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        水溶液環(huán)境下手性配合物Phe·Ca2+對映異構(gòu)機理的DFT研究*

        2024-01-10 10:48:52趙麗紅彭國強郝成欣蘇丹姜春旭王佐成

        趙麗紅, 彭國強, 郝成欣, 蘇丹, 姜春旭, 王佐成

        1.白城醫(yī)學(xué)高等??茖W(xué)校基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,吉林 白城 137000

        2.白城師范學(xué)院理論計算中心,吉林 白城 137000

        主族金屬鈣是生命體的宏量元素,其在生命體的化合價是正二價。其對骨骼的形成、正常的心臟跳動以及調(diào)節(jié)生命體內(nèi)酸性和堿性物質(zhì)的平衡有著極其重要的作用(李銘等,2018;陳瑞儀等,2011)。目前的補鈣產(chǎn)品有葡萄糖酸鈣和碳酸鈣等,臨床上的研究表明,使用這些補鈣產(chǎn)品會誘發(fā)腎結(jié)石,還會使腸胃器官產(chǎn)生不良的反應(yīng)(蔣寧南,2020)。機體組織吸收來自于食物中的鈣元素是鈣離子(Ca2+),其先在小腸處與氨基酸配位螯合,而后氨基酸鈣螯合物被吸收(梁媛等,2016)。利用氨基酸鈣直接為生命體補充鈣元素更容易被機體吸收,同時還可為生命體補充氨基酸(薛榮濤等,2014)。

        苯丙氨酸(Phe,phenylalanine)是生命體的必需氨基酸,是蛋白質(zhì)的重要成分。根據(jù)構(gòu)型分為S-Phe 和R-Phe,根據(jù)旋光性分為左旋體(L-Phe)和右旋體(D-Phe)。在生命體內(nèi)L-Phe 具有活性,在控制腫瘤轉(zhuǎn)移方面有一定作用(Gueron et al.,2018;方巖雄等,2000)。苯丙氨酸(S-Phe 或R-Phe)的手性特征使苯丙氨酸與Ca2+的配合物也具有了手性,手性藥對生命體的藥理作用,是通過與生命體內(nèi)發(fā)生病變的分子(具有手性的)之間的手性匹配及手性識別實現(xiàn)的。同一種藥物分子,若手性不同(左手性或右手性)則其在生命體內(nèi)的代謝過程、生物活性及毒性等方面差異較大,通常一個有效,另一個有負作用(Hay et al.,1981;杜燦屏等,2002)。比如,右旋的沙利度胺具有鎮(zhèn)靜和止吐的作用,但左旋體卻會使胎兒畸形(琚端等,2019;Tian et al.,2012)發(fā)生。具有積極作用的手性藥的優(yōu)勢構(gòu)型是否會像劣勢構(gòu)型異構(gòu),以及異構(gòu)的快慢會嚴(yán)重地影響手性藥的藥效,因此對手性分子的對應(yīng)體異構(gòu)(手性轉(zhuǎn)變)機制的研究對人們科學(xué)的使用它們具有極其重要的意義。

        基于不同手性Phe 的作用迥異,人們對Phe 的手性轉(zhuǎn)變進行了研究。張新等(2017)采用DFT 的B3LYP 和后HF 的MP2 方法,研究了氣相中性Phe分子的手性轉(zhuǎn)變,結(jié)果表明,通常氣相的Phe具有穩(wěn)定性。潘宇等(2019)采用DFT 的WB97X-D 和后HF 的MP2 方法,研究了水汽環(huán)境下二聚水對Phe分子手性轉(zhuǎn)變的催化作用,結(jié)果表明,水分子簇的催化可使Phe 分子緩慢地手性轉(zhuǎn)變。孟雪飛等(2021)、劉芳等(2022)和柳國洪等(2022)采用密度泛函理論分別進行了水溶液中脯氨酸、丙氨酸和賴氨酸與鈣配合物手性轉(zhuǎn)變的機理研究,揭示了脯氨酸、丙氨酸和賴氨酸與鈣的配合物可以用于生命體同補脯氨酸、丙氨酸、賴氨酸和鈣元素。然而,目前關(guān)于水溶液中Phe·Ca2+手性轉(zhuǎn)變的研究未見報道,本研究對指導(dǎo)人們科學(xué)地使用Phe·Ca2+同補苯丙氨酸和鈣元素具有重要意義,同時對于研究其他金屬的苯丙氨酸配合物對映異構(gòu)具有借鑒意義,基于此,結(jié)合以往的研究經(jīng)驗(孟雪飛等,2021;劉芳等,2022;柳國洪等,2022)對標(biāo)題反應(yīng)進行了研究。

