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        樹鼩IL-2全長編碼序列的克隆及分子特征分析

        2013-09-20 03:39:24黃曉燕李明利高躍東王文廣殷安國李曉飛孫曉梅夏雪山代解杰
        Zoological Research 2013年2期
        關(guān)鍵詞:糖基化丙型肝炎昆明

        黃曉燕,李明利,徐 娟,高躍東,王文廣,殷安國,李曉飛,孫曉梅,夏雪山,代解杰,*

        1. 中國醫(yī)學科學院/北京協(xié)和醫(yī)學院 醫(yī)學生物學研究所 樹鼩種質(zhì)資源中心 云南省重大傳染病疫苗研發(fā)重點實驗室,云南 昆明650118;

        2. 中國科學院昆明動物研究所 動物模型與人類疾病機理重點實驗室:免疫生物學實驗室,云南 昆明 650223;

        3. 中國科學院昆明生物多樣性大型儀器區(qū)域中心,云南 昆明 650223;

        4. 中國科學院昆明動物研究所 遺傳資源與進化國家重點實驗室,云南 昆明 650223;

        5. 昆明理工大學 生命科學與技術(shù)學院,云南 昆明 650500

        白細胞介素-2 (Interleukin-2,IL-2)為主要由激活淋巴細胞所產(chǎn)生的Th1型細胞因子,能促進T細胞、NK細胞及B細胞的分化成熟并激活其生物活性,誘導淋巴因子激活殺傷細胞 (LAK),并通過淋巴因子和天然殺傷細胞破壞腫瘤細胞,以及促進諸多淋巴因子如干擾素及腫瘤壞死因子等的合成、釋放及抗體生成,增強機體免疫功能,在抗腫瘤、抗毒素、免疫調(diào)節(jié)及感染性疾病的治療等中具有重要作用 (Lenardo, 1991)。IL-2 還可作為免疫佐劑用于某些淋巴組織增生性疾病及癌癥的治療,其拮抗劑可用于抑制器官移植排斥反應 (Theze, 1996;Church, 2003)。人IL-2由位于第4號染色體長臂上的單一非等位基因編碼,由153個氨基酸組成,包括20個信號肽 (Gillis et al, 1979)。IL-2與受體結(jié)合后發(fā)揮作用,其受體由三種肽鏈α、β和γ參與構(gòu)成 (Shanafelt, 2000)。IL-2Rα為低親和力受體,單獨與IL-2結(jié)合后不參與信號轉(zhuǎn)導。T細胞表面表達由 α、β、γ三聚體構(gòu)成的高親和力受體參與,NK細胞表面表達由 β、γ二聚體構(gòu)成的中親和力受體參與 (Voss, 1991),只有當IL-2和IL-2Rβ及IL-2Rγ結(jié)合后,才能通過其胞漿區(qū)的異源二聚體和信號旁路的一系列激酶活化發(fā)揮有效的信號轉(zhuǎn)導作用。該因子于1976年由Morgan et al報道,并由Taniguchi et al于1983年首次克隆成功。在人類醫(yī)學方面,重組IL-2在提高免疫抗病機能、抗感染和治療癌癥等方面獲得了廣泛應用 (Zelus et al,2000)。

        樹鼩 (Tupaia belangeri, tree shrew)是生活在熱帶和亞熱帶地區(qū)的哺乳綱攀鼩類小型動物,形態(tài)酷似松鼠(Cao et al, 2003),是靈長類動物的近親(Novacek ,1992; Nie ,2008)。由于樹鼩體型小、易馴養(yǎng)、繁殖能力強且飼養(yǎng)管理成本低,作為某些人類重大疾病研究的動物模型, 在醫(yī)學實驗中已被廣泛應用。早在1997年,Wang et al就發(fā)現(xiàn)樹鼩可感染人HCV。Zhao et al (2005)用HCV感染樹鼩原代培養(yǎng)肝細胞,結(jié)果在細胞培養(yǎng)上清液檢出HCV RNA,說明樹鼩肝外可支持HCV復制。Amako et al (2010)用HCV患者血清和HCV全長cDNA重組的病毒顆粒感染樹鼩,經(jīng)過長達3 a的觀察發(fā)現(xiàn),HCV在樹鼩體內(nèi)可導致慢性肝炎、肝脂肪變性、肝纖維化、肝硬化結(jié)節(jié)及腫瘤發(fā)生等,表明樹鼩可作為模型動物用于研究丙型肝炎發(fā)病機制、預防治療及新藥研發(fā)。有研究表明,在慢性及重型丙型肝炎感染者血清中IL-2水平明顯上升,且其上升幅度與病情輕重和病程長短密切相關(guān) (Bozkaya,2000; Fukuda, 1996;Napoli,1996)。但目前對樹鼩IL-2的研究尚屬空白,致使缺乏對樹鼩動物模型免疫細胞因子方面的評價指標,因此,闡明樹鼩IL-2分子結(jié)構(gòu)和功能的關(guān)系,是研究IL-2在丙型肝炎等疾病感染過程中免疫功能的前提。為此,本研究以確定樹鼩IL-2完整編碼序列為目的,對其進行分子特征分析,為今后制備樹鼩 IL-2單克隆抗體及研究白細胞介素在丙型肝炎中的免疫調(diào)節(jié)機理奠定基礎(chǔ)。

