重慶盡管在建立適合企業(yè)自主創(chuàng)新機制方面不乏成功的范例，在科技成果轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力的保障機制建立方面也做得有聲有色，但從整體上看，大多數(shù)企業(yè)在建立推進自主創(chuàng)新的機制上卻步履緩慢，有助于自主創(chuàng)新的產(chǎn)權(quán)機制、用人機制、投融資機制、聯(lián)合開發(fā)機制等不完善，跟發(fā)達地區(qū)相比，重慶企業(yè)在自主創(chuàng)新方面最大的差距還是機制。

以聯(lián)合開發(fā)機制而言，重慶在產(chǎn)學(xué)研聯(lián)合開發(fā)方面做得較好，但在有競爭關(guān)系的同行業(yè)內(nèi)部，企業(yè)之間的聯(lián)合開發(fā)卻做得很差，尤其是汽車、摩托車行業(yè)表現(xiàn)最為突出。更重要的是，相當多的企業(yè)未實現(xiàn)真正意義的公司制改造，２００４年１６７家重點企業(yè)中，有３１家國有企業(yè)未進行公司制改造，在已建立公司制的１３６家企業(yè)中，有３６家仍是國有獨資。

為此，要彌補這一最大的差距，增強重慶企業(yè)的自主創(chuàng)新能力，必須多管齊下——

一是完善產(chǎn)權(quán)制度，按照現(xiàn)代企業(yè)制度的要求，進行股權(quán)多元化改造，并允許技術(shù)、專利等要素，以股權(quán)形式進入企業(yè)。

二要完善、創(chuàng)新投融資機制。要形成企業(yè)逐年加大研發(fā)投入比例的機制，建立完善風險投資機制。

三要完善引進技術(shù)、消化吸收、創(chuàng)新發(fā)展的良性循環(huán)機制，克服重引進、輕消化吸收式的“自主創(chuàng)新”現(xiàn)象。

四要建立完善聯(lián)合開發(fā)機制，重點支持汽車、摩托車行業(yè)整合內(nèi)部科研資源，集中力量重點攻克關(guān)鍵共性技術(shù)。

五要完善政府支持機制。建立政府優(yōu)先采購自主創(chuàng)新產(chǎn)品的機制；完善財稅支持機制，充分利用財政補貼、稅收優(yōu)惠等手段，形成對進行自主創(chuàng)新的企業(yè)的實質(zhì)性的支持，特別是要強化財政對自主創(chuàng)新的投入機制，政府要積極投入種子資金，在重大關(guān)鍵技術(shù)上，要加大財政資金的直接投入力度；完善人才流動機制，解決人才流動渠道不暢、不能充分發(fā)揮作用等問題。