毛楠楠 孫勇勝 陳輝 周榮艷 籍穎

摘要：為探索巖鴿（Columba livia）產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)基因及其遺傳標(biāo)記，利用STAR對高產(chǎn)蛋數(shù)和低產(chǎn)蛋數(shù)巖鴿卵巢組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)高質(zhì)量序列與參考基因組進(jìn)行比對，去除重復(fù)序列后利用GATK進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性（SNP）篩選，利用VCFtools對SNP質(zhì)控后進(jìn)行主成分分析、進(jìn)化樹構(gòu)建和Fst計(jì)算，利用KEGG富集分析SNP所在基因。結(jié)果顯示，高產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為298 957個，低產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為296 137個，高產(chǎn)蛋組、低產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為254 118個，KEGG分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)，SNP所在基因顯著富集在孕酮調(diào)節(jié)的卵母細(xì)胞成熟、卵母細(xì)胞減數(shù)分裂和代謝等信號通路；高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組的102個特異SNP分布在14個注釋基因上（LOC110357454、KDM5A、PIGS、BNC2、GBF1、SLAIN2、FGD4、DIAPH2、KIF3B、NFIB、EPG5、OSTF1、EMB、ST3GAL3），且富集的信號通路可能與其產(chǎn)蛋能力密切相關(guān)。

關(guān)鍵詞：巖鴿（Columba livia）；卵巢轉(zhuǎn)錄組；SNP；產(chǎn)蛋數(shù)

中圖分類號：S836? ? ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A

文章編號：0439-8114（2024）04-0185-06

SNP analysis of the ovarian transcriptome of Columba livia with

different egg production numbers

Abstract： In order to explore the genes and genetic markers related to egg production in Columba livia， STAR was used to compare high-quality transcriptome sequences of ovarian tissue transcriptome data from high and low egg production Columba livia with the reference genome，after removing duplicate sequences， single nucleotide polymorphism （SNP） screening was performed using GATK. After controlling SNP quality using VCFtools， principal component analysis， evolutionary tree construction， and Fst calculation were performed. KEGG enrichment analysis was used to identify the gene where the SNP was located. The results showed that the high-yielding egg group had a total of 298 957 SNPs， the low yielding egg group had a total of 296 137 SNPs， and the high-yielding and low-yielding egg groups had a total of 254 118 SNPs. The KEGG analysis results showed that the SNP gene was significantly enriched in the progesterone regulated signaling pathways of oocyte maturation， meiosis， and metabolism；102 specific SNPs were distributed on 14 annotation genes（LOC110357454， KDM5A， PIGS， BNC2， GBF1， SLAIN2， FGD4， DIAPH2， KIF3B， NFIB， EPG5， OSTF1， EMB， and ST3GAL3） in the high and low egg production groups， and the enriched signaling pathways may be closely related to their egg production ability.

Key words： Columba livia（Columba livia）； ovarian transcriptome； SNP； egg production numbers

隨著生活水平的不斷提高，鴿蛋和鴿肉產(chǎn)品越來越受到人們青睞。但由于鴿具有一夫一妻制且需要經(jīng)過孵化、哺喂乳鴿等特性，提高其繁殖能力是生產(chǎn)效率提升的關(guān)鍵因素之一。蛋鴿的產(chǎn)蛋間隔一般為9～12 d，肉種鴿在哺喂乳鴿的情況下，產(chǎn)蛋間隔一般為29～35 d，受外界因素的影響，會發(fā)生產(chǎn)蛋異常，使產(chǎn)蛋間隔延長而影響產(chǎn)蛋數(shù)量。由于繁殖性狀屬于低遺傳力性狀，通過表型選擇的遺傳進(jìn)展慢，篩選產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)的主效基因及其遺傳變異，能夠?yàn)榧涌飚a(chǎn)蛋鴿的選育提供依據(jù)。

