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        福建茶樹(shù)品種的SSR分析及其人為選擇的影響

        2010-07-30 10:01:04姜燕華段云裳王麗鴛曾建明
        浙江林業(yè)科技 2010年3期
        關(guān)鍵詞:資源分析

        姜燕華,段云裳,王麗鴛,周 健,曾建明,成 浩*

        (1. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所國(guó)家茶樹(shù)改良中心,浙江 杭州 310008;2. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)茶葉科學(xué)研究所,江蘇 南京 210095)

        福建省茶樹(shù)栽培歷史悠久,是我國(guó)茶樹(shù)無(wú)性系品種的起源地。廣大茶農(nóng)在長(zhǎng)期的生產(chǎn)實(shí)踐中,篩選和培育了大批的無(wú)性系地方(農(nóng)家)品種。這些地方品種中的部分優(yōu)異者,如福鼎大白茶、政和大白茶、黃惔等在生產(chǎn)實(shí)際中的應(yīng)用和分布較廣,1985年被全國(guó)農(nóng)作物品種審定委員會(huì)認(rèn)定為第一批國(guó)家級(jí)良種,其中部分品種在20世紀(jì)60年代后被推廣引種到全國(guó)各地的產(chǎn)茶省份,并成為各地茶樹(shù)育種機(jī)構(gòu)所經(jīng)常采用的育種親本。同時(shí),近幾十年來(lái),福建省還采用單株選育、雜交等方法培育了福云系列、鐵觀音黃惔系列等一大批茶樹(shù)良種,是我國(guó)茶樹(shù)育成品種數(shù)較多的省份之一[1~5]。

        分子標(biāo)記是以個(gè)體間遺傳物質(zhì)內(nèi)核苷酸序列變異為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記,是DNA水平遺傳多態(tài)性的直接反映。目前已經(jīng)發(fā)展出多種標(biāo)記方法,如RAPD、ISSR、SSR等,這些標(biāo)記不僅在水稻[6]、小麥[7]等農(nóng)作物上,還在馬蘭[8]、朱砂根[9]等藥科植物上得到廣泛應(yīng)用。SSR(simple sequence repeats)標(biāo)記又稱(chēng)微衛(wèi)星(microsatellite)標(biāo)記,是由1 ~ 6個(gè)核苷酸組成的簡(jiǎn)單重復(fù)序列,廣泛分布于真核生物基因組中。SSR標(biāo)記具備多態(tài)性豐富、重復(fù)性好、共顯性和易于使用等特點(diǎn),是目前應(yīng)用最廣的分子標(biāo)記之一。在茶樹(shù)物種研究中,多種分子標(biāo)記都得到一定應(yīng)用[10~11],我國(guó)茶樹(shù) SSR標(biāo)記的建立始于金基強(qiáng)等人[12]的研究。隨后,茶樹(shù) SSR標(biāo)記得到快速發(fā)展和廣泛應(yīng)用。姚明哲等[13]采用EST-SSR引物對(duì)我國(guó)江北茶區(qū)進(jìn)行多態(tài)性和遺傳結(jié)構(gòu)分析,認(rèn)為種質(zhì)資源沒(méi)有出現(xiàn)明顯的地區(qū)分化;王麗鴛等[14]利用SSR標(biāo)記對(duì)茶組資源間親緣進(jìn)化進(jìn)行研究,構(gòu)建出茶組12個(gè)種的遺傳進(jìn)化關(guān)系圖;劉振等[15]通過(guò)EST-SSR標(biāo)記對(duì)福建省茶樹(shù)資源多態(tài)性進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)福建省茶樹(shù)資源具有較高的遺傳多樣性;而黃建安等[16]將毛細(xì)管電泳四色熒光檢測(cè)技術(shù)與SSR標(biāo)記結(jié)合,使得SSR標(biāo)記在茶樹(shù)上的應(yīng)用更為方便和可靠,且成本大大降低。但目前采用SSR標(biāo)記來(lái)探討人為選擇對(duì)我國(guó)茶樹(shù)品種多態(tài)性影響的系統(tǒng)分析還沒(méi)有。

        本文采用SSR分子標(biāo)記方法,對(duì)福建省茶樹(shù)地方品種和育成品種的親緣關(guān)系和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了比較分析,并討論人為選擇對(duì)茶樹(shù)品種遺傳多態(tài)性的影響。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        60份試驗(yàn)材料(表1)來(lái)源于中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所國(guó)家茶樹(shù)種質(zhì)資源圃和福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所種質(zhì)資源圃,包括31份地方品種(其中15份經(jīng)國(guó)家或省級(jí)審(認(rèn))定)和29份近代育成品種(系)[5,17]。于4月下旬采集一芽二葉新梢,置-80℃冰箱中備用。

        表1 參試茶樹(shù)品種名稱(chēng)和來(lái)源Table 1 Name and origin of the tested 60 tea varieties

