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        基于自淬滅探針的LAMP 可視化快速檢測方法

        2024-05-16 03:34:10熊雄薛晗玥費(fèi)延堻王詩慧謝普軍
        食品研究與開發(fā) 2024年9期
        關(guān)鍵詞:雙鏈堿基探針

        熊雄,薛晗玥,費(fèi)延堻,王詩慧,謝普軍

        (1.南京工業(yè)大學(xué)食品與輕工學(xué)院,江蘇南京 211800;2.中國林業(yè)科學(xué)研究院林產(chǎn)化學(xué)工業(yè)研究所,江蘇南京 210042)

        環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是2000 年由Notomi 等[1]首次公開的一種核酸等溫擴(kuò)增技術(shù)。該技術(shù)在靶標(biāo)的6 個區(qū)域上設(shè)計4 條特異性引物,并利用具有鏈置換活性的BstDNA 聚合酶在等溫條件下進(jìn)行反應(yīng)。自公開以來,LAMP 技術(shù)憑借快速、高效、特異性強(qiáng)等特點(diǎn),在食品摻假檢測[2-3]、人類流行病檢測[4-5]、植物病害檢測[6-7]等方面已得到廣泛應(yīng)用。

        LAMP 反應(yīng)需要使用多對引物,集中在體系時容易相互作用形成二聚體結(jié)構(gòu)。此外,內(nèi)引物的長度較長,導(dǎo)致自身錯配易形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)[8],最終產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增[9]。染料法等傳統(tǒng)方法無法區(qū)分由非特異性擴(kuò)增導(dǎo)致的假陽性,造成結(jié)果誤判。而序列特異性檢測方法則是通過使用靶標(biāo)特異性探針或修飾引物作為生物識別元件來進(jìn)行結(jié)果判斷,能夠準(zhǔn)確檢測出擴(kuò)增子且不受非特異性產(chǎn)物的影響[10]。目前,基于LAMP 所設(shè)計的探針包括同化探針[11]、熒光雙向位移探針[12]、自淬滅探針[13]和分子信標(biāo)[14-15]等。其中,自淬滅探針具有設(shè)計簡單、靈敏度高等特點(diǎn),在LAMP 中逐漸受到關(guān)注[13]。

        自淬滅探針是熒光基團(tuán)修飾在內(nèi)引物或環(huán)引物3′端第2、3 位的寡核苷酸序列,其中內(nèi)引物和環(huán)引物以G、C 堿基結(jié)尾并盡可能保證3′端存在豐富的G 堿基[13]。自淬滅探針利用氧化電位低的堿基發(fā)生光誘導(dǎo)電子轉(zhuǎn)移(photoinduced electron transfer,PET)淬滅熒光,僅當(dāng)結(jié)合靶標(biāo)后淬滅才會消失[16]。目前,由于自淬滅探針在反應(yīng)后陽性和陰性表現(xiàn)出肉眼無法區(qū)分的熒光,因此利用自淬滅探針進(jìn)行LAMP 檢測的方法主要包括實(shí)時熒光或結(jié)合其他技術(shù)實(shí)現(xiàn)可視化。如Gadkar等[13]將環(huán)引物設(shè)計成自淬滅探針檢測水痘-帶狀皰疹病毒,反應(yīng)后根據(jù)實(shí)時熒光曲線判斷是否檢出靶標(biāo)。而在可視化檢測中,Li 等[17]將自淬滅探針與聚乙烯亞胺(polyethylenimine,PEI)結(jié)合,反應(yīng)后根據(jù)是否出現(xiàn)具有熒光的聚沉物來實(shí)現(xiàn)結(jié)果判斷。

