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        基于連續(xù)性變量和二元變量的貝葉斯自適應(yīng)劑量發(fā)現(xiàn)算法*

        2012-03-11 14:01:34沈陽(yáng)師范大學(xué)數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)學(xué)院統(tǒng)計(jì)學(xué)系110034劉瑞銀李曉毅
        關(guān)鍵詞:劑量

        沈陽(yáng)師范大學(xué)數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)學(xué)院統(tǒng)計(jì)學(xué)系(110034) 劉瑞銀 李曉毅

        臨床試驗(yàn)中的階段I/II試驗(yàn)主要研究如何確定最佳劑量。以前在階段I/II試驗(yàn)中研究毒性或者有效性時(shí),只用二元或三元的離散變量?,F(xiàn)在越來(lái)越多的把生物標(biāo)記(biomarker)作為有效性的替代結(jié)果,而biomarker是連續(xù)變量,于是如何把二元的毒性變量和連續(xù)的biomarker變量聯(lián)合起來(lái)進(jìn)行研究就成為了新的問(wèn)題。

        概率模型和先驗(yàn)

        考慮受試者陸續(xù)進(jìn)入并先后得到處理的臨床試驗(yàn)。假設(shè)有 K 個(gè)劑量水平,d1,…,dK,xi表示第 i個(gè)受試者的劑量,Xi=(I(xi=d1),I(xi=d2),…,I(xi=dK))。Yi=(Wi,Ti)T表示第 i個(gè)病人的觀測(cè)結(jié)果向量。Wi表示連續(xù)的biomarker變量,Ti表示二元的毒性變量,Ti=1表示觀測(cè)到毒性,Ti=0未觀察到毒性。

        后驗(yàn)分布

        其中,π(θ)是θ的聯(lián)合先驗(yàn)分布。

        在觀測(cè)到每個(gè)受試者的結(jié)果后,用MCMC算法去更新未知參數(shù)的后驗(yàn)分布。令n表示階段n觀測(cè)到的受試者的總個(gè)數(shù),N表示進(jìn)入試驗(yàn)的受試者的最大個(gè)數(shù)。在階段n,潛在變量Z(n)和參數(shù)θ(n)的滿條件分布在下面1~5步驟中給出。首先從相應(yīng)的先驗(yàn)分布中產(chǎn)生θ(n)的初始值,然后重復(fù)下面的步驟進(jìn)行更新。

        步驟1 產(chǎn)生潛在變量Zi,如果Ti=0,從截尾正態(tài)分布φZ(yǔ)/W(Zi,~μZ,i,~ρ2)I(Zi≤0)中產(chǎn)生Zi。否則,從φZ(yǔ)/W(Z,~μZ,i,~ρ2)I(Zi>0)中產(chǎn)生。

        步驟2 基于前n個(gè)受試者的結(jié)果產(chǎn)生βZ,βZ,k|Z,W,σW,ρ,βZ,-k的滿條件分布為截尾的單變量正態(tài),其均值為 ~βZ,k,標(biāo)準(zhǔn)差為 ~σZ,k,具體形式如下:

        決策準(zhǔn)則

        為了確定可接受的劑量,首先必須給出具有臨床意義的可接受的最小生物標(biāo)記表達(dá)水平W*min和最大可耐受毒性概率πt。在試驗(yàn)開(kāi)始,把m個(gè)受試者安排在最低劑量,1≤m≤6。nk表示dk處的受試者個(gè)數(shù),如果nk≥m,則認(rèn)為dk被充分試驗(yàn)了。令δ1,δ2,δ3為提前

        模擬研究

        為了評(píng)價(jià)所提算法的操作性質(zhì),本文進(jìn)行了模擬研究。對(duì)于 s情形下的第 k個(gè)劑量,s=1,…,4,k=1,…,4,記相應(yīng)的毒性概率為 ps,k,標(biāo)準(zhǔn)化的平均生物表達(dá)水平W定義為平均表達(dá)水平除以W*max。最大可接受毒性概率πt設(shè)為35%,最小生物表達(dá)水平為5%。

        產(chǎn)生相關(guān)系數(shù)為0.25的標(biāo)準(zhǔn)二元正態(tài)隨機(jī)變量(z1,z2),令(u1,u2)=(Φ(z1),Φ(z2))。在情形s中的第 k個(gè)劑量下,如果u1≤ps,k,則受試者中毒,u1> ps,k,不中毒;令 G-1(·| τλs,k,τ)表示均值為 λs,k的伽瑪分布的逆分布函數(shù),w=G-1(u2|τλs,k,τ)則為生物標(biāo)記表達(dá)結(jié)果,其中,τ=0.10。參數(shù)的先驗(yàn)分布如下確定:βZ,k的先驗(yàn)位置參數(shù) μZ,1,…,μZ,K設(shè)為 0,1.9,- 1,-7.5,σβZ設(shè)為4,βW,0=5,σβW=1000,ρ和σW用模糊先驗(yàn)。