        1 材料和方法

        1.1 實驗動物

        自繁 F1代樹鼩由中國醫(yī)學科學院醫(yī)學生物學研究所樹鼩種質(zhì)資源中心提供,按實驗動物使用的3R原則給予實驗動物人道主義關(guān)懷。

        1.2樹鼩IL-2 cDNA的分子克隆

        由于樹鼩IL-2基因分子序列未見報道,我們首先根據(jù)取自NCBI數(shù)據(jù)庫樹鼩2倍覆蓋率基因組預測序列 (BioProject Accession: PRJNA13971)結(jié)合人IL-2編碼區(qū)設(shè)計上、下游引物(上游引物:5'-ATGCACAAAATGCAACTCTTGTCTTG-3',下游引物:5'-TCAACTCAGTGTTGAAATGATGCTTTG-3')。

        無菌采集樹鼩外周血2 mL,用Ficoll-PaqueTM PREMIUM (購自GE Healthcare)分離外周血淋巴細胞,經(jīng) 1640完全培養(yǎng)基培養(yǎng)及 ConA誘導 (1640液、胎牛血清購自TaKaRa) 后,收集淋巴細胞,提取細胞總RNA (試劑盒購自Thermo)。將其反轉(zhuǎn)錄為cDNA (Revert Aid H Minus First strand cDNA synthesis Kit 購自 Thermo),利用上述引物進行梯度PCR (Dream Taq Green PCR Master Mix 購自Thermo),循環(huán)參數(shù)為:95 ℃ 3 min; 95 ℃ 30 s, 61℃ 30 s, 72 ℃ 45 s, 35個循環(huán);72 ℃ 10 min。以樹鼩管家基因GAPDH(Glyceraldehyde-3-phos-phate dehydrogenase)作為陽性對照,其引物為5′-CCATCACCATCTTCCAGGAGCGAG-3′和 5′-C AAAGGTGGAGGAGTGGGTGTCG-3′,退火溫度為52 ℃。將膠回收后的PCR產(chǎn)物 (膠回收試劑盒購自TIANGEN) 經(jīng)TA克隆插入pMD-19T載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5a感受態(tài)細胞,提取質(zhì)粒經(jīng)BamHⅠ和Hind Ⅲ 雙酶切鑒定后,由invitrogen公司進行雙向測序。

        1.3 分子特征分析

        本文用于參比的核酸序列均來源于 GenBank數(shù)據(jù)庫,分別采用DNA MAN 6.0分析核酸序列、Clustal W 2.0分析氨基酸序列和MEGA 5.0分析樹鼩與其他哺乳動物IL-2之間的親緣關(guān)系,蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建和分析則通過 Discovery Studio 和PyMOL 完成,信號肽和糖基化位點等則采用在線軟件預測 (http://www.cbs.dk/services)。

        2 結(jié)果

        2.1 樹鼩IL-2全長編碼序列擴增

        以經(jīng) ConA誘導培養(yǎng)的樹鼩淋巴細胞總 RNA為材料,反轉(zhuǎn)錄后由梯度PCR克隆出長度465 bp的核酸片段。將樹鼩IL-2 PCR產(chǎn)物經(jīng)T/A克隆并雙向測序,得到樹鼩IL-2全長編碼序列(GenBank登錄號:KC170305),開放閱讀框長度為465 bp,編碼154個氨基酸(圖1)。

        圖1 樹鼩IL-2核苷酸序列及對應氨基酸Figure 1 Nucleotide sequences and corresponding amino acids of tree shrew IL-2

        2.2 樹鼩IL-2氨基酸序列分析

        2.2.1 樹鼩IL-2整體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系分析

        樹鼩IL-2分子由154個氨基酸組成,屬于分泌蛋白,具有一個潛在的N-糖基化位點(NVT),有2個與二硫鍵形成有關(guān)的半胱氨酸,整體結(jié)構(gòu)與人IL-2相似 (圖 2)。通過對樹鼩與其他哺乳動物的IL-2核苷酸序列對比發(fā)現(xiàn),其與人及恒河猴的同源性較高 (分別為 91%和 93%)。我們利用 BlastP 及Clustal W 2.0對樹鼩與人 (NM_00586.3)、恒河猴(NM_001047130.3)、小鼠(NM_008366.3)、大鼠(NM_053836.1)、牛(NM_180997.1)及綿羊(NM_001009806.1)等哺乳動物的IL-2氨基酸序列進行比較分析 (圖3),同樣發(fā)現(xiàn)樹鼩IL-2氨基酸序列與人及恒河猴同源性較高 (分別為80%及79%),而與大鼠、小鼠的同源性較低 (分別為61%及53%)。同時,我們利用MEGA5.0軟件對樹鼩和上述哺乳動物的IL-2進行親緣關(guān)系分析并構(gòu)建進化樹,結(jié)果發(fā)現(xiàn),樹鼩與人及恒河猴處于同一分支,而與大鼠、小鼠距離較遠,說明樹鼩在進化關(guān)系上更接近于人和恒河猴 (圖 3)。

