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        基于TaqMan 探針的實(shí)時(shí)熒光LAMP檢測(cè)肉制品中鴨源性成分研究

        2023-12-11 04:37:52柳夢(mèng)思時(shí)國(guó)強(qiáng)高娜婷焦義然孫旭飛孟亞南董振國(guó)
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)方法

        柳夢(mèng)思,時(shí)國(guó)強(qiáng),高娜婷,焦義然,孫旭飛,孟亞南,董振國(guó)

        (1.河北三獅生物科技有限公司,河北 石家莊 050035;2.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 食品科技學(xué)院,河北 保定 071000;3.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,河北 保定 071000)

        近年來(lái),公眾對(duì)肉制品的消費(fèi)需求逐年增長(zhǎng)[1~2]。隨著食品加工工藝不斷提高,很大程度改變了食材原有的色澤、味道、紋理、氣味等特性,傳統(tǒng)的感官鑒別技術(shù)已無(wú)法對(duì)食材的真?zhèn)芜M(jìn)行準(zhǔn)確的鑒定[3-5]。其中,肉類及肉制品摻假已成為食品質(zhì)量控制面臨的重要挑戰(zhàn)之一[6]。由于鴨肉的紋理色澤和牛羊肉較為接近,一些不法商家為獲得高額利潤(rùn),會(huì)以廉價(jià)的鴨肉冒充高價(jià)的牛羊肉進(jìn)行銷售[7-8]。因此,建立快速有效的鴨源性成分鑒定對(duì)于肉制品行業(yè)的監(jiān)管具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。

        目前,肉類認(rèn)證檢測(cè)技術(shù)以定性檢測(cè)為主,主要包括光譜法、質(zhì)譜法、色譜法、酶聯(lián)免疫吸附(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)法、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)法、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)法等[9-18]。其中光譜法、質(zhì)譜法和色譜法需要昂貴且精密的儀器,所用試劑價(jià)格較高,檢測(cè)成本高,且對(duì)操作人員的專業(yè)素質(zhì)要求較高,限制了其在肉類檢測(cè)中的推廣應(yīng)用;ELISA 法操作步驟繁瑣,檢測(cè)時(shí)間長(zhǎng),且樣品加工處理可能導(dǎo)致蛋白質(zhì)變性,在加工肉制品中的應(yīng)用受到限制;PCR 法依賴于昂貴的熱循環(huán)儀,且需要繁瑣的凝膠電泳來(lái)判定結(jié)果;LAMP 由于其快速簡(jiǎn)便、儀器廉價(jià)等優(yōu)勢(shì)迅速發(fā)展起來(lái)[19-23]。但常規(guī)LAMP 法需要通過(guò)凝膠電泳法判定結(jié)果,無(wú)法進(jìn)行定量檢測(cè),易產(chǎn)生非特性擴(kuò)增,造成“假陽(yáng)性”[24]。

        本研究通過(guò)引入TapMan 探針,建立基于TapMan探針的實(shí)時(shí)熒光LAMP 方法(TaqMan-LAMP),與常規(guī)LAMP 法相比,TaqMan-LAMP 既可以實(shí)現(xiàn)定性檢測(cè),又可以實(shí)現(xiàn)定量檢測(cè),可有效避免非特異性擴(kuò)增,為肉制品中鴨源性成分的定量檢測(cè)提供新的實(shí)用方法。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        試驗(yàn)用動(dòng)物源樣品:包括鴨肉、牛肉、羊肉、豬肉、雞肉、馬肉、驢肉、蝦肉、鴿子肉、鸚鵡肉、狐貍?cè)?、魷魚(yú)、鯉魚(yú)、鼠肉、水貂均購(gòu)自各大型超市及電商平臺(tái)的單一品類生鮮肉,并經(jīng)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)方法GB/T38164-2019[25]進(jìn)行驗(yàn)證。市售待檢樣品:通過(guò)菜市場(chǎng)、超市及各線上平臺(tái)共采購(gòu)了47 份牛、羊、豬肉制品,包括牛肉速凍水餃、羊肉速凍水餃、豬肉速凍水餃、牛肉干、牛肉卷、黑椒牛肉餡餅半成品、合成牛排、撒尿牛丸、牛肉漢堡餅、生羊肉串、熟羊肉串、羊肉卷、羊肉燒麥、羊肉烤包子、豬肉脯、豬肉四喜丸子、豬肉香腸、豬肉小籠包、牛肉小籠包等。

        1.2 儀器

        BBEX-32 全自動(dòng)核酸提取純化儀(廣州灣區(qū)生物科技有限公司);Q162D 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 儀(河北三獅生物科技有限公司)。

        1.3 核酸提取

        根據(jù)Baypure 磁珠法動(dòng)物組織基因組DNA 提取試劑盒(廣州灣區(qū)生物科技有限公司)說(shuō)明書(shū)要求對(duì)各樣品進(jìn)行DNA 提取,核酸樣本冷藏備用。

        1.4 引物探針設(shè)計(jì)

        從Genbank 數(shù)據(jù)庫(kù)中找到鴨線粒體cytb基因(GenBank:EU585609.1)序列保守區(qū)域,使用primer explorer v5 網(wǎng)站設(shè)計(jì)LAMP 引物組,包括內(nèi)引物(FIP/BIP)、外引物(F3/B3)及環(huán)引物(LB/LF)。分別使用LB/LF 設(shè)計(jì)為L(zhǎng)BP/LFP 探針,于3′端與5′端修飾熒光基團(tuán)-FAM 與淬滅基團(tuán)-BHQ1。引物及探針由上海生工合成,序列見(jiàn)表1 和表2。