        在MCMC模擬中,迭代10000次,前5000次為預(yù)熱,在后5000次迭代中每5個(gè)迭代取一個(gè)值,共進(jìn)行了1000次模擬,其中受試者數(shù)目最大為36。在情形1中,在3個(gè)可接受的劑量(1,2,3)中推薦了第3個(gè)劑量,因?yàn)閯┝?毒性太大,劑量1和2的生物表達(dá)水平又比劑量3低。利用提出的模型和決策準(zhǔn)則,算法以95%的概率選擇了劑量3。在情形2中,由于高的中毒率所有4個(gè)劑量都是不可接受的;算法以94%的概率沒(méi)有選擇任何一個(gè)劑量,大部分試驗(yàn)都以平均樣本量15早早終止,且受試者幾乎都被安排在第1劑量。在情形3中,只有劑量1的毒性是可以接受的,在試驗(yàn)中它以94%的概率被選中。在情形4中,所有的劑量都是無(wú)效無(wú)毒的,99%的試驗(yàn)不選擇任何劑量,而且以平均14個(gè)病人數(shù)早早結(jié)束試驗(yàn)。與情形2受試者都被安排在較低的劑量不同,在情形4中,受試者均勻的分布在所有的劑量中?;谒o出的算法,一旦較低劑量顯示出是安全的,接下來(lái)將在較高的劑量處作試驗(yàn)。如果所有的劑量都被試驗(yàn)了且沒(méi)有發(fā)現(xiàn)活動(dòng)性,試驗(yàn)則停止。

        結(jié) 論

        在臨床試驗(yàn)中當(dāng)同時(shí)獲得毒性和連續(xù)活動(dòng)性結(jié)果時(shí),本文介紹了一種新類(lèi)型的劑量發(fā)現(xiàn)試驗(yàn),即基于一個(gè)連續(xù)性變量和二元毒性變量的貝葉斯自適應(yīng)劑量發(fā)現(xiàn)算法。這個(gè)算法具有以下特點(diǎn):(1)利用了狀態(tài)空間模型。在藥物發(fā)展的早期階段,人們傾向于用一個(gè)靈活的模型去描述活動(dòng)性結(jié)果和劑量之間的關(guān)系。狀態(tài)空間模型使得我們可以借助劑量的力量,而不需要嚴(yán)格的模型假設(shè)和劑量與生物活動(dòng)性之間的非線性關(guān)系。(2)根據(jù)臨床經(jīng)驗(yàn)確定超參數(shù)的值。確定超參數(shù)時(shí)需要遵循以下原則:先驗(yàn)參數(shù)的值應(yīng)該反映了醫(yī)生的信念;先驗(yàn)參數(shù)不能主導(dǎo)觀測(cè)數(shù)據(jù)。為了確保先驗(yàn)是合適的,建議在進(jìn)行試驗(yàn)之前通過(guò)模擬研究檢查一下算法的操作性質(zhì)。(3)概率定位改善了設(shè)計(jì)的整體操作性質(zhì)。本設(shè)計(jì)并不把受試者安排在推薦得分最高的劑量處,而是在可接受劑量中以推薦得分算出的概率隨機(jī)安排受試者,比較高的推薦得分意味著以比較高的概率安排受試者到此劑量。

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        2.劉沛,羊海濤,強(qiáng)來(lái)英,等.貝葉斯統(tǒng)計(jì)在高準(zhǔn)確度篩檢試劑評(píng)價(jià)中的應(yīng)用.中國(guó)衛(wèi)生統(tǒng)計(jì),2010 27(4):348-350.

        3.尉潔,宋嬌嬌,趙晉芳,等.基于貝葉斯估計(jì)的診斷試驗(yàn)ROC曲線回歸模型.中國(guó)衛(wèi)生統(tǒng)計(jì),2010,27(2):152-154.

        4.Liu RY,Tao J,Shi NZ.An Optimal Phase I/II Design Utilizing Severe Toxic and Moderate Toxic Response Information Separately.Wseas transactions on biology and biomedicine,2006,3(7):553-559.

        5.茆詩(shī)松,王靜龍,濮曉龍,編著.高等數(shù)理統(tǒng)計(jì).北京:高等教育出版社,1998.

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