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        基于鄰域信息和高斯加權(quán)卡方距離的脊椎MR圖像分割

        2011-09-02 07:47:54盧振泰馮前進(jìn)陳武凡南方醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)圖像處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室廣州5055南方醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院外科骨科教研室廣州5055
        關(guān)鍵詞:脊椎鄰域手動(dòng)

        鄭 倩 盧振泰* 陳 超 馮前進(jìn) 陳武凡*(南方醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)圖像處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣州 5055)(南方醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院外科骨科教研室,廣州 5055)

        引言

        隨著社會(huì)老齡化和工作壓力日益增大,各種脊椎疾?。ㄈ缱甸g盤退化、椎間盤突出、椎管狹窄癥等)困擾著各個(gè)年齡段和各種職業(yè)的人群,成為影響公共健康的幾大頑疾之一。脊椎的毗鄰結(jié)構(gòu)上下交錯(cuò),外科醫(yī)生需要具有良好的方位感,精確地知道椎體的形狀,因?yàn)閷?duì)椎體的形狀識(shí)別是提高手術(shù)精度、降低手術(shù)風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)鍵一步。圖像分割是提取圖像中特殊組織的定量信息所不可缺少的手段,也是可視化實(shí)現(xiàn)的預(yù)處理步驟和前提[1]。分割后的圖像被廣泛用于三維重建、圖像配準(zhǔn)、組織容積的定量分析和計(jì)算機(jī)輔助手術(shù)導(dǎo)航系統(tǒng)等方面。

        描述人體脊椎生理解剖結(jié)構(gòu)的常見成像方式有計(jì)算機(jī)斷層掃描(CT)和磁共振成像(MRI)。CT密度分辨率高,骨骼、皮膚等不同類型組織之間的灰度差異較大,用區(qū)域生長法可以很好地分割出脊椎CT圖像中的椎體。MRI因軟組織對(duì)比度變化和射頻場非均勻性等因素的影響,增加了分割出椎體的難度。

        傳統(tǒng)的分割算法往往陷入非全局最優(yōu)而導(dǎo)致分割結(jié)果比較差,如水平集方法[2]、活動(dòng)輪廓方法[3]、K-均值(K-means)算法等[4]?;趫D論的圖像分割技術(shù)是一種新的圖像分割技術(shù),是一種無監(jiān)督圖像分割技術(shù),不需要初始化。該方法將圖像映射為帶權(quán)無向圖,將圖像分割問題轉(zhuǎn)換為圖的最優(yōu)劃分問題;它利用剪切準(zhǔn)則得到圖像的最佳分割,是一個(gè)全局準(zhǔn)則,得到的是全局最優(yōu)解。該分割技術(shù)也是一種點(diǎn)對(duì)聚類方法,近年來在國際上的圖像分割領(lǐng)域和數(shù)據(jù)聚類中表現(xiàn)出了良好前景。Julio等提出了基于歸一化割(normalized cuts)的MRI椎體分割技術(shù)[5],利用了一種概率統(tǒng)計(jì)特征——局部灰度直方圖,需要反復(fù)實(shí)驗(yàn)調(diào)節(jié)一個(gè)合適的尺度參數(shù),只能處理T1加權(quán)圖像;由于沒有利用鄰域的空間信息,分割精度不高,甚至?xí)驁D像中椎體與周圍組織的對(duì)比度不高而使分割結(jié)果偏差極大。

        由于成像技術(shù)存在噪聲和各向異性因素的影響,圖像中同一解剖組織結(jié)構(gòu)的像素點(diǎn)灰度值會(huì)發(fā)生很大變化,僅用單個(gè)像素灰度值這一特征并不能準(zhǔn)確描述一幅圖像,因此利用鄰域灰度信息這個(gè)特征來描述一幅圖像,從而引入了圖像的空間結(jié)構(gòu)信息。在此特征基礎(chǔ)上,提出了一種新的相似度矩陣構(gòu)造方法——基于鄰域信息和高斯加權(quán)的卡方距離,并利用Zelnik等提出的局部收縮方法來自適應(yīng)地調(diào)整尺度參數(shù)[6],實(shí)現(xiàn)二維椎體的準(zhǔn)確分割。即使在有噪聲影響的情況下,該算法也能夠快速、準(zhǔn)確地分割出椎體,對(duì)于正常及病變椎體,所提出的算法分割出的椎體輪廓都光滑、清晰。作為一種一般性的分割方法,該算法可以拓展到其他器官的分割中。

