摘要:以小麥幼苗的葉、莖和根組織為材料,采用CTAB法和尿素法分別提取其總RNA。結(jié)果表明,CTAB法提取的總RNA 經(jīng)電泳檢測(cè),28S rRNA和18S rRNA帶型完整;A260/A280的比值接近2,純度較高;將提取的總RNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,可用于RT-PCR分析。尿素法提取葉和莖組織的總RNA質(zhì)量較好,但提取根組織的效果較差。說(shuō)明CTAB法較適合小麥幼苗各組織總RNA的提取。同時(shí),兩種方法提取過(guò)程中均不使用液氮,可節(jié)約試驗(yàn)成本。
關(guān)鍵詞:小麥;總RNA;提取
中圖分類號(hào):S512.1;Q789文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A文章編號(hào):0439-8114(2011)03-0463-03
A Method of Small-scale and Rapid Isolation of Total RNA from Wheat
DU He-wei,SUN Chuan
(College of Life Science, Yangtze University,Jingzhou 434025,Hubei,China)
Abstract: The total RNA was isolated from young roots, stems and leaves of wheat seedlings by CTAB and urea method. The results showed that the total RNA isolated by CTAB method displayed clear bands of 28S rRNA and 18S rRNA on 1% (w/v) agarose gels; the value of A260/A280 approached 2; and RT-PCR analysis demonstrated that total RNA had high quality. Total RNA was successfully isolated from leaves and stems through urea method, but not from roots, indicating that CTAB method is superior to urea method. At the same time, the liquid nitrogen was not used in present study,thus save the cost of experiments.
Key words: wheat; total RNA; isolation
高質(zhì)量RNA的提取是分子生物學(xué)研究的重要一環(huán),直接影響cDNA文庫(kù)的構(gòu)建、基因克隆以及表達(dá)分析等。小麥?zhǔn)侵匾霓r(nóng)作物,其RNA提取方法較多[1-5]。盡管這些方法提取的RNA質(zhì)量較好,但都要使用液氮,提高了試驗(yàn)成本。本研究采用CTAB和尿素法分別提取小麥幼苗的根、莖和葉組織的總RNA,為小麥總RNA的提取提供了一條新途徑。
1 材料與方法
1.1植物材料
小麥雜交品種鄭麥9023購(gòu)于荊州市農(nóng)資大市場(chǎng),播種于溫室,在苗期分別取根、莖和葉組織用于RNA的提取。
1.2方法
1.2.1RNA提取液成分CTAB法RNA提取液成分:20 g/L CTAB,20 g/L PVP,100 mmol/L Tris-HCl(pH值 8.0),25 mmol/L Na2EDTA(pH值8.0),2.0 mol/L NaCl,混勻滅菌,用前每100 mL提取液加入2 mL 2-巰基乙醇。
尿素法RNA提取液成分:7 mol/L 尿素,50 mmol/L Tris-HCl(pH值8.0),10 mmol/L Na2EDTA(pH值8.0),3.5 mol/L NaCl,1 g/L SDS。
1.2.2RNase滅活離心管和移液器吸頭用1 mL/L DEPC水浸泡24 h;研缽等用少量的無(wú)水乙醇灼燒,然后用錫箔紙包裝;Tris試劑用滅菌的1 mL/L DEPC水配制,其他試劑均用未滅菌的1 mL/L DEPC水配制;最后,將以上所有試劑或物品高壓滅菌40 min。
1.2.3尿素法提?。遥危敛襟E①?。埃?g材料,加入研缽中,加入2 mL提取液,迅速充分研磨;②快速分裝到兩支1.5 mL的離心管中,于4℃、12 000 r/min離心15 min;③取上清液,加1/3體積的3 mol/L NaAc(pH值5.3),1/5體積的氯仿/異戊醇(24∶1),混勻后冰?。玻?min;④于4℃、12 000 r/min離心15 min;⑤取上清液加入等體積冰浴冷卻的異丙醇,冰浴10 min;⑥于4℃、5 000 r/min離心10 min;⑦沉淀溶于5 mL含有1g/L SDS的TE緩沖液中,加入8 mol/L LiCl至終濃度2.5 mol/L,冰?。?h;⑧于4℃、12 000 r/min離心10 min;⑨70%(V/V)乙醇洗滌沉淀兩次,空氣干燥后溶于DEPC處理水中,保存于-70℃冰箱中備用。
1.2.4CTAB法提?。遥危敛襟E①將提取液置于65℃水浴鍋中溫?。常?min,將研缽放在烘箱中低溫烘熱;②?。埃?g材料于研缽中,加入2 mL提取液,迅速充分研磨,然后快速分裝到兩個(gè)1.5 mL離心管中,輕輕混勻,置于65℃水浴鍋中10 min;③加入等體積的氯仿/異戊醇,混勻后在4℃,12 000 r/min條件下離心10 min,吸取上清液;④重復(fù)上述步驟,并在合并的上清液中加入1/4體積的8 mol/L LiCl溶液并混勻,4℃過(guò)夜;⑤4℃ 10 000 r/min離心20 min,棄上清液;⑥加入50 μL的滅菌DEPC水溶解RNA,再加入1/10 體積的3 mol/L NaAc和2倍體積的無(wú)水乙醇,于-70℃放置30 min;⑦于4℃、
