余樹坤,劉 浪,譚雅心,崔紫妍,徐興宇,陶志陽(yáng)

沙門氏菌作為食源性腹瀉常見的病原菌之一[1],廣泛地存在于自然界中,其傳播主要與受污染的動(dòng)物肉類和蛋類食品有關(guān),能引起各種家禽和哺乳動(dòng)物的傳染病,也可引起人類感染,以腸炎沙門氏菌、鼠傷寒沙門氏菌和德爾卑沙門氏菌感染常見,具有重要的公共衛(wèi)生意義[2-3]。

2022年1月19日,武漢市某區(qū)人民醫(yī)院發(fā)熱門診先后收治多名進(jìn)食晚餐后出現(xiàn)發(fā)熱、腹瀉、嘔吐等胃腸道癥狀的患者,均來(lái)自同一項(xiàng)目工地,具有共同進(jìn)餐史,調(diào)查顯示項(xiàng)目工地20名員工于1月19日共同進(jìn)食晚餐后,其中有7人發(fā)病,臨床癥狀以發(fā)熱、腹瀉為主。根據(jù)流行病學(xué)調(diào)查及實(shí)驗(yàn)室結(jié)果,高度懷疑為沙門氏菌引起的食物中毒。本研究對(duì)采集的樣本進(jìn)行了微生物相關(guān)致病菌檢測(cè),并對(duì)檢測(cè)到的沙門氏菌應(yīng)用脈沖場(chǎng)凝膠電泳技術(shù)進(jìn)行分子分型和全基因組測(cè)序,以期為今后類似事件的調(diào)查檢測(cè)提供參考。

1 材料與方法

1.1 材 料

1.1.1 樣本來(lái)源 現(xiàn)場(chǎng)共采集相關(guān)樣本20份,其中7份病例(含2名廚師)肛拭子樣本;2份病例糞便樣本;5份共同進(jìn)餐工作人員肛拭子樣本;6份外環(huán)境涂抹樣本來(lái)自圓砧板、小砧板、刀把手、灶臺(tái)。因項(xiàng)目工地食堂無(wú)剩余熟食,且無(wú)剩余未加工的原材料,無(wú)法進(jìn)行可疑食物樣品采集。

1.1.2 主要儀器 高通量測(cè)序系統(tǒng)(Illumina公司,型號(hào):Illumina MiSeq),實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(賽默飛世爾科技有限公司,型號(hào):QuantStudio 7 Flex),全自動(dòng)核酸提取儀(西安天隆科技有限公司,型號(hào):NP968-C),全自動(dòng)微生物鑒定藥敏分析儀(碧迪醫(yī)療器械有限公司,型號(hào):BD Phoenix M50),脈沖場(chǎng)凝膠電泳系統(tǒng)(Bio-Rad公司,型號(hào):Chef mapper),病原微生物生信分析平臺(tái)(杭州柏熠科技有限公司,版本V5.0)。

1.1.3 培養(yǎng)基與試劑 18種食源性病原體核酸多重實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)試劑盒(上海卓成惠生,批號(hào):T202207158),SC增菌液(北京路橋有限公司,批號(hào):221216),沙門顯色瓊脂培養(yǎng)基(青島海博有限公司,批號(hào):20230227),革蘭氏陰性菌鑒定/藥敏板(碧迪醫(yī)療器械(上海)有限公司,批號(hào):2067245),沙門氏菌屬139種診斷血清(寧波天潤(rùn),批號(hào):20220701), 細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技有限公司,批號(hào):X1017),MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles)測(cè)序試劑盒(Illumina公司,批號(hào):20680866)。

1.2 方 法

1.2.1 病例定義 自1月17日以來(lái)在該工地食堂就餐后出現(xiàn)發(fā)熱(≥37.3 ℃)、腹瀉(≥3次/24 h,并伴大便性狀改變)、嘔吐等癥狀,判定為疑似病例。

1.2.2 流行病學(xué)調(diào)查 按照《食品安全事故流行病學(xué)調(diào)查技術(shù)指南(2021版)》,根據(jù)病例定義對(duì)搜索到的全部病例進(jìn)行個(gè)案調(diào)查。調(diào)查內(nèi)容主要有人口學(xué)信息、發(fā)病和治療經(jīng)過(guò)。調(diào)查該項(xiàng)目部食堂中所用食物原材料來(lái)源,食物加工方法、制作過(guò)程,食物原材料及成品保存方法、保存環(huán)境等。