        1 基本理論

        1.1 圖論的基本理論

        基于圖論的圖像分割方法的基本原理如下:對(duì)于一幅輸入的圖像或一個(gè)特征點(diǎn)集,建立一個(gè)帶權(quán)的無向圖G=(V,E),其中節(jié)點(diǎn)vi∈V表示圖像像素,邊(vi,vj)∈E連接節(jié)點(diǎn)vi和vj。每條邊有一個(gè)相應(yīng)的非負(fù)權(quán)重ω(vi,vj),表示相鄰節(jié)點(diǎn)vi和vj的相似程度。在圖像分割中,邊的權(quán)重表示兩個(gè)像素間的近似關(guān)系,如灰度、顏色、位置或其他局部分布的差別。然后,在所建立的圖上利用割集準(zhǔn)則對(duì)圖中的節(jié)點(diǎn)進(jìn)行劃分,進(jìn)而完成對(duì)圖像的分割。

        割集準(zhǔn)則直接影響到分割結(jié)果的優(yōu)劣,最早提出的割集準(zhǔn)則是最小割集準(zhǔn)則(minimum cut)[7]。將圖像映射的無向圖的節(jié)點(diǎn)分割為互不相交的k個(gè)部分A1,…,Ak,且A1∪…∪Ak=V,則切的代價(jià)函數(shù)為

        Shi等提出了歸一化割算法[8],同時(shí)利用歸一化割集準(zhǔn)則,實(shí)現(xiàn)對(duì)原圖像的分割。歸一化割集準(zhǔn)則不僅使子圖之間的相似度最小,而且令劃分成的各個(gè)子圖(區(qū)域)的內(nèi)部相似度最大,同時(shí)避免了劃分的區(qū)域出現(xiàn)歪斜(即偏向小區(qū)域)分割。切的代價(jià)函數(shù)為

        Ng等提出了NJW算法[9],該算法和Normalized cuts一樣,都是基于歸一化分割準(zhǔn)則,其唯一的不同是構(gòu)造的拉普拉斯矩陣為L=D-1/2WD-1/2,克服了Shi算法在各個(gè)簇的簇內(nèi)總度數(shù)assoc(Ai)=vol(Ai)-cut(Ai,i)差別大時(shí)效果不理想的缺點(diǎn),穩(wěn)定性更好,是最常用的譜分割算法之一。

        2 基于鄰域信息和高斯加權(quán)卡方距離的脊椎MRI分割

        在基于圖論的圖像分割中,最重要的是構(gòu)造相似度矩陣,即如何度量兩點(diǎn)之間的距離并選擇合適的尺度參數(shù)。本研究首次將NJW算法用到脊椎MRI圖像分割中,并且在算法中構(gòu)造了一種新的相似度矩陣——基于鄰域信息的高斯加權(quán)卡方距離,同時(shí)引入局部收縮思想,提高椎體分割的準(zhǔn)確性。

        2.1 構(gòu)造相似度矩陣

        2.1.1 基于鄰域信息和高斯加權(quán)的卡方距離

        在基于圖論的分割算法中,如何構(gòu)造相似性矩陣是一個(gè)研究熱點(diǎn)。NJW算法構(gòu)造相似度矩陣時(shí),僅僅考慮了單個(gè)像素的灰度值,如果同一組織結(jié)構(gòu)上像素灰度值變化大或器官周圍灰度值相近,就會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤的聚類和分割結(jié)果。因此,引入圖像的結(jié)構(gòu)特征,用鄰域內(nèi)所有像素的灰度值來代替單個(gè)像素的灰度值,利用高斯函數(shù)進(jìn)行加權(quán)。圖像中兩個(gè)節(jié)點(diǎn)(像素點(diǎn))vi和vj之間的卡方距離表示為