        1 計算方法及模型選取

        采用雜化泛函的處理主族元素及氫鍵和范德華等弱作用較理想的M06-2X(Wang et al.,2020)方法,結(jié)合處理水溶劑效應(yīng)較理想的SMD 模型(Aleksandr et al.,2009)方法,基組采用6-311+G(d,p),在101.325 kPa 和310.15 K 的生命體內(nèi)環(huán)境下,優(yōu)化反應(yīng)過程單重態(tài)勢能面(計算表明本研究體系在單態(tài)最穩(wěn)定)上的駐點;對所有過渡狀態(tài)(局部極大值)(Garrett et al.,1979)做IRC 路徑(內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo))計算(Hratchian et al.,2005),對優(yōu)化的過渡狀態(tài)是否可靠進行驗證。為獲得相對可靠的反應(yīng)勢能面,采用更高精度的MN15泛函(Yu et al.,2016)方法,在高角動量劈裂彌散基組6-311++G(3df,2pd)水平計算所有駐點物種的高水平單點能量,對物種的總自由能進行自由能熱校正。采用自然鍵軌道理論利用NBO(natural bond orbital)程序(Glendening et al.,2001)計算主要物種的NPA(natural population analysis)電荷;采用分子中的原子理論(AIM,atoms in molecules),利用AIM 2000 程序(Biegler-K?nig et al.,2002)計算成鍵臨界點(BCP,bonding critical point)的電荷密度(ρBCP),成環(huán)臨界點(RCP,ring critical point)的電荷密度(ρRCP),及ρBCP和ρRCP的梯度平方?2ρ(拉普拉斯值)。

        本工作以Ca2+與S-Phe 的配合物作為底物反應(yīng)物,記作S-Phe·Ca2+,其異構(gòu)過程中在a 通道的第1 個S-手性過渡態(tài)用S-T1a表示,S-手性中間體用S-I1a表示;在b 和c 通道共用的第3 個無手性過渡態(tài)用T3b(c)表示,中間體用I3b(c)表示;在a通道對映異構(gòu)的最終產(chǎn)物記作R-Phe·Ca2+a;6 個H2O 與S-I3a的Ca2+配位的體系記作S-I3←6H2Oa,二聚水與S-I3←6H2Oa氫鍵作用的體系記作S-I3←6H2O·(H2O)2a;其他體系表示法相似。文中駐點及單點能計算采用Gaussian16(Frisch et al.,2019)程序。

        2 結(jié)果與討論

        水溶液中兩性氨基酸的金屬配合物構(gòu)象穩(wěn)定(孟雪飛等,2021;劉芳等,2022;柳國洪等,2022),對兩性Phe 與Ca2+的配合物進行全勢能面掃描得到的手性對映體見圖1。

        圖1 水溶液中Phe·Ca2+的手性對映體構(gòu)象Fig.1 Conformation of Phe·Ca2+ chiral enantiomers in aqueous solution

        水溶液中S-Phe·Ca2+的對映異構(gòu)是在極性水溶劑以及水分子(簇)的共同作用下進行的。先討論隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+的對映異構(gòu),而后討論顯性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+對映異構(gòu)??紤]到水溶液中的水分子有單分子及水簇,沒參加反應(yīng)的水分子(簇)(只是與底物氫鍵和范德華等作用)對體系的反應(yīng)能壘基本無影響(田子德等,2018),水分子與金屬是否配位對非質(zhì)子轉(zhuǎn)移能壘的影響很?。涎╋w等,2021;劉芳等,2022)。為節(jié)省篇幅,對顯性水溶劑效應(yīng)只討論S-Phe·Ca2+在每個通道對映異構(gòu)的決速步。

        2.1 隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+的對映異構(gòu)

        Phe·Ca2+的對映異構(gòu)可在α-H 質(zhì)子只以氨基N為橋遷移的a 通道、α-H 質(zhì)子只以羰基O 作橋遷移的b 通道以及α-H 質(zhì)子遷移到羰基O 后質(zhì)子再從氨基N 向α-C 遷移的c 通道上實現(xiàn),反應(yīng)歷經(jīng)的過程參見圖2 和圖3,勢能面參見圖4。下面對a通道進行單獨討論,b、c通道公用3個基元反應(yīng),放在一起討論。

        圖2 隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在a通道的對映異構(gòu)(鍵長單位: nm)Fig.2 The enantiomerism of S-Phe·Ca2+ in channel a under the effect of recessive solvent (Bond length unit: nm)

        圖3 隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在b、c通道的對映異構(gòu)(鍵長單位: nm)Fig.3 The enantiomerism of S-Phe·Ca2+ in channel b and c under the effect of recessive solvent (Bond length unit: nm)

        圖4 隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+ 對映異構(gòu)的自由能勢能面Fig.4 The free energy potential surface of enantiomerism of S-Phe·Ca2+ under the effect of recessive solvent

