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        英開發(fā)出簡(jiǎn)化的基因組測(cè)序新方法

        2013-07-27 05:58:02陳丹
        共產(chǎn)黨員(遼寧) 2013年2期
        關(guān)鍵詞:生物體納克文庫

        據(jù)物理學(xué)家組織網(wǎng)報(bào)道,英國(guó)研究人員簡(jiǎn)化了基因組測(cè)序的標(biāo)準(zhǔn)流程,首次無需進(jìn)行文庫制備便完成了D N A(脫氧核糖核酸)單分子測(cè)序,而且,新方法只要很少量的D N A就能獲得序列數(shù)據(jù),用量可低至不到1納克(10億分之一克),僅為常規(guī)測(cè)序方法的五百分之一到六百分之一。

        文庫制備是指從測(cè)序前基因組樣本中提取不同長(zhǎng)度的D N A片段。這一過程不僅費(fèi)力、費(fèi)時(shí),還會(huì)浪費(fèi)D N A,而新技術(shù)能極大地減少D N A的損耗,并縮短測(cè)序時(shí)間。該研究論文的第一作者、英國(guó)威康信托基金會(huì)桑格研究所的保羅·庫普蘭說:“我們用這種方法對(duì)病毒和細(xì)菌的基因組測(cè)序后發(fā)現(xiàn),即使在相對(duì)較低的水平,我們也能夠確定所檢測(cè)的是何種有機(jī)物,不論樣本中是否存在特定的基因或質(zhì)粒(這對(duì)于確定抗生素耐藥性很重要),或者其他信息,如對(duì)特定D N A堿基的修改等?!彼硎?,一旦技術(shù)得到優(yōu)化,將在快速、高效地識(shí)別醫(yī)院和其他醫(yī)療場(chǎng)所中的細(xì)菌和病毒方面具有很大的應(yīng)用潛力。研究小組利用第三代單分子測(cè)序系統(tǒng)Pac Bio RS演示了這種簡(jiǎn)化的直接測(cè)序方法。他們僅僅用800皮克(千分之一納克)D N A來分析一個(gè)生物體的基因組,盡管測(cè)序儀只讀取了基因組的70個(gè)序列片段,相對(duì)于常規(guī)測(cè)序方法獲得的數(shù)據(jù)來說不過是很小的一部分,但這些信息足以讓研究人員確定他們所檢測(cè)的生物體的品種。這項(xiàng)技術(shù)也使得科學(xué)家能夠?qū)Υ饲盁o法識(shí)別的宏基因組(也稱微生物環(huán)境基因組)樣本中的生物體進(jìn)行確認(rèn)。“為微生物測(cè)序,首先需要能夠在實(shí)驗(yàn)室中培養(yǎng)它們?!闭撐牡闹饕髡摺⒂?guó)巴布拉漢研究所的塔米爾·錢德拉說,“這不僅耗費(fèi)時(shí)間,而且有時(shí)候微生物不生長(zhǎng),為它們的基因組測(cè)序極其困難?!彼硎?,新方法可以直接對(duì)微生物測(cè)序,短時(shí)間內(nèi)便可確定其“身份”。論文的另一主要作者說:“這是一種很有前途的替代手段,可應(yīng)用于控制感染等臨床需要?!?/p>

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