        式中,vi(k)表示某節(jié)點(diǎn)5像素×5像素鄰域內(nèi)第k個(gè)像素點(diǎn)的灰度值,wk是特征權(quán)重。特征權(quán)重wk根據(jù)一定的先驗(yàn)信息賦值,離該節(jié)點(diǎn)距離較近的像素特征權(quán)重較大;相反,離該節(jié)點(diǎn)距離較遠(yuǎn)的像素特征權(quán)重較小。利用高斯核函數(shù)分別為該像素鄰域內(nèi)的25個(gè)像素賦予特征權(quán)重,從而將鄰域信息融合在一起,更好地描述了兩個(gè)像素點(diǎn)的相似性。

        2.1.2 局部收縮

        NJW算法在構(gòu)造相似性矩陣時(shí),需要一個(gè)尺度參數(shù)σ,以來控制兩個(gè)樣本點(diǎn)vi和vj之間的距離對(duì)相似度矩陣W的影響,從而構(gòu)造出合適的相似度矩陣,提高聚類的性能和分割結(jié)果的準(zhǔn)確性,而算法是根據(jù)K-means的聚類效果(即能否給出最緊湊的聚類)來決定合適的尺度參數(shù)的。因此,在找到合適的參數(shù)前,必須反復(fù)地進(jìn)行特征值分解和K-means的迭代,且需要人工調(diào)整才能最終收斂到最優(yōu)解。由此可見,該算法具有局限性,且計(jì)算量比較大。

        局部收縮并不是為整個(gè)樣本集選擇一個(gè)尺度參數(shù)σ,而是為每一個(gè)樣本點(diǎn)vi選擇一個(gè)σi,將樣本點(diǎn)vi到vj的距離表示為d(vi,vj)/σi。其中,σi=d(vi,vK),vK是樣本點(diǎn)vi的第K個(gè)近鄰。在實(shí)驗(yàn)中,一般選取K=7,這是一個(gè)經(jīng)驗(yàn)值,因?yàn)榇藭r(shí)算法的聚類效果最佳。

        2.2 分割方法

        在研究中,分割方法對(duì)所有實(shí)驗(yàn)的所用圖像進(jìn)行了各向異性的擴(kuò)散濾波。在構(gòu)造新的相似度矩陣的基礎(chǔ)上,提出了基于圖論的歸一化分割優(yōu)化準(zhǔn)則的二維椎體分割算法,結(jié)合數(shù)學(xué)形態(tài)學(xué),實(shí)現(xiàn)了椎體二維(2D)分割及顯示。本方法在實(shí)現(xiàn)過程中,聚類數(shù)C=35(在分割其他的器官時(shí),可做相應(yīng)調(diào)整),需要人工用鼠標(biāo)選擇要顯示的椎體,其中的參數(shù)不需要調(diào)節(jié),就可以得到準(zhǔn)確的分割結(jié)果。

        本算法流程如圖1所示,包括7個(gè)步驟。

        步驟1:在2D MRI脊椎的圖像上,由手工點(diǎn)選需要顯示的椎體;

        步驟2:對(duì)圖像進(jìn)行各向異性擴(kuò)散濾波[10];

        步驟3:利用2.1中的方法,構(gòu)造相似度矩陣;

        步驟4:計(jì)算NJW算法中提出的拉普拉斯矩陣;

        步驟5:找到拉普拉斯矩陣最大的C個(gè)特征值;

        步驟6:對(duì)前C個(gè)特征向量用K-means進(jìn)行聚類,得到圖像的聚類結(jié)果;

        步驟7:用數(shù)學(xué)形態(tài)學(xué)修整分割椎體的邊緣,得到分割后椎體圖像和椎體邊緣圖像。

        圖1 算法流程Fig.1 Block diagram for the proposed algorithm

        3 實(shí)驗(yàn)方法

        實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)為4組有代表性的2D矢狀面T1加權(quán)和T2加權(quán)MR圖像,大小為512像素×512像素。為了驗(yàn)證算法的有效性和可行性,將該算法和傳統(tǒng)的NJW算法[9]做了定性分析。臨床專家的手動(dòng)分割結(jié)果作為金標(biāo)準(zhǔn),定量地分析本算法的精確性。計(jì)算像素重疊數(shù),即手工分割和本研究自動(dòng)分割算法的交集;假陰性像素個(gè)數(shù),即被自動(dòng)分割方法遺漏的椎體像素?cái)?shù);假陽性像素個(gè)數(shù),即自動(dòng)分割方法錯(cuò)誤劃分為椎體的像素?cái)?shù);覆蓋率,即像素重疊數(shù)除以自動(dòng)分割像素?cái)?shù),并將其作為評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。由于NJW算法在選擇合適的尺度參數(shù)時(shí)需要反復(fù)實(shí)驗(yàn),而本算法只需要一次實(shí)驗(yàn),具有明顯的優(yōu)勢,故不對(duì)比算法執(zhí)行時(shí)間。作為一種一般性的分割方法,本算法還可拓展到其他器官的分割中,用了3組MR腦腫瘤數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