        關(guān)于自淬滅探針背景熒光的研究,Nazarenko等[18-19]介紹了一種與自淬滅探針結(jié)構(gòu)類似的熒光標(biāo)記鏈,其與互補(bǔ)序列結(jié)合后出現(xiàn)熒光淬滅,同時利用互補(bǔ)序列淬滅熒光設(shè)計了具有鈍端發(fā)夾結(jié)構(gòu)的熒光引物,實(shí)現(xiàn)了多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)的可視化檢測。然而,在LAMP 的可視化研究中,利用互補(bǔ)序列降低自淬滅探針背景鮮見報道。

        因此,本研究以自淬滅探針為研究對象,評估其背景熒光強(qiáng)度和淬滅效率,通過對比不同互補(bǔ)序列對自淬滅探針的淬滅效率,篩選得到設(shè)計簡單且淬滅效率高的互補(bǔ)序列。最終,構(gòu)建出具有低背景熒光的LAMP 體系,為實(shí)現(xiàn)基于自淬滅探針的LAMP 可視化檢測奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        BstDNA 聚合酶、100 mmol/L MgSO4、10×Thermo-Pol Buffer:南京諾唯贊生物科技股份有限公司;dNTP預(yù)混液:寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司;自淬滅探針和引物合成:通用生物(安徽)股份有限公司。

        1.2 儀器與設(shè)備

        S1010 掌上離心機(jī):美國賽洛捷克公司;MS-100 恒溫混勻儀:杭州奧盛儀器有限公司;Gentier 96 全自動醫(yī)用PCR 分析系統(tǒng):西安天隆科技有限公司;F-4700 熒光分光光度計:日本Hitachi 公司;BleEye 藍(lán)光切膠儀(藍(lán)光LED,波長470 nm):蘇州優(yōu)逸蘭迪生物科技有限公司。

        1.3 方法

        1.3.1 互補(bǔ)序列的設(shè)計

        5 種自淬滅探針來自前期研究,包括BIP-FAM[20]、ZJ-FAM[21]、R-FIP-FAM[17]、S-LB-6-FAM[22]和R-LBFAM[17]。該5 種自淬滅探針均可應(yīng)用于對應(yīng)物種的LAMP 擴(kuò)增,滿足基于實(shí)時熒光的LAMP 檢測。同時,根據(jù)自淬滅探針的堿基排列順序進(jìn)行反向互補(bǔ)得到互補(bǔ)序列[16],并分別對互補(bǔ)序列進(jìn)行引入錯配堿基、延長5′端、縮短5′端和縮短3′端的改造,具體見表1。

        表1 引物序列信息Table 1 Primer sequences

        1.3.2 熒光強(qiáng)度測定

        將2.5 μL 的10×ThermolPol Buffer、2 mmol/L MgSO4、0.8 μmol/L 或0.4 μmol/L 的自淬滅探針(其中BIP-FAM、ZJ-FAM 和R-FIP-FAM 為0.8 μmol/L,S-LB-FAM 和RLB-FAM 為0.4 μmol/L)以及0.8 μmol/L 或0.4 μmol/L的互補(bǔ)序列混合,并使用無菌水補(bǔ)足20 μL。利用全自動醫(yī)用PCR 分析系統(tǒng)收集35~97 ℃范圍內(nèi)的熒光,并對35 ℃的熒光強(qiáng)度進(jìn)行記錄。

        全自動醫(yī)用PCR 分析系統(tǒng)能夠測定的最低溫度為35 ℃,因此使用熒光分光光度計測定不同溫度混合體系熒光。將配制的20 μL 體系添加至480 μL 滅菌水中稀釋,充分混合。稀釋好的體系分別在-4 ℃、室溫、35 ℃和45 ℃內(nèi)處理30 min。熒光分光光度計的激發(fā)波長設(shè)置為470 nm,掃描速度為1 200 nm/min,光譜帶寬為10 nm,測定不同處理條件下的體系熒光強(qiáng)度。熒光淬滅效率(Kq,%)計算公式如下。

