在科研經(jīng)費(fèi)的使用中，諸如擴(kuò)大開支范圍、擅自調(diào)整預(yù)算、突擊購(gòu)買設(shè)備等問(wèn)題屢見不鮮。2010年，僅國(guó)家審計(jì)署查出的問(wèn)題資金就達(dá)數(shù)億元。中國(guó)科學(xué)技術(shù)協(xié)會(huì)的一項(xiàng)調(diào)查顯示：科研資金僅有40%左右用于項(xiàng)目本身，大量科研經(jīng)費(fèi)流失在項(xiàng)目之外。

中國(guó)社科院某研究所一專家直言：“科研經(jīng)費(fèi)到手后，怎么花是自己說(shuō)了算?！卞X怎么花才能“沒有痕跡”？據(jù)知情人士介紹，有如下幾種慣用方式：首先是吃回扣，只需500萬(wàn)元的儀器設(shè)備，以800萬(wàn)元甚至1000萬(wàn)元購(gòu)買，多余的錢輾轉(zhuǎn)進(jìn)入個(gè)人卡號(hào)；其次，以科研需要的名義購(gòu)置汽車、房產(chǎn)，項(xiàng)目結(jié)束后就據(jù)為己有；再次，自己成立公司，拿科研經(jīng)費(fèi)作股份；或者，以考察的名義出國(guó)或到各地旅游消費(fèi)。中科院某研究所研究員李志表示，他們所的很多老師，全世界幾乎哪兒都去過(guò)了。

在社會(huì)科學(xué)領(lǐng)域，設(shè)備儀器的費(fèi)用是小部分支出，交通費(fèi)、差旅費(fèi)、資料費(fèi)和餐費(fèi)等才是主要開支，常用的借口就是大量的社會(huì)調(diào)查和學(xué)術(shù)交流。在人文學(xué)科領(lǐng)域，重要資料都有圖書館藏，“自行購(gòu)置學(xué)術(shù)文獻(xiàn)”說(shuō)不通，便將電腦、攝像機(jī)、掃描儀等設(shè)備反復(fù)填報(bào)。

中南某高校駐京辦主任肖文凱表示，交項(xiàng)目的時(shí)候，大家都想盡辦法花錢。因?yàn)槿绻X花不完，下一個(gè)項(xiàng)目有可能就拿不到這么多錢了。由于科研經(jīng)費(fèi)立法缺失，政出多門，造成科研經(jīng)費(fèi)管理混亂，客觀上縱容了科研腐敗問(wèn)題的發(fā)生。北京市海淀區(qū)人民檢察院一名工作人員稱，2003年至今，該院共立案?jìng)刹榭蒲薪?jīng)費(fèi)領(lǐng)域職務(wù)犯罪17件，涉案人員21人。如中國(guó)科學(xué)院某研究所生物特征認(rèn)證與測(cè)評(píng)中心原主任助理江琴，經(jīng)手課題經(jīng)費(fèi)的申請(qǐng)和報(bào)銷，導(dǎo)師往往只管簽字，此后并不過(guò)問(wèn)。有一次，江琴請(qǐng)導(dǎo)師簽字的報(bào)銷單數(shù)額僅為20元，到財(cái)務(wù)支取錢款時(shí)，他在“20”前面加上“3100”，輕松支取31萬(wàn)元。2008年9月，江琴因犯貪污罪被判處有期徒刑12年。

據(jù)介紹，從近年來(lái)查辦的科研院所職務(wù)犯罪案件來(lái)看，行政后勤服務(wù)、圖書資料購(gòu)置和科研經(jīng)費(fèi)使用三個(gè)重點(diǎn)“病灶”引人關(guān)注。中國(guó)社科院一位專家表示，要想徹底杜絕科研圈的亂象，就必須加強(qiáng)對(duì)科研經(jīng)費(fèi)使用過(guò)程中的監(jiān)管和審查。