        實(shí)驗(yàn)硬件環(huán)境為處理器Intel Core Duo(2.53GHz)、內(nèi)存2GB,軟件環(huán)境為Windows 7操作系統(tǒng),所用工具軟件為Matlab2008a和Visual Studio 2008。

        4 結(jié)果

        4.1 實(shí)驗(yàn)1

        患者椎體正常,椎體毗鄰組織與椎體灰度相近(T1加權(quán)圖像)。

        NJW算法:用每個(gè)像素的特征值(本實(shí)驗(yàn)中采用灰度值)且不用局部收縮來進(jìn)行脊椎MRI的椎體自動(dòng)分割實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖2(a)所示,白色實(shí)線是分割椎體的輪廓。從實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知,在椎體和毗鄰組織接觸處灰度相近,造成了過分割現(xiàn)象(如圖2(a)黑色箭頭所示);而在分割其他椎體時(shí),出現(xiàn)欠分割現(xiàn)象(如圖2(a)白色箭頭所示)。

        本算法:考慮像素點(diǎn)的鄰域信息,利用高斯函數(shù),對(duì)該5像素×5像素鄰域內(nèi)像素點(diǎn)的25個(gè)灰度值進(jìn)行加權(quán),結(jié)合局部收縮進(jìn)行脊椎MR圖像的椎體自動(dòng)分割實(shí)驗(yàn),結(jié)果如圖2(b)所示,白色實(shí)線是分割椎體的輪廓。即使在灰度值相近的區(qū)域,該算法也能準(zhǔn)確的分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的過分割和欠分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。

        手動(dòng)分割算法:圖2(c)為臨床專家手動(dòng)分割脊椎MRI的椎體實(shí)驗(yàn)結(jié)果,白色實(shí)線是分割椎體輪廓。手動(dòng)分割結(jié)果作為金標(biāo)準(zhǔn),驗(yàn)證本研究改進(jìn)算法分割椎體的準(zhǔn)確性和有效性。從表1可知,本算法和手動(dòng)分割算法較為接近。

        4.2 實(shí)驗(yàn)2

        患者椎體正常,椎體周圍毗鄰組織與椎體灰度差異較大(T2加權(quán)圖像)。

        脊椎MRI圖像中,患者椎體未發(fā)生形變,椎體周圍毗鄰組織與椎體差異較大,這類脊椎MRI圖像較容易分割,實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖3所示。NJW算法有一定的過分割現(xiàn)象(如圖3(a)黑色箭頭所示),而本算法能準(zhǔn)確分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的過分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動(dòng)分割算法較為接近。

        圖2 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動(dòng)分割Fig.2 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation

        圖3 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動(dòng)分割Fig.3 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation

        4.3 實(shí)驗(yàn)3

        患者椎體正常,掃描到一塊椎體的椎弓根(T2加權(quán)圖像)。

        患者的椎體正常,由于患者掃描位置的不同,該類矢狀面MRI圖像不僅掃描到了椎體,其棘突等與椎體連接的部分也被掃描到(如圖4(a)中黑色箭頭所示)。NJW算法不能把棘突分割出來,而本算法能準(zhǔn)確分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的欠分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動(dòng)分割算法較為接近。

        圖4 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動(dòng)分割Fig.4 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation

        4.4 實(shí)驗(yàn)4

        患者椎體病變,椎體退行性改變,椎間盤突出(T2加權(quán)圖像)

