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        黑曲霉葡萄糖氧化酶高產(chǎn)基因工程菌研究進(jìn)展

        2013-09-13 11:46:44劉瑜李丕武
        生物技術(shù)通報(bào) 2013年7期
        關(guān)鍵詞:葡萄糖氧化酶巴斯德畢赤

        劉瑜 李丕武

        1 葡萄糖氧化酶簡(jiǎn)介

        葡萄糖氧化酶(glucose oxidase,GOD)最早在黑曲霉的提取物中發(fā)現(xiàn)[1],系統(tǒng)名稱為β-D-葡萄糖:氧1-氧化還原酶(EC 1.1.3.4)。它能夠催化β-D-葡萄糖被氧氣氧化成葡萄糖酸-δ-內(nèi)酯,并生成過(guò)氧化氫[2]。生成的葡萄糖 -δ-內(nèi)酯隨后自發(fā)水解[2]或者在內(nèi)酯酶的作用下水解成葡萄糖酸[3]。相關(guān)反應(yīng),如圖1所示。

        圖1 葡萄糖氧化酶酶促反應(yīng)[4]

        GOD應(yīng)用廣泛,可用于葡萄糖傳感器制造[5]、面粉添加劑[6]、葡萄糖酸及其鹽生產(chǎn)[7]和生物燃料電池[8]等領(lǐng)域。因此,尋求更有效的GOD的生產(chǎn)方法具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。目前生產(chǎn)GOD的微生物有黑曲霉(Aspergillus niger)[9]、尼琦青霉(Penicillium amagasakiense)[10]、變幻青霉(Penicillium variabile)[11]和軟毛青霉(Penicillium puberulum)[12]等,其中以黑曲霉最為重要。

        2 黑曲霉GOD結(jié)構(gòu)性質(zhì)簡(jiǎn)介

        黑曲霉GOD含有兩個(gè)相同的亞基,兩個(gè)亞基通過(guò)兩個(gè)二硫鍵相結(jié)合[13],每個(gè)亞基含有一個(gè)緊密非共價(jià)結(jié)合的 FAD 分子[14]。Swoboda 和 Massey[15]測(cè)得相對(duì)分子質(zhì)量為18.6kD,熱變性或化學(xué)變性(8mol/L尿素)后測(cè)出每分子含有1個(gè)巰基和兩個(gè)二硫鍵,酶分子糖含量為16.5%(±0.8%),如此高的糖含量使得黑曲霉GOD具有很多不尋常的性質(zhì):100℃時(shí)不發(fā)生沉淀;對(duì)0.75%的十二烷基硫酸鈉(SDS)穩(wěn)定;5%的三氯乙酸只能使其緩慢沉淀;在水中的溶解度較高,需要較高濃度的鹽才能沉淀(80%-90% 硫酸銨)。Nakamura和 Fujiki[16]測(cè)定其含有的糖主要是甘露糖、葡萄糖和己糖胺。Kalisz等[17]測(cè)得最適pH5.5-6.0,且糖鏈對(duì)酶的結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性和活力不起主要作用。1989年,Kriechbaum等[18]首先克隆了黑曲霉NRRL-3的GOD基因,該基因由1 815個(gè)堿基對(duì)組成,編碼一個(gè)亞基的605個(gè)氨基酸殘基。由于成熟的酶的一個(gè)亞基含有584個(gè)氨基酸殘基,因此確定有21個(gè)氨基酸殘基組成了信號(hào)序列。1993年,Hecht等[19]得到了分辨率為2.3 ?的部分脫糖基的黑曲霉GOD晶體結(jié)構(gòu)模型。1999年,Wohlfahrt等[20]獲得了黑曲霉GOD1.9?的結(jié)構(gòu),從結(jié)構(gòu)上解釋了酶對(duì)底物的專一性、D-葡萄烯糖的競(jìng)爭(zhēng)性抑制、鹵素離子的抑制作用等性質(zhì)。2011年,Kommoju等[21]得到了該酶分辨率為1.2?的結(jié)構(gòu),并以氯離子代替氧探索了氧激活位點(diǎn)。

