葛 夢(mèng),喻衛(wèi)武,周明兵,王同標(biāo),楊 萍*
(1.浙江農(nóng)林大學(xué)林業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院,浙江 臨安 311300;2.浙江農(nóng)林大學(xué)亞熱帶森林培育國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地,浙江 臨安 311300;3.浙江省臺(tái)州市黃巖區(qū)院橋楊梅良種場,浙江 臺(tái)州 318025)
楊梅(Myrica rubra)特產(chǎn)于中國,主要分布在長江流域以南,海南省以北的山地。浙江、江蘇、福建、湖南、江西、廣東等省都將其作為重要果樹種植,其中以浙江省栽培面積最廣且品質(zhì)最佳[1]。目前,浙江楊梅栽培種主要以東魁、荸薺種、晚稻楊梅、丁岙梅這四大傳統(tǒng)良種為主,同時(shí)近年來又從自然變異中選育出早薺蜜梅、晚薺蜜梅等新品種[2~3]。雖然這些楊梅品種在果實(shí)品質(zhì)、熟期、葉形、植株形態(tài)等性狀上有著一定的差異,可以通過農(nóng)藝性狀的比較進(jìn)行區(qū)分[4],但僅從農(nóng)藝性狀上無法了解其分子水平上的遺傳差異程度。
近年來,分子標(biāo)記技術(shù)在研究楊梅親緣關(guān)系和遺傳多樣性上應(yīng)用廣泛[5~11]。相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性(SRAP)標(biāo)記是Li等[12]提出的利用特定引物對(duì)ORFs區(qū)域(Open Reading Frames)進(jìn)行擴(kuò)增的新型分子標(biāo)記,與其它標(biāo)記比較,其結(jié)合了大多數(shù)標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn):在基因組中分布均勻,簡便、穩(wěn)定、效率較高,是遺傳多樣性和圖譜構(gòu)建等研究較理想的標(biāo)記[13]。目前已被應(yīng)用于多種植物的遺傳多樣性研究[14~15],但在楊梅的研究中尚未見報(bào)道。
本文采用SRAP標(biāo)記技術(shù)評(píng)價(jià)9個(gè)浙江主栽楊梅品種的遺傳多樣性,以期為楊梅分類和雜交育種的親本選擇提供依據(jù)。
以浙江省主要栽培的9個(gè)楊梅品種為試驗(yàn)材料(表1),于2011年5月取自臺(tái)州市黃巖區(qū)院橋楊梅良種苗圃。采取各品種生長健壯、無病蟲害的嫩葉,于實(shí)驗(yàn)室-70℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
表1 試驗(yàn)材料Table1 Materials used in the study
1.2.1 DNA提取 采用改進(jìn)的 CTAB法提取楊梅基因組DNA[16],DNA用TE溶解,經(jīng)紫外分光光度計(jì)、0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測濃度和純度。將經(jīng)檢驗(yàn)合格的DNA樣品定量至100 ng/μL,于-20℃儲(chǔ)存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 SRAP分析 引物采用Li等[12]發(fā)表的引物(表2),由上海Sangon合成。PCR反應(yīng)體系如下:在20 μL體積中,含60 ng模板DNA;正、反向引物各10 mmol/L;0.2 mol/L dNTPs;2 mmol/L MgCl2;1U Taq DNA聚合酶;1×PCR反應(yīng)緩沖液。反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性5 min;94℃變性1 min,35℃退火1min,72℃復(fù)性1 min,5個(gè)循環(huán);94℃變性1 min,50℃退火1 min,72℃復(fù)性1 min,35個(gè)循環(huán);72℃終延伸10 min;4℃結(jié)束保存。PCR產(chǎn)物用2%的瓊脂糖凝膠電泳分離檢測。