1.2.3 致病原的多重PCR檢測(cè)及分離鑒定

1.2.3.1 樣本總DNA/RNA的提取及多重PCR檢測(cè) 將采集的20份樣本充分震蕩混勻后,用全自動(dòng)核酸提取儀提取核酸,按照18種食源性病原體核酸多重實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)試劑盒操作說(shuō)明開展多重PCR檢測(cè)。

1.2.3.2 致病菌的分離鑒定 根據(jù)多重PCR初篩結(jié)果,將鹽水管采集的肛拭子和外環(huán)境涂抹樣本及糞便樣本各吸取少許液體接種到SC增菌液中增菌培養(yǎng),增菌液劃線接種到相應(yīng)的選擇培養(yǎng)基,36 ℃培養(yǎng)24 h后觀察結(jié)果?？梢删浞旨兣囵B(yǎng)后采用全自動(dòng)微生物分析儀進(jìn)行系統(tǒng)生物鑒定,陽(yáng)性菌株進(jìn)行血清學(xué)實(shí)驗(yàn)。

1.2.4 藥敏試驗(yàn) 選用全自動(dòng)細(xì)菌生化鑒定儀配套的革蘭陰性細(xì)菌藥敏卡,包含20種抗生素,對(duì)12株菌株進(jìn)行藥敏實(shí)驗(yàn),按照試劑盒說(shuō)明書操作并判定結(jié)果。

1.2.5 PFGE分子分型 使用Xbal限制性內(nèi)切酶進(jìn)行內(nèi)切消化,并按照《國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)手冊(cè)(2022版)》中沙門菌PFGE分型程序操作說(shuō)明進(jìn)行菌株分型。經(jīng)GelRed染色成像,使用BioNumerics軟件以90%相似度進(jìn)行聚類分型。

1.2.6 全基因組測(cè)序分析

1.2.6.1 測(cè)序 根據(jù)細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒說(shuō)明書提取DNA,DNA濃度高于100 ng/μL后,經(jīng)Illumia測(cè)序平臺(tái)測(cè)序,然后通過(guò)柏熠病原微生物分析平臺(tái)(V 5.0)用fastp軟件(v0.23.2版本)進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量質(zhì)控,過(guò)濾后的clean data使用SPAdes軟件(v3.15.3版本)對(duì)沙門氏菌全基因組序列進(jìn)行組裝。

1.2.6.2 生物信息學(xué)分析 根據(jù)沙門氏菌的基因組信息和抗性基因數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因信息,使用abricate(V1.0.1)軟件進(jìn)行耐藥注釋分析 。沙門氏菌血清型鑒定使用seqsero2(V1.2.1)軟件分析注釋。使用mlst(V2.23.0)針對(duì)沙門氏菌管家基因aroC、dnaN、hemD、hisD、purE、sucA、thrA進(jìn)行多位點(diǎn)序列分型(MLST),使用cgmlstfinder(V1.2.0)進(jìn)行核心基因組多位點(diǎn)序列分型(cgMLST)。使用snippy對(duì)樣本進(jìn)行全基因組單核苷酸位點(diǎn)分析(wgSNP)。對(duì)比NCBI assembly同源數(shù)據(jù)庫(kù),采用fastANI(V 1.33)對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行同源性分析,選取同源性排序前50株樣本使用fasttree(V2.1.11)構(gòu)建進(jìn)化樹,計(jì)算進(jìn)化樹上進(jìn)化距離關(guān)系,從而獲得最近源序列。

2 結(jié) 果

2.1 流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果 該項(xiàng)目工地共有員工20名,可提供三餐及住宿,食堂由2名廚師(肖某、陳某)輪流值班,環(huán)境衛(wèi)生一般,宿舍為搭建的活動(dòng)板房,無(wú)空調(diào),密封條件差。經(jīng)調(diào)查,符合患者定義的共有7例,首例病例發(fā)病時(shí)間為1月20日0∶00,末例病例發(fā)病時(shí)間為1月20日6∶00,發(fā)病高峰為1月20日0∶00-02∶00。最短潛伏期約為7 h,最長(zhǎng)潛伏期約13 h,平均潛伏期為9.1 h。7例病例臨床癥狀以發(fā)熱、嘔吐、腹瀉為主,并伴有頭痛、頭暈等癥狀?；颊呔鶠槌赡昴行?最小32歲,最大71歲。所有患者經(jīng)抗炎補(bǔ)液及對(duì)癥治療后均已痊愈返崗。