        3 黑曲霉GOD生產(chǎn)進(jìn)展

        3.1 黑曲霉發(fā)酵生產(chǎn)GOD

        黑曲霉發(fā)酵是傳統(tǒng)的GOD生產(chǎn)方法,也是目前為止被研究得最多的方法。近年來(lái)研究成果主要有:Liu等[22]利用臺(tái)式生物反應(yīng)器對(duì)黑曲霉發(fā)酵生產(chǎn)GOD進(jìn)行了響應(yīng)面優(yōu)化,并對(duì)菌絲體生長(zhǎng)、GOD的生產(chǎn)和葡萄糖的消耗進(jìn)行了模擬,得到的模擬結(jié)果能夠較好地與試驗(yàn)結(jié)果吻合。 Mirón等[23]研究了碳源和氮源對(duì)黑曲霉發(fā)酵生產(chǎn)GOD的共同作用,著重針對(duì)于NP2和N2P交互作用進(jìn)行了因素試驗(yàn),結(jié)果表明無(wú)機(jī)氮源(硝基氮)比有機(jī)氮源(蛋白胨)更適合產(chǎn)酶,有機(jī)氮源能夠促進(jìn)菌體生長(zhǎng)而不利于葡萄糖轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸;確定了最佳碳源和氮源比例,使酶活從1.8U/mL提高到12U/mL。Gera等[24]研究了葡萄糖、蔗糖和棉子糖對(duì)黑曲霉NRRL326產(chǎn)酶的影響,表明蔗糖效果最好(4.5U/mL),但當(dāng)濃度大于20g/L時(shí)對(duì)產(chǎn)酶有明顯的抑制作用。Bankar等[25]分兩步對(duì)產(chǎn)酶條件進(jìn)行了優(yōu)化,最終確定碳酸鈣、蛋白胨和硫酸鎂為顯著因素,并使酶活力從0.009 93U/mL提高到了2.05U/mL,培養(yǎng)時(shí)間從96h降低到72h。Khattab和Bazaraa[26]采用先誘變后原生質(zhì)體融合的方法以黑曲霉FS-3(發(fā)酵液酶活力15.9U/mL)為出發(fā)菌株篩選高產(chǎn)菌株,得到了融合子C-18,胞外酶活力達(dá)62.7U/mL。

        從以上資料可以看出,目前的研究集中于新菌株的篩選以及方法的優(yōu)化,并獲得發(fā)酵過(guò)程中的動(dòng)力學(xué)模型。由于黑曲霉產(chǎn)酶不高,且大部分的酶存在于細(xì)胞壁和胞內(nèi)[27];分離純化困難,而且該方法經(jīng)過(guò)多年的研究,產(chǎn)量提高的潛力相當(dāng)有限,因此需要利用新的方法提高GOD的產(chǎn)量。

        3.2 基因工程菌發(fā)酵生產(chǎn)GOD

        利用基因工程的方法解決黑曲霉發(fā)酵產(chǎn)酶不高的問(wèn)題,策略有兩種:第一是通過(guò)增加黑曲霉中的GOD基因的拷貝數(shù)來(lái)增加產(chǎn)量;第二是對(duì)GOD基因進(jìn)行異源表達(dá),使基因擺脫原來(lái)調(diào)控系統(tǒng)的限制,在人為構(gòu)建的表達(dá)盒中得到高效的表達(dá)。

        3.2.1 黑曲霉基因工程菌的構(gòu)建與發(fā)酵 絲狀真菌被用來(lái)表達(dá)內(nèi)源和外源蛋白具有以下優(yōu)勢(shì):真菌能夠大量的分泌蛋白,可以避免蛋白在細(xì)胞內(nèi)積聚可能會(huì)對(duì)細(xì)胞造成毒害的問(wèn)題。并且,由于其發(fā)酵技術(shù)較為成熟,絲狀真菌可以在廉價(jià)的培養(yǎng)基中大量的生長(zhǎng),在優(yōu)化的生長(zhǎng)條件下,自身蛋白能達(dá)到較高的分泌水平;另外,作為一種真核生物,其所具有的翻譯后加工機(jī)制在生產(chǎn)需要復(fù)雜翻譯后修飾的蛋白方面具有額外的優(yōu)勢(shì)。最后,很多重要的工業(yè)絲狀真菌如黑曲霉、米曲霉、里氏木霉、頂頭孢霉和產(chǎn)黃青霉本身為GRAS微生物,在生產(chǎn)藥用蛋白和食品用蛋白時(shí)具有良好的生物安全性[28]。