        2.1.1 a通道

        第1基元。S-Phe·Ca2+經(jīng)Ca24—O8—C7剪式振動的過渡態(tài)S-T1a,Ca24 沿過渡態(tài)矢量的正向運動,螯合環(huán)打開,構(gòu)型異構(gòu)成S-I1a。從S-Phe·Ca2+到S-T1a過程,Ca24—O8—C7 鍵角從92.0°增加到107.1°,O9—Ca24鍵長從0.251 0 nm 增加到0.297 8 nm,ρBCP及?2ρ分別從0.025 4 a.u.和0.127 1減小到0 a.u.和0,配位鍵斷裂;O8—Ca24—O9—C7 的ρRCP及?2ρ分別從0.018 5 a.u.和0.096 6減小到0 a.u.和0,S-T1a產(chǎn)生的能壘是1.0 kJ/mol,可視為無勢壘過程。該基元反應(yīng)的能壘如此之低,原因是從S-Phe·Ca2+到S-T1a過程,O8—Ca24 的ρBCP及?2ρ分別從0.026 5 a.u.和0.132 5 增加到0.033 7 a.u.和0.177 6,O8—Ca24的配位鍵增強。

        第2 基元。S-I1a中間體反應(yīng)物經(jīng)H3 質(zhì)子在N1和O9 之間遷移反應(yīng)的過渡狀態(tài)S-T2a,質(zhì)子從N1向O9 遷移,異構(gòu)成S-I2a。電荷NPA 的計算表明,從S-I1a經(jīng)S-T2a到S-I2a,H3 的電荷量從0.464 e 變?yōu)?.497 e,再變?yōu)?.542 e,是質(zhì)子轉(zhuǎn)移,相似之處,下文不再贅述。從S-I1a到S-T2a,N1—H3鍵 長 從0.102 6 nm 拉 伸 至0.133 7 nm,ρBCP從0.321 2 a.u.減小到0.138 8 a.u.,其?2ρ從-1.721 0變?yōu)?0.111 4,共價鍵減弱;C7—O9—H3—N1—C5 的ρRCP從0 a.u.增加到0.045 7 a.u.,?2ρ從0變?yōu)?.295 3,過渡態(tài)存在大π 鍵作用。過渡態(tài)成環(huán)較穩(wěn)定,S-T2a產(chǎn)生的能壘只有23.7 kJ/mol。

        第3 基元。S-I2a中間體反應(yīng)物經(jīng)O9—C7 化學(xué)鍵內(nèi)旋轉(zhuǎn)的過渡狀態(tài)S-T3ma或S-T3na,羧羥基O9—H6 繞O9—C7 俯視逆(或順)時針旋轉(zhuǎn),構(gòu)象異構(gòu)成S-I3a。從S-I2a中間體反應(yīng)物到S-T3ma過渡態(tài),二面角C3—O9—C7—O8 鍵角從-178.2°變?yōu)?88.0°,S-T3ma過渡態(tài)產(chǎn)生了51.5 kJ/mol 的能壘。相似地,S-T3na過渡態(tài)產(chǎn)生了52.2 kJ/mol 的能壘。這兩個化學(xué)鍵內(nèi)旋轉(zhuǎn)產(chǎn)生的能壘較高,原因是從S-I2a到S-T3ma和S-T3na過程要克服來自N1 的庫侖引力和Ca2+的庫侖斥力。

        第4 基元。S-I3a經(jīng)質(zhì)子在α-C 和N 間遷移反應(yīng)的過渡狀態(tài)T4a,H6 從C5 遷移到N1,異構(gòu)成I4a。從S-I3a到T4a,C5—H6 鍵 長 從0.109 1 nm 拉 伸 至0.129 8 nm,其ρBCP從0.282 2 a.u.減小到0 a.u.,其?2ρ從-0.971 5 變?yōu)?,共價鍵斷裂;C5—N1 鍵長從0.145 5 nm拉伸至0.152 7 nm,其ρBCP從0.269 4 a.u.減小到0.220 1 a.u.,?2ρ從-0.710 7變?yōu)?.413 0,共價鍵減弱;二面角N1—C5—C10—C7 鍵角從125.6°增加到153.0°,C7—C5 右視逆時針旋轉(zhuǎn)26.8°,T4a產(chǎn)生的內(nèi)稟能壘是227.5 kJ/mol。

        第5 基元。I4a經(jīng)R-基(亞甲基和苯環(huán))左視左右翻轉(zhuǎn)的過渡態(tài)T5a,異構(gòu)成I5a。從I4a到T5a,C10—C5 左視順時針旋轉(zhuǎn)64.9°,C13—C10 左視逆時針旋轉(zhuǎn)50.5°,T5a過渡態(tài)產(chǎn)生了15.3 kJ/mol 的能壘。

