摘要:源于自然界,服務(wù)于人類社會(huì)的納米尺度裝置包括生物及人工制備的與納米通道等?;谶@些納米尺度裝置的簡(jiǎn)稱。本文對(duì)的發(fā)展,特別是近年來(lái)在DNA測(cè)序、蛋白質(zhì)分析的進(jìn)展進(jìn)行了綜述,對(duì)于發(fā)展的歷史、基本分類、原理和應(yīng)用作了介紹與展望。
關(guān)鍵詞:納米通道; ; 單分子檢測(cè); DNA測(cè)序; 綜述
1引言
自20世紀(jì)70年代以來(lái),隨著光學(xué)、微機(jī)電加工(MEMS)、納米科技等的飛速進(jìn)展,已經(jīng)發(fā)展了一些可以使工作者在單分子水平上探索生命體系的新工具。它們主要包括原子力顯微鏡(AFM)、基于熒光的技術(shù)、光磁鑷等,這些技術(shù)已經(jīng)可以使人們探討生命體系的結(jié)構(gòu)與功能。結(jié)合傳統(tǒng)的分析技術(shù)(例如,X射線晶體學(xué)、NMR與凝膠電泳等),單分子技術(shù)已經(jīng)在探索神秘的生命體系及其過程中(例如,DNA的復(fù)制、ATP的合成、不同物質(zhì)穿越細(xì)胞等)展現(xiàn)了曙光[1]。
生物體內(nèi)存在各種各樣的及納米通道,它們是連接內(nèi)部與外部并進(jìn)行能量、物質(zhì)交換的途徑[2]??茖W(xué)家們受細(xì)胞膜上離子通道的啟發(fā)制備了多種人工體系,例如蛋白與人工固態(tài)等, 不僅促進(jìn)了新型生物傳感器、納流控裝置、分子過濾設(shè)備、單分子檢測(cè)等方面的快速發(fā)展,而且極大地加快了第三代DNA測(cè)序研究的進(jìn)步[3]。目前主要是從這些裝置的形狀上區(qū)分和納米通道:被簡(jiǎn)單定義為直徑在1~100 nm之間,且直徑(d)≥其深度(l)的孔;如果孔的深度遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于其直徑,則稱這種結(jié)構(gòu)為納米通道。目前已構(gòu)建的納米尺度裝置包括生物(通道)(由各類蛋白質(zhì)分子鑲崁在磷脂膜上組成)、固態(tài)(通道)(包括各種硅基材料、SiNx、碳納米管、石墨烯、玻璃納米管等)及上述兩類相結(jié)合的雜化(通道)?;谶@些納米尺度裝置的,均將其簡(jiǎn)稱為(Nanopore analytical chemistry)或分析學(xué)(Nanopore analytics)或?qū)W(Nanoporetics)?;诘膫鞲屑夹g(shù)可能是最年輕的單分子技術(shù),該技術(shù)無(wú)需標(biāo)記、無(wú)需放大[4]。2簡(jiǎn)介
在的發(fā)展歷程中,有幾項(xiàng)工作是至關(guān)重要的。Coulter于20世紀(jì)40年代末提出了基于孔(Porebased)傳感的概念,并發(fā)明了庫(kù)爾特粒度儀(Coulter counter)[5]。庫(kù)爾特粒度儀的測(cè)量原理相對(duì)簡(jiǎn)單(見圖1a),將一個(gè)帶有小孔(_SymbolmA@_m~mm)的絕緣膜分開兩個(gè)電解質(zhì)槽,分別插入兩根電極后測(cè)量離子通過小孔時(shí)電導(dǎo)(電流)的變化。Coulter的發(fā)明不僅能夠測(cè)定小的粒子,更重要的是可以對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分篩和計(jì)數(shù),是歷史上為數(shù)不多的、對(duì)于臨床診斷與檢測(cè)具有革命性意義的發(fā)明。
