許燁燁 王威 蔣馥蔓 叢林*
(1.安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院產(chǎn)前診斷中心,安徽 合肥 230022;2.深圳華大基因研究院,廣東 深圳 518083)
Turner綜合征又稱先天性卵巢發(fā)育不全,是最常見的性染色體非整倍體疾病,在新生女嬰中的發(fā)病率約為1/2500。該病在活產(chǎn)中核型為45,XO約占55%,嵌合體約為15%,結(jié)構(gòu)重排的染色體約為25%,Y染色體存在的為5%[1]。Turner綜合征的主要臨床表現(xiàn)為身材矮小、原發(fā)性閉經(jīng)、第二性征不發(fā)育、性腺發(fā)育不良、頸蹼、面容異常(眼瞼下垂、后發(fā)際低等),常合并多種骨骼畸形。胎兒Turner綜合征多在產(chǎn)前經(jīng)超聲檢查發(fā)現(xiàn)異常,超聲診斷該病的依據(jù)為頸后囊性淋巴管瘤、全身水腫及漿膜腔積
*通訊作者:叢林,E-mail:conglin1957@163.com液,但因其缺乏特異性,加之超聲檢查尚不能顯示胎兒卵巢,進(jìn)一步確診則依賴于細(xì)胞遺傳學(xué)或分子診斷的方法。我們結(jié)合超聲、染色體核型分析及胎兒羊水染色體核型分析產(chǎn)前診斷Turner綜合征1例,報道如下。
1.1 臨床資料 孕婦,28歲,G1P0,孕19+5周,孕3月曾感冒,未服藥自愈。夫妻體格發(fā)育及智力均無明顯異常,均無畸形陽性家族史。產(chǎn)前診斷超聲所見:胎兒雙頂徑34 mm(16+4周),頭圍 118 mm(15+6周),腹圍120 mm(17+5周),肱骨長16 mm,股骨長16 mm(14+6周),胎盤位于子宮前壁,厚25 mm,成熟度0級。胎心率154次/分,律齊,臍動脈2根,羊水平段34 mm。頭顱光環(huán)完整,腦中線居中,腦室未見擴(kuò)張,小腦橫徑9 mm。胎兒上唇線連續(xù),眼鼻存在。脊柱連續(xù)完整,胸腹壁連續(xù),心臟顯示欠清晰。四肢長骨存在,胃泡、膀胱、雙腎存在。胎兒頸部掃及51 mm×58 mm液暗區(qū),內(nèi)見分隔。全身皮下軟組織增厚,最厚達(dá)3.6 mm,雙側(cè)側(cè)腦室寬7.4 mm,雙側(cè)胸腔掃及少量游離液暗區(qū)(圖1)。超聲提示:①宮內(nèi)妊娠,單活胎;②胎兒頸部淋巴水囊瘤;③胎兒全身皮下軟組織水腫;④胎兒雙側(cè)側(cè)腦室稍增寬;⑤雙側(cè)胸腔少量積液?;颊呒凹覍僖笠a(chǎn)并于產(chǎn)前診斷中心咨詢病因,于入院第3天行羊膜腔穿刺術(shù)取羊水行胎兒染色體核型分析,隨后行“羊膜腔內(nèi)利凡諾注射引產(chǎn)術(shù)”。羊膜腔穿刺術(shù)前抽取孕婦外周血5ml置EDTA抗凝管供母血胎兒DNA檢測。引產(chǎn)后詳細(xì)檢查胎兒證實超聲診斷。
圖1 胎兒頸部見51 mm×58 mm液暗區(qū),內(nèi)見分隔;雙側(cè)胸腔少量液性暗區(qū)
1.2 實驗方法
1.2.1 染色體核型分析 將抽取的羊水以2000 r/min,10 min離心后棄上清,加入培養(yǎng)基 (Amino MAX II Complete Medium,GIBCO,美國)7 ml,重懸后分裝2個培養(yǎng)瓶,10天后換液,11天后收獲細(xì)胞,常規(guī)方法低滲、預(yù)固定、反復(fù)固定后滴片染色,100*油鏡下觀察。
1.2.2 無創(chuàng)基因檢測
1.2.2.1 血漿DNA提取 將孕婦外周血5 ml在4℃條件下以1600 g,10 min離心后取上清,再將上清液以16 000 g,10 min離心后所得上清即為血漿,使用QIAGEN公司提供的QIAamp DNA Blood Mini Kit提取血漿游離DNA,按說明書操作。
1.2.2.2 大規(guī)?;虿⑿袦y序 因母體血漿中DNA已經(jīng)是片段化的,故無需進(jìn)一步的片段化,將提取的游離DNA通過新一代Illumina Hiseq2000測序儀(深圳華大基因研究院提供)進(jìn)行大規(guī)模基因并行測序,通過測序可以獲得約百萬條短DNA序列讀本。