12 000 r/min離心 20 min,棄上清液,用70%(V/V)的乙醇清洗沉淀,吹干后加入30 μL的滅菌DEPC水溶解,保存于-20℃冰箱中備用。
1.2.5總RNA完整性檢測(cè)
1) 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè):電泳槽用1 mL/L DEPC水浸泡24 h,用1×MOPS作為電泳緩沖液。?。?μL RNA溶液于10 g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),電壓為90V。
2)紫外分光光度計(jì)檢測(cè):取4 μL RNA溶液,用分光光度計(jì)測(cè)定A260和A280的值。每種組織?。撤荩遥危寥芤簶悠?,求平均值。
3)RT-PCR分析:使用Promega cDNA第一鏈合成試劑盒,合成cDNA第一鏈。反應(yīng)完成后,將合成產(chǎn)物稀釋5倍,取1 μL用于RT-PCR的模板cDNA。根據(jù)小麥actin基因(AB181991)設(shè)計(jì)1對(duì)引物,左引物為:5′ CAAGGCGGAGTACGATGAGT 3′,右引物為:5′ TTGTGCCAAAAGGAAAAGCT 3′。RT-PCR反應(yīng)體系為 25 μL:即10×Taq Buffer 2.5 μL(Transgene公司),2 mmol/L dNTP(Transgene公司)2 μL,Taq酶(5 U/μL)(Transgene公司)0.2 μL,各1 μL的雙向引物(0.1 μmol/L),模板cDNA 1 μL,ddH2O 17.3 μL,最后滴1滴液體石蠟油。PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋海梗怠?3 min;95℃ 1 min,57℃ 1 min,72℃ 1 min(35個(gè)循環(huán));72℃ 10 min; 4℃保存。
RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物大小為208 bp,于10g/L瓊脂糖凝膠中,120V電泳45 min,然后于凝膠成像系統(tǒng)觀察、拍照。
2結(jié)果與分析
2.1RNA完整性檢測(cè)
尿素法和CTAB法都能從小麥幼嫩的根、莖和葉組織中抽提出總RNA,18S rRNA和28S rRNA條帶亮,帶型完整性較好,結(jié)果如下。從圖1分析得到,CTAB法從小麥幼葉、莖和根組織提取的總RNA,帶型清晰,其中葉組織有5條帶型,說(shuō)明葉綠體的總RNA也被提取出來(lái)。從圖2可以看出,尿素法提取的總RNA,葉和莖組織的質(zhì)量較好,根組織的RNA降解比較嚴(yán)重,說(shuō)明尿素法不適合用于提取小麥幼根組織的總RNA。兩種方法的比較分析表明,CTAB法優(yōu)于尿素法,適合小麥幼葉、莖和根組織的RNA提取。
2.2RNA純度檢測(cè)
提取的RNA經(jīng)分光光度計(jì)檢測(cè)表明,大多數(shù)RNA純度較好,結(jié)果如表1。從表1可以看出,用CTAB法提取的小麥幼苗組織總RNA,A260/A280的比值為1.938~2.000,說(shuō)明提取的RNA純度較高,而且得率也較高。而使用尿素法提取小麥幼苗的葉和莖組織的總RNA,A260/A280的比值介于1.948~1.962,說(shuō)明提取的總RNA純度較高,且得率也較高。但是用尿素法提取的小麥幼苗根的總RNA,A260/A280比值為1.710,說(shuō)明RNA純度較低,得率也較低。以上結(jié)果表明,CTAB法提取小麥幼苗各組織總RNA的效果較好,尿素法適合提取小麥幼苗葉片和莖組織的總RNA,不適合于小麥幼苗根組織總RNA的提取。
2.3RNA質(zhì)量檢測(cè)
為檢測(cè)CTAB法提取的RNA質(zhì)量,分別將幼苗的莖、葉和根組織的總RNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,并進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,結(jié)果如圖3。從圖3分析得到,RT-PCR技術(shù)成功擴(kuò)增出小麥的葉、莖和根組織中的actin基因,說(shuō)明CTAB法從小麥幼苗的葉、莖和根組織提取的RNA質(zhì)量較好,能滿足RT-PCR技術(shù)的要求。結(jié)果也暗示,使用CTAB法提取的小麥幼苗組織的RNA,能滿足Real-time PCR、cDNA文庫(kù)構(gòu)建等后續(xù)研究的要求。CTAB法是小麥幼苗各組織RNA提取的理想方法之一。
3討論
在RNA提取過(guò)程中,材料的研磨應(yīng)經(jīng)常使用液氮而提高了試驗(yàn)成本。本研究使用CTAB法和尿素法對(duì)小麥幼苗的根、莖和葉組織的RNA進(jìn)行提取,結(jié)果發(fā)現(xiàn)CTAB法提取效果好,適合小麥幼苗各組織RNA的提取。同時(shí)在組織的研磨中,不使用液氮,直接將RNA提取液和小麥幼苗組織混在一起研磨。提取的總RNA質(zhì)量好、得率高,能滿足RT-PCR等后續(xù)研究的要求。不過(guò),本方法也有其局限性,對(duì)幼嫩組織的RNA提取效果較好,而對(duì)成熟或衰老植物組織的提取效果較差;同時(shí)對(duì)保存在
-70℃的植物組織,提取效果也較差。
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