王 策,秦靜靜,甘紅豪,李 紅,羅志斌,3
(1.西北農林科技大學 生命科學學院,陜西 楊凌 712100;2.西北農林科技大學 植物保護學院,陜西 楊凌 712100;3.西北農林科技大學 林學院,陜西 楊凌 712100)
磷酸根轉運蛋白是一類廣泛存在于微生物、植物及動物膜系統(tǒng)中主動轉運磷酸根的載體蛋白。磷酸根轉運蛋白分為PHT和PHO等2類,其中PHO是PHT在進化過程中形成的突變體[1]。在不同植物中,PHT的亞家族數不盡相同,如水稻Oryza sativa具有PHT1,PHT2和PHT3[2],而擬南芥Arabidopsis thaliana具有6個PHT亞家族[1]。PHO在序列和功能上與PHT有較大差別,PHO具有PHO1和PHO2亞家族。PHT1亞家族為高親和力的磷酸根轉運蛋白,位于細胞膜上,負責根系對土壤磷的吸收,是研究得最為深入的植物磷酸根轉運蛋白。其他PHT亞家族蛋白在不同物種中則具有不同的亞細胞定位,并執(zhí)行不同的功能。以低親和力的磷酸根轉運蛋白PHT2為例,擬南芥的PHT2-1位于細胞膜上負責根細胞的磷酸根跨膜轉運[3],而馬鈴薯Solanum tuberosum的PHT2-1位于質體膜上,負責質體與細胞質基質之間的磷酸根轉運[4]。PHO中的PHO1主要負責將磷由根系薄壁細胞載入木質部運向地上部,PHO2主要負責磷進入韌皮部向根系運輸[5]。毛果楊Populus trichocarpa的全基因組測序已經完成,數據庫Populus trichocarpa v1.1(http://genome.jgi-psf.org/Poptr1_1/Poptr1_1.home.html)公布了全部序列。此后,在第1次測序基礎上,進行了第2次補充測序。毛果楊全基因組最新數據已包含在數據庫Phytozome v7.0(http://www.phytozome.net/poplar)中[6]。目前,有關磷酸根轉運蛋白的研究多集中在酵母Saccharomyces cerevisiae以及擬南芥、水稻和番茄Solanum lycopersicum等1年生草本植物中,木本植物中磷酸根轉運蛋白的報道比較少見,而有關木本植物磷酸根轉運蛋白三維拓撲結構研究的報道尚未見到。Martin[7]曾對毛果楊磷酸根轉運蛋白家族特征及其表達模式進行過初步研究,通過試驗對其中的13個基因模型進行了鑒定與命名,包括11個PHT1亞家族成員和2個PHT2亞家族成員。然而,這只是毛果楊磷酸根轉運蛋白家族的部分成員,并且Martin的研究未涉及其生物信息學特征。因此,有必要對毛果楊磷酸根轉運蛋白進行系統(tǒng)的生物信息學分析,為后續(xù)的試驗分析與鑒定提供理論基礎。本研究以毛果楊基因組數據庫中檢索到的磷酸根轉運蛋白序列為切入點,獲得毛果楊全基因組中磷酸根轉運蛋白家族的成員信息,利用數據庫及生物信息學軟件CLUSTALX,GeneDOC等對這些序列進行剔除和多重序列比對,并利用MEGA5構建系統(tǒng)樹的方法,建立了毛果楊全基因組中磷酸根轉運蛋白的系統(tǒng)發(fā)育樹。此外,還對部分磷酸根轉運蛋白進行了理化性質及亞細胞定位的計算機分析,最后還通過軟件分析預測了部分磷酸根轉運蛋白的跨膜結構域以及三維拓撲結構等。本研究可豐富毛果楊磷酸根轉運蛋白家族信息,為毛果楊的磷素吸收轉運機理研究提供科學依據。
在JGI的毛果楊全基因組數據庫Populus trichocarpa v1.1中,以“Phosphate Transporter”為關鍵詞進行搜索,可以獲得Phosphate Transporter基因模型。根據其他生物中磷酸根轉運蛋白序列的長度,剔除長度不在400~700個氨基酸之間的序列,同時,對比它們的基因座位,只保留基因座位不同的模型。之后,將這些序列在美國國家生物技術信息中心(NCBI)數據庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)中進行BLAST,查看相似序列蛋白質在其他植物中的功能,將與磷酸根轉運功能不相關的基因模型剔除。最后,將保留下來的序列導入最新的毛果楊全基因組數據庫Phytozome v7.0中進行BLAST,尋找其他可能的蛋白序列。
在獲取的毛果楊磷酸根轉運蛋白序列的基礎上,以“Phosphate Transporter”為關鍵詞,在美國國家生物技術信息中心(NCBI)數據庫中搜索擬南芥、水稻和酵母等模式生物的磷酸根轉運蛋白序列。將獲取的序列導入CLUSTAL X2.0軟件中進行多重序列比對,并將結果導入到序列分析軟件MEGA5中查看序列相似度。同時利用MEGA5中的CLUSTALW程序進行比對并構建系統(tǒng)發(fā)育樹,并對生成的發(fā)育樹進行1000 次抽樣的Bootstrap 校正[8]。 利用 MEME 在線服務器(http://meme.nbcr.net/meme4_6_0/cgi-bin/meme.cgi),分析毛果楊磷酸根轉運蛋白的保守基序,基序長度設為介于6~200個氨基酸之間,基序最大數目設為15[9]。