單核苷酸多態(tài)性（SNP）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，其在基因組廣泛分布，數(shù)量極其豐富，是挖掘重要經(jīng)濟(jì)性狀遺傳基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記。轉(zhuǎn)錄組是在特定時期、特定組織中的基因表達(dá)情況，其基因種類可能隨時空改變發(fā)生變化?；谵D(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行SNP的分析是一種高效篩選轉(zhuǎn)錄區(qū)域DNA變異位點(diǎn)的方法［1，2］。因此，本研究基于產(chǎn)蛋數(shù)存在顯著差異的巖鴿卵巢RNAseq數(shù)據(jù)挖掘巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)基因及其變異位點(diǎn)，為巖鴿產(chǎn)蛋能力、繁殖能力的提升提供理論依據(jù)。

1 數(shù)據(jù)與方法

1.1 試驗(yàn)數(shù)據(jù)

從NCBI SRA數(shù)據(jù)庫下載6只巖鴿（Columba livia）卵巢RNAseq數(shù)據(jù)［3］，其中3只巖鴿年產(chǎn)蛋數(shù)平均為（38.67±3.40）枚（SRR13218846、SRR13218847、SRR13218848），3只巖鴿年產(chǎn)蛋數(shù)平均為（10.00±1.63）枚（SRR13218849、SRR13218850、SRR13218851）。

1.2 SNP檢測方法

利用FastQC軟件對下載的數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，獲得高質(zhì)量序列（Clean reads），利用STAR（Spliced transcripts alignment to a reference）對高質(zhì)量序列與參考基因組（GCA_001887795.1）進(jìn)行比對，去除重復(fù)序列后利用GATK（Genome analysis tool kit）進(jìn)行SNP篩選，利用VCFtools進(jìn)行SNP質(zhì)控后注釋、進(jìn)化樹分析和Fst計(jì)算。

2 結(jié)果與分析

2.1 SNP統(tǒng)計(jì)

利用 Samtools 將經(jīng)過排序、去PCR 重復(fù)后的文件同參考序列進(jìn)行比對，6個樣本共有的SNP為340 975個。根據(jù)變異的統(tǒng)計(jì)結(jié)果，對高產(chǎn)蛋數(shù)和低產(chǎn)蛋數(shù)個體的SNP突變每種變異類型分布進(jìn)行統(tǒng)計(jì)（圖1），結(jié)果表明，6種單核苷酸變異中，C>T和G>A變異次數(shù)較多。

高產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為298 957個，低產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為296 137個，高低產(chǎn)蛋組共有SNP數(shù)為254 118個（圖2）。通過高產(chǎn)蛋組、低產(chǎn)蛋組共有SNP構(gòu)建的聚類樹（圖3a）可以看出，高產(chǎn)蛋個體和低產(chǎn)蛋個體分別聚類，共有SNP的主成分分析結(jié)果（圖3b）表明第一主成分可以明確區(qū)分高產(chǎn)蛋和低產(chǎn)蛋個體。因此，選取的254 118個SNP可用于巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)差異的遺傳變異篩選。

2.2 SNP所在基因的注釋

利用KOBAS（http：//kobas.cbi.pku.edu.cn/）對SNP所在基因進(jìn)行KEGG富集分析，發(fā)現(xiàn)共有5 854個基因注釋到152個通路上。統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn) SNP所在基因顯著富集在孕酮調(diào)節(jié)的卵母細(xì)胞成熟、卵母細(xì)胞減數(shù)分裂和代謝等信號通路（圖4和表1）。