        第6 基元。I5a經(jīng)質(zhì)子在N 和α-C 間遷移反應(yīng)的過渡狀態(tài)T6a,H4 從N1 遷移到C5,異構(gòu)成R手性的中間體R-I6a,S-Phe·Ca2+實現(xiàn)旋光異構(gòu)。從I5a到T6a,N1—H4鍵長從0.102 5 nm拉伸至0.123 7 nm,C5—C7 鍵 長 從0.135 8 nm 拉 伸 至0.140 5 nm,N1—C5 鍵長從0.146 9 nm 拉伸至0.152 7 nm;ρBCP及?2ρ計算表明這3個共價鍵不同程度地減弱;T6a產(chǎn)生了163.8 kJ/mol的內(nèi)稟能壘。

        第7 基元。R-I6a經(jīng)O9—C7 共價鍵內(nèi)旋轉(zhuǎn)的過 渡 態(tài)R-T7ma或R-T7na,O9—H3 繞O9—C7 俯視順(或逆)時針旋轉(zhuǎn),異構(gòu)成R-I7a。從R-I6a中間體到R-T7ma過渡態(tài),O9—C7 鍵旋轉(zhuǎn)88.3°,R-T7ma產(chǎn)生了36.1 kJ/mol的內(nèi)稟能壘。相似地,R-T7na產(chǎn)生了36.8 kJ/mol 的內(nèi)稟能壘。這兩個能壘比同是O9—C7 鍵內(nèi)旋轉(zhuǎn)過渡態(tài)S-T3ma和S-T3na產(chǎn)生的內(nèi)稟能壘(分別為51.5 和52.2 kJ/mol)小很多,原因是從R-I6a到R-T7ma或R-T7na過程H3 的運動方向與體系偶極矩方向相反,體系電場做正功。

        第8 基元。R-I7a經(jīng)R-T8a過渡態(tài),H3 從O9 遷移到N1,異構(gòu)成R-I8a。從R-I7a到R-T8a,O9—H3鍵長從0.099 2 nm 拉伸至0.118 0 nm,ρBCP及?2ρ計算表明,O9—H3共價鍵減弱;ρBCP及?2ρ計算表明過渡態(tài)R-T8a成五元環(huán),R-T8a產(chǎn)生的能壘只有2.5 kJ/mol。

        第9 基元。R-I8a經(jīng)Ca24—O8—C7 剪式振動的過渡態(tài)R-T9a,螯合環(huán)閉合,O9—Ca24成鍵,異構(gòu)成R-Phe·Ca2+a,得到了S-Phe·Ca2+的對映體產(chǎn)物。從R-I8a到R-T9a,O8—Ca24鍵長從0.237 8 nm 增加到0.239 0 nm,ρBCP及?2ρ計算表明,O8—Ca24 配位鍵少許減弱,R-T9a產(chǎn)生的能壘只有0.5 kJ/mol,R-I8a向R-Phe·Ca2+a的異構(gòu)可視為無勢壘。

        2.1.2 b和c通道

        1) b和c通道公用的基元反應(yīng)

        第1 基元。該基元相似于a 通道的第1 基元,S-Phe·Ca2+經(jīng)Ca24—O9—C7 剪式振動的過渡態(tài)ST1b(c),Ca24 沿過渡態(tài)矢量的負向運動,螯合環(huán)打開,構(gòu) 型 異 構(gòu)成S-I1b(c)。從S-Phe·Ca2+到S-T1b(c),Ca24—O9—C7 鍵角從91.2°增加到107.0°,O8—Ca24 鍵長從0.249 4 nm 增加到0.298 9 nm,ρBCP及?2ρ的計算表明,配位鍵O8—Ca24 斷裂,S-T1b(c)產(chǎn)生的能壘是1.8 kJ/mol。

