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        把DNA變成活硬盤

        2012-12-29 00:00:00胡雯雯
        南都周刊 2012年22期


          說到儲(chǔ)存數(shù)據(jù),我們首先想到的就是硬盤、U盤、光盤等。但合成生物學(xué)界的科學(xué)家正打算將另一種東西變成儲(chǔ)存器:DNA。
          DNA是一種帶有遺傳信息的生物大分子。根據(jù)組成部分排列方式的不同,它能顯示出不同的生物功能,比如編碼、復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的調(diào)控功能等,而組成部分排列的變異可能產(chǎn)生一系列疾病。從這個(gè)角度看,DNA就像是上帝編寫的生物程序,指導(dǎo)著不同的生物按特定方式生活。
          “所有觸發(fā)衰老、癌癥和其他病變的過程,發(fā)生著無數(shù)的細(xì)胞變化事件,如果能借助DNA這種天然儲(chǔ)存器將事件記錄下來,對于生物和醫(yī)療技術(shù)會(huì)非常有幫助?!彼固垢4髮W(xué)的研究團(tuán)隊(duì)基于這個(gè)想法,經(jīng)過幾年努力,終于有了第一步的成果,他們將論文發(fā)表在了2012年5月的《美國國家科學(xué)院院刊》(PNAS)上。
          德魯·安迪教授是研究的帶頭人。他和同事們利用噬菌體病毒為原料,構(gòu)建出一種名叫“重組酶可尋址數(shù)據(jù)”(recombinase addressable data,簡稱RAD)的模塊,并將其植入大腸桿菌的DNA里,成功地制造出了可反復(fù)寫入數(shù)據(jù)的DNA儲(chǔ)存器。
          噬菌體含有整合酶和切除酶兩種物質(zhì)。在他們的RAD模塊里,整合酶可以讓整個(gè)DNA的排序逆反過來,而兩種酶同時(shí)存在時(shí),DNA的序列又會(huì)還原最初的順序。如果將DNA序列的正向排列看做“1”,反向排列看做“0”,這段DNA便能利用計(jì)算機(jī)的二進(jìn)制算法,像數(shù)碼儲(chǔ)存器一樣記錄數(shù)據(jù)了。
          利用生物來儲(chǔ)存數(shù)據(jù)的嘗試,以前也有過,比如轉(zhuǎn)錄因子系統(tǒng)(轉(zhuǎn)錄因子是由基因編碼產(chǎn)生的調(diào)節(jié)性蛋白質(zhì)。這種蛋白質(zhì)能對自身或其他基因起到轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)作用。)“德魯團(tuán)隊(duì)的突破在于,他們證明了儲(chǔ)存的數(shù)據(jù)可以一遍遍被重寫。”另一位合成生物學(xué)界的權(quán)威,華盛頓大學(xué)的埃里克·克拉文教授這樣評價(jià)。“想象一張CD光盤,如果你刻錄了一次,它的空間就滿了。但我們有了新的方法,能讓它像電腦硬盤一樣寫入數(shù)據(jù),擦掉后又重寫?!?br/>  相比轉(zhuǎn)錄因子,德魯?shù)膱F(tuán)隊(duì)發(fā)明的系統(tǒng)更加可靠,像數(shù)碼記錄一樣精準(zhǔn)。而且,除了維系DNA本身所需的能量外,儲(chǔ)存數(shù)據(jù)的過程并不需要額外消耗細(xì)胞的精力。
          利用兩種酶來控制DNA的排序,聽起來簡單,卻花費(fèi)了研究團(tuán)隊(duì)相當(dāng)多的精力。因?yàn)檫@兩種對立的酶被置于同一個(gè)細(xì)胞內(nèi)時(shí),會(huì)非常不穩(wěn)定,讓一切設(shè)計(jì)崩盤。團(tuán)隊(duì)中的博士后杰宏·波耐特花了整整三年時(shí)間,調(diào)整了750次兩者的比例,終于找到了讓兩者平衡的方法?!熬拖袷菫榱藢懥谐绦蚓幋a,卻修正了750次系統(tǒng)錯(cuò)誤一樣,這真的很讓人崩潰?!辈吞鼗貞?。
          如今,他們創(chuàng)建的模塊可以成功記錄100次細(xì)胞分裂事件。“單個(gè)細(xì)胞在衰老過程中,發(fā)生的事件大概是50-200個(gè),如果你想將它們都儲(chǔ)存下來,就需要8位的數(shù)據(jù)儲(chǔ)存量?!毖芯繄F(tuán)隊(duì)另一位成員,斯坦福大學(xué)的研究生薩博蘇托解釋。他們正在尋找更便捷的工具,讓模塊的儲(chǔ)存性能提高到8位(bits)或是1字節(jié)(byte)。

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