2.3 兩個群體特異SNP位點(diǎn)基因的生物信息分析

對高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組基因型進(jìn)行分析，共有102個位點(diǎn)Fst值等于1，其中89個位于基因間隔區(qū)，2個位于內(nèi)含子區(qū)，5個位于外顯子區(qū)，6個位于3′UTR區(qū)。高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組的102個特異SNP分布在14個注釋基因上（LOC110357454、KDM5A、PIGS、BNC2、GBF1、SLAIN2、FGD4、DIAPH2、KIF3B、NFIB、EPG5、OSTF1、EMB、ST3GAL3），可作為影響巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)的候選基因（表2）。KEGG注釋結(jié)果發(fā)現(xiàn)，半乳糖苷α-2，3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶3（ST3GAL3）主要參與其他類型O-糖苷生物合成，磷脂酰肌醇聚糖錨生物合成s類（PIGS）主要參與GPI錨定的生物合成（表3），推測這2個信號通路與巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)。

3 討論

利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行SNP分析，有利于快速篩選出外顯子和非翻譯區(qū)存在的變異位點(diǎn)，通過對巖鴿卵巢轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行SNP分析，發(fā)現(xiàn)在高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組存在多個變異位點(diǎn)，確定了群體特異SNP分布在14個基因上，半乳糖苷α-2，3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶3（ST3GAL3）主要參與其他類型O-糖苷生物合成，磷脂酰肌醇聚糖錨生物合成s類（PIGS）主要參與GPI錨定的生物合成，推測這2個信號通路與巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)。

鴿屬于晚成鳥，與雞、鴨等其他家禽區(qū)別較大，每窩只能產(chǎn)2枚蛋，2窩間需要間隔10～20 d，年產(chǎn)蛋量較低。因此提高鴿繁殖能力，縮短產(chǎn)蛋間隔，可加快鴿產(chǎn)業(yè)發(fā)展［4］。不同品種鴿的繁殖能力存在差異，但同一品種同一鴿舍內(nèi)產(chǎn)蛋數(shù)也存在明顯差異，為研究鴿產(chǎn)蛋數(shù)差異的遺傳基礎(chǔ)，?對高、低產(chǎn)蛋組巖鴿卵巢轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，鑒定出34 346個mRNA和24 601個lncRNA，其中811個mRNA和148個lncRNA（??P??<0.05）為顯著差異表達(dá)［3］，本研究利用該轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行SNP分析，篩選出高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組存在多個變異位點(diǎn)以及群體差異位點(diǎn)，為鴿產(chǎn)蛋數(shù)的分子育種提供依據(jù)。

通過對高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組SNP篩選發(fā)現(xiàn)高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組的102個特異SNP分布在14個注釋基因上。OSTF1基因?yàn)槠乒羌?xì)胞刺激因子1，該基因的敲除能夠增加小鼠小梁骨量［5］。?FGD4是一種F-肌動蛋白結(jié)合蛋白，具有GTP/GDP交換活性，對CDC42具有特異性，參與肌動蛋白細(xì)胞骨架的重組［6］。研究發(fā)現(xiàn)肌動蛋白解聚或聚合在卵泡發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用［7，8］。??EPG5是一種Rab7效應(yīng)子，自噬體與晚期內(nèi)體/溶酶體的融合特異性與EPG5活性喪失導(dǎo)致自噬體與各種內(nèi)吞囊泡的異常融合［9］，自噬體通過自噬作用循環(huán)細(xì)胞內(nèi)源物，自噬參與原發(fā)性卵泡發(fā)育和閉鎖的調(diào)節(jié)［10］。EMB（ZOV3）基因?編碼跨膜糖蛋白，是免疫球蛋白超家族的成員，可以通過介導(dǎo)細(xì)胞和細(xì)胞外基質(zhì)之間的相互作用來參與細(xì)胞生長和發(fā)育，主要?在雞卵巢卵泡的類固醇生成細(xì)胞和胚胎性腺中表達(dá)［11］，也是鴿高、低產(chǎn)蛋數(shù)個體卵巢差異表達(dá)基因［3］，可作為鴿產(chǎn)蛋數(shù)差異的候選基因。SLAIN2連接微管和末端跟蹤蛋白并控制有絲分裂間期微管生長［12］。驅(qū)動蛋白??超家族??蛋白??（KIFs）????是??沿??微管??運(yùn)輸??膜狀??細(xì)胞器??和??大分子??的蛋白，KIF3A和KIF3B作用于甲殼類動物的精子發(fā)生過程［13］，鳥嘌呤核苷酸因子1（GBF1）通過在順式高爾基體和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)之間的循環(huán)來調(diào)節(jié)囊泡運(yùn)輸和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)到高爾基體的轉(zhuǎn)運(yùn)，而在鴿的1個產(chǎn)蛋周期內(nèi)，血清氨基酸水平升高為蛋白形成提供物質(zhì)基礎(chǔ)，蛋白合成和轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因表達(dá)水平發(fā)生顯著變化［14，15］，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)到高爾基體的轉(zhuǎn)運(yùn)是蛋白分泌途徑中的第一步，推測蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)蛋白可能在蛋形成過程中起重要調(diào)控作用。

