張銘洋 張喜悅 趙格 曲志娜 高宏偉 孫敏 程慧敏 徐佳微 王君瑋 鄒明
摘要:產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens)是一種重要的人獸共患病原菌,α-毒素是其分子生物學(xué)檢測的主要靶標(biāo)。 試驗選?。茫欤穑澹?引物及探針建立微滴式數(shù)字PCR(droplet digtial PCR,ddPCR)方法,最佳引物濃度0.85 μmol/ L,探針濃度為0.3 μmol/ L,退火溫度為60 ℃。 利用建立的ddPCR 方法檢測單核細胞增生李斯特菌、沙門氏菌、大腸桿菌、腸球菌、金黃色葡萄球菌、彎曲桿菌的DNA,結(jié)果均為陰性,表明該方法具有較好的特異性。 合成產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因,制成DNA 標(biāo)準(zhǔn)品,選?。?個稀釋梯度的標(biāo)準(zhǔn)品進行重復(fù)試驗,組內(nèi)和組間變異系數(shù)均小于5%,證明該方法具有較好的重復(fù)性。 采用7 個稀釋梯度的標(biāo)準(zhǔn)品進行重復(fù)檢測,計算出該方法的檢測限為12.39 copies/ μL,定量限為33.97 copies/ μL。 通過對68 份臨床樣品進行檢測,證實該方法可用于臨床,且用于檢測質(zhì)粒DNA 時無明顯的基質(zhì)效應(yīng)。 應(yīng)用ddPCR 方法對標(biāo)準(zhǔn)品進行均勻性和穩(wěn)定性檢驗,并聯(lián)合9 家實驗室進行定值,最終獲得了國家市場監(jiān)督管理總局頒發(fā)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)證書(GBW(E)091237)。 α-毒素基因ddPCR 方法的建立和DNA 標(biāo)準(zhǔn)物的研制,為產(chǎn)氣莢膜梭菌分子生物學(xué)檢測試劑的標(biāo)準(zhǔn)化奠定了基礎(chǔ)。
關(guān)鍵詞:產(chǎn)氣莢膜梭菌;ddPCR;α-毒素基因;標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì);特異性;靈敏度;可重復(fù)性;定值
中圖分類號:S852.61文獻標(biāo)識號:A文章編號:1001-4942(2024)01-0156-08
微滴式數(shù)字PCR ( droplet digital PCR,ddPCR)是近年來迅速發(fā)展起來的一項定量分析技術(shù),能夠?qū)崿F(xiàn)對靶基因的精準(zhǔn)定量檢測。 數(shù)字PCR 的概念由Vogelstein 等[1] 首次提出,他們在檢測大腸癌患者的K-RAS 基因突變時,進行了微升級的PCR 擴增,分別用不同熒光檢測突變基因和正?;?,通過計算突變基因和正?;虻谋壤贸鐾蛔兟?。 隨著生物技術(shù)的不斷發(fā)展與優(yōu)化,PCR 技術(shù)從普通PCR 逐漸發(fā)展為熒光定量PCR,目前的ddPCR 屬于第三代PCR。 ddPCR 技術(shù)通過對樣品進行微滴化處理,經(jīng)PCR 擴增后對所有微滴進行逐個檢測,有熒光信號的判讀為1,無熒光信號的判讀為0,再根據(jù)泊松分布原理和陽性微滴的數(shù)量與比例可得出目的分子的起始拷貝數(shù)。 與傳統(tǒng)PCR 及熒光定量PCR 相比,ddPCR具有樣本需求量低、絕對定量以及高靈敏度、高重復(fù)性、高耐受性等優(yōu)勢[2-4] 。 目前,該技術(shù)已廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)基因生物、致病菌、病毒、食品安全等領(lǐng)域。
產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens) 廣泛分布于土壤、污水、飼料和動物腸道中,可導(dǎo)致動物的壞死性腸炎、腸毒血癥,以及人類的腹瀉和食物中毒等疾病[1-2] 。 近年來,關(guān)于產(chǎn)氣莢膜梭菌分子生物學(xué)診斷方法的報道較多,但多為傳統(tǒng)的PCR 和熒光定量PCR 方法,使用的靶基因均為α-毒素基因。 隨著產(chǎn)氣莢膜梭菌分子生物學(xué)檢測試劑的廣泛應(yīng)用,對標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研發(fā)的需求也越來越強烈。 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)可以滿足檢測結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化的需求,因此,本研究旨在建立產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因ddPCR 檢測方法,并應(yīng)用于質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研發(fā)。
1 材料與方法