        第2 基元。S-I1b(c)經(jīng)α-H 在α-C 和羰基O 間遷移的過渡態(tài)T2b(c),質(zhì)子H6沿過渡態(tài)矢量的負向從C5 遷 移 到O8,異 構(gòu) 成 中 間 體I2b(c)。從S-I1b(c)到T2b(c), C5—H6 鍵 長 從0.108 9 nm 拉 伸 至0.149 5 nm,其ρBCP從0.284 8 a.u.減小到0.103 6 a.u.,?2ρ從-0.991 9 變 為-0.022 2,共 價 鍵 減 弱;C7—O8 鍵長從0.124 2 nm 拉伸至0.131 5 nm,其ρBCP從0.381 2 a.u.減小到0.327 7 a.u.,?2ρ從-0.217 5變?yōu)?0.213 8,共價鍵減弱;C5—H6—O8—C7 的ρRCP從0 a.u.增 加 到0.087 9 a.u., ?2ρ從0 變 為0.296 3,T2b(c)成環(huán);二面角N6—C1—C10—C7 鍵角微增2.8°,C7—C1 右視順時針旋轉(zhuǎn)43.1°,T2b(c)產(chǎn)生了249.1 kJ/mol 的內(nèi)稟能壘。該能壘高于T4a產(chǎn)生的能壘227.5 kJ/mol,原因有2個:一是S-I1b(c)的C5—H6鍵長是0.108 9 nm,S-I3a的C5—H6鍵長是0.109 1 nm,前者鈍化程度高;二是從S-I1b(c)到T2b(c),C5—H6 鍵 長 拉 伸0.040 6 nm,從S-I3a到T4a,C5—H6 鍵長拉伸0.020 7 nm,前者拉伸幅度大。

        第3 基元。I2b(c)經(jīng)R-基(亞甲基和苯環(huán))左視左右 翻 轉(zhuǎn) 的 過 渡 態(tài)T3b(c),異 構(gòu) 成I3b(c)。從I2b(c)到T3b(c),C10—C5 左視順時針旋轉(zhuǎn)72.8°,C13—C10左視逆時針旋轉(zhuǎn)31.2°,T3b(c)產(chǎn)生的內(nèi)稟能壘是18.8 kJ/mol。接下 來I3b(c)沿著2 個 通 道b 和c 向RPhe·Ca2+異構(gòu)。

        2) b通道專屬的反應(yīng)

        第4 基元。I3b(c)經(jīng)質(zhì)子在羰基O 和α-C 間遷移的過渡態(tài)T4b,H6 從O8 遷移到C5,構(gòu)型異構(gòu)到R-型 中 間 體 產(chǎn) 物R-I4b,S-Phe·Ca2+在b 通道通道實 現(xiàn) 對 映 異 構(gòu)。從I3b(c)到T4b,O8—H6 鍵 長 從0.096 5 nm 拉 伸 至0.120 2 nm,C5—C7 鍵 長 從0.135 9 nm 拉伸至0.149 3 nm,ρBCP及?2ρ計算表明,這兩個共價鍵不同程度地減弱;C5—H6—O8—C7的ρBCP及?2ρ計 算 表 明T4b成 環(huán),T4b產(chǎn) 生 了150.7 kJ/mol的內(nèi)稟能壘。

        第5 基元。R-I4b經(jīng)Ca24—O9—C7 剪式振動的過渡態(tài)R-T5b,螯合環(huán)閉合,異構(gòu)成R-Phe·Ca2+b,在b通道得到了S-Phe·Ca2+對映異構(gòu)的對映體產(chǎn)物。從R-I4b到R-T5b,O9—Ca24鍵長從0.236 3 nm拉伸到0.240 8 nm,R-T5b產(chǎn)生的能壘是0.8 kJ/mol,此基元可視為無勢壘過程。

        3) c通道專屬的反應(yīng)

        第4 基元。I3b(c)經(jīng)質(zhì)子在氨基N 和α-C 間遷移的過渡態(tài)T4c,H3 在紙面外(后視圖)從N1 遷移到C5,異構(gòu)成R-型中間體R-I4c,S-Phe·Ca(Ⅱ)在c 通道實現(xiàn)旋光異構(gòu)。從I3b(c)到T4c,N1—H3 鍵長從0.102 6 nm 拉 伸 至0.123 7 nm,N1—C5 鍵 長 從0.146 8 nm 拉 伸 至0.153 0 nm,C5—C7 鍵 長 從0.135 9 nm 拉伸至0.140 9 nm,ρBCP及?2ρ計算表明,這3 個共價鍵不同程度地減弱,T4c產(chǎn)生了163.9 kJ/mol的內(nèi)稟能壘。

        第5 基元。R-I4c中間體反應(yīng)物經(jīng)過渡狀態(tài)RT5c,H2和H4從左側(cè)翻轉(zhuǎn)到右側(cè)(后視圖),異構(gòu)成R-I5c。從R-I4c中間體到R-T5c過渡態(tài),二面角H2—N1—C5—H4 鍵角從118.0°變?yōu)?73.3°,R-T5c產(chǎn)生的能壘是14.4 kJ/mol。

        第6 基元。R-I5c經(jīng)C7—C1 化學(xué)鍵旋轉(zhuǎn)的過渡狀態(tài)R-T6mc(或者R-T6nc),C7—C1 右視順(或逆)時針旋轉(zhuǎn)72.8°(或74.6°),異構(gòu)成R-I6c。R-T6mc和R-T6nc產(chǎn)生的內(nèi)稟能壘分別是20.6 和28.8 kJ/mol。計算表明R-I6c同于R-I7a,其接下來接R-T8a的異構(gòu),得到對映異構(gòu)體產(chǎn)物R-Phe·Ca2+。

