，國家行政學(xué)院教授宋世明向《中國經(jīng)濟(jì)周刊》評述道：“這個方案應(yīng)該說是在黨中央領(lǐng)導(dǎo)下群策群力、發(fā)揚(yáng)民主、集思廣益、科學(xué)決策的結(jié)果，凝聚了各方面的智慧?！?/p>

3月10日，在十二屆全國人大一次會議第三次全體會議上，國務(wù)委員兼國務(wù)院秘書長馬凱作關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變方案的說明。傳說中的新一輪大部制改革方案終于露出真容。

此次機(jī)構(gòu)改革，國務(wù)院正部級機(jī)構(gòu)減少4個，其中組成部門減少兩個，副部級機(jī)構(gòu)增減相抵?jǐn)?shù)量不變。改革后除國務(wù)院辦公廳外，國務(wù)院設(shè)置組成部門25個。

早期參與課題研究的國家行政學(xué)院研究員胡仙芝表示，此次機(jī)構(gòu)改革的幾個重點(diǎn)“都具有強(qiáng)烈的社會需求，如鐵路的政企分開問題，海洋安全問題，能源安全的國家戰(zhàn)略實(shí)施問題，以及公共服務(wù)和民生中涉及的食品安全、計(jì)劃生育問題等等?！?/p>