        隨著年齡的增大,脊椎也會(huì)發(fā)生病變,如椎體退行性改變(圖5(a)中黑色箭頭所示),椎間盤突出(圖5(a)中白色箭頭所示)。由于成像技術(shù)的影響,圖5椎體上還有亮斑。此類脊椎MR圖像的分割結(jié)果稍微變差,NJW算法不能準(zhǔn)確地分割出退行性改變的椎體;即使椎體形狀發(fā)生變化,本算法也能較為準(zhǔn)確地分割出脊椎,光滑且清晰,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動(dòng)分割算法較為接近。

        圖5 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動(dòng)分割Fig.5 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation

        為了客觀評(píng)價(jià)本算法的可行性,表1列出了手動(dòng)分割算法和本研究提出的自動(dòng)分割算法的比較結(jié)果。

        表1 手動(dòng)和所提出的自動(dòng)分割算法比較Tab.1 The comparison between the manual segmentation and the proposed algorithm

        作為一種一般性的分割方法,本算法還可拓展到其他器官的分割中,圖6為3種不同算法分割的腦部腫瘤,NJW算法分割的腦部腫瘤邊緣不光滑。圖7為本算法用于3張不同患者的腦部腫瘤分割圖。

        4 討論和結(jié)論

        基于圖論的圖像分割技術(shù)是一種新的分割技術(shù),在醫(yī)學(xué)圖像的處理領(lǐng)域還處于初步研究階段。NJW算法構(gòu)造相似度矩陣時(shí),僅僅用單個(gè)像素的特征值,不足以很好地描述一幅圖像,并且需要做大量的實(shí)驗(yàn),以得到合適的尺度參數(shù),提高分割精度。當(dāng)一幅圖像的像素分布在不同的尺度空間時(shí),即使在獲得一個(gè)合適的尺度參數(shù)的情況下,也得不到理想的分割效果。正如實(shí)驗(yàn)結(jié)果所示,對(duì)于椎體和毗鄰組織灰度相近的圖像和椎體發(fā)生退行性形變的圖像,其分割效果不理想,椎體不能準(zhǔn)確地分割出來,在輪廓處出現(xiàn)了過分割和欠分割現(xiàn)象。

        圖6 分割的腦部瘤輪廓(上)和分割的腫瘤(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動(dòng)分割Fig.6 The contours(upper)and the segmentations of the brain tumors(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation

        圖7 本算法的腦部腫瘤分割結(jié)果。(a)患者1;(b)患者2;(c)患者3Fig.7 The segmentations of the brain tumors(the proposed algorithm).(a)Patient 1;(b)Patient 2;(c)Patient 3

        筆者提出的算法充分考慮到了像素周圍鄰域?qū)γ總€(gè)像素點(diǎn)的影響,引入了空間結(jié)構(gòu)信息,把鄰域信息根據(jù)經(jīng)驗(yàn)以一定的特征權(quán)重結(jié)合到一起,即用高斯函數(shù)加權(quán)的χ2距離,度量兩個(gè)像素節(jié)點(diǎn)的相似度大小,從而構(gòu)造了一個(gè)新的相似度矩陣,提高了聚類和分割的結(jié)果。在選擇尺度參數(shù)時(shí),本算法引入了局部收縮思想,自動(dòng)地為每一個(gè)像素點(diǎn)賦一個(gè)尺度參數(shù),使得算法自適應(yīng)于圖像分割,即使當(dāng)一幅圖像的像素分布在不同的尺度空間時(shí),算法仍具有自適應(yīng)調(diào)節(jié)性。正如實(shí)驗(yàn)結(jié)果所示,在自動(dòng)分割脊椎MR圖像的椎體時(shí),對(duì)椎體和毗鄰組織灰度相近的圖像、脊柱側(cè)凸、手術(shù)后椎間盤變形、移位等圖像仍有很好的分割結(jié)果,魯棒性強(qiáng)。作為一種一般性的分割方法,可以拓展到其他組織的分割中。

        脊椎MR圖像的分割一直是個(gè)難點(diǎn),其基于鄰域信息和高斯卡方距離的椎體MR圖像分割方法分割的椎體輪廓和手動(dòng)分割較為接近,且不需要反復(fù)調(diào)整參數(shù),準(zhǔn)確的分割結(jié)果對(duì)于圖像配準(zhǔn)、圖像檢索、脊椎畸形的分析、器官定位和相關(guān)疾病的輔助診斷具有重大的應(yīng)用價(jià)值。

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