        從圖4 可以看出,隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在a 通道的對映異構(gòu)反應(yīng)具有優(yōu)勢,決速步驟是第4 基元,決速步能壘是227.5 kJ/mol。從前面的討論可知,該能壘來自于α-H 從α-C 向氨基N 遷移的過渡態(tài)。b 和c 通道稍具劣勢,決速步驟均是第2 基元,決速步能壘是249.1 kJ/mol。227.5 kJ/mol 遠高于極限反應(yīng)能壘167.3 kJ/mol(Gorb et al.,1998),說明隱性水溶劑效應(yīng)下Phe·Ca2+不能消旋。從圖3 和圖4 還可以看出,T5a和T3b(c)分別是a 和b通道的對稱點,S-Phe·Ca2+在a和b通道對映異構(gòu)的駐點和駐點能量分別關(guān)于T5a和T3b(c)對稱。

        由于正負反應(yīng)能壘在40.0 kJ/mol 以下時反應(yīng)物和產(chǎn)物可以共存(Gorb et al.,1998),從圖4 還可以看出,反應(yīng)物是S-Phe·Ca2+S-I1a、S-I2a和S-I1b(c)共存,S-Phe·Ca2+的分布最高;產(chǎn)物是R-I7a、R-I8a和R-Phe·Ca2+a共存,R-Phe·Ca2+的分布最高。

        2.2 顯性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+的決速步驟

        隱性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在a和b(c)通道對映異構(gòu)的決速步分別是S-I3a→T4a→I4a和S-I1b(c)→T2b(c)→I2b(c)。顯性水溶劑效應(yīng)下,水分子(簇)除了與駐點的鈣原子配位鍵作用,同時還與駐點氫鍵作用。計算表明單個水分子或水簇與Ca2+配位以及二聚水和三聚水做H 遷移媒介時,質(zhì)子在α-C 和羰基O 以及α-C 和氨基N 間遷移的能壘相差很小,為使問題簡便并節(jié)省篇幅,只考慮單個水分子與鈣離子配位,傳遞質(zhì)子的水簇考慮二聚水的情形。

        Ca2+最高配位數(shù)是8,H2O 分子與配合物體系S-I1b(c)解離能的計算表明,S-I1b(c)的Ca2+與6、7個水配位時H2O 與體系的解離能最大,S-I1b(c)←nH2O在n=6,7 的分布最高。相似的S-I3a←nH2O 也是n=6,7 的分布最高。因此下文只討論S-I3a←nH2O(n=6,7)和S-I1b(c)←nH2O(n=6,7)在(H2O)2作H 轉(zhuǎn)移媒介的質(zhì)子轉(zhuǎn)移過程,反應(yīng)過程和勢能面分別見圖5和圖6。

        圖5 顯性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在a、b、c通道對映異構(gòu)的決速步歷程(鍵長單位: nm)Fig.5 The rate-determining step process of S-Phe·Ca2+ enantiomerism in channel a, b, and c in the effect of dominant solvent (Bond length unit: nm)

        圖6 顯性溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+在a、b、c通道對映異構(gòu)決速步的自由能勢能面Fig.6 The free energy potential surface of S-Phe·Ca2+ enantiomerism rate-determining step in channel a, b, and c under the effect of dominant solvent

        2.2.1 a通道的S-I3a→T4a→I4a過程

        1) 6個配位水的情況

        二聚水在S-I3←(H2O)6a的左側(cè)(右偏俯視圖)與N1、H6、H30、H36 和O37 作用形成了氫鍵網(wǎng)絡(luò)S-I3←6H2O·(H2O)2a,其經(jīng)具有氫鍵網(wǎng)絡(luò)的過渡態(tài)T4←6H2O·(H2O)2a實現(xiàn)了質(zhì)子從C5 向N1 的凈遷移,異構(gòu)成I4←6H2O·(H2O)2a。IRC 計算表明,此基元反應(yīng)的過渡態(tài)是晚期過渡態(tài)。從中間體到過渡態(tài),C5—H6 鍵長從0.109 2 nm 拉伸至0.138 0 nm,ρBCP從0.281 5 a.u.減小到0.137 3 a.u.,?2ρ從-0.961 0 變?yōu)?0.258 1,共價鍵減弱;O43—H45 和O46—H48 兩個共價鍵斷裂;七元環(huán)O46—H48—N1—C5—H6—O43—H45 的ρRCP從0 a.u.增 加 到0.007 8 a.u.,?2ρ從0 增加到0.036 0,七元環(huán)結(jié)構(gòu)的大π 鍵作用增強,過渡態(tài)成環(huán);C7—C5 右視逆時針旋轉(zhuǎn)34.3°,二面角N1—C5—C10—C7 鍵角微增5.9°,T4←6H2O·(H2O)2a產(chǎn)生了112.3 kJ/mol 的內(nèi)稟能壘。