        目前,在產(chǎn)GOD黑曲霉基因工程菌構(gòu)建方面已經(jīng)完成的主要工作如表1所示。

        表1 已報(bào)道的產(chǎn)GOD基因工程黑曲霉的構(gòu)建

        人們還對(duì)黑曲霉工程菌的培養(yǎng)做了很多研究工作。 El-Enshas等[32]研 究 了 NRRL-3(GOD3-18)在搖瓶和攪拌罐式反應(yīng)器培養(yǎng)時(shí)菌絲形態(tài)及其與GOD分泌之間的關(guān)系發(fā)現(xiàn),小而致密的菌絲球有利于GOD的分泌,推測(cè)原因是小的菌絲球有利于營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的傳遞。搖瓶培養(yǎng)時(shí)形成的菌絲球明顯分層并中空,而攪拌罐式反應(yīng)器中菌絲球的形成分為兩步。隨后他又研究了非葡萄糖碳源對(duì)NRRL-3(GOD3-18)中GpdA啟動(dòng)子控制下GOD生產(chǎn)的影響,指出在碳源為葡萄糖、果糖和木糖時(shí),GpdA啟動(dòng)子控制下的GOD的合成同細(xì)胞生長(zhǎng)嚴(yán)格耦聯(lián);在5 L攪拌罐式反應(yīng)器發(fā)酵120h后,木糖作為碳源時(shí)GOD總活力、比活力和胞外比例分別為626.0 μKat/L、42.0 μKat/CDW(CDW:細(xì)胞干重)和87.0%,優(yōu)于或接近使用葡萄糖為碳源的水平(234.0 μKat/L、48.0 μKat/CDW和89.0%),并且不形成葡萄糖酸[33]。

        提高黑曲霉GOD基因的劑量能夠使GOD表達(dá)水平相對(duì)出發(fā)菌株有較大提高,但是最終效果同傳統(tǒng)菌種改造方法差別不大,對(duì)于工業(yè)應(yīng)用缺乏足夠吸引力。其可能原因是絲狀真菌表達(dá)系統(tǒng)不夠成熟,需要絲狀真菌遺傳學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)理論的發(fā)展。

        3.2.2 釀酒酵母表達(dá)黑曲霉GOD 釀酒酵母是應(yīng)用最早的真核表達(dá)系統(tǒng),其具有的一些特點(diǎn)使其成為表達(dá)工業(yè)和醫(yī)學(xué)所用外源蛋白的重要工具。首先,作為一種公認(rèn)安全的微生物,將其用于藥物蛋白的生產(chǎn)已為人們所高度接受。相比之下,大腸桿菌表達(dá)的外源蛋白可能會(huì)含有內(nèi)毒素,哺乳動(dòng)物細(xì)胞可能會(huì)含有致瘤或病毒DNA。其次,釀酒酵母可以在簡(jiǎn)單的培養(yǎng)基上快速的生長(zhǎng),并達(dá)到很高的細(xì)胞密度。最后,其遺傳學(xué)特性比其他任何真核生物的研究都更加透徹,可以像大腸桿菌一樣方便的進(jìn)行操作。釀酒酵母是第一種用于黑曲霉GOD外源表達(dá)的微生物,早在1990年,F(xiàn)rederick等[34]首先用釀酒酵母GRF181表達(dá)了黑曲霉GOD基因。已發(fā)表的以釀酒酵母為黑曲霉GOD表達(dá)宿主的主要文獻(xiàn)列于表2。

