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        植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型及其在煙草上的應(yīng)用

        2013-03-21 01:29:50張興偉王志德劉艷華任民楊洋
        中國煙草學(xué)報(bào) 2013年3期
        關(guān)鍵詞:加性顯性結(jié)果表明

        張興偉,王志德,劉艷華,任民,楊洋

        1 農(nóng)業(yè)部煙草生物學(xué)與加工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所,青島 266101;

        2 丹東市煙草專賣局(公司)寬甸分公司,丹東 118222

        煙草育種所注重的若干性狀,一般都是數(shù)量性狀(quantitative character)。數(shù)量性狀由多個基因控制,每個基因控制性狀表現(xiàn)的一部分,難以根據(jù)表型的差異檢測出具體基因。經(jīng)典數(shù)量遺傳學(xué)一般只能從一組基因的總體上得到有關(guān)遺傳效應(yīng)及其相對重要的信息。而對植物遺傳改良來說,需要有關(guān)數(shù)量性狀遺傳體系以及其中具體基因的重要信息,以便通過育種手段進(jìn)行遺傳操作。植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型的出現(xiàn),能有效地解決上述問題?!爸骰?多基因”混合遺傳模型是植物數(shù)量性狀的通用模型,蓋鈞鎰等[1]在此基礎(chǔ)上發(fā)展了一套適合植物遺傳分析的分離分析方法。該方法適于育種工作者利用雜種分離世代的數(shù)據(jù)對育種性狀的遺傳組成做出判斷,制訂相應(yīng)的育種策略,也可用以校驗(yàn)QTL定位所揭示的性狀遺傳組成。

        1 植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型的主要環(huán)節(jié)

        1.1 分離世代的理論分布

        在二倍體核遺傳、不存在母體效應(yīng)、主基因和多基因無互作和連鎖、配子和合子均無選擇的假定下,每一主基因型由于多基因和環(huán)境的修飾呈正態(tài)分布,整個分離世代的表型分布為多個主基因型正態(tài)成分分布的混合分布;不分離世代如P1、P2、F1等的表型分布為正態(tài)分布。

        1.2 遺傳模型

        目前,植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型主要包括以下幾種模型:一對主基因(A)、兩對主基因(B)、多基因(C)、一對主基因+多基因(D)、兩對主基因+多基因(E)、三對主基因(F)、三對主基因+多基因(G)。

        1.3 試驗(yàn)群體類型

        單世代分析,包括P1、P2、DH或RIL群體3個世代的聯(lián)合分析,P1、P2、F1、F24個世代的聯(lián)合分析,P1、P2、F1、F2、F2:35 個世代的聯(lián)合分析,P1、P2、F1、F2、B1、B26 個世代聯(lián)合分析以及 P1、P2、F1、F2:3、B1:2、B2:26個家系世代試驗(yàn)聯(lián)合分析。

        1.4 ECM算法及對數(shù)極大似然函數(shù)

        按照試驗(yàn)群體類型建立各種模型的混合分布函數(shù),并建立各模型的對數(shù)極大似然函數(shù)。由各試驗(yàn)群體及世代的觀察次數(shù)分布通過IECM(iterated expectation and conditional maximization)[2]算法對各模型的對數(shù)極大似然函數(shù)估計(jì)出相應(yīng)的各世代、各成分分布的參數(shù),以及相應(yīng)的似然函數(shù)值。

        1.5 篩選最優(yōu)模型及估算遺傳參數(shù)

        方法是由模型的似然函數(shù)值計(jì)算出AIC(Akaike’s information criterion)[3]值,AIC值最小的模型為最佳模型,模型間AIC值差異不大時要進(jìn)行適合性測驗(yàn),這組測驗(yàn)包括均勻性U12、U22及檢驗(yàn),nW2檢驗(yàn)和Dn檢驗(yàn),同時選得各成分分布參數(shù)。采用最小二乘法由最優(yōu)遺傳模型的各成分分布參數(shù)計(jì)算出主基因和多基因的相關(guān)遺傳參數(shù)。

        2 植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型在煙草中的應(yīng)用(詳見表1)