另外,1976年Neher和Sakamann采用微米玻璃管所發(fā)明的膜片鉗技術(shù),測(cè)量膜電勢(shì)、研究膜蛋白及離子通道,對(duì)于研究進(jìn)程具有重要的意義,兩人于1991年獲得生理與醫(yī)學(xué)諾貝爾獎(jiǎng)[6]。1977年Deblois和Bean采用徑跡蝕刻法使庫(kù)爾特粒度儀的孔徑縮小到亞微米,這樣可以檢測(cè)納米顆粒與病毒[7]。對(duì)于基于孔傳感概念的真正的第二次革命是1996年Kasianowicz等[8]采用從金黃色葡萄球菌分泌得到的崛苧兀ㄡHemolysin)鑲嵌于磷脂膜上,用于檢測(cè)單鏈DNA(ssDNA)(圖1b)。他們不僅將孔徑從靘(mm)降到nm級(jí),而且將分析對(duì)象從細(xì)胞擴(kuò)展到離子與生物分子。另外,還引入了一個(gè)與化學(xué)緊密相關(guān)的問題 —— 納米尺度界面問題(所有分析物與或通道均有相互作用),突顯了化學(xué)的重要性。該工作不僅宣布了學(xué)()的誕生,更重要的是它提供了快速、廉價(jià)DNA測(cè)序的可能性,使的研究得到了各國(guó)政府、各大公司及學(xué)術(shù)界的高度關(guān)注與投入。2001年, 物理學(xué)家們也加入到的研究中,Golovchenko等[9]采用離子束在SiN薄膜上制備固態(tài)孔。其優(yōu)點(diǎn)顯而易見,主要是經(jīng)久耐用,易于集成化。近年來(lái)將生物與固態(tài)孔相結(jié)合,形成了雜化孔,有望結(jié)合兩者的優(yōu)點(diǎn)[10];另外,還將玻璃納米管[11,12],單層石墨烯用來(lái)制備[13]。的研究是典型的交叉學(xué)科研究,目前朝氣蓬勃、方興未艾[14,15]。圖2列出了一些目前研究中采用的。
區(qū)域和放大器電容噪聲大于40 kHz的區(qū)域。首先討論1f區(qū)域,當(dāng)無(wú)外加電壓時(shí)噪聲是平的,主要是由熱擾動(dòng)引起的;當(dāng)有外加電壓時(shí)噪聲與頻率的負(fù)二次方成正比。另外,1f的斜率值與離子穿越的流量有關(guān)。第二區(qū)域是高頻區(qū)域,隨著頻率的增加,噪音增高。在該區(qū)域,膜電容主導(dǎo)電流噪音平方譜,隨著測(cè)量頻率帶寬的增大,噪音增強(qiáng)。通常采用模擬或數(shù)字低通濾波器來(lái)減少高頻帶寬所引起的噪音,但同時(shí),測(cè)量的時(shí)間分辨率將會(huì)受到較大影響,也會(huì)影響測(cè)量信號(hào)及掩蔽分子穿越的一些重要特性,特別是掩蔽DNA測(cè)序中的結(jié)構(gòu)信息及單堿基分辨率。近年來(lái),大量的工作在于改進(jìn)分子穿越的信號(hào)質(zhì)量,例如,通過改進(jìn)支撐膜的物質(zhì)的介電性質(zhì),優(yōu)化屏蔽效果可以減小膜電容;優(yōu)化的設(shè)計(jì)、選擇適當(dāng)?shù)闹С蛛娊赓|(zhì)和控制外加電壓等均可改進(jìn)測(cè)量信號(hào)。更加詳細(xì)的有關(guān)噪音的工作可參考近期的一些工作及綜述[16~19]。
在實(shí)驗(yàn)中涉及到3類分辨率,它們是相互有關(guān)的,但仍需要將它們進(jìn)行區(qū)別。第一類是時(shí)間分辨率,通常是由取樣速度,即受測(cè)量的最大頻率帶寬限制。例如,采用一個(gè)10 kHz的低通濾波器來(lái)收集實(shí)驗(yàn)的電流數(shù)據(jù)時(shí),最大時(shí)間分辨率大約是50 靤。第二類分辨率是電流幅值分辨率,它由每個(gè)數(shù)字化點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的電流決定的,依賴于放大器的門的設(shè)置。在用一種膜片鉗放大器進(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí),對(duì)于采用
12位的數(shù)字轉(zhuǎn)化器在單位門(1 VnA)收集電流時(shí),其電流分辨率約為1 pA。由于時(shí)間分辨率與頻率帶寬相關(guān),而頻率帶寬確定所記錄的電流的保真度,故兩者是相關(guān)的。第三類分辨率是幾何分辨率,較前兩種容易定義,是由中最窄的部分所決定的。