以毛果楊全基因組數據庫中已命名的PtrPHT1-1,PtrPHT1-9和PtrPHT2-1以及通過NCBI數據庫初步確認的PHO1亞家族成員PtrPHO1-N1為研究對象,利用瑞士生物信息學研究所提供的ProtParam(http://expasy.org/tools/protparam.html)程序,分別對上述4種蛋白質的氨基酸殘基數目、組成、相對分子質量、理論等電點及穩(wěn)定性等理化性質進行了在線分析[10]。利用瑞士生物信息學研究所提供的ProtScale(http://expasy.org/tools/protscale.html)程序和斯德哥爾摩大學理論化學蛋白質預測服務器Topred 2(http://www.sbc.su.se/~erikw/toppred2),在線預測這4種蛋白質的親/疏水性,并通過后者同時預測跨膜蛋白跨膜區(qū)的拓撲結構[10-11]。
利用英國倫敦大學帝國理工學院生物信息學小組創(chuàng)建的PHYRE2(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre)服務器,通過折疊識別法預測PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1蛋白的三級結構[12],服務器自動在PDB蛋白晶體庫中搜索匹配度最高的折疊子結構,在此基礎上預測出蛋白質的三維結構,并同時給出蛋白質的二級結構預測結果。最后,利用Raswin軟件查看其三維結構。
WoLF PSORT是一種常用的蛋白質亞細胞定位預測工具,它根據氨基酸組成和iPSORT等特征來分析生物體中蛋白序列的亞細胞定位。將PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1蛋白序列導入在線分析程序(http://wolfpsort.seq.cbrc.jp),按照Horton等[13]的分析方法,對毛果楊磷酸根轉運蛋白的亞細胞定位進行預測分析。
通過毛果楊全基因組數據庫中的詳細注釋對檢索結果進行篩選,并利用美國國家生物技術信息中心(NCBI)數據庫進行BLAST,最后從檢索到的9763個磷酸根轉運蛋白基因模型中篩選出31個基因模型(表1)。其中13個基因模型已被Martin[7]注明家族歸屬并命名。另有5個基因模型通過在NCBI數據庫中進行BLAST,初步確定為PHO1亞家族蛋白序列,分別命名為PtrPHO1-N1~PtrPHO1-N5,還有2個基因模型雖然在NCBI數據庫的PHO1亞家族中沒有明確的對應物,但其序列與PtrPHO1亞家族的5個基因高度相似,因此,將其命名為PtrPHO1-N6和PtrPHO1-N7。對于另外11個數據庫中未注明家族歸屬的蛋白模型,也跟據系統(tǒng)發(fā)育樹的亞家族劃分,分別命名為PtrPHT1-N1,PtrPHT1-N2及PtrPHO2-N1~PtrPHO2-N9。由表 1中所列基因座位可知,毛果楊磷酸根轉運蛋白基因零散分布于整個基因組,其中也有不少多種蛋白連鎖在同一染色體上的情況。如PtrPHT1-1,PtrPHT2-1,PtrPHO1-N2,PtrPHO1-N3和PtrPHO1-N4連鎖在LG_X上;在LG_I,LG_II,LG_V,LG_VIII,LG_IX和scaffold_273染色體上也有磷酸根轉運蛋白基因連鎖的情況。
由構建的系統(tǒng)發(fā)育樹(圖1)可見:毛果楊磷酸根轉運蛋白家族可分為PHT和PHO等2個亞家族,而PHT和PHO又可進一步分為PHT1和PHT2以及PHO1和PHO2亞家族。PHT1亞家族中包含了11條數據庫中已命名的序列和2條未命名序列PtrPHT1-N1和PtrPHT1-N2;而PHT2亞家族中只有2條已命名序列。PHO1亞家族包含7個成員;PHO2亞家族共有9個成員。
表1 毛果楊中磷酸根轉運蛋白家族成員及其基因組位置Table1 Family members of phosphate transporters and their genome locations in Populus trichocarpa
同源性比較發(fā)現:毛果楊磷酸根轉運蛋白各亞家族之間同源性較低,均為10%左右;而同一亞家族內各成員同源性相對較高,以成員數量較多的PHT1亞家族為例,該亞家族成員可按序列相似性劃分為兩部分。這兩部分成員間的相似性為40%~60%,而各部分內成員的相似性很高,為90%左右。這說明毛果楊中不同亞家族磷酸根轉運蛋白可能在很早以前就由于各種原因而彼此分開,并向著各自的方向進化,而后續(xù)進化過程中,各亞家族內的分化不顯著。