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 DNA提取 將材料于液氮條件下研磨成細(xì)粉,參照劉本英[18]CTAB法進(jìn)行改進(jìn)提取基因組DNA。1.0%的瓊脂糖凝膠電泳定性檢測(cè)所提DNA,用Shimadzu UV2550(日本津島公司)分光光度儀定量檢測(cè)純度和濃度,最后將DNA濃度稀釋標(biāo)定到20 ng/μL,置于-20℃冰箱備用。

        1.2.2 引物確定 引物由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶樹(shù)資源與改良中心自主開(kāi)發(fā),選取多態(tài)性較好的36對(duì)SSR引物用于本次實(shí)驗(yàn)標(biāo)記,部分引物信息見(jiàn)表2及王麗鴛等人研究[19]。引物由上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        表2 部分EST-SSR引物信息Table 2 Information of parts of EST-SSR primer pairs

        1.2.3 PCR反應(yīng) PCR反應(yīng)總體積10.0 μL,在PTC-200型PCR儀(MJ Research, Inc., Waltham, MA, USA)上進(jìn)行,具體反應(yīng)步驟為:94℃預(yù)變性4 min→35個(gè)循環(huán)的變性(94℃ 30s)→退火(溫度隨引物不同而不同,45s)→延伸(72℃ 30s)→72℃下繼續(xù)延伸10 min→4℃保溫[20]。

        1.2.4 產(chǎn)物檢測(cè) 采用 10%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳進(jìn)行分離檢測(cè),在 Bio-Rad 300型電泳儀(Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA)上電壓設(shè)定為160 V,時(shí)間150 min,電泳結(jié)果用銀染檢測(cè)。用Bio-Rad Gel Doc 2000凝膠成像儀進(jìn)行拍照記錄。

        1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析

        對(duì)同一個(gè)SSR引物的擴(kuò)增條帶(等位變異)在各參試資源中記錄有或無(wú)。同一位置條帶如果無(wú)或模糊不易分辨,則記為“0”;如果有清晰條帶,則記為“1”,用 Excel表存儲(chǔ),再按照各種不同的軟件進(jìn)行相應(yīng)格式的轉(zhuǎn)換。

        參試資源某一位點(diǎn)的等位基因數(shù)(na)、有效等位基因數(shù)(ne)、期望雜合度(He)、Nei氏多樣性指數(shù)(Nei)、平均遺傳距離(Mean. D)以及Shannon信息指數(shù)(I)等數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)在Popgene 1.32軟件包中完成;基因型(GenoType)和多態(tài)性信息含量(PIC)在Powermarker Ver.3.25中完成;根據(jù)Nei氏遺傳距離,按非加權(quán)類(lèi)平均法(unweighted pair group method with arithmetic averaging, UPGMA),采用Popgene 1.32軟件結(jié)合MEGA 3.1分析軟件[21~22]對(duì)60份參試材料進(jìn)行聚類(lèi)并繪制聚類(lèi)圖。

        采用structure2.3軟件對(duì)60份供試材料進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)分析,按照似然值最大的原則選取合適的K值,得到基于模型的群體遺傳結(jié)構(gòu)圖[23~24]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 參試材料的多態(tài)性分析

        采用36對(duì)SSR引物對(duì)60份材料進(jìn)行多態(tài)性分析,共檢測(cè)到165條多態(tài)性條帶,平均每對(duì)引物檢測(cè)到4.58條(圖1);所得基因型共343個(gè),平均為9.53個(gè);平均多態(tài)信息量(PIC)0.54。

        將參試材料分為基本未獲推廣應(yīng)用的未審(認(rèn))定地方品種、品質(zhì)性狀優(yōu)異而獲得較大面積推廣應(yīng)用的審(認(rèn))定地方品種和現(xiàn)代育成品種3類(lèi),分別計(jì)算他們的多態(tài)性數(shù)據(jù),并將生產(chǎn)上推廣應(yīng)用的審(認(rèn))定地方品種和現(xiàn)代育成品種合并作為一組,并計(jì)算了多態(tài)性各項(xiàng)數(shù)據(jù)。其結(jié)果(表 3)表明,前三組的多態(tài)性從高到低依次為未審(認(rèn))定地方品種>育成品種>審(認(rèn))定地方品種。而后兩組合并成推廣應(yīng)用品種組后,其多態(tài)性結(jié)果仍低于未審(認(rèn))定地方品種組。但是,現(xiàn)代育成品種間的平均遺傳距離卻大于地方品種間的平均遺傳距離。

        圖1 引物A58對(duì)60份福建茶樹(shù)材料的擴(kuò)增電泳圖Figure 1 The amplification result of primer A58 for the 60 tea varieties from Fujian

