1909年，正在重建中的清政府海軍，并沒有因自己的弱小而龜縮在“黃”海之內(nèi)韜光養(yǎng)晦，而是積極地走向“深藍(lán)”。小小的東沙島，成為1909年清政府外交乃至軍事的焦點(diǎn)。這個控制廣達(dá)5000平方公里海域的戰(zhàn)略要地，是漁民眼中淘金的寶庫。

這樣的金礦，也吸引了已經(jīng)占領(lǐng)臺灣的日本人。1901年，日本商人西澤吉次的商船因風(fēng)暴偏離航道飄到了東沙島，發(fā)現(xiàn)了島上豐富的磷質(zhì)礦砂。次年，西澤吉次再次率船前來，挖掘了大量磷質(zhì)礦砂，運(yùn)到臺灣販賣。這一年，南澳總兵李準(zhǔn)率領(lǐng)軍艦，前往西沙、東沙群島巡視，在各主要島嶼（包括東沙島）勒石為碑，宣示主權(quán)。就在這次巡邏中，清政府海軍第一次注意到了日本人對東沙島的野心。

西澤吉次決心大規(guī)模開發(fā)東沙島，但不久日俄戰(zhàn)爭爆發(fā)，他的雄偉計(jì)劃只好擱置。戰(zhàn)后，西澤吉次在1907年夏帶領(lǐng)120名工人登上東沙島，將這塊“無主荒地”命名為“西澤島”，升起了日本國旗。這一年冬天，日本軍艦滿載日本移民和軍火前來助威，護(hù)送商船“二辰丸”號，計(jì)劃在東沙島長期據(jù)守。

清政府的反應(yīng)是相當(dāng)敏銳和迅速的。兩江總督端方首先得到消息，迅速向外務(wù)部報告了該情況。同時，端方也將情報電告兩廣總督張人駿。照理說，兩江總督插手兩廣的事情，本是官場大忌，但難得的是，無論是端方還是張人駿，對此并不在意。兩位封疆大吏開始了頻繁的電文來往，積極查資料、找依據(jù)，并在1908年年底，共同要求南洋海軍協(xié)助進(jìn)行實(shí)地調(diào)查。1909年春節(jié)一過，南洋海軍副將吳敬榮便率飛鷹艦遠(yuǎn)航東沙，確認(rèn)了該島已被日本人強(qiáng)占，并拍攝了照片作為證據(jù)。1909年初夏，飛鷹號協(xié)同一艘海關(guān)巡邏艇再度遠(yuǎn)航東沙取證，還順道巡視了西沙群島。

在最初的外交交涉中，日本政府堅(jiān)持認(rèn)為該島是“無主荒島”，但當(dāng)張人駿提供了大量資料及人證、物證后，日本人不得不承認(rèn)了中國對東沙島的主權(quán)。隨后，日本人提出中國要對西澤吉次已經(jīng)建設(shè)好的基礎(chǔ)設(shè)施進(jìn)行補(bǔ)償，中國方面則針鋒相對地要求，日本商人必須向中國政府補(bǔ)繳偷漏的漁業(yè)稅和礦砂稅。

此時，因日本方面強(qiáng)行改筑安奉鐵路，中日兩國在東北的關(guān)系開始緊張，東北和華北均掀起了抵制日貨的新浪潮，日本人也只能在東沙問題上放手，以避免兩線“作戰(zhàn)”。幾番唇槍舌劍后，中日雙方終于在1909年10月11日簽訂了東沙問題條約，明確東沙群島為中國固有領(lǐng)土，日本人立即撤出。

1909年11月19日，廣東候補(bǔ)知府蔡康和日本駐廣州副領(lǐng)事掘義貴代表兩國政府，參加了交接儀式。清軍士兵開始武裝鎮(zhèn)守東沙島等南海各島?，F(xiàn)在，東沙島由臺灣當(dāng)局派兵駐守。