2.2 樣本檢測(cè)結(jié)果

2.2.1 多重PCR鑒定結(jié)果 20份樣本中,12份樣本多重初篩沙門氏菌陽(yáng)性,其中病例肛拭子樣本7份、病例糞便樣本2份,工作人員肛拭子樣本3份,其余樣本均為陰性。

2.2.2 沙門氏菌分離鑒定及血清學(xué)結(jié)果 參考多重PCR結(jié)果,對(duì)12份樣本進(jìn)行沙門氏菌分離,增菌后的樣本中均檢出疑似沙門氏菌,經(jīng)革蘭染色、生化系統(tǒng)鑒定均為陽(yáng)性,與多重PCR結(jié)果一致,菌株編號(hào)為DXH001～DXH012,其中DXH010與DXH005為病例5不同發(fā)病時(shí)期樣本分離株,DXH011與DXH002為病例2不同類型樣本分離株,DXH012與DXH003為病例3不同類型樣本分離株。

對(duì)分離到的12株沙門氏菌進(jìn)行血清型分析,A-F沙門菌多價(jià)血清凝集陽(yáng)性,O4、O12抗原血清凝集陽(yáng)性,Hi、H2抗原血清凝集陽(yáng)性,生理鹽水對(duì)照陰性。得到的抗原為4,12:i:2,查詢Kauffman-White表,均為鼠傷寒沙門氏血清型,見表1。

表1 食物中毒相關(guān)樣本分離結(jié)果Tab.1 Isolated Salmonella strains from samples related to food poisoning

2.3 藥敏分析結(jié)果 12株菌株耐藥譜完全一致,均對(duì)阿米卡星、氨芐西林、頭孢唑啉、慶大霉素、哌拉西林、 四環(huán)素耐藥,其余14種均敏感。

2.4 PFGE分析結(jié)果 考慮DXH010與DXH005(病例5)、DXH011與DXH002(病例2)、DXH012與DXH003(病例3)分別來(lái)自同一人員不同時(shí)期或不同類型樣本分離株,且其生化和血清分型結(jié)果一致,后續(xù)PFGE和基因測(cè)序僅選取DXH001～DXH009菌株進(jìn)行分析。

將上述9株沙門氏菌株使用限制性內(nèi)切酶XbaI酶切后進(jìn)行PFGE,膠塊經(jīng)Gelred染液染色后成像,結(jié)果顯示9株沙門氏菌產(chǎn)生的電泳條帶均相同且分子量大小一致,再將9株沙門氏菌的脈沖場(chǎng)電泳圖譜導(dǎo)入BIoNumercis軟件進(jìn)行聚類分析,結(jié)果顯示9株菌株相識(shí)度為100%,說(shuō)明為同一型別菌株,見圖1。

圖1 9株沙門氏菌分子分型聚類分析圖Fig.1 Diagram of molecular typing and clustering analysis of nine strains of Salmonella

2.5 基因測(cè)序與溯源分析結(jié)果

2.5.1 全基因組測(cè)序、組裝結(jié)果 經(jīng)Illumina測(cè)序平臺(tái)和fastp軟件質(zhì)控后,共得到約4.2 G的原始數(shù)據(jù),組裝后的9株沙門氏菌的基因組大小在4 929 134～4 930 589 bp,GC含量為52.15%～52.16%。

2.5.2 血清凝集分型與全基因組分型結(jié)果比較 WGS分型結(jié)果均為B群鼠傷寒沙門氏菌,O1、O4、O15、O12抗原血清凝集陽(yáng)性,Hi、H1、H2抗原血清凝集陽(yáng)性,與常規(guī)血清分型結(jié)果一致,兩種方法符合率為100%。

2.5.3 耐藥基因預(yù)測(cè)分析與耐藥表型比較 基因組耐藥基因注釋分析發(fā)現(xiàn),每株鼠傷寒沙門氏菌含有10種數(shù)量相等的耐藥基因,作用機(jī)制全部為抗生素外排型。預(yù)測(cè)顯示,9株菌株基因組均含有單菌霉碳、碳青霉烯、頭孢菌素、頭霉素、青霉烷、利膽醇類、青霉烯、氟喹諾酮、甘氨酰環(huán)素、四環(huán)素、利福霉素、三氯生、氨基香豆素、硝基咪唑、氨基糖苷類耐藥基因。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)多種耐藥基因可針對(duì)一種抗生素產(chǎn)生抗性,例如預(yù)測(cè)3種耐藥基因acrB、mdsB和mdsC均可產(chǎn)生對(duì)青霉烷類、氟喹諾酮、氨基香豆素耐藥,mdsB和mdsC耐藥基因同時(shí)可以產(chǎn)生頭孢菌素耐藥。通過(guò)比較,WGS預(yù)測(cè)的沙門氏菌耐藥基因與藥敏結(jié)果的符合率較高,對(duì)氨基糖苷類、頭孢菌素、青霉烷、四環(huán)素預(yù)測(cè)的結(jié)果完全一致,見表2。