        式中:A為起始自淬滅探針熒光強(qiáng)度;B為結(jié)合互補(bǔ)序列后的熒光強(qiáng)度。

        1.3.3 LAMP 可視化反應(yīng)體系構(gòu)建

        20 μL LAMP 反應(yīng)體系,各成分含量:內(nèi)引物FIP、BIP 各0.8 μmol/L,外引物F3、B3 各0.2 μmol/L,環(huán)引物L(fēng)F、LB、自淬滅探針R-LB-FAM 和互補(bǔ)序列R-LBFAM-HP4 各0.4 μmol/L,0.45 mmol/L dNTP,2.5 μL 10×ThermoPol Buffer,2 mmol/L MgSO4、8 UBstDNA 聚合酶、1 μL 虹鱒魚DNA(20 ng/μL),用無菌水補(bǔ)足20 μL。LAMP 擴(kuò)增條件為63 ℃恒溫擴(kuò)增60 min[3]。反應(yīng)結(jié)束后體系恢復(fù)至室溫,利用藍(lán)光切膠儀觀察體系熒光,判斷反應(yīng)結(jié)果。

        1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

        數(shù)據(jù)利用Excel 和SPSS 27 軟件進(jìn)行處理統(tǒng)計,并使用Duncan 法多重比較及差異顯著性分析,P<0.05 認(rèn)為具有顯著差異。采用Origin 2022 軟件繪制分析圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 互補(bǔ)序列對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        自淬滅探針與互補(bǔ)序列結(jié)合后熒光強(qiáng)度會發(fā)生降低[18]。為探究自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響因素,測定不同自淬滅探針的熒光強(qiáng)度及結(jié)合互補(bǔ)序列后的熒光強(qiáng)度變化,分析影響自淬滅探針熒光強(qiáng)度的原因。不同自淬滅探針和其互補(bǔ)序列結(jié)合的熒光強(qiáng)度見圖1。

        圖1 不同自淬滅探針和其互補(bǔ)序列結(jié)合的熒光強(qiáng)度Fig.1 Fluorescence intensity of different self-quenching fluorogenic probes combined with their complementary sequences

        由圖1 可知,根據(jù)Gadkar 等[13]所述方法設(shè)計的自淬滅探針均存在較高的背景熒光,表明基于光誘導(dǎo)電子轉(zhuǎn)移的熒光淬滅效果較弱。其中,添加量相同時,BIP-FAM 熒光強(qiáng)度顯著高于R-FIP-FAM(P<0.05),說明熒光基團(tuán)修飾位置越靠近3′末端G 堿基,自淬滅探針的淬滅效果越強(qiáng),背景熒光強(qiáng)度越低。而ZJ-FAM的熒光強(qiáng)度顯著高于R-FIP-FAM(P<0.05),說明當(dāng)3′末端為G 堿基時,自淬滅探針的熒光強(qiáng)度更低,G 的淬滅效果更好。

        在添加與自淬滅探針完全互補(bǔ)的序列時(BIPHP1、ZJ-FAM-HP1、R-FIP-FAM-HP1、R-LB-FAM-HP1和S-LB-FAM-HP1),自淬滅探針的背景熒光均顯著降低(P<0.05),與Nazarenko 等[18]的研究結(jié)果一致??赡艿脑蚴钱?dāng)自淬滅探針與完全互補(bǔ)序列退火結(jié)合時,電子會沿著DNA 雙鏈進(jìn)行傳輸,產(chǎn)生比單鏈DNA 狀態(tài)下更強(qiáng)的淬滅[23]。