1.1 供試菌株及樣品
產(chǎn)氣莢膜梭菌(ATCC13124)、單核細胞增生李斯特菌(ATCC19111)、沙門氏菌(ATCC14028)、大腸桿菌(ATCC25922)、腸球菌(ATCC29212)、金黃色葡萄球菌(ATCC29213)、彎曲桿菌(ATCC33559)均由國家獸醫(yī)微生物菌(毒)種保藏中心動物衛(wèi)生與流行病學(xué)分中心保存。 產(chǎn)氣莢膜梭菌陽性病料由中國動物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心致病微生物監(jiān)測室保存。
1.2 試劑和儀器
ddPCR 探針法超預(yù)混液(不含dUTP)、微滴發(fā)生油購自北京匯力宏業(yè)生物科技有限公司。α-毒素基因、引物和探針序列由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。 微滴式數(shù)字PCR 檢測系統(tǒng)(伯樂QX200,美國)。
1.3 試驗設(shè)計與方法
1.3.1 ddPCR 方法的建立 參照Grau-Roma[5] 、Xu[6] 等的方法分別合成2 對引物和探針(表1)。
分別使用上述2 對引物建立ddPCR 方法并進行反應(yīng)條件優(yōu)化。 引物和探針分別設(shè)置4 個濃度梯度,其中10 μmol/ L 引物加樣量設(shè)置為:1.3、1.5、1.7、1.9 μL;10 μmol/ L 探針加樣量設(shè)置為:0.3、0.6、0.9、1.2 μL。 退火溫度設(shè)置為56、58、60、62 ℃。通過比較ddPCR 的檢測拷貝數(shù)、微滴生成數(shù)、微滴分布狀態(tài)、微滴熒光信號的強度確定最佳反應(yīng)條件。
1.3.2 特異性、重復(fù)性、檢出限和定量限試驗 分別以產(chǎn)氣莢膜梭菌、單核細胞增生李斯特菌、沙門氏菌、大腸桿菌、腸球菌和金黃色葡萄球菌的DNA 為模板, 用產(chǎn)氣莢膜梭菌α - 毒素基因ddPCR 方法檢測以評價其特異性。 選?。?個濃度梯度(101、102、103 copies/ μL) 的標(biāo)準(zhǔn)品DNA為模板,在間隔第7 天和第14 天分別進行重復(fù)試驗,每個濃度設(shè)3 個重復(fù),記錄各次試驗的拷貝數(shù),并分析組內(nèi)和組間的變異系數(shù),以檢測該方法的重復(fù)性。 參考?分析方法檢出限和定量限的評估?(GB/ T 27415—2013)[7] 中的方法進行檢出限(IDE)和定量限(IQE)的測定。 以7 個濃度梯度(10-1、100、101、102、103、104、105 copies/ μL)的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品DNA 為模板,每個梯度重復(fù)檢測9 次,用產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因的ddPCR 方法對其擴增,評估方法的檢出限、定量限和動態(tài)范圍。
1.3.3 ddPCR 方法的臨床應(yīng)用及基質(zhì)效應(yīng)評估
取實驗室保存的68 份臨床陽性病料,其中產(chǎn)氣莢膜梭菌陽性病料38 份,沙門氏菌、大腸桿菌、腸球菌、單核細胞增生李斯特菌、金黃色葡萄球菌、彎曲桿菌陽性病料各5 份,提?。模危?作為臨床樣本進行產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因ddPCR 方法鑒定。 依據(jù)?基質(zhì)效應(yīng)與互通性評估指南?(WS/ T356—2011)[8] 中的方法對制備的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進行基質(zhì)效應(yīng)與互通性評估驗證。 選取產(chǎn)氣莢膜梭菌臨床陽性樣本20 份,濃度在102 ~ 104 copies/ μL間隨機分布。 準(zhǔn)備5 份制備樣本,將制備樣本與臨床樣本隨機穿插排列,使用ddPCR 方法測定所有樣本。
1.3.4 候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的制備 通過NCBI 網(wǎng)站Blast 比對,合成具有代表性的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-toxin 基因(GenBank:AY277724.1) 片段,克隆至pUC57-α-toxin 質(zhì)粒并轉(zhuǎn)化E. coli Top 10 感受態(tài)細胞。 經(jīng)擴大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒備用。 應(yīng)用KpnⅠ(NEB,美國)對質(zhì)粒進行線性化處理,反應(yīng)體系為2 μL cutsmart、3 μL KpnⅠ、5 μL ddH2O、10 μL質(zhì)粒(53.65 ng/ μL),37 ℃水?。?h。 回收后的線性化質(zhì)粒,稀釋后分裝作為候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3.5 候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的鑒定及檢驗 對產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因質(zhì)粒進行常規(guī)PCR 鑒定、雙酶切和測序鑒定,并對其進行均勻性和穩(wěn)定性檢驗,鑒定方法參照文獻[9]進行。
