根據(jù)中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所情報(bào)方法研究中心與北京萬(wàn)方數(shù)據(jù)股份有限公司聯(lián)合編制出版的2013年《中國(guó)科技期刊引證報(bào)告》，2012年《上海醫(yī)藥》雜志影響因子為0.794，較2011年增長(zhǎng)10.3%，全國(guó)被收錄統(tǒng)計(jì)的66本藥學(xué)期刊平均影響因子為0.692，《上海醫(yī)藥》排名第21位。

中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所是科技部直屬的國(guó)家級(jí)公益類科技信息研究機(jī)構(gòu)。每年發(fā)布的年度《中國(guó)科技期刊引證報(bào)告》，選擇總被引頻次、影響因子、即年指標(biāo)、被引半衰期、論文地區(qū)分布、基金論文數(shù)和自引總引比作為期刊評(píng)價(jià)指標(biāo)，按期刊所屬學(xué)科、影響因子、總被引頻次和期刊字順?lè)謩e排序，是我國(guó)最權(quán)威的期刊質(zhì)量評(píng)價(jià)報(bào)告之一。影響因子是一個(gè)國(guó)際上通行的期刊評(píng)價(jià)指標(biāo)，由于它是一個(gè)相對(duì)統(tǒng)計(jì)量，所以可較科學(xué)公平地評(píng)價(jià)各類期刊。通常，期刊影響因子越大，它的學(xué)術(shù)影響力和作用也越大。具體算法為：影響因子=該刊前兩年發(fā)表論文在統(tǒng)計(jì)當(dāng)年被引用的總次數(shù)/該刊前兩年發(fā)表論文總數(shù)