        T4←6H2O·(H2O)2a比T4a產(chǎn)生的能壘大幅降低,水分子(簇)起了較好的催化作用,主要原因有3 個:一是(H2O)2做H 轉(zhuǎn)移媒介的過渡態(tài)T4←6H2O·(H2O)2a形成較穩(wěn)定的七元環(huán), T4a則沒成環(huán);二是與S-I3a氫鍵作用的(H2O)2和配位水6H2O共同作用使S-I3a的C5—H6 鍵的ρBCP從0.282 2 a.u.減小到0.281 5 a.u.,紅外振動頻率從3 122.8 cm-1減小到3 114.7 cm-1,C5—H6 鍵被活化;三是(H2O)2和配位水6H2O 的共同作用使中間體反應(yīng)物到過渡態(tài)的骨架N1—C5—C10—C7形變減小。

        2) 7個配位水的情況

        7 個配位水相似于6 個配位水的情況,只做一般討 論。二 聚 水在S-I3←(H2O)7a的 左 側(cè) 與N1、H6、H32、H42以及O28氫鍵作用形成中間體反應(yīng)物S-I3←7H2O·(H2O)2a,其經(jīng)T4←7H2O·(H2O)2a過渡態(tài),實現(xiàn)了質(zhì)子從C5 向N1 的凈遷移,異構(gòu)成

        I4←7H2O·(H2O)2a中間體產(chǎn)物。從中間體反應(yīng)物到過 渡 態(tài), C5—H6 鍵 長 從0.109 1 nm 拉 伸 至0.136 4 nm,ρBCP及?2ρ的計算表明共價鍵減弱;O46—H47 和O49—H51 共價鍵斷裂;ρRCP和?2ρ的計算表明C5—H6—O46—H47—O49—H51—N1 成環(huán);C7—C5 右視逆時針旋轉(zhuǎn)38.1°,二面角N1—C5—C10—C7 鍵角微增6.2°,T4←7H2O·(H2O)2a過渡態(tài)產(chǎn)生的內(nèi)稟能壘是117.6 kJ/mol。T4←7H2O·(H2O)2a比T4a產(chǎn)生的能壘低很多,水分子(簇)起了較好的催化作用,原因同于前面6個配位水的討論,不再贅述。7 個配位水的過渡態(tài)[T4←7H2O·(H2O)2a]比6 個配位水的過渡態(tài)[T4←6H2O·(H2O)2a]產(chǎn)生的能壘稍高,原因是前者比后者對應(yīng)的反應(yīng)物的C5—H6鍵長稍短,活化程度稍低。

        2.2.2 b、c通道的S-I1b(c)→T2b(c)→I2b(c)過程

        1) 6個配位水的情況

        二 聚 水 在S-I1←6H2Ob(c)的 前 面 與O8、H6 作用,同時O8 與H29 和H38 氫鍵作用形成中間體S-I1·(H2O)2←6H2Ob(c),其經(jīng)過渡態(tài)T2·(H2O)2←6H2Ob(c),實現(xiàn)了質(zhì)子從C5 向O8 的凈遷移,異構(gòu)成中間體I2·(H2O)2←6H2Ob(c)。IRC 路徑計算說明此基元的過渡態(tài)是晚期過渡態(tài)。從S-I1·(H2O)2←6H2Ob(c)到T2·(H2O)2←6H2Ob(c),C5—H6 鍵 長 從0.109 0 nm 拉伸至0.136 7 nm,ρBCP從0.284 5 a.u.減小到0.141 5 a.u.,?2ρ從-0.9917 變?yōu)?0.202 5,共價鍵減弱;O43—H44 和O46—H47 兩個共價鍵斷裂;八元環(huán)C5—H6—O43—H44—O46—H47—O8—C7 的ρRCP從0.002 3 a.u.增加到0.007 6 a.u.,?2ρ從0.010 9增加到0.033 6,八元環(huán)結(jié)構(gòu)的大π鍵作用增強,過渡態(tài)成環(huán);C7—C5 右視逆時針旋轉(zhuǎn)10.1°,過渡態(tài)產(chǎn)生了151.7 kJ/mol的能壘。這比T2b(c)產(chǎn)生的能壘大幅降低,相似于前面T4←6H2O·(H2O)2a比T4a產(chǎn)生的能壘大幅降低的討論,不再贅述。

