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        豬圓環(huán)病毒2型北京株的分離及基因組序列分析

        2012-11-23 07:06:42吳惠明鄭瑞峰靳興軍傅彩霞陳立本王玉田
        中國(guó)獸醫(yī)雜志 2012年10期
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)

        吳惠明,鄭瑞峰,郭 峰,靳興軍,傅彩霞,陳立本,韓 磊,杜 鵑,王玉田,李 佳

        (北京市獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)診斷所,北京 朝陽(yáng)100101)

        豬圓環(huán)病毒2型(PCV2)是引起斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征(PMWS)的主要病原。除PMWS外,豬皮炎與腎病綜合征,豬呼吸道綜合征,繁殖障礙,肉芽腫性腸炎,壞死性淋巴腺炎,滲出性皮炎,先天性震顫等疾病也證實(shí)與PCV2感染有關(guān)[1]。

        近年來(lái),對(duì)PCV2遺傳變異情況的報(bào)道不斷增多。PCV2b基因型已取代PCV2a成為當(dāng)前的優(yōu)勢(shì)基因型毒株[2];PCV2基因組多為1 767nt或1 768 nt,而近年來(lái)有文獻(xiàn)相繼報(bào)道了基因組為1 766nt的新毒株[3-5]。為了了解當(dāng)前北京地區(qū)感染豬群中PCV2的基因變異情況,為PCV2的分子流行病學(xué)、感染及預(yù)防控制提供參考,本研究對(duì)2010年北京地區(qū)的PCV2PCR檢測(cè)核酸陽(yáng)性的病料進(jìn)行PCV2分離鑒定,并與GenBank登錄的序列進(jìn)行了同源性比較、構(gòu)建了系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),確定了分離毒株的基因型。

        1 材料與方法

        1.1 試劑及細(xì)胞株 ExTaqDNA聚合酶、dNTPs、DL-2 000DNA Marker,購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;DNA提取試劑盒,購(gòu)自天根生化科技(北京)有限公司;PCV1和PCV2PCR檢測(cè)試劑盒,購(gòu)自北京世紀(jì)元亨動(dòng)物防疫技術(shù)有限公司;PCV陰性PK15細(xì)胞為農(nóng)業(yè)部獸醫(yī)診斷中心惠贈(zèng);DMEM、新生牛血清,購(gòu)自Hyclone公司;D-Glucosamine、辣根過(guò)氧化物酶葡萄球菌A蛋白標(biāo)記物、AEC購(gòu)自Sigma公司;特異性抗PCV2抗血清,購(gòu)自VMRD公司。

        1.2 病料及PCR檢測(cè) 病料采自2010年北京平谷等地規(guī)模化豬場(chǎng)具有PMWS臨床癥狀的病豬的淋巴結(jié)、肺臟和脾臟組織。病料按照PCV1和PCV2PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行檢測(cè)。

        1.3 病毒的分離及鑒定 取PCR檢測(cè)為PCV1陰性且PCV2陽(yáng)性的組織病料樣品,按1∶10(W/V)加入DMEM培養(yǎng)液,將組織研磨后,凍融3次、離心取上清液,過(guò)濾除菌。通過(guò)用D-氨基葡萄糖處理PK15細(xì)胞促進(jìn)PCV2繁殖和分離[6]。用IPMA方法對(duì)分離的病毒進(jìn)行鑒定,IPMA操作方法參照文獻(xiàn)[7]。

        1.4 全基因組序列的測(cè)定與分析 參考文獻(xiàn)[5]合成兩條引物PCV2-F(5′-ATCCACGGAGGAAGGGGGCCAGTT-3′)和 PCV2(5′-GTGGATTGTTCTGTAGCATTCTTCCA-3′),提取病毒培養(yǎng)物 DNA,擴(kuò)增全基因組序列。擴(kuò)增條件為預(yù)變性94℃5min;94℃30s,62℃1min,72℃2min,35個(gè)循環(huán);72℃延伸10min。PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分析鑒定。將PCR產(chǎn)物送至上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司進(jìn)行序列測(cè)定。用DNAStar軟件包進(jìn)行全基因組核苷酸同源性分析。用MEGA5進(jìn)行PCV2ORF2序列比對(duì),并使用Neighbor-Joining算法生成系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。最后,根據(jù)PCV2ORF2序列之間的遺傳距離假定閾值0.035為標(biāo)準(zhǔn)劃分基因型[8-10]。

        2 結(jié)果

        2.1 PCR檢測(cè)結(jié)果 采自北京平谷等地的2份病料樣品中均擴(kuò)增出為1 154bp的目的條帶,表明PCV2檢測(cè)為陽(yáng)性,PCV1陰性。

        2.2 病毒分離鑒定結(jié)果 將經(jīng)處理的兩份組織勻漿,同步接種到PK15細(xì)胞后72~120h,沒(méi)有出現(xiàn)細(xì)胞病變,盲傳4代。應(yīng)用IPMA檢測(cè)F5代病毒時(shí),可見(jiàn)接種的兩份分離毒株P(guān)K15細(xì)胞內(nèi)出現(xiàn)特異性紅棕色沉淀,而空白對(duì)照細(xì)胞內(nèi)無(wú)紅棕色沉淀,說(shuō)明接種病毒的PK15細(xì)胞內(nèi)有PCV2增殖,待檢病毒為PCV2。兩個(gè)毒株分別命名為BJ2010LC株和BJ2010PG株。圖1為BJ2010LC株IPMA試驗(yàn)結(jié)果,圖2為BJ2010PG株IPMA試驗(yàn)結(jié)果,圖3為IPMA試驗(yàn)空白對(duì)照細(xì)胞。

