李穎 劉紅雨 王競 李永文 吳蘅 杜欣欣 王偉強 岳蛟 周清華 陳軍
腫瘤的發(fā)生發(fā)展是一個多因素、多階段的復(fù)雜過程,在基因水平上明確惡性腫瘤的發(fā)生發(fā)展并尋求治療手段,是近年來的研究熱點。其中,腫瘤細胞凋亡障礙及其機制受到了許多研究者的關(guān)注。BAG基因(Bcl-2-associated athanogene)家族是近年發(fā)現(xiàn)的抗凋亡基因家族,其分泌蛋白是已經(jīng)被確認的多功能結(jié)合蛋白,可與Bcl-2和熱休克蛋白70(heat shock proteins 70, Hsc70/Hsp70)結(jié)合,并可以與一系列轉(zhuǎn)錄因子作用調(diào)節(jié)各種生理過程?,F(xiàn)有的研究表明,BAG家族成員的表達與多種腫瘤的發(fā)病及預(yù)后相關(guān)。本研究采用基因表達譜芯片技術(shù)檢測BAG家族基因在29例肺腺癌及癌旁組織中的表達,并通過兩組GEO數(shù)據(jù)庫中已有的數(shù)據(jù)進行驗證,探討B(tài)AG家族基因表達與肺腺癌易感性的關(guān)系,為肺癌的發(fā)病及預(yù)后判斷等提供一定的依據(jù)。
1.1 材料
1.1.1 臨床標本及驗證數(shù)據(jù) 本研究29例患者的肺腺癌組織和距癌組織5 cm外遠癌組織配對標本來源于天津醫(yī)科大學(xué)總醫(yī)院肺外科手術(shù)切除標本。其中男性18例,女性11例;年齡最大者75歲,最小者51歲,平均年齡(62.14±6.48)歲;組織標本符合以下標準:①患者臨床診斷均為I期-IV期(PTNM)原發(fā)性肺癌;②術(shù)前均未進行化療和放療;③手術(shù)切除組織立即置入液氮中低溫冷凍保存。
驗證數(shù)據(jù)為美國國立生物信息中心(NCBI)GEO數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載的分別由Li-Jen Su和Landi MT等提交的基因表達譜芯片數(shù)據(jù)GSE7670和GSE10072。GSE7670數(shù)據(jù)為27例中國臺灣省肺腺癌患者,其中男性5例,女性22例;GSE10072數(shù)據(jù)為33例美國肺腺癌患者,其中男性22例,女性11例;共120張配對的芯片掃描圖像文件。
1.1.2 基因芯片 本實驗基因表達譜芯片采用美國Affymetrix公司提供的人類基因組HG-U133Plus-2.0芯片,該芯片涵蓋了大約54 000個人類基因序列。GEO數(shù)據(jù)庫GSE7670和GSE10072均采用Affymetrix公司HG-U133A芯片,此芯片涵蓋大約22 300個人類基因序列。
1.2 方法
1.2.1 cRNA的獲取及芯片雜交 按照Invitrogen公司操作按明書應(yīng)用Trizol方法抽提肺腺癌及癌旁組織的總RNA,紫外分析和變性膠電泳檢測總RNA質(zhì)量及濃度,用RNeasy Midi Kit(Qiagen)純化。按照Affymetrix one-cycle cDNA合成試劑盒實驗說明書(2006)進行cDNA合成純化,以IVT試劑盒進行cRNA合成純化,之后cRNA片段化,經(jīng)瓊脂糖電泳和紫外分光光度計對片段化的cRNA質(zhì)控后,進行探針標記及芯片雜交和洗脫,利用Affymetrix公司7G掃描儀進行芯片熒光掃描。以GCOS(gene-chip operation software)軟件收集所得數(shù)據(jù)。
1.2.2 GEO數(shù)據(jù)庫 GSE7670和GSE10072按照Affymetrix表達譜芯片實驗說明書(2001)對癌及癌旁組織進行總RNA抽提純化,cDNA合成純化,cRNA合成純化,cRNA片段化質(zhì)控,探針標記及芯片雜交和洗脫,利用Affymetrix公司6G掃描儀進行芯片熒光掃描。