        151.7 kJ/mol 的能壘比T4←6H2O·(H2O)2a產(chǎn)生的能壘112.3 kJ/mol 高很多,原因有3 個:一是S-I1←6H2O·(H2O)2b(c)的C5—H6 的 鍵 長 比S-I3←6H2O·(H2O)2a的短,ρBCP大,活化程度低;二是T2←6H2O·(H2O)2b(c)的八元環(huán)與T4←6H2O·(H2O)2a的七元環(huán)相比大π 鍵弱,T2←6H2O·(H2O)2b(c)相 對 于T4←6H2O·(H2O)2a的穩(wěn)定性差;三是S-I1←6H2O·(H2O)2b(c)存在 八 元 環(huán),其 穩(wěn) 定 性 比 沒 成 環(huán) 的S-I3←6H2O·(H2O)2a好。

        2) 7個配位水的情況

        7 個配位水相似于6 個配位水的情況。二聚水在S-I1←7H2Ob(c)的前面與H6、O8 氫鍵作用形成中間 體 反 應(yīng) 物S-I1←7H2O·(H2O)2b(c),其 經(jīng)T2←7H2O·(H2O)2b(c)過渡態(tài),實現(xiàn)了質(zhì)子從C5向O8的凈遷移,異構(gòu)成產(chǎn)物中間體I2←7H2O·(H2O)2b(c)。從中間體反應(yīng)物到過渡態(tài),C5—H6 鍵長從0.108 9 nm 拉伸至0.136 9 nm,ρBCP及?2ρ的計算表明共價鍵減弱;O46—H47 和O49—H50 共價鍵斷裂;ρRCP計算表明C5—H6—O46—H47—O49—H50—O8—C7 成環(huán);C7—C5 右視逆時針旋轉(zhuǎn)14.3°,二面角N1—C5—C10—C7 鍵 角 微 增1.3°, T2←7H2O·(H2O)2b(c)產(chǎn)生了157.7 kJ/mol 的內(nèi)稟能壘。T2←7H2O·(H2O)2b(c)比T2b(c)產(chǎn)生的能壘大幅降低,水分子(簇)起了較好的催化作用,原因同于前面6個配位水的討論,不再贅述。T2←7H2O·(H2O)2b(c)比T2←6H2O·(H2O)2b(c)產(chǎn) 生 的 能 壘 稍 高,原 因 是S-I1←7H2O·(H2O)2b(c)的C5—H6 鍵 長 比S-I1←6H2O·(H2O)2b(c)的C5—H6 鍵 長 稍 短,鈍 化 程 度稍高。

        從圖6 可以看出,顯性水溶劑效應(yīng)下S-Phe·Ca2+的對映異構(gòu)在a 通道具有優(yōu)勢,決速步能壘為112.3~117.6 kJ/mol(6、7 個H2O 與S-I2a的Ca2+配位的情況)。該能壘在溫和反應(yīng)能壘83.4 kJ/mol 和極限反應(yīng)能壘160.5 kJ/mol(Gorb et al.,1998)之間,說明顯性水溶劑效應(yīng)下Phe·Ca(Ⅱ)能緩慢地在a 通道消旋。b、c 通道的決速步能壘在151.7 至157.7 kJ/mol 之間,該能壘接近極限反應(yīng)能壘160.5 kJ/mol(Gorb et al.,1998),說明顯性水溶劑效應(yīng)下Phe·Ca2+不能在b、c通道消旋。顯式溶劑效應(yīng)的結(jié)果科學(xué)真實地反映了水溶液中S-Phe·Ca2+的對映異構(gòu)。

        3 結(jié) 論

        在MN15/SMD/6-311++G(3df,2pd)//M06-2X/SMD/6-311+G(d,p)雙水平研究了水溶液中Phe·Ca2+的對映異構(gòu),得到如下結(jié)果:

        1)Phe·Ca2+的對映異構(gòu)反應(yīng)有3個通道a、b、c,分別是α-H 質(zhì)子只以氨基N 為橋遷移、α-H 質(zhì)子只以羰基O 作橋遷移以及α-H 質(zhì)子遷移到羰基O 后質(zhì)子再從氨基N向α-C遷移;

        2) 在只考慮水極性作用時,對映異構(gòu)反應(yīng)通道a具有優(yōu)勢,決速步能壘是227.5 kJ/mol;

        3) 顯性溶劑效應(yīng)下水溶液中Phe·Ca2+對映異構(gòu)優(yōu)勢通道的決速步能壘降至108.0~117.6 kJ/mol。

        顯性溶劑效應(yīng)下的結(jié)果揭示了水溶液中Phe·Ca2+對映異構(gòu)的真實情況,研究結(jié)果表明,手性Phe·Ca2+在水溶液中能緩慢消旋,可短期用于生命體同補苯丙氨酸和鈣元素。

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