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        基于數(shù)字圖像處理的魚卵計(jì)數(shù)的研究

        2013-08-10 10:30:04張杭文袁國(guó)良于文馳
        電子設(shè)計(jì)工程 2013年14期
        關(guān)鍵詞:方法

        張杭文,袁國(guó)良,張 云,于文馳

        (1.上海海事大學(xué) 上海 201306;2.上海海洋大學(xué) 上海 201306)

        在現(xiàn)實(shí)生活中對(duì)常常需要對(duì)采集的魚卵進(jìn)行相應(yīng)的計(jì)數(shù)處理,以計(jì)算魚的繁殖率,在水廠養(yǎng)殖方面,魚卵計(jì)數(shù)是其很重要的一個(gè)環(huán)節(jié),人工計(jì)數(shù)魚卵時(shí)間成本大,不方便,操作誤差大,效率低,不利于對(duì)魚的研究。有必要想新的方法,對(duì)其進(jìn)行計(jì)數(shù).借助數(shù)字圖像處理這面比較成熟的學(xué)科,再結(jié)合計(jì)算機(jī)圖像識(shí)別和處理計(jì)數(shù)來實(shí)現(xiàn)魚卵的計(jì)數(shù),這樣做更方便快捷.可以提高計(jì)數(shù)的精度和效率。

        目前圖像處理計(jì)數(shù)在水產(chǎn)養(yǎng)殖方面開展的比較晚,研究報(bào)道相對(duì)比較少,但已開始在多個(gè)領(lǐng)域應(yīng)用,如魚種類識(shí)別,魚類尺寸測(cè)量,生長(zhǎng)發(fā)育研究和行為檢測(cè)等等,圖像處理技術(shù)在魚類中的應(yīng)用報(bào)道較少,圖像處理技術(shù)在魚卵計(jì)數(shù)技術(shù)上的研究更是罕見.在國(guó)內(nèi)關(guān)于魚卵計(jì)數(shù)處理的研究,目前關(guān)于魚卵計(jì)數(shù)的方法主要有體積比對(duì)法或質(zhì)量比對(duì)法,即通過計(jì)數(shù)小體積(小質(zhì)量)的卵粒數(shù),得到單位體積(單位質(zhì)量)內(nèi)的卵粒數(shù),進(jìn)而求得總體積(總質(zhì)量)的卵粒數(shù)[1],此方法雖然簡(jiǎn)單,但效率低、操作誤差大,不適用懷卵量少的魚類,同時(shí)該方法會(huì)對(duì)魚卵造成一定損傷,為此需要尋求一個(gè)更好的魚卵計(jì)數(shù)方法應(yīng)用于其繁殖生物學(xué)研究和選育工作中,避免魚卵損傷并提高計(jì)數(shù)的效率和精確性。最近的關(guān)于魚卵計(jì)數(shù)的研究有基于彩色圖像處理的魚卵計(jì)數(shù)方法,利用計(jì)算機(jī)圖像識(shí)別和處理技術(shù)實(shí)現(xiàn)魚卵的計(jì)數(shù),該方法可以提高計(jì)數(shù)的精度和工作效率,避免魚卵受損傷,同時(shí)可以留下被測(cè)對(duì)象的影像記錄作為備案,為育種工作提供一種高效快捷的魚卵計(jì)數(shù)新技術(shù),具有一定的理論和應(yīng)用價(jià)值,比較常見的魚卵計(jì)數(shù)方法有面積計(jì)數(shù)法,即將二值圖中目標(biāo)圖像總面積和魚卵平均面積相除,獲得魚卵的總面積[2-6]。這種方法雖然簡(jiǎn)單,但誤差大,計(jì)數(shù)隨機(jī)性增大。

        文中提出了基于采集的魚卵圖像的魚卵計(jì)數(shù)方法,分別是檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù),這種計(jì)數(shù)方法既避免了上述金萬昆等論文中計(jì)數(shù)效率低、操作誤差大等缺點(diǎn),也克服了林勇等論文中魚卵計(jì)數(shù)隨機(jī)性大的缺點(diǎn),論文高效率的計(jì)算出魚卵的個(gè)數(shù),具有實(shí)際的應(yīng)用效果,在水產(chǎn)養(yǎng)殖方面具有一定的理論和實(shí)際應(yīng)用效果。