表2 SRAP分析所用引物及其序列Table2 The sequence and primers of SRAP
讀取電泳條帶,按每個(gè)樣品電泳條帶有或無記錄,條帶存在時(shí)賦值為1,無條帶賦值為0。根據(jù)Nei-Li相似系數(shù)法分別計(jì)算各個(gè)品種間的遺傳相似性系數(shù)(GS)和遺傳距離(GD, GD = 1-GS),聚類用不加權(quán)組平均法進(jìn)行。用NTSYS-pc軟件按照Nei-Li進(jìn)行作圖,對(duì)得到的遺傳相似性系數(shù)矩陣進(jìn)行相關(guān)性分析。
通過8個(gè)正向引物和10個(gè)反向引物組成的80個(gè)引物組合對(duì)供試楊梅品種的DNA進(jìn)行預(yù)擴(kuò)增,從中篩選了24對(duì)多態(tài)性好、擴(kuò)增穩(wěn)定的引物組合。利用這24對(duì)SRAP引物對(duì)9個(gè)楊梅品種進(jìn)行PCR擴(kuò)增分析。圖1為引物組合ME6+EM2的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖。對(duì)電泳結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果如表3。從表3中可以看到,24對(duì)多態(tài)性引物共擴(kuò)增得到157條條帶,其中多態(tài)性條帶121條,平均每對(duì)引物產(chǎn)生6.54條條帶和5.04條多態(tài)性條帶。不同的引物組合產(chǎn)生的多態(tài)性條帶的百分率相差較大,從33.33%到100%不等,平均為75.98%。同時(shí),不同引物組合檢測到的SRAP標(biāo)記的等位變異數(shù)不同,ME8+EM3在供試材料中僅檢測到2種等位變異,而ME1+EM1、ME4+EM5和 ME5+EM10檢測到最多的等位變異數(shù)(8種),平均每個(gè)引物組合檢測到5.33種等位變異。此外,由表3可知,不同引物組合的多態(tài)信息含量(PIC)各不相同,24個(gè)引物組合的PIC值為0.423 5 ~ 0.856 4,平均0.668 9。
圖1 引物組合ME6+EM2的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果Figure1 PCR products from primers ME6 +EM2 by agarose gelelectrophoresis
表3 SRAP引物組合及擴(kuò)增結(jié)果Table3 SRAP primer combinations and amplified bands
根據(jù)遺傳相似表(表4),9個(gè)樣品的遺傳系數(shù)為0.523 2 ~ 0.860 9,表明各個(gè)樣本之間存在著較為廣泛的遺傳多樣性,品種間的變異較為豐富。其中親緣關(guān)系最近的是早薺蜜梅和晚薺蜜梅以及黑晶和黃巖水梅,最遠(yuǎn)的是晚稻楊梅和黃巖水梅。
根據(jù)UPGMA聚類的結(jié)果(圖2),在遺傳相似系數(shù)為0.77時(shí),可將9個(gè)楊梅品種分為3類。其中黃巖水梅、黑晶、早薺蜜梅、晚薺蜜梅、早大梅、東魁聚為一類;其余樣品均單獨(dú)聚為一類。浙江省的傳統(tǒng)4大良種——東魁、荸薺種、丁岙梅、晚稻楊梅分別位于不同的大類中。
圖2 9個(gè)楊梅品種聚類圖Figure2 Dendrogram of 9 M.rubra cultivars
表4 9個(gè)楊梅材料的遺傳相似表Table4 Genetic similarity matrix of 9 Myrica rubra cultivars based on SRAP