        圖3 樹鼩和其他哺乳動物IL-2之間的親緣關(guān)系 (bootstrap:10 000 replicates; method: Neighbour-Joining)Figure 3 Phylogenetic relationships of IL-2 chains from tree shrews and other mammals

        2.2.2 樹鼩IL-2蛋白三維建模及表面電荷分布分析人IL-2主要由五個α螺旋結(jié)構(gòu)構(gòu)成,存在一對二硫鍵,分別形成于Cys57和Cys105(Suzuki,2010)。通過Discovery Studio, 我們發(fā)現(xiàn)樹鼩IL-2整體結(jié)構(gòu)與人相似,在其結(jié)構(gòu)域中,能找到相對應的二硫鍵(圖4B)。同時,人IL-2分子中保守氨基酸殘基Phe42和Tyr45能形成疏水域,也是與IL-2Rα相結(jié)合的區(qū)域,Asn88和Asp20之間可形成分子內(nèi)氫鍵,也是與IL-2Rβ相結(jié)合的區(qū)域。其中,人IL-2分子中Asn88發(fā)生突變,會導致IL-2從IL-2-IL-2Rβ復合物上脫落, 而Ser127和Ser130殘基形成的區(qū)域是其與IL-2R ?相結(jié)合的區(qū)域 (圖4A),在我們所獲得的樹鼩IL-2結(jié)構(gòu)域中的相應位置也可找到同樣的區(qū)域 (圖4B),推測其具有相對應的功能。

        但是,在人IL-2結(jié)構(gòu)中未發(fā)現(xiàn)N-糖基化位點,而樹鼩 IL-2結(jié)構(gòu)中有一個N-糖基化位點。同一參數(shù)下的三維結(jié)構(gòu)比較顯示,人IL-2結(jié)構(gòu)中有5個α螺旋,而樹鼩IL-2結(jié)構(gòu)中有6個,且某一區(qū)域的不規(guī)則卷曲也存在差異 (圖4C,D)。此外,我們對人與樹鼩IL-2表面絕對電荷分布的分析表明,兩者所帶電荷基本相似,正、負電荷基本均等,但在某些區(qū)域,樹鼩表面正電荷較少 (圖4E,F(xiàn))。樹鼩IL-2分子中的 N-糖基化位點和表面電荷上與人 IL-2的差異可能影響其與其他蛋白分子的結(jié)合,這可能也解釋了我們實驗室使用鼠抗人 IL-2抗體不能與樹鼩IL-2發(fā)生交叉反應的原因。

        圖4 人 (A、C、E) 和樹鼩 (B、D、F) IL-2蛋白三維結(jié)構(gòu)建模和表面絕對電荷比較Figure 4 Modeling of three-dimensional structures and surface charges of the domain of human (A,C,E) and tree shrew (B,D,F) IL-2 chains

        3 討論

        本研究確定了樹鼩IL-2基因全長編碼序列,并對其蛋白的同源關(guān)系與結(jié)構(gòu)域進行了分析。研究表明,樹鼩IL-2 cDNA序列和相應的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與其它哺乳動物相近,其Phe42和Tyr45殘基可形成疏水域,Asn88和Asp20之間可形成分子內(nèi)氫鍵,根據(jù)已報道的人IL-2結(jié)構(gòu)與功能文獻 (Wang et al, 2005),推測這兩個區(qū)域分別是與 IL-2Rα及 IL-2Rβ相結(jié)合的部位,而Gln127、Ser128和 Ser131殘基形成的區(qū)域是與IL-2R?相結(jié)合的區(qū)域,其中,Gln127與IL-2R ?Gln127及 Asn128之間可形成分子內(nèi)氫鍵。另外,推測樹鼩IL-2分子中 的Cys57和Cys106殘基可形成二硫鏈,這對維持其蛋白結(jié)構(gòu)及實現(xiàn)蛋白功能至關(guān)重要。但樹鼩IL-2分子中具有一個人IL-2分子中所不具備的N-糖基化位點,結(jié)合糖基化在維持蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間結(jié)合中的作用 (Lis & Sharon,1993),推測樹鼩 IL-2與其受體及抗體的結(jié)合能力更強。另外,α螺旋數(shù)目和表面電荷分布的明顯差異仍有待對樹鼩 IL-2結(jié)構(gòu)與功能特點開展進一步分析。

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