表2 9株鼠傷寒沙門氏菌基因組耐藥基因注釋分析結(jié)果Tab.2 Genome drug resistance gene annotation analysis of nine strains of Salmonella typhimurium

2.5.4 MLST與cgMLST分型結(jié)果 為了進(jìn)一步對(duì)9株沙門氏菌進(jìn)行基因組溯源分析,我們首先使用MLST分析菌株間的相關(guān)性?；谌蚪M序列的MLST分析結(jié)果顯示9株菌株均為ST19型別?？紤]到MLST分辨力低,對(duì)不同暴發(fā)或者沒有直接流行病學(xué)關(guān)聯(lián)的菌株區(qū)分能力差,我們進(jìn)一步進(jìn)行核心基因組多位點(diǎn)序列分型(core genomemultilocus sequence typing,cgMLST)分析,cgMLST 檢測(cè)和比對(duì)成百上千個(gè)基因位點(diǎn)的序列差異,比傳統(tǒng)的 MLST 方法具有更高的分辨力。分析結(jié)果顯示,其分型結(jié)果均為cgST 264803 型別,見表3。

表3 cgMLST結(jié)果統(tǒng)計(jì)信息表Tab.3 The cgMLST results of statistical information

2.5.5 核心基因組單核苷酸多態(tài)性分析結(jié)果 考慮到同一起暴發(fā)性事件往往為同一傳播鏈樣本,其基因組差異相對(duì)較小。全基因組測(cè)序的單核酸多態(tài)性分型(whole genome-based singlenucleotide polymorphisms,wgSNP) 是在全基因組序列的水平上選擇一定數(shù)目的 SNP,比較不同細(xì)菌基因組中 SNP 的信息,具有更高的分辨率。9株鼠傷寒沙門氏菌間存在有17個(gè)變異位點(diǎn),樣本之間直接SNP差異數(shù)為1～6個(gè)位點(diǎn)。9株菌SNP最小生成樹見圖2。

圖2 9株ST19型的鼠傷寒沙門氏菌最小生成樹分析圖Fig.2 Diagrams of minimum spanning trees for nine strains of Salmonella typhimurium ST19

2.5.6 系統(tǒng)發(fā)育分析 為了更全面的分析樣本之間的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系,我們加入NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選過(guò)濾后的完整基因組中沙門氏菌1 188株的數(shù)據(jù),然后進(jìn)行ANI同源性分析,選取同源性排序前50株樣本使用fasttree構(gòu)建進(jìn)化樹。9例樣本之間同源性明顯高于來(lái)源于數(shù)據(jù)庫(kù)中的其他樣本,并且處于同一進(jìn)化分支上。在與公共數(shù)據(jù)庫(kù)中其他樣本比較時(shí),我們發(fā)現(xiàn)同源性最高的是來(lái)源于江西的GCF_020221795.1樣本,詳見圖3。

圖3 59株沙門氏菌(9株ST19型的鼠傷寒沙門氏菌與50株NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)沙門氏菌)進(jìn)化樹與樣本來(lái)源分析圖Fig.3 Analysis of the evolutionary tree and sample sources of 59 strains of Salmonella, including nine strains of Salmonella typhimurium ST19 and 50 strains of Salmonella obtained from the NCBI database

