阮 棟譯/校

摘要：雞球蟲病是由艾美耳球蟲引起的，這種感染為產(chǎn)氣莢膜梭菌提供了生長優(yōu)勢，經(jīng)常導致雞壞死性腸炎。改善雞體內的細菌組成是緩解球蟲病負面影響的一種方法，近年來雞腸道健康的許多試驗都包含細菌群落的特征研究。本試驗Meta 分析綜合了球蟲/產(chǎn)氣莢膜梭菌感染后肉雞腸道微生物群的研究數(shù)據(jù)，為今后的研究提供基礎。數(shù)據(jù)分析的納入標準是試驗包含感染一種或兩種病原體的組和未感染的對照組，采用16SrRNA Illumina 測序以及包含有效的原始數(shù)據(jù)，總共可納入的研究有17 項。本研究對3 個不同的數(shù)據(jù)集進行了meta 分析：第1 個數(shù)據(jù)集是僅感染球蟲的9 個試驗數(shù)據(jù)；第2 個數(shù)據(jù)集是僅感染產(chǎn)氣莢膜梭菌的4 個研究數(shù)據(jù)；第3 數(shù)據(jù)集是同時感染球蟲和產(chǎn)氣莢膜梭菌的8 個試驗原始數(shù)據(jù)，使用SIAMCAT 和meta 軟件包對數(shù)據(jù)集的相對豐度和α-多樣性進行了meta 分析。通過單一球蟲感染、單一產(chǎn)氣莢膜梭菌感染和合并感染的試驗分析，本研究鑒定出有價值的單元分別為23 個、2 個和29 個。通過對球蟲感染試驗和合并感染試驗的分析，發(fā)現(xiàn)13 個單元有重疊。然而機器學習也無法在3 個數(shù)據(jù)集中的任何1 個分析中找到預測微生物群變化的模型。功能圖譜的Meta 分析顯示，對感染的響應普遍一致，許多途徑的相對豐度發(fā)生顯著變化，α-多樣性并不受單一病原菌或組合感染的影響。綜上所述，盡管球蟲感染對微生物群的影響似乎比產(chǎn)氣莢膜梭菌感染更大，但腸道微生物群的非均一性研究使得識別共同趨勢非常困難。未來研究需要采用宏基因組學技術來關注這些因感染而改變的微生物功能。

關鍵詞：肉雞；壞死性腸炎；球蟲病

資料來源：2023 Poultry Science https://doi.org/10.1016/j.psj.2023.102652