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        應用RT-PCR方法檢測鴨病毒性肝炎新型和I型病毒

        2013-11-30 04:43:28柴順秀趙隆壽
        家畜生態(tài)學報 2013年11期
        關(guān)鍵詞:檢測方法

        柴順秀,馬 花,韓 英,趙隆壽

        (青海省湟中縣動物衛(wèi)生監(jiān)督所, 青海 湟中 811600)

        鴨病毒性肝炎(duck viral hepatitis,DVH)是由鴨病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus,DHV)引起的、主要危害雛鴨的一種重要病毒性傳染病,該病發(fā)病迅速,發(fā)病率高,死亡率高,給養(yǎng)鴨業(yè)帶來巨大的經(jīng)濟損失,嚴重制約了養(yǎng)鴨業(yè)的健康、可持續(xù)發(fā)展[1-5]。由于鴨病毒性肝炎病毒存在毒株變異,且變異程度較大,2007年臺灣和韓國學者先后證實新型DHV與典型的DHV-I在基因序列上表現(xiàn)出很大差異,且新型DHV與DHV-I不產(chǎn)生血清學交叉反應[6-12],增加了鴨病毒性肝炎綜合防控的難度。為了加快本病的病原檢測,本研究在分析I型和新型鴨病毒性肝炎病毒基因組序列的基礎(chǔ)上,選取兩種毒株的變異區(qū)分別設(shè)計了特異性檢測引物,建立了可以同時檢測鴨病毒性肝炎I型病毒和新型病毒的復合RT-PCR鑒別檢測方法,實現(xiàn)了鴨病毒性肝炎I型病毒和新型病毒的快速鑒別診斷,將為該鴨病毒性肝炎的快速檢測與診斷提供有效幫助。

        1 材料與方法

        1.1 毒 株

        鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)、鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)均由青海省西寧市動物疾病中心實驗室分離并保存。

        1.2 試劑與試劑盒

        Taq DAN聚合酶、一步法RT-PCR試劑盒、pMD18-T克隆載體、EcoRI與HindIII內(nèi)切酶購自大連寶生物工程有限公司;病毒基因組DNA/RNA提取試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒、膠回收試劑盒購自北京百泰克生物技術(shù)有限公司。

        1.3 病毒基因組DNA/RNA的提取

        用病毒基因組DNA/RNA提取試劑盒分別提取鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)、鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)RNA,-70 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.4 設(shè)計與合成引物

        根據(jù)GeneBank上兩種毒株的基因組序列,選取兩種毒株的變異區(qū)分別設(shè)計了特異性檢測引物(表1),引物由上海生工生物工程有限公司合成。在設(shè)計引物的過程中,所選的引物最適宜的退火溫度接近。

        1.5 RT-PCR擴增反應

        分別以鴨病毒性肝炎I型病毒RNA,鴨病毒性肝炎新型病毒RNA,鴨病毒性肝炎病毒I型和新型的混合RNA為模板,進行一步法RT-PCR擴增。

        反應體系(25 μL)如下:引物(20 μmol/μL)各0.5 μL、I-DHV RNA 5 μL或N-DHV RNA 5 μL或I-DHV和N-DHV混合RNA 5 μL、one step enzyme Mix 1 μL、分別加入one step buffer至25 μL體系,RT-PCR擴增條件為:50 ℃ 60 min;95 ℃ 4 min;94 ℃ 45 s,51 ℃ 45 s,72 ℃ 60 s,30個循環(huán);72 ℃ 10 min。

        表1 引物序列表Table 1 Primer sequence

        1.6 RT-PCR擴增產(chǎn)物的測序鑒定

        分別取5 μL RT-PCR擴增產(chǎn)物跑瓊脂糖凝膠核酸電泳,初步觀察檢測擴增片段的大小。將擴增片段連接至pMD18-T克隆載體,提取質(zhì)粒DNA,EcoRI/HindIII雙酶切鑒定得到陽性重組質(zhì)粒,送上海生工生物工程股份有限公司進行測序鑒定。