        2.2 參試材料的親緣關(guān)系分析

        由60份參試資源的聚類(lèi)結(jié)果(圖2)表明,在分支長(zhǎng)度為 0.2883時(shí),參試材料被劃分為A1和A2兩大類(lèi)。

        其中A1大類(lèi)所聚的 15份供試材料全部屬于未審(認(rèn))定的地方品種,如矮腳烏龍、臘面和張儀等;A2大類(lèi)包括的是在生產(chǎn)中推廣應(yīng)用較多的國(guó)家(?。┘?jí)審(認(rèn))定地方品種和現(xiàn)代育成品種,這一大類(lèi)中還出現(xiàn)了4個(gè)聚集較為緊密的小亞群,其中B類(lèi)主要為福鼎大白茶與云南大葉茶的雜交后代如福云6號(hào)、7號(hào)等,以及與福鼎有關(guān)的一些品種如福鼎大毫茶、早逢春、霞浦春波綠;D1類(lèi)大部分是鐵觀音和黃棪的雜交后代如黃觀音、黃玫瑰、紫玫瑰等,和鐵觀音同樣來(lái)自于安溪的鳳圓春,以及兩個(gè)來(lái)自武夷山的品種九龍袍和丹桂;而D2類(lèi)中大部分是原產(chǎn)于安溪縣獲國(guó)家級(jí)認(rèn)定的地方品種,如毛蟹、鐵觀音、黃棪等。

        60份供試材料中遺傳距離最大的是大紅和紅芽佛手,都屬于地方品種,為1.87。而黃玫瑰和紫玫瑰由于遺傳背景非常接近[25],他們之間的遺傳距離最小,只有0.02。

        圖2 60份茶樹(shù)材料的UPGMA聚類(lèi)圖Figure 2 Dendrogram of PopGen cluster

        2.3 參試材料的遺傳結(jié)構(gòu)分析

        遺傳結(jié)構(gòu)分析顯示,當(dāng)K = 2時(shí),能夠取到最大似然值,此時(shí)供試材料被分為兩大類(lèi)群:I亞群和Ⅱ亞群(圖3),兩大亞群分離明顯,具有明顯的結(jié)構(gòu)差異。

        其中第I亞群包括15份供試材料,占總參試材料的25%,全部為未審(認(rèn))定地方品種,與聚類(lèi)分析結(jié)果中的A1類(lèi)完全一致;剩下的45份參試資源分布于亞群Ⅱ,占總數(shù)的75%。

        圖3 60份材料的遺傳結(jié)構(gòu)Figure 3 The genetic structure of 60 tea germplasms from Fujian

        3 討論

        本文采用的聚類(lèi)分析和遺傳結(jié)構(gòu)分析都將60份參試材料以相同的方式分成了兩大類(lèi),第一大類(lèi)囊括了15個(gè)未經(jīng)審定的地方品種,這些品種資源的共同特點(diǎn)是在生產(chǎn)實(shí)踐上獲得的認(rèn)可度較低,因而沒(méi)有獲得規(guī)?;耐茝V應(yīng)用。而另一大類(lèi)則包括了在生產(chǎn)中獲得了較大規(guī)模推廣應(yīng)用的、已經(jīng)獲得國(guó)家或省級(jí)審(認(rèn))定的地方品種和其他所有的現(xiàn)代育成品種,這些品種的共同特點(diǎn)是其品質(zhì)性狀都較為符合近現(xiàn)代茶葉生產(chǎn)的需求,獲得茶葉生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)者認(rèn)同度較高。因此,這樣兩種來(lái)源的品種被歸入同一大類(lèi)的原因之一,可能就在于他們都是經(jīng)歷了較為強(qiáng)烈的人為篩選后所留下的幸運(yùn)兒,而這些人為篩選的目標(biāo)或者標(biāo)準(zhǔn),因?yàn)槎际且陨a(chǎn)實(shí)際為指導(dǎo)的,因而是基本相同或近似的,由此導(dǎo)致了他們?cè)谳^多的性狀位點(diǎn)上趨于同質(zhì)化。這兩類(lèi)品種材料的多態(tài)性指標(biāo)數(shù)值低于未經(jīng)審(認(rèn))定地方品種組的事實(shí),同樣表明了他們遺傳多樣性程度的被降低。

        表3 不同類(lèi)型品種的多態(tài)性比較Table 3 Polymorphic comparison among different groups

        審(認(rèn))定地方品種和現(xiàn)代育成品種被歸入同一大類(lèi)的另一個(gè)影響因素可能來(lái)自于以下事實(shí),在29個(gè)育成品種中,多數(shù)(19個(gè))都與福鼎大白茶、鐵觀音和黃惔這三個(gè)地方品種中的一個(gè)或兩個(gè)有親緣關(guān)系,它們或者是這三個(gè)地方品種的雜交后代,或者是從這三個(gè)地方的種子后代中篩選出來(lái)的,因而使得這兩類(lèi)材料間的遺傳背景變得更為相近。但是,另一方面,來(lái)自于云南的云南大葉茶作為雜交親本的引入,可能是導(dǎo)致育成品種間平均遺傳距離增大的原因。因此,從以上分析可以看出,帶有相同或相似目的的人為選擇,確實(shí)降低了生產(chǎn)上推廣使用的茶樹(shù)品種的遺傳多樣性。

        致謝:在研究過(guò)程中得到了福建省茶葉研究所郭吉春研究員的大力幫助,在此謹(jǐn)表謝意。

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