中國人民解放軍南京軍區(qū)南京總醫(yī)院建于1929年。1994年，該院進入首批“三級甲等醫(yī)院”行列。1999年被評為“全國百佳醫(yī)院”。2000年經(jīng)國家人事部批準，在全國醫(yī)院系統(tǒng)首家設立了博士后科研工作站。2002年該院全軍普通外科研究所躋身國家重點學科。在經(jīng)歷了75個春秋后，現(xiàn)該院已成為一所醫(yī)、教、研協(xié)調(diào)發(fā)展的大型綜合性醫(yī)院。

該院設有51個臨床和醫(yī)技科室，擁有國家、全軍、軍區(qū)和江蘇省重點?？?8個。該院的兩名中國工程院院士，43名政府特殊津貼享受者，280多名高級醫(yī)學專家，250多名博士后、博士和碩士，傾情為患者提供高質(zhì)量的診療服務。

“九五”期間，該院獲得國家、軍隊科技進步獎288項，出版學術(shù)專著51部，其科技論文發(fā)表數(shù)量連續(xù)11年排行全國醫(yī)療機構(gòu)前10位（其中連續(xù)4年位居第二）。

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該科為國家及江蘇省“135工程”重點學科，為全軍“重中之重”學科，為南京大學碩士、博士研究生授權(quán)學科，為第二軍醫(yī)大學碩士、博士研究生聯(lián)合招生點，博士后科研工作流動站。此外，該科還是國家衛(wèi)生部臨床藥理基地（營養(yǎng)支持專業(yè)）、全軍器官移植重點實驗室、江蘇省代謝與營養(yǎng)重點實驗室。

現(xiàn)該科設有腸外瘺、胃腸外科、肝膽外科、腸移植、胃腸腫瘤、頸胸外科、重癥監(jiān)護、臨床營養(yǎng)支持等專業(yè)組，還設有實驗室和資料室。學科診療特色：1.腸衰竭的治療：(1)腸外瘺(現(xiàn)已成為全國治療腸外瘺的中心)；(2)營養(yǎng)支持；(3)腸道炎性疾病。2.胃腸腫瘤的整體綜合治療。3.門脈高壓癥外科治療。4.重癥胰腺炎與胰腺癌。