從毛果楊磷酸根轉運蛋白基因的外顯子/內含子結構可知,PHT1亞家族成員內含子數量較少,除PtrPHT1-N1外,最多只有一個內含子;PHT2亞家族的2個成員各有2個內含子;而2個PHO亞家族成員內含子數量均較多,且其數目有一定的差異。由此可見:PHT的基因結構較PHO保守。
圖1 毛果楊磷酸根轉運蛋白家族的NJ系統(tǒng)進化樹及其基因外顯子∕內含子結構圖Figure1 Phylogenetic tree and the exon/intron structures of phosphate transporters in Populus trichocarpa
毛果楊磷酸根轉運蛋白保守基序的預測結果如圖2所示。發(fā)現PHT1亞家族的保守性較高,具有保守基序1~4和保守基序6,而蛋白PtrPHT1-1~PtrPHT1-7以及PtrPHT1-N1和PtrPHT1-N2還同時具有保守基序5。這也進一步驗證了之前通過MEGA5的比對,按序列相似性將PHT1亞家族分為兩部分這一結論。然而,PtrPHT1-N2不含家族內其他成員中分別位于序列首尾的基序1和基序6,是PHT1亞家族中的一個例外。PHT2亞家族共用基序2,4和7,并且基序2在序列末尾各有一段重復,因此PHT2亞家族的保守性也較高。PHO1亞家族主要包含基序8~13等,其中基序8,9和基序11~13為該亞家族所特有。PHO2亞家族主要包含基序6,7,10,14和15等,其中基序7,14和15為該亞家族所特有。PHO的保守性較PHT小,但PHO1和PHO2亞家族中均有部分成員的序列也具有很高的相似性。
在毛果楊與其他模式生物的磷酸根轉運蛋白的系統(tǒng)進化樹(圖3)中發(fā)現,毛果楊PHT1亞家族與擬南芥、水稻同亞家族的同源性均高于60%,且部分成員同源性可達80%以上,而與各物種PHT2亞家族的同源性低于20%,與各物種PHO亞家族的同源性低于10%。毛果楊PHT2亞家族也只與擬南芥、水稻的PHT2亞家族同源性較高,為70%~80%,與其他序列同源性均低。毛果楊PHO1亞家族與擬南芥、水稻PHO1亞家族同源性為50%~60%,而毛果楊PHO1和PHO2亞家族與酵母磷酸根轉運蛋白同源性均低于10%。由此可見,磷酸根轉運蛋白同亞家族成員在物種內及物種間的同源性都較高,而不同亞家族成員無論在物種內還是物種間同源性均較低。
圖2 毛果楊磷酸根轉運蛋白保守基序示意圖Figure2 Conserved motifs of phosphate transporters in Populus trichocarpa
PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的基本理化參數預測結果(表2)表明,4種蛋白的理論等電點均偏堿性,說明其氨基酸序列中帶正電的氨基酸殘基數多于帶負電的氨基酸殘基數,這可能與膜轉運蛋白的功能相關。4種蛋白的總平均疏水性均為正值,表明它們均為疏水性蛋白質。其中,PtrPHT2-1疏水性最強,PtrPHO1-N1疏水性最弱,PtrPHT1-1和PtrPHT1-9疏水性近似。此外,4種蛋白的穩(wěn)定系數差別不大,并且都相對穩(wěn)定,這表明該類蛋白可能較適于進行體外試驗。
PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的親/疏水性分析結果如圖4所示。圖中正值越大表示疏水性越強,負值越大表示親水性越強,因此,PtrPHT1-1,PtrPHT1-9和PtrPHT2-1均有12個疏水性區(qū)域,而PtrPHO1-N1的疏水區(qū)明顯偏少,只有6處。這表明與3種PHT蛋白相比,在進化上Ptr-PHO1-N1可能發(fā)生了較大程度的變異,導致蛋白質整體疏水性降低,疏水性區(qū)域減少,這一結論與蛋白質理化參數分析結果一致。此外,還利用ProtScale軟件的Kyte&Doolittle算法(K-D法)對4種蛋白進行了親/疏水性分析[10],結果與此一致。對PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1進行的跨膜區(qū)拓撲結構預測結果(圖5)與圖4相對應,疏水性大于1.0的片段可確定為跨膜區(qū),介于0.6~1.0的片段為疑似跨膜區(qū)。由圖5可知:PtrPHT1-1和PtrPHT2-1具有12個跨膜域,而PtrPHT1-9和PtrPHO1-N1中各有1個疑似跨膜域,PtrPHT1-9具11個跨膜域,PtrPHO1-N1具有5個跨膜域。預測結果同時顯示,4種跨膜蛋白的C端以及PtrPHT1-1和PtrPHT2-1的N端 都位于細胞膜的胞質一側,而PtrPHT1-9和PtrPHO1-N1的N端可能也位于細胞膜的胞質一側。其中PtrPHT1-1和PtrPHT1-9的預測結果與Karandashov[14]報道的植物PHT1亞家族的跨膜區(qū)結構特點一致;對PtrPHT2-1的預測結果也符合Raghothama[15]對AtPHT2-1跨膜域結構的闡述。而有關植物PHO的跨膜區(qū)結構未見文獻報道。
