加拉帕戈斯群島是一些反差強烈的島嶼：岸邊低地貧瘠、干旱，植被以仙人掌科為主；隨著海拔的升高，濕度不斷增大，200米，500米的山坡上生長著茂盛的常綠林：而海拔最高的地區(qū)是苔蘚、蕨類植物占優(yōu)勢的曠野。

正如其他大洋群島一樣，這些島嶼的動植物區(qū)系也都取決于海洋或空中帶來的不速之客，在這些島嶼上發(fā)現(xiàn)的許多動物。不只對群島，對群島之中的某些特定島嶼而言都是很獨特的。

例如，加拉帕戈斯群島是地球上唯一有海鬣蜥的地方。這些蜥蜴僅以海草為食，并且通過發(fā)育不完全的蹼適應了海上生活方式。7種不同的海鬣蜥，每種都有明顯的差異，并在不同的島嶼上演化；其中的六個島嶼上均有一種加拉帕戈斯群島特有的陸鬣蜥。群島還以另一種爬行動物——巨龜聞名于世，成熟的巨龜能重達135千克一180千克由于沒有競爭對手，15個特有品種中的4種現(xiàn)在已經(jīng)滅絕，還有1／5現(xiàn)僅存單身雄龜。。

在加拉帕戈斯群島附近的水域中，人們還發(fā)現(xiàn)兩種海生動物，并且都是特有種：加拉帕戈斯海狗是亞南極屬中唯一的熱帶代表，喜夜間活動：另一種是加拉帕戈斯海獅，在白天活動。鳥類種群有到群島來繁殖的有翅信天翁等候鳥和28種陸地鳥類及特有的海鳥，其中包括加拉帕戈斯企鵝和加拉帕戈斯黑腰海燕等特有種。