在今天看來，胡克、斯蒂諾的論證非常有說服力，應該很快被普遍接受才對。實際上卻并非如此。他們只是孤獨的先驅，大多數(shù)學者仍然相信化石是自然形成的石頭，否則怎么解釋多數(shù)化石找不到與之對應的生物?又怎么解釋海貝化石會出現(xiàn)在山頂上呢?這些問題的答案將會嚴重地動搖他們的基督教世界觀，在當時是無法想象的。

在1677年，英國牛津大學第一任化學教授普洛特出版《牛津郡的自然史》，反駁胡克、斯蒂諾等人的看法。他認為貝殼化石其實與貝殼沒有關系，而是礦物質結晶形成的?；瓷先ズ蜕锖芟?，純屬巧合，就像鐘乳石或雪花也會長得看上去像生物一樣。只有個別的化石他承認是生物體的殘余，這主要是恐龍的骨化石。當然，普洛特把它們當成是《圣經》所記載的巨人的骨頭。這些巨人被諾亞大洪水淹死了。

即使到了18世紀初期，對化石的研究仍然深受《圣經》記載的影響。1726年，瑞士博物學家余赫澤出版研究化石的著作，還把化石當成要么是“大自然的惡作劇”，要么是諾亞大洪水的遺物。他把一個特別大的化石描述成在大洪水中喪生的巨人的骨頭，證明了《圣經》記載的真實性，因此把它命名為“大洪水的見證人”。它實際上是一種史前大蠑螈的化石。

更可笑的事件發(fā)生在德國。烏茲堡大學醫(yī)學院院長柏林格堅信化石不過是“一種大自然的作者(上帝)自得其樂地埋藏起來的特殊石頭”，他不僅喜歡收藏化石，而且愛炫耀其藏品和做有關演講。1725年，他的兩名同事對柏林格的傲慢很不滿，想讓他出出丑。他們雕刻了一些假化石，收買了一名被柏林格雇用替他挖化石的男孩，叫他把它們挖出來獻給柏林格。

這些“化石”和其他地方發(fā)現(xiàn)的化石大不相同，更像是一幅幅畫像：有眼睛的鳥、在結網(wǎng)的蜘蛛、在交配的青蛙、在采蜜的蜜蜂、光芒四射的太陽、帶尾巴的彗星、星星，更進一步證實了化石的確是“上帝制作的藝術品”。后來挖出的化石甚至有上帝的簽名：用希伯來文寫的“耶和華”!

柏林格很快寫成一本著作，準備公布這個重大發(fā)現(xiàn)。這時候，那兩名同事覺得自己做得太過分了，告訴柏林格真相，但是柏林格不為所動，認為他們是出于嫉妒，陰謀埋沒他的重大發(fā)現(xiàn)。柏林格在1726年出版了其著作。幾個月后，柏林格才醒悟過來，據(jù)說是因為挖到了一個用希伯來文寫著他的名字的“化石”。傳說柏林格羞愧難當，花巨資試圖把其著作都收購回來銷毀，并很快郁郁死去——這最后一條顯然不符合事實，因為柏林格此后還活了14年。

此時，化石是生物體的遺跡的觀點已開始在學術界占據(jù)主流。瑞典博物學家林奈在1735年出版《自然系統(tǒng)》，試圖為所有的生物進行分類，其中就包括化石，并用和生物一樣的方法進行命名。

在17世紀的西方世界，妨礙人們接受化石是生物體的遺跡的，主要是基督教的信仰。一旦化石的生物起源被確認，宗教信仰也就不得不發(fā)生動搖。首先面臨的一個難題，是如何解釋遺留在山上的海洋生物化石。與基督教《圣經》的記載調和的唯一希望，是認為化石是在諾亞大洪水中滅亡的動物的遺跡。但這一希望，在發(fā)現(xiàn)化石是分層分布的之后，就被徹底粉碎了：僅僅一次的大災難，如何能使化石形成分層分布，而且每一層都有獨特的動物和植物化石?

另一個難題更加令人難堪：化石所代表的生物，有許多在現(xiàn)在似乎不存在了。胡克在其死后出版的《關于地震的對話》一書中描述了許多奇怪的化石，例如有些化石是巨大的螺旋體，重達200千克，看上去就像盤起來的蛇，因此被稱為“蛇石”。這些化石并沒有現(xiàn)存的生物與之對應。胡克將它們和鸚鵡螺進行比較，認定它們屬于某種已不存在的軟體動物。因此他猜測生物物種也許有一個固定的“壽命”。這意味著物種會滅絕，同時也會產生新的物種。胡克是這么說的：“在以前的年代里有許多其他物種在現(xiàn)在我們不能找到；而且，在現(xiàn)在也許有種種當初沒有的新物種，這也并非不可能?！?/p>

在今天，物種會滅絕，是盡人皆知的事，但對19世紀以前的西方人來說，物種滅絕是難以想象的。這首先也是由于基督教信仰。全能、全知、全善的上帝怎么可能會讓物種滅絕?即使在上帝決定要讓大洪水淹沒整個世界的時候，也記得讓諾亞把所有動物都一對一對地帶上方舟，以保證所有的物種都能延續(xù)下去。何況，所有的生物都是上帝設計、創(chuàng)造出來的，如果認為物種會滅絕，就是在認為上帝的創(chuàng)造物是不完美的，是上帝在設計生物時出了差錯，這種想法簡直是在褻瀆神靈。

