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        河毒素藥理活性和熱性質(zhì)密度泛函研究

        2013-07-31 10:09:56秦文杰鐘愛國
        當(dāng)代化工 2013年12期
        關(guān)鍵詞:負電荷鍵長熱力學(xué)

        秦文杰,鐘愛國

        (浙江省臺州學(xué)院醫(yī)藥化工學(xué)院, 浙江 臺州 316000)

        1970 年Tamura 等報道了TTX-氫溴酸鹽的晶體結(jié)構(gòu)[1,2],潘心富等于1979 年首次由河豚卵巢中分離提取出 TTX[3]。在理論計算方面, 陳常英等[4]利用DPCILO 程序,采用半經(jīng)驗方法(INDO)優(yōu)化了 TTX及其 5 個衍生物的結(jié)構(gòu)及分子軌道, 并與化學(xué)結(jié)構(gòu)不同但藥理作用相同的石房蛤毒素(STX)進行了比較;趙永明等[5]探討了TTX 及其23 種類似物的紅外光譜和核磁共振圖譜。TTX 是迄今為止人類在自然界中發(fā)現(xiàn)的最為奇特的小分子天然產(chǎn)物之一,不僅結(jié)構(gòu)新穎而且性質(zhì)獨特,即使長時間高溫加熱亦不會破壞其化學(xué)結(jié)構(gòu)或降低其毒性,但遇堿不穩(wěn)定,易被破壞。TTX 的分子結(jié)構(gòu)和原子編號如圖1 所示。由于原料來源稀有,純品昂貴,限制了它的實驗研究。本文選用密度泛函方法在優(yōu)化結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,得到其熱力學(xué)函數(shù)并利用Fukui 指數(shù)和前線軌道理論,對其易發(fā)生的反應(yīng)部位進行了理論預(yù)測,取得了有意義的結(jié)果。

        1 計算方法

        本文對河豚毒素分子采用 DFT 理論的 B3LYP方法在 6-311+G(d,p)基組水平上進行了優(yōu)化計算。在優(yōu)化得到的穩(wěn)定構(gòu)型基礎(chǔ)上,采用Freq 方法進行了頻率分析,結(jié)果表明所有簡諧振動頻率全部為正值,表明其計算結(jié)果是可信的。本項目的全部計算工作通過Gaussian03 程序在PC 機上完成。

        圖 1 河豚毒素(C11H17O8N3)分子結(jié)構(gòu)和原子編號Fig.1 Tetrodotoxin (C11H17O8N3) molecular structure and atomic number

        2 結(jié)果與討論

        2.1 幾何結(jié)構(gòu)分析

        用Gaussian 03程序在B3LYP/6-311+G(d,p)水平上進行優(yōu)化計算得到了河豚毒素分子的鍵長, 鍵角等與晶體實驗值的比較示于表1[1,2]。

        表1 優(yōu)化后鍵長、鍵角的比較(鍵長:nm; 鍵角: °)Table 1 The bond lengths, bond angels, optimized (nm, °)

        正常的C=N 雙鍵的鍵長(0.134~0.138 nm), C-N單鍵(0.147~0.152 nm),C-C 單鍵(0.154~0.162 nm),C-O 單鍵(0.120~0.143 nm), C=O 雙鍵(0.121~0.123 nm), O-H(0.094~1.500 nm)。表1 中列出了優(yōu)化后分子的部分鍵長數(shù)據(jù)表明:除C10-O18的鍵長稍微大一點外,其他鍵長均屬于正常范圍。結(jié)合分子結(jié)構(gòu)圖1 分析,對應(yīng)的 C5-N12鍵(0.144 nm)和 C12-N15鍵(0.146 nm)的鍵長稍長于正常的C=N 雙鍵(0.134~0.138 nm),而與之相鄰的 C10=N12雙鍵的鍵長(0.126 nm)稍小于正常的 C-N 單鍵(0.147~0.152 nm),符合胍基離域結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的要求。表2 中列出的重要鍵角數(shù)據(jù)表明,由 C1-C2-C6-C13-C8-C3原子組成的六元環(huán)的夾角數(shù)據(jù)均在 109.0° 附近,而 C1-C2-C7-N15-C12-N5,C1-C2-C6-O14-C10-C5,C1-C4-C10-O17- C8-C3和 C6-O14-C10-O17-C8-C13雜環(huán),夾角均在 107~118.0° 附近, 除C 原子受連接的O 和N 雜原子大的電負性作用使角度變型外,其余角度沒有發(fā)生明顯的扭曲變形。表1 的二面角數(shù)據(jù)表明:5 個六元環(huán)幾乎處在椅式結(jié)構(gòu),這就有利于TTX 分子穩(wěn)定,使得總能量降低。分子中的支鏈與環(huán)有明顯的扭轉(zhuǎn)而沒有處在同一平面,這樣的結(jié)構(gòu)受位阻效應(yīng)小有利于發(fā)揮官能團優(yōu)勢作用。