        2.1 在植物學(xué)性狀上的應(yīng)用

        王日新等[4]對株高研究結(jié)果表明,其遺傳符合2對加性-顯性-上位性主基因+加性-顯性多基因混合遺傳模型(E1),主基因遺傳率為71.60%-88.55%。張興偉等[5]對株高研究結(jié)果表明,其遺傳符合2對加性-顯性-上位性主基因+加行-顯性-上位性多基因混合遺傳模型(E0),主基因遺傳率為57.53%。張興偉等[6]對葉數(shù)、葉面積的研究結(jié)果表明,其遺傳也符合E0模型,主基因遺傳率分別為42.63%和30.32%。張興偉等[5]同時對其它幾個植物學(xué)性狀的研究表明,鮮葉重遺傳也符合E0模型,主基因遺傳率為44.26%;移栽至中心花開放天數(shù)遺傳符合E1模型,主基因遺傳率為64.79%;莖圍和比葉重均受1對完全顯性主基因+加性-顯性多基因(D3)控制,遺傳以多基因?yàn)橹?,其多基因加性效?yīng)和顯性效應(yīng)大小相當(dāng),比葉重遺傳主基因、多基因的加性效應(yīng)和顯性效應(yīng)大致相當(dāng),主基因遺傳率分別為2.48%和38.71%。葉形指數(shù)受1對加性-顯性主基因+加性-顯性-上位性多基因(D0)控制,主基因加性效應(yīng)與顯性效應(yīng)基本相當(dāng),主基因遺傳率為49.64%。葉長、葉寬、節(jié)距和蒴果重受加性-顯性-上位性多基因(C0)控制,多基因遺傳率分別為60.75%、62.14%、75.08%和82.34%。

        2.2 在抗病上的應(yīng)用

        蔡長春等[7]對黑脛病的研究結(jié)果表明,黑脛病發(fā)病率是由2對具有互補(bǔ)作用的主基因+多基因(E-1-7)控制,主基因遺傳率為54.14%。高加明等[8]對青枯病的研究結(jié)果表明,其遺傳符合E1模型,基因效應(yīng)以上位性效應(yīng)為主,主基因遺傳率為49.63%。牟建英等[9]對白粉病的研究結(jié)果表明,其遺傳符合E0模型,以顯性效應(yīng)及上位性效應(yīng)為主,主基因遺傳率為84.43%。

        2.3 在化學(xué)成分上的應(yīng)用

        蔡長春等[10]對斬株前和晾制后白肋煙的煙堿含量研究結(jié)果表明,其遺傳受2對主基因控制,同時存在多基因的修飾作用,前者為累加作用(E-1-6),后者為互補(bǔ)作用(E-1-7),主基因遺傳率分別為54.88%和45.63%。尹天水等[11]對鉀含量的研究結(jié)果表明,其遺傳符合D0模型,主基因遺傳率為52.78%。

        2.4 在生理性狀上的應(yīng)用

        張興偉等[12]對葉綠素含量研究結(jié)果表明,其遺傳符合1對加性-顯性主基因+加性-顯性-上位性多基因混合遺傳模型(D0),主基因遺傳率為48.94%。張興偉等[13]對光合性狀研究結(jié)果表明,光合速率和蒸騰速率的遺傳符合C0模型,多基因遺傳率分別為20.69%和13.56%,氣孔導(dǎo)度遺傳符合E0模型,以上位性效應(yīng)為主,主基因遺傳率為40.59%。

        2.5 在烘烤性狀上的應(yīng)用

        倪超等[14]、王英俊等[15]對易烤性研究結(jié)果表明,其遺傳符合2對加性-顯性-上位性主基因+加性-顯性多基因混合遺傳模型(E1),主基因遺傳率分別為64.09%、65.61%。郝賢偉等[16]對耐烤性研究結(jié)果表明,其遺傳符合E0模型,以加性效應(yīng)為主,主基因遺傳率為56.81%-79.61%。