        ZJ-FAM-HP1、R-LB-FAM-HP1 和S-LB-FAM-HP1對自淬滅探針具有良好的淬滅效果,Kq分別為79.73%、71.87%和68.14%。然而,BIP-HP1 和R-FIP-HP1 對自淬滅探針的淬滅效率Kq分別僅為45.08%和43.44%。該結(jié)果表明互補(bǔ)序列對熒光基團(tuán)修飾在3′端第2 位的自淬滅探針淬滅效果更強(qiáng),印證了Nazarenko 等[18]關(guān)于熒光基團(tuán)距離3′末端GC 堿基對距離越遠(yuǎn)淬滅效率低的結(jié)論。而對于同樣修飾在熒光基團(tuán)3′端第2 位的自淬滅探針而言,由推導(dǎo)公式可得具有高背景熒光的自淬滅探針,添加互補(bǔ)序列后可對其表現(xiàn)出高淬滅效率。

        由于自淬滅探針BIP-FAM 背景熒光信號高,且BIP-HP1 對其淬滅效率低。因此,選擇互補(bǔ)序列BIPHP1,進(jìn)行改造和后續(xù)試驗。

        2.2 互補(bǔ)序列上的堿基錯配對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        互補(bǔ)序列上的堿基錯配對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響見圖2。

        圖2 互補(bǔ)序列上的堿基錯配對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響Fig.2 Effect of base mispairing on complementary sequences on the fluorescence intensity of the self-quenching fluorogenic probe

        如圖2 所示,調(diào)整BIP-HP1 中與熒光基團(tuán)修飾位點(diǎn)T 配對的堿基A 為T,C 和G,分別得到互補(bǔ)序列BIP-HP-1tbT、BIP-HP-1tbC 和BIP-HP-1tbG。當(dāng)自淬滅探針與此類互補(bǔ)序列結(jié)合時,熒光強(qiáng)度均出現(xiàn)顯著降低(P<0.05)。其中BIP-HP-1tbC、BIP-HP-1tbG 和BIPHP1 結(jié)合自淬滅探針后的熒光強(qiáng)度差異均不顯著(P>0.05),說明BIP-HP-1tbC 和BIP-HP-1tbG 均可以表現(xiàn)出與完全互補(bǔ)序列相同程度的淬滅效果。

        然而,BIP-HP-1tbT 雖然對自淬滅探針表現(xiàn)出顯著淬滅(P<0.05),但其淬滅效率(Kq為34.77%)明顯低于BIP-HP1、BIP-HP-1tbC 和BIP-HP-1tbG(Kq分別為45.08%、47.50% 和43.02%)。由此可知,改造互補(bǔ)序列,形成存在錯配堿基對的雙鏈,難以提高對自淬滅探針的淬滅效果,并且當(dāng)錯配位點(diǎn)的堿基由A 顛換為T時,反而會降低淬滅效率。

        2.3 互補(bǔ)序列的5′端延長對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        研究提出,互補(bǔ)序列的5′端延長會對自淬滅探針熒光強(qiáng)度產(chǎn)生不同影響[16]。因此,分別以3 種方式對互補(bǔ)序列的5′端延長,探究不同類型互補(bǔ)序列對自淬滅探針的淬滅能力,結(jié)果見圖3。

        圖3 互補(bǔ)序列的5′端延長對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響Fig.3 Effect of lengthened 5′end of the complementary sequences on the fluorescence intensity of the self-quenching fluorogenic probe

        如圖3 所示,首先在互補(bǔ)序列的5′端分別增加1 個和2 個A、T、C 堿基。延長后的互補(bǔ)序列結(jié)合自淬滅探針后熒光強(qiáng)度表現(xiàn)出顯著下降(P<0.05),互補(bǔ)序列延長2 個堿基比延長一個堿基后結(jié)合自淬滅探針呈現(xiàn)出更強(qiáng)的熒光強(qiáng)度。說明非互補(bǔ)區(qū)域增加的堿基會提高DNA 鏈的整體電阻,阻礙電子在DNA 雙鏈間的傳輸,使得互補(bǔ)序列對自淬滅探針的淬滅效果減弱[16]。