3 討 論

沙門氏菌屬是一類危害人和動(dòng)物健康的重要致病菌,廣泛地存在于自然界中,其傳播主要與受污染的動(dòng)物肉類和蛋類食品有關(guān)。在世界各國(guó)的各類細(xì)菌性食物事件中,沙門氏菌引起的食物中毒事件數(shù)量常居榜首,其中以鼠傷寒沙門氏和腸炎沙門氏菌感染最常見。沙門氏菌引起的食物中毒的發(fā)病潛伏期為6～48 h,患者主要癥狀包括不同程度的惡心、嘔吐、發(fā)熱、腹痛、腹瀉,嚴(yán)重者可出現(xiàn)身體脫水和電解質(zhì)紊亂[4],本次食物中毒事件中的患者符合這一發(fā)病特征,患者在同一時(shí)間、同一地點(diǎn)用餐后發(fā)病,臨床癥狀相似,發(fā)病潛伏期7～13 h,流行曲線呈點(diǎn)源式暴發(fā)。根據(jù)流行病學(xué)調(diào)查以及實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)結(jié)果判斷為一起由鼠傷寒沙門氏菌感染引起的食物中毒事件。鼠傷寒沙門氏菌病一年四季均可發(fā)生,但主要發(fā)生在第二季度和第三季度,沒有嚴(yán)格的地域性。

本次事件發(fā)生當(dāng)天氣溫為1～13 ℃,提示沙門氏菌對(duì)惡劣環(huán)境的抵抗能力強(qiáng),其表面生物膜使得沙門氏菌在嚴(yán)酷的環(huán)境中得以生存,增加沙門氏菌到達(dá)腸道的機(jī)會(huì),導(dǎo)致了食物中毒感染事件的發(fā)生[5]。

近年來(lái),隨著分子生物技術(shù)的廣泛普及,實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)已成為檢測(cè)沙門氏菌的常用方法,具有敏感性高、特異性強(qiáng)的特點(diǎn),可及時(shí)提供快速、準(zhǔn)確的病原學(xué)診斷。本次食物中毒檢測(cè)分析過(guò)程采用了18種食源性致病菌的多重PCR檢測(cè)技術(shù),可快速識(shí)別食物中毒事件感染的病原體,縮短了傳統(tǒng)培養(yǎng)時(shí)間,提升了臨床檢測(cè)效率。實(shí)驗(yàn)室結(jié)果顯示多重PCR結(jié)果與分離鑒定結(jié)果一致,12株沙門氏菌血清分型均為B群鼠傷寒沙門氏菌,其中7株來(lái)自7份病例肛拭子樣本(含2名廚師),2株來(lái)自2份病例糞便樣本,3株來(lái)自3份工作人員肛拭樣本。鼠傷寒沙門氏菌作為一群泛嗜性沙門氏菌,其多重耐藥性正逐年增強(qiáng)[6-7],在2020-2021年我國(guó)吉林省收集的133株鼠傷寒沙門氏菌藥敏試驗(yàn)結(jié)果證實(shí),對(duì)氨芐西林和四環(huán)素耐藥的菌株比率均為73.5%,且其中多重耐藥菌株高達(dá)94株,這與國(guó)內(nèi)很多地區(qū)對(duì)沙門氏菌耐藥性的研究類似[8]。細(xì)菌基因組所含有的耐藥基因與其耐藥性表型呈現(xiàn)良好相關(guān)性[9]。本研究發(fā)現(xiàn)每株鼠傷寒沙門氏菌均攜帶多種耐藥基因,提示菌株均有形成耐藥基因所針對(duì)抗生素的抗性的潛力。從耐藥基因的攜帶推斷抗菌藥物的耐性來(lái)看,應(yīng)用WGS預(yù)測(cè)的氨基糖苷類、頭孢菌素、青霉烷、四環(huán)素的耐藥性與藥敏結(jié)果完全一致,與張璐等的相關(guān)研究相符[10]。同時(shí),這9株菌株對(duì)阿米卡星、氨芐西林、頭孢唑啉、慶大霉素、哌拉西林、四環(huán)素多重耐藥,與全國(guó)的沙門氏菌多重耐藥現(xiàn)象相符[11-12],提示臨床應(yīng)合理用藥,減少耐藥株的出現(xiàn)。此次患者治療可首選頭孢噻肟、頭孢他啶、阿莫西林/克拉維酸、哌拉西林-他唑巴坦等敏感抗生素。臨床選用頭孢他啶靜脈滴注后,患者全部治愈。