        2.2 NBO 電荷

        優(yōu)化后TTX 分子中各原子的NBO 電荷分布見表2。

        表2 TTX 分子的NBO 凈電荷布居值Table 2 NBO net charge population value of TTX e

        由于N 和O 原子的電負性比C 和H 原子大。因此, 在 TTX 分子中,3 個 N 原子(- 0.626 ~ -0.781e)和8 個O 原子(- 0.557 ~ -0.705 e)均帶有凈的負電荷。而且主環(huán)上N 和O 原子比氨基上的N 和羥基上的O 原子帶有較多的負電荷, 這是因為它們較強烈地吸引相連的C 原子或H 原子上的電荷, 使其自身帶上較大負電荷。除 C2原子外,其余C 和H 原子均帶有正電荷, 且H 原子帶有較大正電荷。 因主環(huán)上C 和N 原子正負電荷均不相等, 致使五個六元環(huán)主體帶有少量的負電荷(0.04~0.05 e), 具有一定的親水性。在由電荷控制的反應(yīng)中, 原子的負電荷越多,其受親電試劑進攻的可能性越大; 反之, 原子的正電荷越多, 則受親核試劑進攻的可能性也越大. 因此推測胍基上的N19, N5,和N15原子很可能是親電反應(yīng)的作用點。

        紅外吸收光譜對研究分子的結(jié)構(gòu)、化學(xué)鍵、表征和鑒別物質(zhì)等有十分重要的作用。在結(jié)構(gòu)優(yōu)化的基礎(chǔ)上, 在相同的計算水平上計算了TTX 的振動紅外光譜。TTX 屬于 C1點群, 有 39 個原子, 對應(yīng)有94 個振動模式。理論計算所得到的部分特征振動頻率(0~4 000 cm-1)及其紅外強度列于圖2。

        圖2 理論模擬TTX 的IR 譜Fig.2 IR spectrum of TTX2.3 IR 和 1HNMR 譜

        在圖2 譜圖中,出現(xiàn)了TTX 的特征峰值: 3 502 cm-1(O-H,伸縮); 3 385 cm-1(N-H,伸縮); 1 766 cm-1(C=O 伸縮);1 070~1 000 cm-1(伯醇,C-O 伸縮);(1 120~1 030 cm-1仲醇C-O,伸縮); 1 170~1 100 cm-1(叔醇 C-O,伸縮);1 275~1 020 cm-1(脂肪醚O-C-O,反對稱伸縮);1 098 cm-1(六元單氧環(huán),伸縮); 1 640 cm-1(N-H,彎曲振動)和1 600 cm-1(一級酰胺的特征吸收峰); 1 550~1 530 cm-1(N-H,彎曲振動吸收)。在低頻率范圍內(nèi)(<400 cm-1)還出現(xiàn)較多吸收峰,這主要由于六元環(huán)的 H 原子的特征指紋區(qū)[6-7]。理論模擬并指認(rèn)TTX 核磁共振譜(見圖3 所示)的峰特點較好地與其實驗值吻合起來,也進一步驗證了計算的準(zhǔn)確性[8]。

        圖3 1HNMR 圖譜指認(rèn)Fig. 3 1HNMR spectrum of TXX

        2.4 熱力學(xué)穩(wěn)定性

        式(1)~(5) 顯示了 TTX 的熱力學(xué)函數(shù)計算結(jié)果與溫度在25~1000 K 范圍的對應(yīng)關(guān)系。在298.15 K,熵(Sm)、熱容(Cp,m)、焓(Hm)和自由能(Gm)的計算結(jié)果分別為 361.27, 142.19 J·mol-1·K-1和 343.31, 316.92 kJ·mol-1; 隨溫度升高, 熵(Sm)、熱容(Cp,m)、焓(Hm) 等熱力學(xué)函數(shù)均增大, 而自由能(Gm) 減小, 直到溫度接近500 K 出現(xiàn)負值。通過對TTX 的計算熱力學(xué)函數(shù)與溫度的關(guān)系擬合, 我們得到了TTX 熱力學(xué)函數(shù)與溫度的關(guān)系式如下:

        在整個溫度范圍內(nèi)(25~1 200 K), T2的系數(shù)都很小, 因此其 4 個熱力學(xué)函數(shù)與溫度的倒數(shù)(1/T)近似呈正的線性關(guān)系?,F(xiàn)假設(shè)TTX 脫水反應(yīng)的焓變(Δ H)和熵變(ΔS)與溫度關(guān)系不大為常數(shù),則計算得到分解反應(yīng)的吉布斯自由能變(ΔG)與溫度成線性關(guān)系,意味著該脫水反應(yīng)在高溫下(520 K)能自發(fā)進行(ΔG<0),為熵變驅(qū)動型反應(yīng)(ΔS>0)。這與熱重分析結(jié)果基本吻合。

        2.5 極性和疏水參數(shù)

        偶極矩和在正辛醇-水體系的分配系數(shù)(P)是用來表示藥物親脂性或疏水性的重要物理參數(shù)。我們使用 Gaussian03 程序計算獲得 TTX 分子的偶極矩(3.368D),為弱極性。這可能是由于TTX 的6 個醇羥基的存在,增大了TTX 的親水性的緣故; 脂水分配系數(shù)(logP=996.16) 很大,表明其為一親脂性的分子。另外,使用ACD/Lab 6.0 軟件預(yù)測的TTX 在pH=7時的水溶解度 S=1.40×10-3mol·L-1,在pH=13 時突然增大。

        2.6 反應(yīng)活性

        TTX 的親電與親核反應(yīng)的Fukui 指數(shù)值列于圖4。從圖4 中數(shù)據(jù)可以看出, 最可能的親電反應(yīng)中心(f-)主要集中在3 個N 原子以及與之相連的H35,H32,H26以及 H28原子上, 主環(huán)整體不顯電性, 尤其胍基N 原子上還含有孤對電子, 可與強酸如鹽酸、硫酸、硝酸等都能形成鹽; 親核反應(yīng)中心(f+)也主要在 N原子以及相連的H 原子上。因此, 遇到強酸或強堿溶液則分子會水解, 逐步被羥基取代, 最后生成開環(huán)結(jié)構(gòu)。分子能隙ΔE(ELUMO-EHOMO) 的大小, 反映電子從最高占據(jù)軌道向最低空軌道發(fā)生電子躍遷的能力, 一定程度上可以代表其參加化學(xué)反應(yīng)的活性。其差值越大, 分子穩(wěn)定性越強; 反之分子越不穩(wěn)定,越易參與化學(xué)反應(yīng)。 TTX 的計算結(jié)果為EHOMO=-571.233 kJ·mol-1, ELUMO=13.797 kJ·mol-1, Δ E=585.03 kJ·mol-1。比較計算結(jié)果可知, 得到電子的能力較弱(ELUMO>0) , 因而生成河豚酸等衍生物的過程中, 胺基被羥基逐步取代; 失去電子的能力相對較弱(因為 EHOMO 很低), 因其胍基(C=NH)上的孤電子對, 能吸引 H+形成穩(wěn)定的 C=NH2+, 所以它是一種弱堿(pKb=8.3)。能隙較大, 所以參加化學(xué)反應(yīng)活性很弱。

        圖4 TTX 的Fukui 指數(shù)圖Fig. 4 The atomic Fukui index of TXX

        3 結(jié) 論

        (1) 幾何優(yōu)化表明, 河豚素的 6 個六元環(huán)互成椅式構(gòu)象,具有穩(wěn)定的分子構(gòu)型和良好的疏水參數(shù),在堿性溶液中溶解能力強,紅外光譜表征與官能團吻合較準(zhǔn)確,核磁共振與其實驗值基本符合;

        (2) 在25~1 200 K 范圍內(nèi),相應(yīng)的熱力學(xué)函數(shù)與溫度的倒數(shù)呈正的線性關(guān)系,溫度增加致520 K,脫水分解反應(yīng)趨勢增加,是受熵變驅(qū)動型反應(yīng);

        (3) 通過 NBO 電荷分布, Fukui 指數(shù)和前線軌道分析, 我們推測分子活性最強的部位在胍基,胍基 N 原子孤對電子吸引酸的 H+顯弱堿性的親電反應(yīng); 與 N 相連接的 H 原子被堿性 OH-逐步取代生成開環(huán)衍生物的親核反應(yīng)。TTX 將主要通過這2 種方式來發(fā)揮其毒理和藥理作用。

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