        第2 種延長方式是在互補(bǔ)序列的5′端增加GTAG和GG 堿基[圖3(B)]。第3 種延長是從與自淬滅探針互補(bǔ)19 個堿基的互補(bǔ)序列BIP-HP13 開始,在其5′端添加GTAG 和GG 堿基[圖3(C)]。兩種延長方式得到的互補(bǔ)序列在結(jié)合自淬滅探針時不僅熒光強(qiáng)度顯著降低(P<0.05),而且淬滅后的熒光強(qiáng)度與完全互補(bǔ)序列淬滅的熒光強(qiáng)度相近,差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義。毛慧慧[16]提出熒光基團(tuán)的電子不僅可以沿著DNA 鏈傳輸,而且可以與互補(bǔ)序列中非互補(bǔ)區(qū)域的堿基進(jìn)行電子轉(zhuǎn)移。G 最容易失電子,對熒光基團(tuán)淬滅作用最大,更易產(chǎn)生顯著降低的熒光強(qiáng)度。因此,推測在互補(bǔ)序列的5′端增加G 堿基,仍可保持對自淬滅探針熒光的淬滅。

        2.4 互補(bǔ)序列的5′端縮短對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        為確定能夠?qū)ψ源銣缣结槦晒猱a(chǎn)生淬滅的最短互補(bǔ)序列,從互補(bǔ)序列5′端開始進(jìn)行縮短,優(yōu)化互補(bǔ)序列的設(shè)計?;パa(bǔ)序列的5′端縮短對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響見圖4。

        圖4 互補(bǔ)序列的5′端縮短對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響Fig.4 Effect of shortened 5′end of the complementary sequences on the fluorescence intensity of the self-quenching fluorogenic probe

        對互補(bǔ)序列的長短進(jìn)行優(yōu)化,從互補(bǔ)序列5′端開始逐個減少堿基,篩選合適的互補(bǔ)序列進(jìn)行對自淬滅探針的淬滅。如2.1 所述,在添加與自淬滅探針完全互補(bǔ)的序列BIP-HP1 時,自淬滅探針的背景熒光顯著降低(P<0.05)。

        當(dāng)添加互補(bǔ)序列BIP-HP2 至BIP-HP6 時,僅BIPHP2 與自淬滅探針結(jié)合,自淬滅探針背景熒光強(qiáng)度發(fā)生顯著降低(P<0.05),BIP-HP3、BIP-HP4 和BIP-HP5添加入自淬滅探針后,熒光強(qiáng)度無明顯差異,與自淬滅探針自身熒光強(qiáng)度相近。但BIP-HP6 退火結(jié)合自淬滅探針后,熒光強(qiáng)度反而出現(xiàn)顯著升高(P<0.05)。由于退火后形成的雙鏈末端不存在GC 堿基對,故此部分熒光強(qiáng)度發(fā)生變化可能是由PET 和雙鏈淬滅雙重因素引起的。

        最后,BIP-HP7、BIP-HP8 和BIP-HP9 加入自淬滅探針后,熒光強(qiáng)度與自淬滅探針熒光強(qiáng)度差異不顯著(P>0.05)。研究表明,PET 需要經(jīng)過范德瓦爾斯接觸才可發(fā)生,BIP-FAM 中熒光基團(tuán)修飾位點(diǎn)位于序列3′端第3 位,BIP-HP7 與熒光基團(tuán)修飾位點(diǎn)相距3 個堿基長度[24]。因此,BIP-HP7 及更短的互補(bǔ)序列與自淬滅探針結(jié)合后不影響PET 的進(jìn)行,熒光強(qiáng)度不會表現(xiàn)出顯著差異。

        2.5 互補(bǔ)序列的3′端縮短對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        確定對自淬滅探針熒光產(chǎn)生顯著淬滅的最短互補(bǔ)序列,從3′端縮短互補(bǔ)序列,再對其與自淬滅探針結(jié)合的熒光強(qiáng)度進(jìn)行測定,結(jié)果見圖5。