1.3.6 定值 選擇9 家具備認(rèn)可資質(zhì)的實驗室,對候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進行聯(lián)合定值。 對測得的數(shù)據(jù)進行正態(tài)分布檢驗、組內(nèi)可疑值檢驗、組間等精度檢驗以及各組平均值之間的t 檢驗,并計算樣品的不確定度,對候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)定值,并通過有證標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)評估實驗室定值的穩(wěn)定性[7,9] 。
2 結(jié)果與分析
2.1 ddPCR 方法的建立
分別使用2 對引物建立ddPCR 方法,結(jié)果Clper 引物探針具有更好的特異性,故在本研究中,使用該引物探針進行目標(biāo)基因的擴增。 對引物和探針的濃度進行優(yōu)化,結(jié)果10 μmol/ L 引物的用量為1.7 μL、10 μmol/ L 探針的用量為0.6μL,即反應(yīng)濃度分別為0.85 μmol/ L 和0.3 μmol/ L時,ddPCR 檢測拷貝數(shù)最多,微滴分布狀態(tài)、微滴熒光信號的強度也均較好(圖1A)。 退火溫度優(yōu)化結(jié)果顯示,60 ℃ 時特異性最好,且信號強度較強(圖1B)。最終建立的ddPCR 方法,主要包括微滴生成、PCR 擴增和微滴讀取3 個步驟。 ①微滴生成。 反應(yīng)體系為supermix 10 μL、上、下游引物(10 μmol/ L) 各1.7 μL、探針(10 μmol/ L) 0.6μL、模板1 μL、ddH2O 5.0 μL,加入至微滴生成卡的sample 孔;在微滴生成卡的oil 孔中加入70 μL微滴生成油;將生成卡放入微滴生成儀,生成微滴。 ②PCR 擴增。 將生成的微滴轉(zhuǎn)移至96 孔板,蓋膜后放入熱封儀封膜;將封好膜的96 孔板放入PCR 儀進行擴增;PCR 擴增程序為:50 ℃ 2min;95 ℃ 10 min;95 ℃ 30 s,60 ℃ 1 min,40 個循環(huán);98 ℃ 10 min,4 ℃ 60 min。 ③微滴讀取。 擴增完畢后將96 板轉(zhuǎn)移至QX200 Droplet Reader 微滴讀取儀上進行微滴讀取。 在以上確定的反應(yīng)條件下,陰、陽性微滴劃分閾值劃定在熒光強度為2 000的位置。
加樣說明參見表2。
2.2 特異性、重復(fù)性、檢出限和定量限結(jié)果
分別以單核細胞增生李斯特菌、沙門氏菌、大腸桿菌、腸球菌、彎曲桿菌、金黃色葡萄球菌的DNA 為模板,用建立的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因ddPCR 方法檢測,結(jié)果均為陰性(圖2),表明特異性較好。
選?。?個濃度梯度(101、102、103 copies/ μL)的標(biāo)準(zhǔn)品DNA 為模板,分別在第1、7、14 天進行重復(fù)試驗,每個梯度設(shè)3 個平行,記錄各次試驗的拷貝數(shù),并統(tǒng)計分析組內(nèi)和組間的變異系數(shù)。 結(jié)果3個梯度標(biāo)準(zhǔn)品的組內(nèi)變異系數(shù)為0.73% ~3.17%,組間變異系數(shù)為3.36% ~4.27%(表3),重復(fù)性和重現(xiàn)性較好。
采用7 個濃度梯度(10-1、100、101、102、103、104copies/ μL 和105 copies/ μL)的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因質(zhì)粒DNA 進行檢測。 每個稀釋度3個重復(fù)。 結(jié)果(圖3)表明,ddPCR 反應(yīng)產(chǎn)生的微滴數(shù)量超過10 000 個,當(dāng)稀釋度為101 ~104時,產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因拷貝數(shù)與濃度之間呈良好的線性關(guān)系,可繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(圖4)。 標(biāo)準(zhǔn)曲線方程為y= 4.319x+14.53,R2 = 0.999,計算得出檢出限為12. 39 copies/ μL, 定量限為33. 97copies/ μL。