高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組102個特異SNP所在的13個注釋基因主要富集在糖胺聚糖生物合成/糖苷鍵合成和糖基磷脂酰肌醇（Glycosyl phosphatidyl inositol，GPI）錨定蛋白質(zhì)的生物合成。蛋白質(zhì)糖基化（N-和O-聚糖或糖胺聚糖）主要開始于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)，并在高爾基小室100多個糖基轉(zhuǎn)移酶的作用下完成。高爾基聚糖在動物卵子發(fā)生中發(fā)揮重要作用［16］。缺乏O-聚糖的卵母細(xì)胞通過增加卵泡FSH敏感性、減少凋亡和修改GDF9、BMP15表達(dá)來改變卵泡發(fā)育和提高生育能力［17］。DPAGT1介導(dǎo)的蛋白質(zhì)??N??-糖基化對于小鼠卵母細(xì)胞和卵泡發(fā)育不可或缺?［18］。ST3β半乳糖苷α-2，3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶3（ST3GAL3）基因編碼的蛋白質(zhì)是一種II型膜蛋白，可催化唾液酸從CMP-唾液酸轉(zhuǎn)移到含半乳糖的底物，存在于高爾基體中，是糖基轉(zhuǎn)移酶家族29的成員，可以將靶蛋白α-2，3-唾液酸化［19］，推測其在卵泡發(fā)育過程中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。卵泡液總唾液酸水平與生發(fā)泡卵母細(xì)胞和中期I卵母細(xì)胞呈正相關(guān)［20］。糖基磷脂酰肌醇錨定蛋白的生物合成是一種廣泛存在于所有真核生物中的蛋白質(zhì)翻譯后修飾類型，GPI錨定蛋白主要參與細(xì)胞與細(xì)胞、細(xì)胞與環(huán)境的作用，在精子發(fā)生、發(fā)育、精子獲能等方面具有重要作用［21］。?卵母細(xì)胞特異性敲除GPI錨定蛋白的雌性小鼠表現(xiàn)出不孕癥?［22］。 PIGS是催化GPI錨定蛋白生物合成途徑中的關(guān)鍵酶S亞基，推測其在卵母細(xì)胞發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用。因此，ST3GAL3和PIGS可能在鴿卵泡發(fā)育和成熟中發(fā)揮重要作用，但其功能需要進(jìn)行深入研究。

4 小結(jié)

利用高、低產(chǎn)蛋數(shù)巖鴿的卵巢轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選巖鴿產(chǎn)蛋數(shù)相關(guān)SNP，發(fā)現(xiàn)在2個群體中共有的SNP為340 975個，C>T和G>A變異次數(shù)較多。高產(chǎn)蛋組和低產(chǎn)蛋組的102個特異SNP分布在14個注釋基因上（LOC110357454、KDM5A、PIGS、BNC2、GBF1、SLAIN2、FGD4、DIAPH2、KIF3B、NFIB、EPG5、OSTF1、EMB、ST3GAL3），且富集的信號通路可能與其產(chǎn)蛋能力密切相關(guān)。

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