        表2 釀酒酵母表達(dá)黑曲霉葡萄糖氧化酶的研究概況

        為了提高酶的產(chǎn)量,很多學(xué)者對(duì)釀酒酵母基因工程菌的培養(yǎng)進(jìn)行了詳細(xì)研究。從1998年-2001年,Kapat等[41-44]連續(xù)發(fā)表了4篇論文探討產(chǎn)黑曲霉GOD基因工程釀酒酵母培養(yǎng)的問(wèn)題。在首先發(fā)表的論文中研究了不同的補(bǔ)糖(包括葡萄糖和半乳糖)策略對(duì)重組釀酒酵母產(chǎn)GOD的影響,恒速流加半乳糖的策略下產(chǎn)酶達(dá)到最高,達(dá)154U/mL,比分批式操作提高了52%[41]。之后運(yùn)用恒定pH反饋補(bǔ)料分批式發(fā)酵策略使胞外酶活力提高到了199U/mL,比普通分批式發(fā)酵提高了1倍多,比非反饋控制的補(bǔ)料分批式發(fā)酵(154U/mL)提高了28%[44]。隨后他們的試驗(yàn)證實(shí)了連續(xù)補(bǔ)加半乳糖不適合重組黑曲霉GOD發(fā)酵:雖然96h后酶活力達(dá)到164U/mL,但是會(huì)形成過(guò)量的乙醇,并且還會(huì)造成表達(dá)載體的不穩(wěn)定[43]。2001年發(fā)表的論文中,他們雖然證明了攪拌速率對(duì)酶產(chǎn)量有直接的作用,但是建立kLa與酶產(chǎn)量之間的關(guān)系的工作沒(méi)有成功[42]。

        綜合上述文獻(xiàn),有兩點(diǎn)需要引起注意:第一,使用GOD本身的信號(hào)肽序列可以取很高的分泌水平,甚至比常用的分泌效率已經(jīng)很強(qiáng)的強(qiáng)釀酒酵母α-factor信號(hào)肽序列更高[34];第二,不同的釀酒酵母作為表達(dá)宿主時(shí)表達(dá)水平相差很大,De Baetselier等[45]在其論文中也指出,在利用相同的表達(dá)載體表達(dá)相同的黑曲霉GOD基因時(shí),不同的釀酒酵母菌株表達(dá)水平高者和低者可相差百倍。隨著將來(lái)對(duì)這些現(xiàn)象內(nèi)在機(jī)制的深入研究,必將使得人們對(duì)外源蛋白的表達(dá)機(jī)制的認(rèn)識(shí)得到進(jìn)一步的深化。

        同其他主要表達(dá)體系相比,使用釀酒酵母進(jìn)行表達(dá)雖然是較早的方法,但是取得的效果較新興的表達(dá)體系相差并不很多[36,46,47],其原因有待深入探討;釀酒酵母為GRAS生物,重組酶的生物安全性也較好。缺點(diǎn)在于目前大部分采用的均為附加體載體,這種載體的優(yōu)點(diǎn)是拷貝數(shù)高,但是在發(fā)酵過(guò)程中容易丟失,造成菌種生產(chǎn)性能的不穩(wěn)定。整合型載體穩(wěn)定性好,但是目前表達(dá)水平還不盡如人意。3.2.3 巴斯德畢赤酵母表達(dá)黑曲霉GOD 巴斯德畢赤酵母是一種成熟的真核微生物外源蛋白表達(dá)平臺(tái),具有以下特點(diǎn)[48]:生長(zhǎng)迅速并培養(yǎng)廉價(jià);作為一種真核生物,具備翻譯后蛋白加工能力,在酵母中合成的蛋白質(zhì)更有可能正確的加工、折疊與正確的組裝成具有功能的分子。同釀酒酵母和其他酵母相比,畢赤酵母不傾向于發(fā)酵糖和其他碳源,而更傾向于利用它們進(jìn)行有氧呼吸生長(zhǎng),這極大地有利于高細(xì)胞培養(yǎng):因?yàn)樗皇呛?jiǎn)單的把碳源轉(zhuǎn)化成生物量,不產(chǎn)生大量的有毒的發(fā)酵產(chǎn)物,如乙醇。重組蛋白的產(chǎn)量通常同生物量成比例,因此巴斯德畢赤酵母易于進(jìn)行高密度培養(yǎng)是一個(gè)主要的優(yōu)勢(shì)。另外,巴斯德畢赤酵母能夠以甲醇為唯一碳源和能源進(jìn)行生長(zhǎng),在這種條件下,醇脫氫酶(AOX)和二羥丙酮合酶(DHAS)可以占細(xì)胞蛋白的近30%,并且這兩種蛋白的水平的調(diào)控主要是在轉(zhuǎn)錄水平上的,因此使用其啟動(dòng)子可以驅(qū)使外源基因得到較高水平的表達(dá)。近年來(lái)關(guān)于利用巴斯德畢赤酵母表達(dá)黑曲霉GOD的主要報(bào)道,如表3所示。