        1.7 特異性試驗

        分別以提取的鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)、鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)、健康鴨肝組織的RNA為模板,同時加入四條引物,按照上面的反應條件進行PCR擴增,確定該檢測方法的特異性。

        1.8 敏感性試驗

        將提取的鴨病毒性肝炎病毒I型和新型的混合RNA定量,然后10倍梯度稀釋到10-6,分別取不同稀釋度的RNA 5 μL為模板進行PCR擴增,確定該檢測方法的敏感性。

        1.9 重復性試驗

        利用建立的一步RT-PCR檢測方法分別對鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)、鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)、2份鴨病毒性肝炎I型陽性病料、2份鴨病毒性肝炎新型陽性病料、1份鴨病毒性肝炎I型和新型都陽性的病料、健康鴨肝組織重復檢測3次,確定該檢測方法的穩(wěn)定性和重復性。

        1.10 符合率試驗

        對本研究建立的一步RT-PCR檢測方法檢測結(jié)果為陽性的2份鴨病毒性肝炎I型病料、2份鴨病毒性肝炎新型病料、2份鴨病毒性肝炎I型和新型均陰性的病料接種10日齡鴨胚,按常規(guī)方法進行病毒的分離鑒定試驗,比較本研究建立的一步RT-PCR檢測方法與病毒分離鑒定的符合率。

        1.11 臨床樣品檢測

        利用建立的一步RT-PCR檢測方法檢測臨床送檢疑似鴨病毒性肝炎病毒感染的組織病料56份,對陽性的PCR擴增產(chǎn)物全部進行克隆和測序鑒定,以驗證本檢測方法的臨床適用性和準確性。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 RT-PCR擴增結(jié)果

        如圖1所示,鴨病毒性肝炎新型病毒的擴增片段大小為564 bp、鴨病毒性肝炎I型病毒的擴增片段大小為317 bp,鴨病毒性肝炎病毒I型和新型的混合RNA同時擴增出564 bp和317 bp的片段,與預期大小相一致。如圖2所示,RT-PCR擴增產(chǎn)物分別連接T載體所構(gòu)建的克隆重組質(zhì)粒經(jīng)EcoRI和HindIII雙酶切鑒定分別得到564 bp、317 bp的特異性條帶,表明RT-PCR擴增片段已經(jīng)連接到T載體。經(jīng)上海生工生物有限公司的測序鑒定表明,RT-PCR擴增片段分別為鴨病毒性肝炎病毒新型和I型的特異性片段。

        2.2 特異性試驗結(jié)果

        如圖3所示,鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)分別出現(xiàn)特異的與預期大小一致的片段,而鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)、健康鴨肝組織均沒有出現(xiàn)擴增片段,說明所設(shè)計的引物可以特異性的擴增鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)和鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV),該檢測方法有良好的特異性。

        2.3 敏感性試驗結(jié)果

        鴨病毒性肝炎病毒I型和新型的混合RNA定量濃度為6 μg/μL,10倍梯度稀釋到10-4后,取5 μL作為RT-PCR擴增模板,檢測結(jié)果仍為陽性(如圖4所示),說明該檢測方法可以最低檢出3 pg含量的病毒RNA,具有良好的敏感性。

        圖1 RT-PCR擴增結(jié)果Fig.1 Result of RT-PCR amplification productM. DL 2000 DNA Marker; 1.I-DHV;2.N-DHV;3.I-DHV andN-DHV;4.Control

        圖2 克隆載體的雙酶切鑒定Fig.1 Identification of cloning vectorM. DL 2000 DNA Marker; 1.I-DHV digested with EcoRI/HindIII;2.N-DHV digested with EcoRI/HindIII