        圖5 互補(bǔ)序列的3′端縮短對探針熒光強(qiáng)度的影響Fig.5 Effect of shortened 3′end of the complementary sequences on the fluorescence intensity of the self-quenching fluorogenic probe

        從互補(bǔ)序列BIP-HP13 開始,按照梯度依次從3′端進(jìn)行縮短,得到互補(bǔ)序列BIP-HP16、BIP-HP17 和BIP-HP18。當(dāng)加入此類互補(bǔ)序列時,自淬滅探針的熒光強(qiáng)度呈現(xiàn)顯著下降(P<0.05),且各個組合之間的熒光強(qiáng)度與完全互補(bǔ)序列結(jié)合自淬滅探針時的熒光強(qiáng)度相近,差異無統(tǒng)計學(xué)意義。說明對BIP-FAM 而言,與3′端互補(bǔ)10 個堿基的序列也可以對自淬滅探針熒光強(qiáng)度產(chǎn)生顯著淬滅。

        對自淬滅探針R-FIP-FAM、ZJ-FAM 和S-LB-FAM分別設(shè)計與3′端互補(bǔ)10 個堿基的互補(bǔ)序列。由圖5(B)所示,自淬滅探針分別退火結(jié)合各自互補(bǔ)10 個堿基的互補(bǔ)序列后,熒光強(qiáng)度均表現(xiàn)出顯著下降(P<0.05),且熒光強(qiáng)度與各自完全互補(bǔ)序列退火結(jié)合后的熒光強(qiáng)度相近,表現(xiàn)出程度相仿的淬滅效果。因此推斷,對于所有自淬滅探針,3′端互補(bǔ)序列可實(shí)現(xiàn)對自淬滅探針的顯著淬滅。

        2.6 互補(bǔ)序列解鏈溫度和環(huán)境溫度對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響

        解鏈溫度是指雙鏈DNA 分子在變性過程中,50%的堿基對變?yōu)閱捂湑r的溫度[25]。因此,溶解溫度(melting temperature,Tm)值和環(huán)境溫度的關(guān)系,會直接影響互補(bǔ)序列與自淬滅探針的退火結(jié)合,能否形成穩(wěn)定的DNA 雙鏈,是自淬滅探針淬滅的重要影響因素?;パa(bǔ)序列Tm 值和環(huán)境溫度自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響見圖6。

        圖6 互補(bǔ)序列Tm 值和環(huán)境溫度對自淬滅探針熒光強(qiáng)度的影響Fig.6 Effect of melting temperature and ambient temperature of complementary sequence on the fluorescence intensity of selfquenching fluorogenic probe

        如圖6(A)所示,在自淬滅探針R-LB-FAM 中,結(jié)合與其互補(bǔ)10 個堿基的互補(bǔ)序列R-LB-FAM-HP2(Tm 值28.88 ℃)后,熒光強(qiáng)度未出現(xiàn)顯著下降。延長R-LB-FAM-HP2 的3′端堿基,得到11 個堿基長度的RLB-FAM-HP3(Tm 值34.55 ℃)和12 個堿基R-LB-FAMHP4(Tm 值41.79 ℃)。自淬滅探針加入延長后的互補(bǔ)序列時,熒光強(qiáng)度與完全互補(bǔ)序列結(jié)合自淬滅探針時接近,相比自淬滅探針熒光強(qiáng)度均呈現(xiàn)出顯著降低(P<0.05)。表明通過增加堿基得到Tm 較高的互補(bǔ)序列,可以提高結(jié)合自淬滅探針后的雙鏈穩(wěn)定性,電子會沿著穩(wěn)定的DNA 雙鏈進(jìn)行傳輸,產(chǎn)生更強(qiáng)的淬滅。