PFGE 是20 世紀(jì)80年代中期發(fā)展起來(lái)的一種非常有效的分子分型方法,被稱為細(xì)菌分子生物學(xué)分型技術(shù)的“金標(biāo)準(zhǔn)”[13-14]。本文通過(guò)XbaI酶切,應(yīng)用PFGE技術(shù),對(duì)一起食物中毒分離株進(jìn)行分子分型,產(chǎn)生的電泳條帶較為理想,每株約產(chǎn)生12條30～700 kb條帶,9株鼠傷寒沙門氏菌獲得完全一致的PFGE 圖譜,提示它們?yōu)橥淳?。鑒于此方法分辨能力有限,故采用了基因測(cè)序溯源的手段對(duì)菌株進(jìn)行了進(jìn)一步分析。分析結(jié)果顯示9株沙門氏菌的MLST型別均為ST19型,其基因長(zhǎng)度分布、類別數(shù)量分布、MLST分型管家基因序列種類編號(hào)均高度一致,為鼠傷寒沙門氏菌最常見的ST型[15]。cgMLST是使用某一個(gè)種的細(xì)菌核心基因組中的上千個(gè)基因位點(diǎn)的序列差異對(duì)菌株進(jìn)行區(qū)分和分型,與傳統(tǒng)的MLST分析相比具有更高的分辨力,在金黃色葡萄球菌、嗜肺軍團(tuán)菌、結(jié)核分枝桿菌等多種病原菌的分型和分子流行病學(xué)研究中,顯示了非常好的應(yīng)用前景。在本次分析的9株樣本中,其cgMLST的cgST分型為264803,表明了樣本之間的高度同源性。為了進(jìn)一步區(qū)分樣本之間的關(guān)系,我們還進(jìn)一步進(jìn)行了wgSNP分析。從SNP的系統(tǒng)發(fā)育樹來(lái)看,本次食物中毒事件各菌株間SNP差異數(shù)為1～6。有文獻(xiàn)報(bào)道,SNP差值小于21為劃定暴發(fā)聚集的共同閾值[16],因此可判定本次事件為同一暴發(fā)來(lái)源,進(jìn)一步明確了各菌株間關(guān)系。梁少溢等[17]研究報(bào)道,除去蠅、蟲和鼠等因素外,廚師也是極易引起食物中毒事件的關(guān)鍵因素。2015年北京東城區(qū)咸水鴨食物中毒事件中,4名廚師均為無(wú)癥狀STy攜帶者[18]。本次事件9株測(cè)序樣本中,2株來(lái)源于廚師,兩者之間SNP差異個(gè)數(shù)為2,與其他樣本來(lái)源菌株SNP差異數(shù)最大為6,提示廚師和該起食物中毒事件密切相關(guān),可能是污染的來(lái)源。從進(jìn)化樹關(guān)系分析可以看出,9株菌自成一簇,與數(shù)據(jù)庫(kù)其他沙門氏菌相差甚遠(yuǎn),屬于新的克隆分支。通過(guò)WGS序列分析發(fā)現(xiàn),本次事件9株ST19型鼠傷寒沙門氏菌與江西省分離的2020年參考菌株(GCF_020221795.1)的親緣關(guān)系接近。兩者間可能存在未知途徑的傳播,待進(jìn)一步研究考證。

本研究對(duì)鼠傷寒沙門氏菌引起的食物中毒暴發(fā)菌株從PFGE與WGS遞進(jìn)角度進(jìn)行了分析,有助于我們迅速發(fā)現(xiàn)不同分離分離菌株的相關(guān)性,深度揭示細(xì)菌性傳染病暴發(fā)可能來(lái)源,對(duì)食源性疫情暴發(fā)可以起到有效的控制,也可以為今后順利開展食源性病原菌的實(shí)驗(yàn)室診斷和應(yīng)急處置工作提供準(zhǔn)確的依據(jù)。本次分離菌株存在多重耐藥現(xiàn)象,提示在今后工作中應(yīng)加強(qiáng)國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)監(jiān)測(cè)和細(xì)菌耐藥監(jiān)測(cè),指導(dǎo)臨床有針對(duì)型的選用抗菌藥物,避免多重耐藥菌株的發(fā)生。本次調(diào)查存在的不足是,在應(yīng)急處置過(guò)程中僅采集了肛拭子和環(huán)境樣本,未進(jìn)行食品樣本的采集,傳播證據(jù)鏈條還不夠完整,無(wú)法判定何種途徑導(dǎo)致病原體傳播。今后,相關(guān)部門要加強(qiáng)對(duì)餐飲食堂的監(jiān)管力度,督促其認(rèn)真落實(shí)食品留樣制度,合力防范食品安全事件的發(fā)生。

致謝：武漢市疾病預(yù)防控制中心病原微生物所周軍波老師和費(fèi)小圓老師在PFGE分型檢測(cè)中給予大力幫助,在此一并致謝。

利益沖突：無(wú)