1.2.2.3 生物信息學(xué)處理 生物信息學(xué)分析軟件為有效的大規(guī)模核算數(shù)據(jù)庫比對軟件(ELAND),通過此分析軟件將所測DNA序列和人類參考基因組進(jìn)行比對,這一比對的目的是確定所測血漿DNA片段的染色體來源,然后計數(shù)每一染色體來源的序列數(shù)量(僅計算能唯一匹配到該條染色體上的序列),計算血漿樣本中每一染色體序列數(shù)目與總?cè)旧w序列數(shù)目之和的比率%chr N,進(jìn)一步計算所檢測樣本的Z值(T-score),Z值指的是偏離于參考數(shù)據(jù)組均值的多少個標(biāo)準(zhǔn)差,即
正常孕婦Z值的99%置信區(qū)間為 [-3,3],對于孕有非整倍體如21三體胎兒的孕婦因血漿中含比正常女性胎兒多的微量DNA而顯示Z值偏高,以Z值大于3為分隔值來判斷胎兒是否為21三體;而X單體因血漿中含比正常女性胎兒少的微量DNA而顯示Z值偏低,以Z值小于(-3)為分隔值來判斷胎兒是否為X單體。
2.1 無創(chuàng)基因檢測結(jié)果 孕婦血漿DNA樣本經(jīng)測序后比對及生物信息學(xué)分析顯示X染色體Z值<-3,在參考值范圍[-3,3]之外,無Y染色體序列,其余1~22號染色體的Z值均在[-3,3]區(qū)間之內(nèi),提示胎兒X染色體偏少,考慮胎兒核型45,XO。結(jié)果與之后報告的染色體核型分析結(jié)果相符,送檢標(biāo)本至報告時間為10天(圖2)。
2.2 染色體核型分析結(jié)果 羊水細(xì)胞染色體核型為45,XO[20],確診為Turner綜合征(圖3)。
2.3 引產(chǎn)后檢查結(jié)果 引產(chǎn)后詳細(xì)觀察,為一女性死胎,胎兒大小與妊娠月份相符,頭皮、全身皮膚除手心、腳心外均水腫,頸后部水腫呈囊狀。
圖2 該孕婦及其他10例血漿樣本檢測的Z值,紅色表示該孕婦的結(jié)果
圖3 胎兒染色體核型分析結(jié)果
胚胎染色體核型為45,XO者占所有孕胚的1%~2%,其中99%發(fā)生流產(chǎn),而1%左右能夠存活的具體原因尚不明確[2],Turner綜合征是惟一能夠存活的染色體單體疾病,可在產(chǎn)前得以診斷進(jìn)行相關(guān)干預(yù)。
目前,胎兒染色體非整倍體的檢查包括初期篩查評估風(fēng)險值,對于高風(fēng)險人群需進(jìn)一步確診,胎兒細(xì)胞核型分析是產(chǎn)前診斷胎兒染色體異常的金標(biāo)準(zhǔn),卻是以侵入性的方式獲取胎兒細(xì)胞因而有流產(chǎn)及感染的風(fēng)險,加之細(xì)胞培養(yǎng)周期長,孕婦等待結(jié)果的過程心里負(fù)擔(dān)重,無創(chuàng)性產(chǎn)前診斷技術(shù)一直是人們美好的愿望。
1997年,孕婦外周血中胎兒游離DNA的發(fā)現(xiàn)為無創(chuàng)產(chǎn)前診斷打開了新的篇章[3]。然而,孕婦外周血中的胎兒游離DNA分子在總游離DNA分子中的比例相對小,僅占3%~6%,分離和檢測胎兒游離DNA分子有一定難度。目前研究多集中于兩個方面:①表觀遺傳學(xué)方法尋找胎兒特異標(biāo)記物;②高通量基因測序檢測胎兒非整倍體。本文病例我們應(yīng)用高通量測序的方法對孕婦外周血中游離DNA進(jìn)行全基因組測序,得出胎兒染色體為45,XO,與核型分析結(jié)果一致。
高通量測序技術(shù)能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,利用孕婦外周血游離DNA進(jìn)行高通量測序及后續(xù)的生物信息學(xué)比對分析,能夠準(zhǔn)確地確定某一染色體序列數(shù)目的變化,定量的測定母體血漿中DNA分子的微小變化,用于胎兒染色體非整倍體的檢測。最初主要集中于21三體胎兒的研究,2008年 Chiu和 Fan[4,5]兩個研究小組首次證實了應(yīng)用母體血漿DNA行大規(guī)?;虿⑿袦y序檢測胎兒21三體的可行性,后期通過大規(guī)模臨床研究驗證其臨床有效性和實際可行性。