        表3 巴斯德畢赤酵母表達(dá)黑曲霉葡萄糖氧化酶的研究概況

        畢赤酵母表達(dá)黑曲霉GOD在發(fā)酵罐中可以達(dá)到很高水平[46],但在搖瓶中表達(dá)水平不高,這是由于畢赤酵母本身的特性所致[48]。在某些情形下,重組酶的特性還有所改善,如周亞鳳[49]報(bào)道重組GOD的比活、轉(zhuǎn)換數(shù)kcat值及二級(jí)動(dòng)力學(xué)常數(shù) kcat /Km比活明顯地高于商品酶,黃亮[51]報(bào)道重組酶最適溫度較黑曲霉GOD提高了8℃。但是,巴斯德畢赤酵母為宿主表達(dá)黑曲霉GOD也還存在一些缺點(diǎn):首先是巴斯德畢赤酵母本身不屬于美國(guó)食品藥品管理局(FDA)所認(rèn)證的GRAS微生物,表達(dá)的重組酶存在生物安全性問(wèn)題,限制了在食品方面的應(yīng)用;其次,誘導(dǎo)型表達(dá)過(guò)程中需要甲醇誘導(dǎo),而甲醇是有毒易燃品,不但給生產(chǎn)人員的安全和消防安全帶來(lái)隱患,而且在酶的分離純化過(guò)程中帶來(lái)額外的麻煩,特別是將GOD用作食品添加劑時(shí)。組成型表達(dá)可以避免這個(gè)問(wèn)題,但是酶活力很低[52]。因此將巴斯德畢赤酵母表達(dá)系統(tǒng)應(yīng)用于黑曲霉GOD的工業(yè)化生產(chǎn)還存在很多問(wèn)題亟待解決。釀酒酵母和巴斯德畢赤酵母在表達(dá)黑曲霉GOD方面的比較如表4所示。3.2.4 其他表達(dá)系統(tǒng)在表達(dá)黑曲霉GOD 其他表達(dá)系統(tǒng)在黑曲霉GOD表達(dá)方面應(yīng)用的不多。安玉麟等[53]用原核生物大腸桿菌表達(dá)了黑曲霉酶GOD,得到的轉(zhuǎn)化子的總蛋白同抗黑曲霉GOD血清有較強(qiáng)的免疫反應(yīng)。在真核表達(dá)方面,Whittington等[29]通過(guò)基因工程手段使不產(chǎn)GOD的構(gòu)巢曲霉顯著的表達(dá)了黑曲霉GOD。Hodgkins等[54]使用多型漢遜酵母表達(dá)了黑曲霉GOD,胞外酶活力達(dá)到445U/mL(2.25g/mL),胞內(nèi)酶活為 76U/mL(0.38g/mL),達(dá)到了很高的水平。2006年,母敬郁等[55]以瑞氏木霉為宿主進(jìn)行表達(dá),誘導(dǎo)5d后酶活為25U/mL。2010年,Rocha[56]發(fā)表了以馬克斯克魯維酵母表達(dá)GOD的結(jié)果,當(dāng)以附加體表達(dá)系統(tǒng)表達(dá)時(shí),胞外酶活最高為 1552U/g DCW(DCW:Dry Cell Weight)。同年,Dowdells等[57]在土曲霉中表達(dá)了黑曲霉GOD,并用轉(zhuǎn)化子進(jìn)行葡萄糖糖酸的生產(chǎn)。

        表4 表達(dá)黑曲霉GOD釀酒酵母和巴斯德畢赤酵母基因工程菌的比較

        3.2.5 黑曲霉GOD基因的改造 定向進(jìn)化已經(jīng)成為獲得高效生物催化劑的重要手段,其主要原理是向蛋白編碼基因中引入隨機(jī)突變并利用高通量篩選手段篩選蛋白突變體,進(jìn)而選擇出其對(duì)應(yīng)的編碼序列以進(jìn)行下一步的突變與篩選,不斷的重復(fù)這一過(guò)程使得有益突變得到積累。定向進(jìn)化的過(guò)程由幾個(gè)步驟循環(huán)進(jìn)行:產(chǎn)生隨機(jī)的基因文庫(kù);在適宜的宿主中表達(dá);篩選突變酶的文庫(kù),尋求具有感興趣的性質(zhì)的突變體[58]。手段有 DNA shuffling[59],易錯(cuò)PCR[60]和交錯(cuò)延伸過(guò)程[61]等。