        表1 近7年來對栽培煙草重要性狀的遺傳分析

        植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型在煙草上應(yīng)用以來,在煙草植物學(xué)性狀、抗病性狀、化學(xué)成分、生理性狀及烘烤性狀等方面,對于揭示相關(guān)性狀的遺傳組成及遺傳效應(yīng)發(fā)揮了積極的效用,該方法適于育種工作者利用雜種分離世代的數(shù)據(jù)對育種性狀的遺傳組成做出初步判斷,制訂相應(yīng)的育種策略,也可用以校驗(yàn)QTL定位所揭示的性狀遺傳組成。同時該模型也需要不斷拓展,以滿足復(fù)雜數(shù)量性狀分析的客觀要求。

        3 關(guān)于“主基因+多基因”混合遺傳模型的幾點(diǎn)思考

        “主基因+多基因”混合遺傳模型是植物數(shù)量性狀的通用模型,蓋鈞鎰等[1]在此基礎(chǔ)上發(fā)展了一套適合植物遺傳分析的1對主基因+多基因、2對主基因+多基因和3對主基因+多基因混合模型的分離分析方法。此方法自提出以來已廣泛應(yīng)用于水稻[17]、棉花[17]、油菜[19]、小麥[20]、大豆[21]等多種糧食和經(jīng)濟(jì)作物,而在煙草上的應(yīng)用研究[4-16],這幾年也逐漸多了起來。在實(shí)際應(yīng)用中,有些研究者拿來數(shù)據(jù)直接套用模型,存在不少誤區(qū),下面是筆者對于“主基因+多基因”混合遺傳模型的幾點(diǎn)思考。

        3.1 極端親本材料的選擇

        親本一般要選擇關(guān)于某性狀的極端材料(如高抗和高感),這樣有助于消除中間材料的干擾和誤差,有利于研究該性狀真實(shí)的遺傳規(guī)律。

        3.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)

        一般要進(jìn)行正反交和隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì),三次重復(fù)。正反交結(jié)果可確定是細(xì)胞核效應(yīng)還是質(zhì)核互作效應(yīng);隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì)重復(fù)之間和處理之間差異是否顯著,可說明2個親本某性狀在遺傳方面是否存在著真實(shí)穩(wěn)定的差異,進(jìn)而決定是否可以作為研究該性狀遺傳規(guī)律的試材進(jìn)行分析。

        3.3 數(shù)據(jù)分析

        獲取數(shù)據(jù)后,首先要看不分離群體(P1、P2和F1)的數(shù)據(jù)是否符合正態(tài)分布,SAS可做正態(tài)分布分析,最簡單的方法畫個柱形圖看看;若不符合,剔除明顯變異的數(shù)據(jù),再進(jìn)行下一步分析;根據(jù)AIC準(zhǔn)則選擇模型時,一般選擇3-5個作為備選模型,具體選擇多少,要視具體情況而定,若已選模型的AIC值與其它相比,差異較大,則少選幾個,反之,則多選幾個。

        3.4 多年多點(diǎn)多時期數(shù)據(jù)的精準(zhǔn)測定

        對某一性狀最好進(jìn)行多年多點(diǎn)多時期的精準(zhǔn)測定,這樣可研究某一性狀數(shù)量基因的時空表達(dá)規(guī)律。

        3.5 “主基因+多基因”混合遺傳模型基因?qū)?shù)的拓展

        育種實(shí)踐和QTL定位的結(jié)果表明,很多數(shù)量性狀的遺傳受到4對甚至更多的主基因控制。章元明等[22]構(gòu)建的遺傳模型最多只包含3對主基因,已不能滿足育種研究的需要,因此需要拓展遺傳模型,目前王金社等[23]已經(jīng)把重組自交系群體初步拓展到4對主基因,但更多遺傳群體的基因?qū)?shù)仍需拓展。

        3.6 “主基因+多基因”混合遺傳模型在煙草上的優(yōu)先應(yīng)用策略

        近幾年,隨著煙草基因組計(jì)劃研究的深入,煙草諸多性狀的QTL定位成了研究熱點(diǎn)。筆者建議,在進(jìn)行QTL分析前,可采用“主基因+多基因”混合遺傳模型對相應(yīng)性狀進(jìn)行優(yōu)先分析。這樣既可以在早期對育種性狀的遺傳組成做出初步判斷,制訂相應(yīng)的育種策略,也可用以校驗(yàn)QTL定位所揭示的性狀遺傳組成。

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