Chiu等[6]分析753名接受過核型分析確診的21三體高風(fēng)險孕婦,其中86名懷有21三體胎兒,對孕婦血漿DNA分子進(jìn)行大規(guī)模基因并行測序,21三體胎兒檢測的敏感性為100%,特異性為97.9;Ehrich等[7]同樣分析449名孕婦,21三體胎兒檢測的敏感性為100%,特異性為99.7%。Palomaki GE等[8,9]分析212例21三體孕婦及1484例對照組,敏感性為98.6%,假陽性率為0.2%。同樣的方法理論上還可以檢測18三體、13三體、Turner綜合征(45,X)、克氏綜合征(47,XXY)等,但因臨床樣本較少,目前的研究還達(dá)不到21三體的檢測效率。本研究我們僅對1例特納氏綜合征進(jìn)行了平行測序,X染色體的Z值位于正常區(qū)間之外,說明該樣本外周血中X染色體含量低于正常孕婦,提示胎兒缺失一條X染色體,得出的結(jié)果與核型分析一致,出結(jié)果時間明顯快于傳統(tǒng)的細(xì)胞培養(yǎng)方法,體現(xiàn)了此項檢查的優(yōu)越性,但有研究對高危人群的平行測序結(jié)果顯示,該方法對性染色體的檢測敏感性不高,所以需積累更多病例和改善檢測技術(shù)才能有效應(yīng)用于臨床。近期,Bianchi等[10]應(yīng)用高通量測序技術(shù)對532份母體血漿DNA樣本進(jìn)行檢測,結(jié)果顯示21、18、13三體、X單體檢測的敏感性分別為100%、97.2%、78.6%、93.8%,結(jié)果令人鼓舞。
為了提高檢測效能,有研究者分析了影響檢測準(zhǔn)確性的因素包括DNA片段GC含量、測序深度、生物信息學(xué)分析方法等,他們對分析過程加以改進(jìn),用連接測序代替合成測序法[11],或信息學(xué)分析過程對高GC含量片段進(jìn)行加權(quán)以減少GC偏倚[12],通過增加非重復(fù)序列讀本數(shù)量加大測序深度[13]等,并加以臨床驗證,有效地提高了檢測的準(zhǔn)確性,且使檢測范圍擴(kuò)展到每一條染色體。Amy J.Sehnert等[14]認(rèn)為測序過程每次運行及每次運行各通道之間存在變異,為了盡量減少此變異,作者采用了一種新算法,用標(biāo)準(zhǔn)化的染色體值 (NCVs)檢測每一染色體異常,在48例實驗組中以100%準(zhǔn)確率檢測出21三體(13/13)和18三體(8/8),檢出1例13三體(1/2),檢出2例 X 單體(2/3),未檢出者均位于臨界區(qū)間,正常核型胎兒性別均得到正確預(yù)測。應(yīng)用此算法對雙胎中至少有一胎為21三體的母體血漿樣本進(jìn)行檢測,均得以正確檢測得到,此為首次報道。
利用新一代高通量測序技術(shù)對孕婦外周血中游離的DNA進(jìn)行測序來檢測胎兒染色體非整倍體異常,具有無創(chuàng)、早期、快速、準(zhǔn)確等優(yōu)點,在孕周12周以上的孕婦,只需要抽取5ml母體外周血即可進(jìn)行檢測,7天出檢測報告,有較高的敏感性與特異性,避免了胎兒宮內(nèi)感染和流產(chǎn)的風(fēng)險,極大的降低了孕婦及家屬的心理擔(dān)憂,能盡早提供產(chǎn)前診斷信息有助于病人及家屬早做干預(yù)性決定。該項技術(shù)還在進(jìn)一步研究中,隨著大規(guī)模臨床試驗的驗證,有望代替侵入性的產(chǎn)前診斷方法,代表了當(dāng)前產(chǎn)前診斷和防止先天性缺陷兒出生的最新發(fā)展方向。本文結(jié)果也證實了基因測序技術(shù)診斷染色體非整倍體異常是可行的,其無創(chuàng)性及快速性也正是產(chǎn)前診斷所追求的目標(biāo)。但是,此方法畢竟未獲取純胎兒遺傳信息,結(jié)果受多種因素影響,目前不能作為診斷,而只能作為一種篩查方法,了解非整倍體異常情況發(fā)生的風(fēng)險高低,因其費用較高,難以臨床大規(guī)模普及。應(yīng)用外周血游離DNA進(jìn)行無創(chuàng)性的產(chǎn)前診斷仍需更多的探索。
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