1.2.3 結(jié)果分析 通過Bio-conductor軟件對本實驗58張和驗證數(shù)據(jù)120張Affymetrix配對的芯片掃描圖像文件進行分析及標準化,得到定量及定性信號值,將有效值成組輸入統(tǒng)計軟件庫中進行Cox回歸擬合單因素條件Logistic回歸分析。
1.3 統(tǒng)計學(xué)處理 應(yīng)用SPSS 16.0軟件包進行統(tǒng)計分析,信號值數(shù)據(jù)以Mean±SD表示,經(jīng)檢驗每組信號值均呈正態(tài)性分布,采用配對t檢驗法,以P<0.05為差別有統(tǒng)計學(xué)意義;并用Cox回歸擬合單因素條件Logistic回歸,以BAG家族各基因的比值比(OR)及其95%可信區(qū)間(CI)表示相對危險度。P<0.05為差別有統(tǒng)計學(xué)意義,OR<1為保護因素,OR >1為危險因素。
2.1 29例本院肺腺癌患者癌組織及癌旁組織中BAG家族基因的表達及其與肺癌易感性的關(guān)系(表1) BAG家族基因中BAG-1(探針202387_at、211475_s_at、229720_at)、BAG-2(探針209406_at)、BAG-5(探針202985_s_at、230427_s_at)基因為肺腺癌易感性的保護因素(P<0.05, OR<1),且BAG-1在正常肺組織中的表達顯著高于癌組織(P<0.05),正常肺組織中BAG-2、BAG-5的表達略高于癌組織;BAG-4(探針222909_s_at、228189_at)基因為肺腺癌易感性的危險因素(P<0.05,OR>1)且在癌組織中的表達顯著高于正常肺組織(P<0.05);BAG-3(探針217911_s_at)基因表達與肺腺癌易感性的關(guān)系無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。對29例肺腺癌患者癌組織BAG家族基因表達水平與性別和年齡分別做卡方檢驗,發(fā)現(xiàn)BAG家族各基因表達與肺腺癌患者的性別和年齡的關(guān)系均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
表 1 BAG家族基因表達與29例肺腺癌的關(guān)系Tab 1 Relationship between the expression of BAG family genes and 29 patients of lung adenocarcinoma
2.2 GSE7670數(shù)據(jù)庫(表2) 27例中國臺灣肺腺癌患者癌組織及癌旁組織表達譜芯片統(tǒng)計分析結(jié)果顯示:BAG家族基因中BAG-1(探針202387_at、211475_s_at)、BAG-5(探針202984_s_at、202985_s_at)基因為肺腺癌易感性的保護因素(P<0.05, OR<1)且在正常肺組織中的表達顯著高于癌組織(P<0.05),與本研究結(jié)果一致;BAG-2(探針209406_at)、BAG-3(217911_s_at)、BAG-4(探針219624_at)基因表達與肺腺癌易感性的關(guān)系無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
表 2 BAG家族基因表達與27例肺腺癌的關(guān)系Tab 2 Relationship between the expression of BAG family genes and 27 patients of lung adenocarcinoma