A08、B08、C08 的DNA 濃度為105 copies/ μL,D 08、E08、F08的DNA濃度為104 copies / μL,G08、H08 的DNA 濃度為103 copies/ μL, B09、C09、D09 的DNA 濃度為102 copies/ μL, E09、F09、G09 的DNA 濃度為101 copies/ μL, H09、D10、E10 的DNA 濃度為100 copies/ μL, F10、G10、H10 的DNA 濃度為10-1 copies/ μL。
2.3 候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的制備與鑒定
將提取的pUC57-α-toxin 質(zhì)粒進行雙酶切和PCR 鑒定,結(jié)果均可見大小為1 146 bp 的片段,符合預(yù)期(圖5A、C)。 電泳鑒定線性化質(zhì)粒,僅見1 條條帶且大小正確,證實酶切完全(圖5B)。將質(zhì)粒交由公司進行測序,結(jié)果其序列與大腸產(chǎn)氣莢膜梭菌α-toxin 完全一致。 證明產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因質(zhì)粒DNA 候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)基因序列正確。
2.4 臨床樣品的驗證及基質(zhì)效應(yīng)評價
對68 份臨床陽性病料進行檢測,結(jié)果38 份產(chǎn)氣莢膜梭菌陽性病料的拷貝數(shù)均高于1 000(熒光值均高于2 000),其他非特異性菌株陽性病料的拷貝數(shù)均為零(熒光值均低于2 000)。 證明建立的ddPCR 方法可用于臨床樣品的檢測。測定的結(jié)果采用線性回歸分析方法進行分析,參考?基質(zhì)效應(yīng)與互通性評估指南?[8] 中的方法,計算樣本測定值雙側(cè)95%置信區(qū)間。 結(jié)果表明,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的測定均值在臨床樣本95%置信區(qū)間內(nèi)(圖6),表明標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)無明顯的基質(zhì)效應(yīng)。
2.5 候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的檢驗
對20 管候選標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進行均勻性檢驗,采用單因素方差分析法(F 檢驗法)對結(jié)果進行分析,結(jié)果F<Fα,表明樣品是均勻的。 經(jīng)穩(wěn)定性檢驗,樣品可在-20 ℃條件下穩(wěn)定儲存18 個月,基因含量未發(fā)生顯著變化;將樣品置于4 ℃保存8 d,結(jié)果樣品的檢測值無顯著變化,表明標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)在4 ℃運輸條件下可穩(wěn)定保持。 模擬反復(fù)凍融,結(jié)果樣品凍融30 次,基因含量未發(fā)生顯著變化。
2.6 定值
聯(lián)合9 家實驗室應(yīng)用ddPCR 方法進行定值。應(yīng)用SPSS 軟件,對定值數(shù)據(jù)進行正態(tài)分布檢驗,結(jié)果顯示數(shù)據(jù)符合正態(tài)分布;應(yīng)用Microsoft Excel做出正態(tài)分布的直方圖,擬合正態(tài)曲線(圖7)。對組內(nèi)數(shù)據(jù)可疑值檢驗,結(jié)果各組所有最大值和最小值之差的絕對值|vi |均小于l(α,n)s,證實組內(nèi)沒有可疑值。 對各組數(shù)據(jù)進行等精度檢驗,計算出C 值為0.18,實驗室取α 為0.05,數(shù)據(jù)組數(shù)9,重復(fù)測定次數(shù)9,查科克倫檢驗臨界值C(α,m,n) 為0.27;結(jié)果C≤C(α,m,n) ,表明各組數(shù)據(jù)為等精度。 對平均值最大組及平均值最小組之間的數(shù)據(jù)進行t 檢驗,t 值為2.74,查t 值表tα為2.78,t<tα,證明各組平均值之間無顯著差異[7] 。
2.7 不確定度評定
用uA,rel表示相對A 類不確定度,經(jīng)計算uA,rel為2.1%。 用uB,rel 表示B 類相對不確定度,經(jīng)計算uB,rel為3.2%。 用ubb,rel表示均勻性差異帶來的不確定度,經(jīng)計算為2.3%。 用Ults和Usts分別表示長期和短期不確定度,經(jīng)計算分別為6.60%和3.42%。將各分量合成得到標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的合成相對不確定度uCRM,rel 為8.67%,擴展相對不確定度uCRM,rel為17.34%,擴展不確定度uCRM為0.59×103copies/ μL。 綜合確定制備的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的定值為(3.43±0.43)×103 copies/ μL。