本文采用SRAP標(biāo)記技術(shù)對(duì)9個(gè)浙江主栽的楊梅品種進(jìn)行遺傳差異研究,從80對(duì)引物中篩選出24對(duì)多態(tài)性引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。共擴(kuò)增出157個(gè)位點(diǎn),其中多態(tài)性位點(diǎn)121個(gè),從分子水平基本反映了這些品種的親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近程度,證實(shí)了浙江楊梅主栽品種具有比較豐富的遺傳多樣性,該結(jié)果可以為楊梅分類、雜交育種研究的親本選擇等提供參考依據(jù)。
本研究利用24對(duì)SRAP引物對(duì)浙江省主要的9個(gè)楊梅品種進(jìn)行遺傳差異研究,其遺傳系數(shù)為0.523 2 ~ 0.860 9,各對(duì)引物的多態(tài)信息含量(PIC)平均達(dá)到0.738 4,表明9個(gè)楊梅品種間存在比較豐富的遺傳差異,這與前人用RAPD、ISSR等標(biāo)記得到的結(jié)果類似[6,10]。
SRAP聚類分析表明供試楊梅材料的遺傳相似程度與原產(chǎn)地地理分布相關(guān)。供試樣品中東魁、荸薺種、晚稻楊梅和丁岙梅是浙江省主要栽培的四大傳統(tǒng)良種[4],栽培歷史悠久,并各自分屬于臺(tái)州黃巖、寧波慈溪、舟山定海和溫州甌海的地方品種,原產(chǎn)地的地理分布相對(duì)獨(dú)立。在用UPGMA方法聚類時(shí),于遺傳相似系數(shù)0.80處,均被歸為不同的類,這與林伯年等[7]利用ISSR標(biāo)記和張水明[11]利用SSR標(biāo)記分析得到的結(jié)果相符。黃巖水梅、黑晶、早大梅、東魁均是臺(tái)州地區(qū)的品種[4],在聚類圖中集中分布,遺傳距離比較近。早薺蜜梅和晚薺蜜梅都是由荸薺種中選育的良種,在聚類圖上兩者的遺傳距離非常近,但與荸薺種的遺傳距離較遠(yuǎn),甚至位于不同的大組中;張水明利用SSR標(biāo)記得到的結(jié)果也顯示早薺蜜梅、晚薺蜜梅和荸薺種楊梅的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),并認(rèn)為可能由于他們變異的來源不同導(dǎo)致:早薺蜜梅為荸薺種的實(shí)生早熟變異,晚薺蜜梅為荸薺種的晚熟營養(yǎng)系變異[11]。
根據(jù)遺傳相似系數(shù)和聚類得到的結(jié)果,在進(jìn)行楊梅雜交育種時(shí)可根據(jù)育種目標(biāo)選擇具有不同優(yōu)良性狀且遺傳差異較大的品種作為父母本。
24對(duì)多態(tài)性引物共擴(kuò)增出121條多態(tài)性條帶,平均5.08條,且單引物最多能產(chǎn)生8條多態(tài)性條帶,這與M Ferriol等[14]在甜瓜、林忠旭等[15]在棉花研究中得到的結(jié)果相當(dāng)。試驗(yàn)結(jié)果顯示SRAP在楊梅中擴(kuò)增得到的條帶清晰,產(chǎn)率較高,可以在楊梅中產(chǎn)生較好的多態(tài)性。
SRAP擴(kuò)增ORFs區(qū)域是基因序列的重要組成部分,也是產(chǎn)生不同品種間差異的重要因素[17]。SRAP技術(shù)在育種目標(biāo)性狀的評(píng)價(jià)方面明顯優(yōu)于RAPD標(biāo)記[18],有較高的多態(tài)性標(biāo)記比率[15],是一個(gè)評(píng)價(jià)遺傳多樣性、品種鑒定和系統(tǒng)發(fā)生的有效工具[19]。本研究結(jié)果顯示SRAP標(biāo)記的聚類結(jié)果與品種來源的地域基本吻合,說明利用SRAP標(biāo)記評(píng)價(jià)楊梅品種的遺傳多樣性是可行的,并且可以通過擴(kuò)大引物對(duì)數(shù)和供試楊梅品種數(shù),在分子水平上為楊梅各品種的指紋圖譜構(gòu)建、種質(zhì)資源的鑒定、篩選和利用等提供理論依據(jù)。
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