2.3 GSE10072數(shù)據(jù)庫(表3) 33例美國肺腺癌患者癌組織及癌旁組織表達譜芯片統(tǒng)計分析結(jié)果顯示:BAG家族基因中BAG-1(探針202387_at、211475_s_at)基因為肺腺癌易感性的保護因素(P<0.05, OR<1)且在正常肺組織中的表達顯著高于癌組織(P<0.05),與本研究結(jié)果一致;BAG-2(探針209406_at)、BAG-3(217911_s_at)、BAG-4(探針219624_at)、BAG-5(探針202984_s_at、202985_s_at)基因表達與肺腺癌易感性的關(guān)系無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
表 3 BAG家族基因表達與33例肺腺癌的關(guān)系Tab 3 Relationship between the expression of BAG family genes and 33 patients of lung adenocarcinoma
現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)的BAG家族基因成員包括BAG-1、BAG-2、BAG-3、BAG-4、BAG-5、BAG-6,這些多功能結(jié)合蛋白也被稱為分子伴侶蛋白,通過其保守的BAG結(jié)構(gòu)域與熱休克蛋白70(heat shock proteins 70, Hsc70/Hsp70)的ATP酶結(jié)構(gòu)域結(jié)合,調(diào)節(jié)這些伴侶蛋白的功能,參與包括細胞凋亡、腫瘤發(fā)生、神經(jīng)分化、應(yīng)激反應(yīng)和細胞周期等各種生理過程。BAG家族基因可以正性調(diào)節(jié)也可以負性調(diào)節(jié)Hsc70/Hsp70的功能。Hsc70/Hsp70的ATP酶結(jié)構(gòu)域與BAG基因結(jié)合,它們的底物結(jié)合區(qū)依然可以結(jié)合底物蛋白(如c-Fos、Bcl-2等),BAG基因的許多功能如抑制凋亡、對核激素受體的作用以及調(diào)控轉(zhuǎn)錄等都依賴于Hsc70/Hsp70對其他蛋白的調(diào)節(jié)作用,這些功能在腫瘤發(fā)生發(fā)展和預(yù)后中起著重要作用。
近年研究中除了BAG-1以外,其他BAG家族成員在肺癌中的表達也少有報道。一般認為BAG-1在腫瘤細胞中的過表達與其臨床預(yù)后相關(guān)。一些研究認為腫瘤細胞漿中BAG-1的過表達降低了腫瘤患者死亡危險性,并可以作為臨床良好預(yù)后指標。現(xiàn)有的研究[1,2]表明,BAG-1在乳腺癌、肺癌和宮頸癌等多種腫瘤中呈高表達,且BAG-1的高表達與腫瘤患者的臨床預(yù)后有關(guān),但是過表達的BAG-1在細胞中的分布與腫瘤發(fā)生之間的關(guān)系還有爭議。Tang等[2]報道,在140例乳腺癌中,77.7%的乳腺癌BAG-1呈高表達,且BAG-1的高表達與患者的預(yù)后不良相關(guān)。但在肺癌的研究中,BAG-1的高表達卻與患者的良好預(yù)后相關(guān)[1]。我們的研究卻表明,在非小細胞肺癌中,BAG-1的表達與患者的預(yù)后不良相關(guān),BAG-1低表達組患者生存期明顯長于高表達組患者[3]。研究結(jié)果的差異可能與選用病例的疾病分期及組織學(xué)類型不同有關(guān)。BAG家族其他成員因為發(fā)現(xiàn)較晚,對其功能的研究還不多見。但是,由于它們都具有相同的結(jié)構(gòu)域和相似的結(jié)構(gòu),都通過BAG結(jié)構(gòu)域與Hsc70/Hsp70等發(fā)生作用,故推測它們也參與了肺癌的發(fā)生和發(fā)展。