表2 毛果楊磷酸根轉運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的理化參數Table2 Physical and chemical characteristics of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in Populus trichocarpa
圖3 磷酸根轉運蛋白家族在幾種模式生物中的系統(tǒng)進化樹Figure3 Phylogenetic tree of phosphate transporters in several model plants
PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的二級結構預測結果如表 3。4種蛋白的二級結構組分中,α-螺旋所占比例最高,均超過70%;無規(guī)卷曲和β-折疊所占比例較小。因此,4種蛋白質均屬于全α型蛋白質(α-螺旋所占比例大于45%)[16],是跨膜蛋白的主要類型。
PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1三級結構的預測結果如圖6所示。PtrPHT1-1和PtrPHT1-9的折疊子模型為d1pw4a,是大腸埃希菌Escherichia coli中的甘油-3-磷酸轉運蛋白(glycerol-3-phosphate transporter)家族成員。該折疊子與PtrPHT1-1和PtrPHT1-9的匹配性較好,E值分別為1.2e-26和2e-26,預測準確度均為100%;PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的折疊子模型為d2cfqa1,是大腸埃希菌乳糖透性酶(lactose permease)家族成員。該折疊子與PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的匹配性也較好,E值分別為7.8e-06和0.036,預測準確度均為95%。因此,對4種蛋白的三級結構預測結果較準確。
圖4 毛果楊磷酸根轉運蛋白 PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的親/疏水性分析結果圖Figure4 Analysis of hydrophilicity/hydrophobicity of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in Populus trichocarpa
圖5 毛果楊磷酸根運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的跨膜拓撲結構預測結果圖Figure5 Transmembrane topology of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in P.trichocarpa
圖6表明:它們均為主要由α-螺旋構成的全α型蛋白質。此類型的跨膜蛋白中,α-螺旋一般也就是其跨膜區(qū)[16]。PtrPHT1-1,PtrPHT1-9和PtrPHT2-1的α-螺旋均為12個,這也與圖5中的結果相一致。而PtrPHO1-N1的α-螺旋數略少于3種PHT蛋白,為10個。同時發(fā)現,PtrPHO1-N1中的α-螺旋長度較3種PHT蛋白短,根據之前預測的PtrPHO1-N1含有5~6個跨膜域可推測,PtrPHO1-N1中的部分α-螺旋可能由于長度過短、疏水性不足而無法形成跨膜區(qū)。根據前面對4種蛋白質各種特性的預測結果進行比較,可以認定本試驗對4種毛果楊磷酸根轉運蛋白三級結構的預測結果準確性較高。
表3 毛果楊磷酸根轉運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的二級結構預測Table3 Secondary structures of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in Populus trichocarpa
PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的亞細胞定位分析結果(表4)表明:PtrPHT1-1,PtrPHT1-9和PtrPHO1-N1位于質膜上,參與細胞對磷酸根的吸收轉運。PtrPHT2-1可能定位于質膜、液泡膜或高爾基體膜,若定位于液泡膜,可能說明植物體利用某些磷酸根轉運蛋白,將吸收的磷酸根轉運至液泡中,暫時儲存磷素營養(yǎng),同時調控細胞內磷濃度的穩(wěn)態(tài);若定位于高爾基體膜,其功能可能是將胞質中的磷酸根轉運至高爾基體,用于各類蛋白質合成后的磷酸化修飾。
圖6 毛果楊磷酸根轉運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1三維結構預測示意圖Figure6 Three-dimensional structures of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in P.trichocarpa
表4 毛果楊磷酸根轉運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1的亞細胞定位結果Table4 Subcellular localizations of PtrPHT1-1, PtrPHT1-9, PtrPHT2-1 and PtrPHO1-N1 in P.trichocarpa
本試驗的研究對象來自于毛果楊全基因組數據庫中的磷酸根轉運蛋白序列,獲得的31條序列中,除了13條磷酸根轉運蛋白序列已公布外[7],還另外發(fā)現了18個該家族成員。經軟件比對得知,新發(fā)現的18個蛋白成員中除PtrPHT1-N1和PtrPHT1-N2外,均屬于PHO1和PHO2亞家族。同源性比較發(fā)現,毛果楊磷酸根轉運蛋白亞家族序列之間相似性較低,均為10%左右,而與其他模式生物同一亞家族間相似性較高,可達70%~80%。磷酸根轉運蛋白在各物種內的PHT與PHO亞家族之間的相似性都比較低,而各PHT亞家族之間相似性稍高,說明PHT與PHO亞家族可能最早分開,獨立進化。
磷酸根轉運蛋白PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHT1-N1均為疏水性蛋白,這也屬于跨膜蛋白的基本性質。3種PHT蛋白均含有12個跨膜域,PtrPHO1-N1的跨膜域數為5~6個,這也印證了其疏水性低于3種PHT蛋白的預測。4種蛋白都屬于全α型蛋白質,并且各種構件所占比例相似。
三級結構的預測是蛋白質結構預測的重點和難點,同時也是解釋蛋白質結構與功能之間關系的關鍵步驟。目前,通過計算機預測蛋白質三級結構的方法主要有3種:同源建模、折疊識別和從頭預測法[12]。試驗中對PtrPHT1-1,PtrPHT1-9,PtrPHT2-1和PtrPHO1-N1三級結構的預測首先使用的是同源建模法。然而,服務器自動在PDB蛋白晶體庫中搜索到的模型匹配度均未達到30%的要求[17],預測結果準確性較低,故進而采用折疊識別法對其進行三級結構的預測。結合預測結果可分析出,PtrPHO1-N1中的α-螺旋比例并不少于PHT亞家族的3個成員,而只是其多數α-螺旋較短,從而使其具有更多數量的α-螺旋片段。這也導致PtrPHO1-N1中的部分α-螺旋沒有足夠強的疏水性,因而無法跨膜,便印證了它只有5~6個跨膜域的分析結果。本研究的亞細胞定位結果表明,PtrPHT1-1,PtrPHT1-9和PtrPHO1-N1位于質膜上,參與磷酸根的吸收轉運。而PtrPHT2-1可能定位于質膜、液泡膜或者高爾基體膜。根據文獻報道及本研究中對其他磷酸根轉運蛋白亞家族的定位與功能分析,PtrPHT2-1定位于液泡膜的可能性最大。若定位于液泡膜,可能說明植物通過磷素跨液泡膜的雙向運輸實現細胞質中磷濃度的穩(wěn)態(tài)[15]。
在毛果楊全基因組數據庫中發(fā)現的31個毛果楊磷酸根轉運蛋白可分為4個亞家族,即PHT1,PHT2,PHO1和PHO2。磷酸根轉運蛋白定位于生物膜上起轉運磷酸根的作用。保守基序預測得知,毛果楊PHT亞家族內的保守性高,而亞家族之間的差異較大;PHO的保守性較PHT小。系統(tǒng)發(fā)育分析得知,毛果楊磷酸根轉運蛋白各亞家族可能分開較早,尤其是PHT1,PHT2亞家族與PHO1,PHO2亞家族兩者之間差異顯著,共同基序更少。毛果楊磷酸根轉運蛋白均為疏水性的全α型蛋白質,家族內三維結構相似,其中PHT一般具有12個跨膜域,多于PHO。亞細胞定位預測得知,毛果楊不同亞家族成員的亞細胞定位不盡相同,這說明磷酸根轉運蛋白家族各成員在楊樹磷素代謝中起著不同的作用,共同維持并調控楊樹體內的磷素平衡。
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