        1 魚卵計(jì)數(shù)的總體設(shè)計(jì)

        魚卵計(jì)數(shù)的總體設(shè)計(jì)結(jié)構(gòu)如圖1所示,首先,對(duì)獲取的圖像進(jìn)行預(yù)處理。因?yàn)樵讷@取圖像的過程中,很難避免的引入的隨機(jī)噪聲,所以對(duì)獲取的圖像進(jìn)行了中值濾波,使得計(jì)數(shù)更精確。然后再對(duì)預(yù)處理后的圖像進(jìn)行閾值分割,最后獲得魚卵圖樣以實(shí)現(xiàn)魚卵個(gè)數(shù)的自動(dòng)計(jì)數(shù),閾值分割法是本系統(tǒng)的關(guān)鍵之一。由于對(duì)于不同的圖像,最優(yōu)閾值分割算法不盡相同。在本研究中,針對(duì)魚卵圖像提出了一個(gè)行之有效的算法,針對(duì)預(yù)處理后的魚卵圖片進(jìn)行相應(yīng)的計(jì)數(shù),本文對(duì)魚卵圖片提出了兩種計(jì)數(shù)方法,即連通區(qū)域標(biāo)號(hào)計(jì)數(shù)和檢索輪廓繪制輪廓計(jì)數(shù),達(dá)到了不錯(cuò)的魚卵計(jì)數(shù)的效果。

        圖1 系統(tǒng)總體結(jié)構(gòu)圖Fig.1 Structure diagram of the whole system

        2 圖像預(yù)處理

        2.1 魚卵的灰度化

        將彩色圖像轉(zhuǎn)化為灰度圖像稱為圖像的灰度化處理,彩色圖像的每個(gè)像素的顏色有R.G.B 3個(gè)分量決定,而每個(gè)分量有255種值可取,這樣每個(gè)像素可有1 600多萬(255*255*255)的顏色的變化范圍,而灰度圖像時(shí)R.G.B 3個(gè)分量相同的一個(gè)特殊的彩色圖像。其中一個(gè)像素點(diǎn)的變化范圍為255中,所以在數(shù)字圖像處理一般先將各種格式的圖像轉(zhuǎn)變成灰度圖像,使得后續(xù)的計(jì)算量少點(diǎn),便于后期的處理。一般有以下4種方法進(jìn)行灰度化:1)分量法,2)最大值法,3)平均值法,4)加權(quán)平均法。其中采用的是分量法的思想為:將彩色圖像中的三分量的亮度作為3個(gè)灰度圖像的灰度值,可根據(jù)應(yīng)用需要選取一種灰度圖像。

        其中 fk(i,j)(k=1,2,3)為轉(zhuǎn)化后灰度圖像在(i,j)處的值,原始圖片如圖2所示,經(jīng)過灰度化后如圖3所示。

        圖2 原始圖片F(xiàn)ig.2 The original picture

        2.2 魚卵的平滑處理

        實(shí)驗(yàn)采集到的魚卵難免有噪聲和干擾,這些噪聲會(huì)降低圖像的質(zhì)量,常見的去噪大致分為兩類:一是時(shí)域去噪,而是頻域去噪.時(shí)域去噪的代表方法有加權(quán)平均法,中值濾波法和二值形態(tài)學(xué)等,頻域去噪的代表方法有經(jīng)典數(shù)字濾波器,同態(tài)濾波,小波分析法等,本文采用的是時(shí)域去噪的中值濾波法,對(duì)魚卵進(jìn)行相應(yīng)的平滑處理,濾除相應(yīng)的噪聲,以便以后對(duì)魚卵圖片進(jìn)行進(jìn)一步處理,在魚卵計(jì)數(shù)中,中值濾波的效果不錯(cuò),其算法如下:

        圖3 灰度圖片F(xiàn)ig.3 Grayscale images

        中值濾波采用一個(gè)含有奇數(shù)個(gè)數(shù)的滑動(dòng)窗口,用窗口中灰度的中值代替窗口中心像素點(diǎn)的值,讓周圍的像素值接近的中間值。 對(duì)于一個(gè)一維序列 f1,f2…,fn,取窗口長(zhǎng)度為 m,m為奇數(shù)序列。對(duì)此序列進(jìn)行中值濾波,就是從序列里取出m個(gè)元素,fi-r, …fi-1,fi,fi+1, …,fi+r其中 fi為窗口的中心位置,r=(m-1)/2,將這m個(gè)元素按照數(shù)值大小排列,位于正中間的那個(gè)數(shù)值作作為濾波輸出:

        同理二維中值濾波:

        g(x,y)=med{f(x-k,y-l),(k,l,w)},其中 f(x,y),g(x,y)分別為原始圖像和處理后的圖像,w為二維模板,通常為2×2,3×3 區(qū)域,本文為用的是 3×3 區(qū)域。

        用中值濾波的方法既保護(hù)了圖像的邊緣,又有效濾除了相應(yīng)的噪聲。

        2.3 二值化

        圖像的二值化處理就是講圖像上的點(diǎn)置為0或255,也就使整個(gè)圖片呈現(xiàn)出比較明顯的黑白效果。將256個(gè)亮度等級(jí)的灰度圖片通過適當(dāng)?shù)拈撝颠x取而獲得反應(yīng)圖像整體和局部特征的二值化圖片,圖像的二值化有利于圖像的而進(jìn)一步處理,使圖像變得簡(jiǎn)單,而且數(shù)據(jù)量減小,能凸顯出感興趣的目標(biāo)的輪廓,本文中利用灰度圖片二值化,就是為了將魚卵和背景分離,選擇合適的分割閾值,當(dāng)一個(gè)像素的灰度值超過這個(gè)閾值就可以說這個(gè)像素是感興趣的目標(biāo),負(fù)責(zé)為背景,本文在選取閾值的創(chuàng)新點(diǎn)在于:通過對(duì)魚卵的灰度圖像的膨脹(cvDilate)處理,該結(jié)構(gòu)決定了每個(gè)具有最大像素點(diǎn)的鄰域形狀,處理后的結(jié)果如圖4所示,再對(duì)魚卵灰度圖像的腐蝕(cvErode)處理,該結(jié)構(gòu)決定了每個(gè)具有最小像素點(diǎn)的鄰域形狀,處理后的結(jié)果如圖5所示,最終的閾值取最大像素和最小像素的平均值,超過這個(gè)閾值點(diǎn)的像素選取為魚卵像素,否則選為背景像素。

        該方法的思想是:

        先求出最大像素點(diǎn)灰度值Zmax和最小像素灰度值Zmin,選中間的閾值H0,有:

        圖4 魚卵圖片膨脹后的圖Fig.4 Fish spawns image after dilation

        圖5 魚卵圖片腐蝕后的圖Fig.5 Fish spawns image after erosion

        把H0設(shè)置成為圖像的相應(yīng)的閾值,大于H0的為背景,小于H0作為魚卵。

        在選定H0為閾值時(shí),有:

        對(duì)于魚卵選定 g(i,j)=1,對(duì)于背景選定為 g(i,j)=0。

        上述取中值的閾值方法適合背景和前景有明顯對(duì)比的魚卵圖像。

        除上述閾值方法外,自適應(yīng)閾值是不錯(cuò)的選擇,自適應(yīng)閾值是一種改進(jìn)了的閾值技術(shù),其中閾值本身是一個(gè)變量,自適應(yīng)閾值T(x,y)的每個(gè)像素點(diǎn)都不同,通過計(jì)算像素點(diǎn)周圍的b*b區(qū)域的加權(quán)平均,然后減去一個(gè)常數(shù)來得到自適應(yīng)閾值,本文檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù)采用的是自適應(yīng)閾值的方法,常用的閾值的選取還有全局閾值、最佳閾值等等

        2.4 二值圖片的形態(tài)學(xué)處理

        對(duì)于取得的魚卵圖片中有魚卵是粘連在一起或是有些魚卵是斷開的,在二值化處理圖片后也會(huì)產(chǎn)生相應(yīng)的噪聲或空洞,膨脹和腐蝕是形態(tài)學(xué)最基本的運(yùn)算之一,對(duì)魚卵進(jìn)行膨脹和腐蝕的運(yùn)算能很好的將粘連的魚卵分離開,并且腐蝕和膨脹能將斷開的魚卵進(jìn)行連接。并且利用形態(tài)學(xué)的膨脹和腐蝕的原理也能很好的濾除應(yīng)二值化而產(chǎn)生的噪聲和空洞。效果如圖6所示。