2.8 比對與驗證
購置中國計量科學(xué)研究院制備的豬繁殖與呼吸障礙綜合征標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),用ddPCR 方法對其進行測定。 3 次的結(jié)果分別為9.41×108、9.38×108、9.42×108 copies/ μL,經(jīng)分析,該值符合標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)說明書上的定值(標(biāo)準(zhǔn)值9.4×108 copies/ μL,擴展不確定度0.9×108 copies/ μL)。 證明本研究建立的ddPCR 方法對標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的定值正確。
3 討論與結(jié)論
產(chǎn)氣莢膜梭菌分布廣泛,對人類和動物的健康造成嚴(yán)重危害。 該菌可產(chǎn)生多種毒素,其中A型產(chǎn)氣莢膜梭菌分泌的α-毒素是動物和人食源性感染的主要毒素型。 研究表明,α-毒素能夠突破血腦屏障、侵害延髓、破壞呼吸系統(tǒng)及心臟的傳導(dǎo)系統(tǒng),最終引發(fā)動物“猝死癥”[10] 。 產(chǎn)氣莢膜梭菌可跟據(jù)其產(chǎn)生的4 種主要毒素(α、β、ε、ι)分為5 種毒素型(A、B、C、D、E)。 其中α-毒素是產(chǎn)氣莢膜梭菌分泌的主要致死毒素,是一種多功能磷脂酶,幾乎所有產(chǎn)氣莢膜梭菌都能產(chǎn)生α-毒素。Yonogi 等[11] 建立了用于檢測產(chǎn)氣莢膜梭菌各種毒素的多重PCR 檢測方法;van Asten 等[12] 針對α、β、ε 等毒素建立了多重PCR 檢測方法;Shan ̄non 等[13] 建立了用于檢測城市污水中特定病原菌的熒光定量PCR 檢測方法;Hanabara 等[14] 建立了用于檢測人類糞便中食源性致病菌的熒光定量PCR 檢測方法;另有其他眾多關(guān)于檢測產(chǎn)氣莢膜梭菌的報道[15-22] ,他們使用的靶基因均為α-毒素基因。
ddPCR 方法是一種對核酸分子進行絕對定量的檢測技術(shù),已廣泛應(yīng)用于病原檢測領(lǐng)域,尤其適用于對低拷貝、低含量病原早期的精準(zhǔn)檢測,可有效彌補普通熒光定量PCR 方法的不足。ddPCR 將反應(yīng)體系分散為上萬個微滴,微滴經(jīng)PCR 擴增后,利用微滴檢測儀對每個微滴進行檢測,最后根據(jù)泊松分布原理,直接計算陽性微滴的個數(shù),從而實現(xiàn)直接定量核酸濃度。 本研究建立的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因ddPCR 方法,具有較好的特異性、靈敏性和重復(fù)性,與Li[23-24] 、Cor ̄bisier[25] 、Dupas[26] 等的報道一致。ddPCR 檢測中,DNA 濃度過高會超出儀器的檢測范圍,無法直接用于檢測;而DNA 濃度過低則會對標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的穩(wěn)定性產(chǎn)生不利影響。 為保證標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的穩(wěn)定性,以更好地應(yīng)用于臨床,本研究制備了濃度相對較低(103 copies/ μL) 的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。 ddPCR 為直接定量方法,其對標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的定值結(jié)果是全國標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)管理委員會評價其可信度的主要指標(biāo)。 本研究利用建立的ddPCR 方法對標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進行定值,并獲得了國家市場監(jiān)督管理總局頒發(fā)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)證書(GBW(E) 091237)。該標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研發(fā)成功,可促進產(chǎn)氣莢膜梭菌診斷試劑的標(biāo)準(zhǔn)化,減少檢測誤差,確保檢驗人員的檢測能力,規(guī)范試劑盒的管理。
相較于其他定值方法,ddPCR 法對技術(shù)人員和試劑等要求更高,但隨著技術(shù)進步和試劑成本的逐步降低,本研究建立的產(chǎn)氣莢膜梭菌α-毒素基因ddPCR 檢測方法,必將具有廣闊的應(yīng)用前景。
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