西方傳統(tǒng)的自然哲學思想也讓人難以接受物種滅絕的觀念。亞里士多德在對生物進行分類、比較時，認識到可以對不同的生物按從簡單到復雜的次序進行排列，構成一個等級系統(tǒng)。在他看來，自然界存在著從非生物、植物、動物到人的連續(xù)序列，組成了一個從最不完善的事物上升到最完善的事物的線性鏈條，每個事物都是這個鏈條中的一環(huán)。他把這稱為自然界等級。這種等級排列是上帝為世界制訂的理性藍圖的一部分，它代表著大自然永恒而和諧的秩序。如果某個物種滅絕了，就意味著“自然界階梯”少掉了一級，“事物大鏈條”被打斷了，世界不再是完美的了。

因此許多人認為，雖然有些化石在現(xiàn)存生物中找不到對應的物種，并不能說明這些物種已經滅絕。也許它們數(shù)量過于稀少，因此沒有被采集到；也許它們還躲在某個偏僻的地方有待發(fā)現(xiàn)。尋找這類未知的生物，在當時成了科學探險的一部分。1803年，路易斯和克拉克開始穿越美國大陸的探險時，當時的美國總統(tǒng)杰菲遜要他們尋找一種巨大的草原獅子。杰菲遜認為他見到的一個大爪子化石是這種未知的大獅子留下的。其實那塊化石屬于一種已滅絕的大型樹獺，但是杰菲遜相信“事物大鏈條”的觀念，不相信物種會滅絕。

要證明某種東西存在，很容易，只要找到它就行，而要證明某種東西不存在，是非常困難的，找不到它并不等于它不存在。而且某些原先被認為滅絕的物種，后來的確被找到了，最著名的是1939年在東非發(fā)現(xiàn)的矛尾魚，在那之前這種魚被認為已在7500萬年前滅絕。

不過，到了19世紀初，法國古生物學家居維葉還是令人信服地舉例說明，至少有某些物種已經滅絕了。他不以海洋生物為例，因為海洋的絕大部分區(qū)域都還未被人類探索過，很難證明某種現(xiàn)在沒有發(fā)現(xiàn)的海洋生物不會藏在某處的深海。居維葉選擇了陸地生物，而且是最能引起人們注意的大型哺乳動物。他指出，有許多種大型哺乳動物的化石與現(xiàn)存的哺乳動物類似，然而又不相同，例如在西伯利亞發(fā)現(xiàn)的猛犸象化石和在美洲發(fā)現(xiàn)的乳齒象化石，顯然都是某種象，但是和現(xiàn)存的亞洲象和非洲象的骨架并不相同。如果這些化石所代表著的大型哺乳動物還生存著，那么是很容易發(fā)現(xiàn)的。既然它們在世界各地都未發(fā)現(xiàn)，那么可以認定它們已經滅絕了。

是什么原因導致了這些物種的滅絕呢?居維葉和他的同事通過研究巴黎盆地眾多的采石場，發(fā)現(xiàn)那里的地層可分為五層，每一層都有獨特的化石群：第一層是生活于淡水湖和沼澤地的動植物，第二層主要是海洋貝殼類動物，第三層又是淡水生物，第四層主要是海洋生物，少數(shù)是淡水生物，最下面一層是淡水貝殼類動物和木頭。這些化石表明巴黎盆地在歷史上曾經幾次被海水淹沒過。居維葉據(jù)此提出了災變論，認為在地球歷史上，周期性地出現(xiàn)大災難，海洋淹沒了陸地，滅絕了那里所有的生物。海水退下后，未被淹沒地區(qū)的陸地生物遷移到新出現(xiàn)的土地。居維葉相信。這樣的大災變至少出現(xiàn)過三次。

居維葉還注意到，化石不僅是分層分布的，而且呈現(xiàn)出從簡單到復雜的順序。在他所知道的最古老的巖層中，只有腔腸動物等海洋無脊椎動物的化石，可能還有魚化石，第二古老的巖層含有蕨類和棕櫚樹化石，但是沒有陸地脊椎動物化石。在第三層出現(xiàn)了獨特的陸地爬行動物和某些已滅絕的魚，再往上一層的化石中有許多種巨大的爬行動物和單子葉植物，晚近的一層才出現(xiàn)哺乳動物。居維葉相信物種是固定不變的，因此他不認為從簡單到復雜的化石順序表明了生物的進化。相反的，他認為這種化石順序不過表明每一次災變都是在為幸存的更高級的生物創(chuàng)造繁衍的機會而已。他發(fā)現(xiàn)有證據(jù)顯示在五六千年前在世界范圍內出現(xiàn)過大洪水(實際上是10000年前冰川融化的痕跡)，他認為這最后一次災變自然是在為“造物主最后和最完美的作品”——人類——清理舞臺了。這最后一次災變很容易讓人聯(lián)想到諾亞大洪水，因此災變論就成了神創(chuàng)論者的一根救命稻草。

但是一根稻草并不能真正救命。雖然居維葉仍然想要挽救神創(chuàng)論，但是他的這些觀點都與基督教世界觀格格不科：地球并不年輕，而是極為古老；世界并非一成不變。而是處于變化之中。一旦知道地球的歷史極為古老，而且物種會滅絕，進化論也就呼之欲出了。雖然居維葉對物種滅絕的解釋是錯誤的，但是他的一系列發(fā)現(xiàn)已為進化論掃清了道路。當達爾文的《物種起源》在1859年發(fā)表時，人們已普遍接受化石能顯示地球和生命發(fā)生的歷史變化，古生物化石成了生物進化最直觀的證據(jù)。