        圖1 BJ2010LC株IPMA試驗(yàn)結(jié)果(200×)

        2.3 全基因組序列分析 病毒培養(yǎng)物PCR擴(kuò)增獲得1 800bp左右目的條帶。PCR產(chǎn)物測(cè)序顯示,分離的2株P(guān)CV2全基因組序列均為1 767bp,已錄入GenBank中,BJ2010LC株登錄號(hào)為JQ002671,BJ2010PG株登錄號(hào)為JQ002672。兩株病毒ORF2長(zhǎng)度均為705bp。BJ2010PG株ORF2有兩個(gè)終止密碼子,編碼233個(gè)氨基酸;BJ2010LC株ORF2編碼234個(gè)氨基酸。序列同源性比較表明,本研究分離的2個(gè)PCV2分離株與10個(gè)PCV2株間的同源性為94.2%~99.5%。參與比較的毒株中,3個(gè)毒株分別為PCV2aPCV2bPCV2c的參考毒株,6株分別為2004年至2009年分離至北京的PCV2毒株。其中,BJ2010PG毒株與AF005394(PCV2b參考毒株)和BJ0401同源性較高,分別為99.5% 和 99.3%。BJ2010LC 毒株與 BDH 和BJ0901b同源性較高,均為99%。本次分離獲得的2個(gè)毒株之間的同源性為96.6%。

        2.4 遺傳進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建和分離毒株基因分型 參考文獻(xiàn)[8-10],利用 MEGA5的 Neighbor-Joining法將所分離2株P(guān)CV2的ORF2序列分別與PCV2a PCV2bPCV2c基因型參考毒株進(jìn)行比對(duì)和系統(tǒng)進(jìn)化分析,結(jié)果見(jiàn)圖4。由圖4可知,上述毒株分為四個(gè)基因型,分別為 PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。分離毒株BJ2010LC株屬于PCV2d基因型,BJ2010PG屬于PCV2b基因型。

        圖4 PCV2ORF2基因序列構(gòu)建的遺傳進(jìn)化樹(shù)

        3 討論

        對(duì)于PCV2基因型的劃分和命名,不同的研究組織常使用不同的劃分標(biāo)準(zhǔn)和名稱(chēng)[5,9,11]。針對(duì)這種情況,2008年歐盟PCVD聯(lián)合會(huì)(www.pcvd.eu)推薦通過(guò)遺傳進(jìn)化分析的方法對(duì)PCV2進(jìn)行基因型命名,將PCV2基因型命名為PCV2a、PCV2b、PCV2c,并且分別將GenBank中最早的報(bào)道的原型毒株AF055392和AF055394分別作為PCV2a和PCV2b參考株,將20世紀(jì)80年代只有在丹麥發(fā)現(xiàn)的PCV2EU148503作為PCV2c的參考株。該方法根據(jù)序列間遺傳距離(p-distance)不同進(jìn)行分類(lèi),對(duì)PCV2ORF2序列進(jìn)行比對(duì),劃分不同PCV2基因型的遺傳距離假定閾值設(shè)為0.035[8]。Ge X 等[10]依據(jù)此方法對(duì)我國(guó)2001至2010年的68株P(guān)CV2進(jìn)行了分析,結(jié)果顯示,這些毒株中無(wú)PCV2c,有PCV2a、PCV2b和PCV2d。其中PCV2d是依據(jù)該方法劃分出來(lái)的又一新基因型。PCV2d基因型毒株的特點(diǎn)是CAP基因終止密碼子發(fā)生突變,導(dǎo)致ORF2變?yōu)?05nt[10]。

        本研究分離得到兩株P(guān)CV2,其中BJ2010LC株屬于PCV2d基因型,BJ2010PG屬于PCV2b基因型。Ge X 等[10]指出,北京地區(qū)存在PCV2a、PCV2b、PCV2d三種基因型毒株。PCV2b已成為我國(guó)優(yōu)勢(shì)基因型,而PCV2d在我國(guó)北京、河北、山東、江西等11個(gè)省市存在[10]。

        ORF2是PCV2變異最大的一個(gè)開(kāi)放閱讀框,有四種長(zhǎng)度,分別為696bp、702bp、705bp和708bp,分別編碼231、233、234(或233)個(gè)氨基酸和235個(gè)氨基酸。ORF2基因是主要的結(jié)構(gòu)蛋白基因,編碼病毒的衣殼蛋白,多數(shù)PCV2毒株的ORF2為702 bp[10,12]。BJ2010PG 和 BJ2010LC 株 ORF2 長(zhǎng) 度 為705bp。BJ2010PG有兩個(gè)終止密碼子,編碼233個(gè)氨基酸;BJ2010LC株編碼234個(gè)氨基酸。而ORF2長(zhǎng)度的不同對(duì)其功能的影響還有待進(jìn)一步研究。

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