        圖3 特異性試驗結(jié)果Fig.3 Result of specificity testM. DL 2000 DNA Marker; 1.N-DHV; 2.I-DHV; 3.DEV;4.NDV; 5.DTMUV; 6.Healthy duck constitution; 7.Control

        圖4 敏感性試驗結(jié)果Fig.4 Result of sensitive testM.DNA Marker DL 2000; 1.10-1; 2.10-2;3.10-3;4.10-4;5.10-5;2.10-6

        2.4 重復性試驗結(jié)果

        經(jīng)過3次重復檢測,鴨病毒性肝炎病毒I型毒株(I-DHV)、鴨病毒性肝炎病毒新型毒株(N-DHV)、鴨瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)、鴨坦布蘇病毒(DTMUV)、2份鴨病毒性肝炎I型陽性病料、2份鴨病毒性肝炎新型陽性病料、1份鴨病毒性肝炎I型和新型都陽性的病料、健康鴨肝組織結(jié)果一致,證明該檢測方法有良好的穩(wěn)定性和重復性。

        2.5 符合率試驗結(jié)果

        本研究建立的一步RT-PCR檢測方法檢測結(jié)果為陽性的2份鴨病毒性肝炎I型病料和2份鴨病毒性肝炎新型病料均分別分離到了鴨病毒性肝炎I型和鴨病毒性肝炎新型病毒,而2份陰性病料均沒有分離到病毒,RT-PCR檢測方法與病毒分離鑒定的符合率達100 %。

        2.6 臨床樣品檢測結(jié)果

        利用建立的復合PCR檢測方法檢測青海湟中縣、湟源縣、大通縣及德令哈市臨床送檢病料共計56份,檢出鴨病毒性肝炎I型病毒陽性25份,鴨病毒性肝炎新型病毒陽性13份,鴨病毒性肝炎I型和新型混合感染陽性6份,對陽性的PCR擴增產(chǎn)物進行克隆和測序,結(jié)果均為鴨病毒性肝炎I型或新型特異性毒株。

        3 討 論

        鴨病毒性肝炎病毒由于高致死率給養(yǎng)鴨業(yè)帶來了沉重的經(jīng)濟損失,近年來眾多養(yǎng)鴨場不斷出現(xiàn)了不能被DHV-1弱毒疫苗或其抗血清完全控制的鴨肝炎流行,由于DHV-1的變異株新型DHV的出現(xiàn),給本病的診斷和防控提出了更高要求[13]。由于新型鴨肝炎與I型鴨肝炎在臨床癥狀、剖檢變化等方面極為相似,如死前均出現(xiàn)明顯的神經(jīng)癥狀,死后呈典型的角弓反張姿勢,剖檢變化主要表現(xiàn)為肝臟的出血性壞死性變化,通過常規(guī)的臨床診斷方法很難進行鴨肝炎的鑒別診斷,這就要借助于分子生物學方法[14],PCR檢測方法是最適合臨床病料快速檢測的分子生物學診斷技術(shù),通過PCR可以快速準確的對病原進行確診,復合PCR是用多對引物同時擴增幾條DNA片段的方法,在復合PCR中,所有引物Tm值應相近。如果兩對引物Tm值差異過大,會使擴增產(chǎn)物的量明顯不同,其中一種擴增產(chǎn)物或目的條帶很難觀察到。另外,靶DNA的長度也應相近,差別大時短片的靶DNA會優(yōu)先擴增,因此,會產(chǎn)生不同產(chǎn)量的擴增產(chǎn)物。本研究在設(shè)計引物的時候考慮到傳統(tǒng)毒株和新型變異株的不同基因組序列,分別選取可以進行鑒別診斷的特異性引物序列,在設(shè)計引物的時候,考慮到快速PCR檢測的需要,將所有的引物放在一個PCR反應體系中,兩種引物PCR反應的退火溫度都為51 ℃,這樣就可以實現(xiàn)毒株的同時擴增,既節(jié)約了試劑又節(jié)省了時間。

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