        3 魚卵計(jì)數(shù)方法

        3.1 檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù)

        二值化后的圖像像素只有0和1,兩個(gè)值,分別代表背景和目標(biāo),輪廓是構(gòu)成任何一個(gè)形狀的邊界或外形,姑且把它作為背景和目標(biāo)的分界點(diǎn),查找到目標(biāo)的輪廓 (可以利用OpenCV提供的方法cvFindContours()的方法),在查找到輪廓之后,即所謂的邊緣點(diǎn),將檢測(cè)的邊緣點(diǎn)連接成線實(shí)現(xiàn)所謂的邊緣跟蹤。將檢測(cè)的邊緣點(diǎn)連接成線包括兩個(gè)過程:1)提取可構(gòu)成線特征的邊緣;2)將邊緣連成線。

        圖6 二值化圖片F(xiàn)ig.6 Binary image

        不同輪廓的組織是不一樣的,根據(jù)不同的選擇,它們可能是:1)列表;2)雙層結(jié)構(gòu);3)樹型結(jié)構(gòu)。 從縱向上來看, 輪廓可以使用遞歸的方式。本文采用的是樹形結(jié)構(gòu)。通過對(duì)輪廓的跟蹤實(shí)現(xiàn)對(duì)輪廓的計(jì)數(shù)。圖7為檢索輪廓和繪制輪廓后的計(jì)數(shù)后的圖片。

        圖7 檢索輪廓圖片F(xiàn)ig.7 The image of contour segmentation

        圖8為檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù)結(jié)果。

        圖8 計(jì)數(shù)結(jié)果Fig.8 Counting results

        上述的相關(guān)參數(shù)的定義可以通過表格1給出。

        表1 原魚卵圖像2的相關(guān)參數(shù)Tab.1 Parameters estimated by image 2

        3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果討論

        對(duì)于兩種計(jì)數(shù)魚卵的方法都很大程度上建立在采集魚卵時(shí)魚卵的質(zhì)量上的,對(duì)于粘連的系數(shù)比較小的魚卵準(zhǔn)確性相當(dāng)?shù)母?,?duì)采集的魚卵的處理上甚至有準(zhǔn)確性達(dá)到100%的,即誤差為零。在檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù)和連通區(qū)域標(biāo)號(hào)計(jì)在對(duì)圖2進(jìn)行處理也達(dá)到了99.7%點(diǎn)多 (原魚卵個(gè)數(shù)356個(gè),檢索輪廓和繪制輪廓計(jì)數(shù)為368個(gè)),精確度相當(dāng)高,在采集魚卵的時(shí)候也有些魚卵是粘連在一起的,本文也對(duì)其進(jìn)行了相應(yīng)的處理,效果也不錯(cuò),總體來說,這這種計(jì)算魚卵個(gè)數(shù)的方法都在人容忍范圍內(nèi),是可行的魚卵計(jì)數(shù)的方法。

        4 結(jié) 論

        在采集魚卵,對(duì)魚卵進(jìn)行預(yù)處理,計(jì)數(shù)的過程中,對(duì)于數(shù)目不是特別大的魚卵的處理精確度比較高,好的可以達(dá)到零誤差,隨著魚卵數(shù)目的增加,誤差也隨之增大,方法不適合魚卵較多的計(jì)數(shù),在魚卵計(jì)數(shù)的時(shí)候,對(duì)于魚卵比較多的計(jì)數(shù)時(shí),可以適當(dāng)?shù)膶?duì)魚卵分離,控制魚卵的數(shù)量在一定數(shù)量個(gè)數(shù)以下,這樣即實(shí)現(xiàn)對(duì)魚卵比較精確的計(jì)數(shù),也比純粹人工的要簡(jiǎn)單和方便!實(shí)驗(yàn)表明這種計(jì)數(shù)方法比較好,實(shí)用性比較強(qiáng)。

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