        劉丹等[62]通過(guò)兩輪易錯(cuò)PCR,從3000多個(gè)突變子中得到3個(gè)酶活提高的突變株,成功使比活力提高到原來(lái)的3-4倍。Prodanovic等[63]采用超高通量篩選從含有105個(gè)突變體的107個(gè)細(xì)胞中得到催化活力提高2倍的突變體K150R。Yu等[64]利用定向進(jìn)化的手段得到了更適用于酶電極的突變體B11-Gox。Holland等[65]通過(guò)對(duì)黑曲霉GOD基因進(jìn)行飽和突變發(fā)現(xiàn),當(dāng)132位的蘇氨酸突變成絲氨酸時(shí),特異性常數(shù)kcat/Km從8.39mmol/L/S變?yōu)?3.8mmol/L/s,同時(shí)對(duì)底物親和力僅僅降低了3%。對(duì)于GOD的定向進(jìn)化還處于起步階段,發(fā)展?jié)摿艽蟆?/p>

        4 展望

        4.1 深入研究宿主蛋白表達(dá)分泌機(jī)制,通過(guò)基因工程手段改良現(xiàn)有表達(dá)系統(tǒng)

        不同的表達(dá)系統(tǒng)表達(dá)黑曲霉GOD的水平的差別相當(dāng)大[31,36,47,54,55],并且用相同的載體轉(zhuǎn)化同一種生物的不同菌株,得到的外源蛋白的表達(dá)水平也有相當(dāng)大的差別[45],宿主細(xì)胞蛋白表達(dá)與分泌機(jī)制的不同是導(dǎo)致該結(jié)果的重要的原因。目前,一些主要的外源蛋白表達(dá)宿主均已經(jīng)完成了基因組測(cè)序[66-69],對(duì)這些微生物的蛋白表達(dá)、加工、分泌機(jī)制的研究也在進(jìn)一步的深入。通過(guò)對(duì)微生物原有分泌表達(dá)機(jī)器的改造,可以獲得更適用于蛋白生產(chǎn)的菌株。因此,需要從基因組水平乃至蛋白質(zhì)組水平對(duì)外源蛋白分泌表達(dá)機(jī)制深入的進(jìn)行研究,并以分子生物學(xué)操作獲得更合適的宿主菌株,使現(xiàn)在發(fā)展較成熟的表達(dá)系統(tǒng)得到進(jìn)一步的發(fā)展。

        4.2 開發(fā)新型表達(dá)載體與宿主

        開發(fā)新型的表達(dá)載體和宿主也是解決外源蛋白表達(dá)水平不高的有效途徑。為了解決附加體載體的不穩(wěn)定性和整合型載體拷貝數(shù)少的問(wèn)題,Lopes等[70,71]開發(fā)了rDNA整合型載體,每個(gè)細(xì)胞中整合的拷貝數(shù)可達(dá)100-200個(gè),并且具有相當(dāng)?shù)姆€(wěn)定性。

        4.3 蛋白質(zhì)定向進(jìn)化

        通過(guò)高通量篩選突變體,積累有益突變,可以得到比活力更高的酶,或者具有其他優(yōu)良特性的酶,加強(qiáng)酶的耐熱性、穩(wěn)定性等。

        4.4 過(guò)程優(yōu)化

        包括誘導(dǎo)劑[43]、過(guò)程條件[42]、培養(yǎng)基成分[33]等。通過(guò)這些可以增加酶產(chǎn)量,促進(jìn)酶的分泌[32],降低工程菌自身的蛋白酶活性[72]等。另外,反應(yīng)器培養(yǎng)時(shí)表達(dá)水平有可能與搖瓶不同,因此在放大過(guò)程中也需要進(jìn)一步的優(yōu)化條件[72]。

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