本研究通過對29例肺腺癌患者的癌組織及癌旁組織BAG家族基因表達的檢測發(fā)現(xiàn)BAG-1、BAG-2、BAG-5為肺腺癌發(fā)生的保護性因素,并在GEO數(shù)據(jù)庫中得到了部分驗證。Turner等[4]發(fā)現(xiàn)122例浸潤性乳腺癌組織與正常乳腺組織比較,其中79例BAG-1表達上調(diào),在早期乳腺癌細胞漿中BAG-1的高表達與遠處轉(zhuǎn)移和患者生存期呈負相關(guān),提示BAG-1表達的改變可能是早期乳腺癌的一個征兆。其分子機制尚不明確,可能是BAG家族其他成員蛋白與BAG-1競爭結(jié)合HSC70/HSP70有關(guān),所以BAG-1基因與腫瘤發(fā)生之間的關(guān)系還有待于進一步研究。
本研究中BAG-2、BAG-5亦為肺腺癌發(fā)生的保護因素,Wang等[5]在對甲狀腺癌中BAG-2的表達研究發(fā)現(xiàn)BAG-2表現(xiàn)促凋亡作用,且其促凋亡活性可能為蛋白酶體抑制劑所誘導(dǎo)。BAG-5除了可與Hsc70/Hsp70結(jié)合以外,其功能報道甚少。然而,最近的一項研究表明,BAG-5在帕金森氏病中發(fā)揮著重要作用。研究人員[6]發(fā)現(xiàn)BAG-5可抑制E3類酶和Hsc70/Hsp70的活性,促進多巴胺神經(jīng)細胞變性、凋亡,所以BAG-5可能會在帕金森氏病靶向治療中起到重要作用。這可能與BAG-2、BAG-5抑制腫瘤發(fā)生有一定的關(guān)系。另外,本研究結(jié)果與GEO數(shù)據(jù)庫結(jié)果并不完全一致,有可能與人種、生存環(huán)境的差異較大有關(guān)。
Liao等[7]和Ozawa等[8]利用原位雜交和免疫組織化學(xué)方法對胰腺癌患者組織標本和胰腺癌細胞株進行檢測發(fā)現(xiàn)BAG-3和BAG-4均有過表達現(xiàn)象,然而正常胰腺組織中呈低表達,結(jié)果顯示,BAG-3和BAG-4抑制凋亡作用可能與腫瘤的侵襲生長有關(guān)。這與本研究中BAG-4表現(xiàn)為肺腺癌的危險因素的結(jié)果相一致。BAG-4的功能與TNF-R1和死亡受體-3(DR-3)的胞漿部分有關(guān)。最近的數(shù)據(jù)[9]顯示TNF-R1的死亡域N末端含有一個ATP酶結(jié)構(gòu)域,ATP在BAG-4和TNF-R1之間起著調(diào)節(jié)作用。研究發(fā)現(xiàn)在體外Hsc70/Hsp70濃度的增加打斷了BAG-4和TNF-R1的連接,這表明Hsc70/Hsp70與TNF-R1競爭結(jié)合BAG-4。正常生理狀態(tài)下,BAG-4與TNF-R1結(jié)合,當細胞受到TNF-α刺激時,BAG-4與TNF-R1解離,TNF-R1活化,繼而導(dǎo)致凋亡的發(fā)生。因此,BAG-4通過與TNF-R1結(jié)合發(fā)揮抗凋亡蛋白的功能,阻止配體非依賴性寡聚化和受體的活化。在多種癌細胞系中,BAG-4的過表達抑制了TNF-R1誘導(dǎo)的NF-κB的活化和細胞死亡[8,10]。近年也有研究[11]發(fā)現(xiàn),細胞漿中BAG-4的高表達與上皮性卵巢癌的侵襲浸潤呈負相關(guān)。在宮頸癌Hela細胞中BAG-3表現(xiàn)出與Caspases和蛋白酶體相關(guān)的抗腫瘤凋亡活性[12]。
綜上所述,BAG家族基因所表達蛋白能夠通過其結(jié)構(gòu)域與其他蛋白作用,并通過增加目標蛋白的分子伴侶發(fā)揮銜接分子的作用,進而改變這些目標蛋白的功能,其可能參與了包括蛋白降解、細胞增殖、遷移和凋亡等在內(nèi)的多種細胞生理活動。而很多研究者對BAG家族基因在腫瘤細胞中的表達位置及表達量與其在腫瘤發(fā)生中的作用還存在不同的觀點,BAG家族基因的作用還有待進一步研究,探討其潛在的臨床意義,BAG家族基因有望作為癌癥早期診斷、判斷預(yù)后、個體化治療以及靶向治療的靶分子。