2003年10月，伊朗政府向國(guó)際原子能機(jī)構(gòu)遞交一份有關(guān)該國(guó)核計(jì)劃的報(bào)告，提到“巴基斯坦、德國(guó)、荷蘭、南非和阿聯(lián)酋等國(guó)某些人”為伊朗核計(jì)劃提供了幫助，暗示過(guò)去17年間伊朗從巴基斯坦一些個(gè)人和公司那里得到大量研發(fā)核武器所需要的設(shè)計(jì)圖紙、技術(shù)指導(dǎo)和離心機(jī)制造零部件。

11月15日，國(guó)際原子能機(jī)構(gòu)致信巴基斯坦政府，要求巴方對(duì)卡迪爾·汗研究實(shí)驗(yàn)室的4名科學(xué)家展開(kāi)調(diào)查，其中包括卡迪爾·汗。

11月下旬，巴基斯坦情報(bào)和安全部門(mén)啟動(dòng)調(diào)查程序，拘押了列入國(guó)際原子能機(jī)構(gòu)黑名單的3人，其中包括卡迪爾·汗的得力助手、離心機(jī)技術(shù)專家兼實(shí)驗(yàn)室采購(gòu)處長(zhǎng)法魯克·穆罕默德。隨著調(diào)查的深入，卡迪爾·汗研究實(shí)驗(yàn)室先后有7名科學(xué)家和4名安全官員被收審。為查清事實(shí)真相，巴基斯坦還曾派人赴伊朗和利比亞等國(guó)調(diào)查。

巴基斯坦情報(bào)和安全部門(mén)從法魯克口中獲得重要情況，隨后著手調(diào)查卡迪爾·汗的銀行賬戶和海外財(cái)產(chǎn)。調(diào)查結(jié)果顯示，卡迪爾·汗在海灣城市迪拜的資產(chǎn)多達(dá)數(shù)千萬(wàn)美元。他甚至在非洲國(guó)家馬里有一家以他妻子名字命名的豪華酒店。

2004年1月31日，在安全和情報(bào)部門(mén)搜集到大量證據(jù)，證明卡迪爾·汗是向國(guó)外泄露核技術(shù)的關(guān)鍵人物后，巴基斯坦政府宣布解除卡迪爾·汗“總理科學(xué)顧問(wèn)”職務(wù)。

2月1日，調(diào)查人員向卡迪爾·汗攤牌。當(dāng)天上午，卡迪爾·汗接受了自調(diào)查開(kāi)始以來(lái)第4次審訊。2個(gè)小時(shí)后，他招架不住，終于承認(rèn)自己向伊朗、利比亞和朝鮮“轉(zhuǎn)讓”過(guò)核機(jī)密技術(shù)。至此，調(diào)查取得重大突破，震動(dòng)了巴基斯坦政壇和國(guó)際社會(huì)。