        如圖6(C)所示,由R-LB-FAM 和R-LB-FAM-HP2配制的體系在4 種溫度下表現(xiàn)出不同的熒光強(qiáng)度。-4 ℃處理30 min 后的體系具有最低的熒光強(qiáng)度,而室溫放置30 min 的體系熒光強(qiáng)度出現(xiàn)顯著上升(P<0.05),35 ℃和45 ℃處理的體系相比前兩者,熒光強(qiáng)度均表現(xiàn)出顯著上升(P<0.05)。說明環(huán)境溫度高于Tm 值時,雙鏈DNA 分子中部分雙鏈變成單鏈,淬滅效果明顯減弱,熒光強(qiáng)度隨之升高。而35 ℃和45℃處理后的體系熒光強(qiáng)度差異不顯著(P>0.05),則表明在大于Tm 值的溫度下,R-LB-FAM-HP2 無法與R-LB-FAM 退火結(jié)合,無法形成雙鏈DNA,不能對自淬滅探針起到淬滅作用。

        因此,當(dāng)短的互補(bǔ)序列對自淬滅探針無法產(chǎn)生顯著淬滅時,通過延長互補(bǔ)序列提高Tm 值或通過降低環(huán)境溫度可以重新恢復(fù)超淬滅。對于互補(bǔ)序列淬滅自淬滅探針時,互補(bǔ)序列Tm 值應(yīng)高于環(huán)境溫度,可以形成穩(wěn)定的DNA 雙鏈,保證自淬滅探針的顯著淬滅。

        2.7 LAMP 可視化體系驗證

        以虹鱒魚(Oncorhynchusmykiss)為例,建立LAMP體系進(jìn)行可視化驗證,結(jié)果見圖7。

        圖7 LAMP 體系驗證結(jié)果Fig.7 Result of LAMP system

        如圖7(A)和圖7(C)所示,反應(yīng)前LAMP 體系陽性驗證和空白對照表現(xiàn)為統(tǒng)一的熒光強(qiáng)度,不添加互補(bǔ)序列的LAMP 體系均為明亮的熒光,而添加互補(bǔ)序列的體系表現(xiàn)為微弱的熒光,說明互補(bǔ)序列在LAMP 體系依然能夠穩(wěn)定地降低自淬滅探針背景熒光。然而當(dāng)反應(yīng)結(jié)束,不添加互補(bǔ)序列的體系陽性和陰性仍保持著難以分辨的熒光[圖7(B)],添加互補(bǔ)序列的體系的可視化則出現(xiàn)了易于區(qū)分的差異,陽性呈現(xiàn)明亮的熒光,空白對照則表現(xiàn)出與反應(yīng)前一致的低熒光[圖7(D)]。由此說明,互補(bǔ)序列不僅能夠在反應(yīng)前對LAMP 體系中的自淬滅探針產(chǎn)生淬滅,而且在反應(yīng)結(jié)束恢復(fù)至室溫時能夠恢復(fù)對自淬滅探針的淬滅。同時,該互補(bǔ)序列在體系中未對陽性產(chǎn)生明顯抑制,陽性驗證在反應(yīng)后得到了與不添加互補(bǔ)序列體系一致的明亮熒光。

        3 結(jié)論

        本研究以自淬滅探針為研究對象,篩選具有降低自淬滅探針背景熒光的互補(bǔ)序列,并將其應(yīng)用于LAMP 中,實(shí)現(xiàn)基于自淬滅探針的LAMP 可視化檢測。結(jié)果表明,3′端縮短的互補(bǔ)序列Tm 值大于室溫的情況下,可以使自淬滅探針熒光發(fā)生顯著降低(P<0.05)。并且該互補(bǔ)序列加入到LAMP 體系中,可在不影響擴(kuò)增反應(yīng)的前提下降低體系的背景熒光。本研究所建立的基于自淬滅探針的LAMP 快速可視化檢測方法,能在反應(yīng)結(jié)束后直接通過肉眼觀察得到結(jié)果,簡化了LAMP 的檢測流程,對實(shí)現(xiàn)現(xiàn)場快速檢測展現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景。

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