        表1 TaqMan-LAMP 引物和探針序列Table 1 The primer and probe sequences of TaqMan-LAMP

        表2 熒光定量PCR 引物和探針序列Table 2 The primer and probe sequences of realtime fluorescence quantitative PCR

        參照GB/T38164—2019 合成鴨源特異性引物和探針,序列見(jiàn)表2。

        1.5 TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法的建立

        LAMP 檢測(cè)方 法包含:1×ThermoPol Buffer(Vazyme),8U Bst DNA Polymerase Large Fragment(Vazyme),1.4 mmol MgSO4(Vazyme),1.4 mmol dNTPs(Sanshibio),0.5 μL SYTO-9(life technology),F(xiàn)IP 和BIP 各2.0 μmol,F(xiàn)3 和B3 各0.5 μmol,0.5 μmol LB/LF,1.0 μL 模板DNA,(根據(jù)試驗(yàn)設(shè)計(jì)選擇是否添加),ddH2O 補(bǔ)足25 μL,反應(yīng)條件:60 ℃,1 min(采集熒光FAM),40 個(gè)循環(huán)。

        TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法包含:1×ThermoPol Buffer(Vazyme),8U Bst DNA Polymerase Large Fragment(Vazyme),5U Taq DNA polymerase(E001,Sanshibio),1.4 mmol MgSO4(Vazyme),1.4 mmol dNTPs(Sanshibio),F(xiàn)IP 和BIP 各2.0 μmol,F(xiàn)3 和B3 各0.5 μmol,1.5 μmol LB/LF 與LFP/LBP 組合,根據(jù)試驗(yàn)設(shè)計(jì)選擇組合添加,1.0 μL 模板DNA,ddH2O 補(bǔ)足25 μL,反應(yīng)條件為:60 ℃,1 min(采集熒光FAM),40 個(gè)循環(huán)。

        實(shí)時(shí)熒 光PCR 檢測(cè)方 法:2× Probe qPCR Mix(EH002,Sanshibio),F(xiàn)、R 和P 各5.0 μmol,5.0 μL 模板DNA,ddH2O 補(bǔ)足25 μL,反應(yīng)條件:95 ℃/2 min,95 ℃/15 s,65 ℃/80 s(采集熒光FAM),40 個(gè)循環(huán)。

        1.6 特異性試驗(yàn)

        使用TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法分別對(duì)提取的鴨肉、牛肉、羊肉、豬肉、雞肉、馬肉、驢肉、蝦肉、鴿子肉、鸚鵡肉、狐貍?cè)狻Ⅳ滛~(yú)、鯉魚(yú)、鼠肉及水貂等基因組DNA 檢測(cè),以無(wú)酶無(wú)菌水為陰性對(duì)照,測(cè)試TaqMan-LAMP 體系的特異性。

        1.7 靈敏度試驗(yàn)

        將鴨肉與羊肉混合,使鴨肉質(zhì)量濃度依次為10%、1%、0.1%、0.01%、0.001%、0.0001%,充分混勻后,進(jìn)行核酸提取,分別使用LAMP、TaqMan-LAMP 和實(shí)時(shí)熒光PCR 法對(duì)各梯度核酸模板進(jìn)行測(cè)試,并計(jì)算擴(kuò)增結(jié)果的線性相關(guān)系數(shù)(R2)>0.980 為靈敏度合格。

        1.8 重復(fù)性試驗(yàn)

        采用TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法對(duì)低質(zhì)量濃度鴨源核酸樣品進(jìn)行8 次重復(fù)測(cè)試,以ddH2O 為陰性對(duì)照,對(duì)Ct值的變異系數(shù)CV值進(jìn)行計(jì)算,CV<3%為靈敏度合格。

        1.9 實(shí)際樣品檢測(cè)

        同時(shí)使用LAMP、TaqMan-LAMP 和實(shí)時(shí)熒光PCR 法對(duì)市售47 份肉制品鴨源成分進(jìn)行檢測(cè),以實(shí)時(shí)熒光PCR 作為對(duì)照,確定該檢測(cè)方法的相對(duì)敏感性、相對(duì)特異性、相對(duì)符合率,對(duì)該檢測(cè)方法作出評(píng)價(jià)。分別按下列公式進(jìn)行計(jì)算:

        相對(duì)敏感性=真陽(yáng)性數(shù)/(真陽(yáng)性數(shù)+假陰性數(shù));

        相對(duì)特異性=真陰性數(shù)/(真陰性數(shù)+假陽(yáng)性數(shù));

        相對(duì)符合率=(真陽(yáng)性數(shù)+真陰性數(shù))/被檢總數(shù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 TaqMan-LAMP 體系建立

        在LAMP 檢測(cè)方法的內(nèi)引物(FIP、BIP)和外引物(F3、B3)上,加入不同環(huán)引物或環(huán)引物探針組合,分別建立了LAMP(無(wú)LB/LF)、LAMP(LF)、LAMP(LB)和LAMP(LB/LF)4 種LAMP 檢測(cè)體系,以及LAMP(LBP/LF)與LAMP(LB/LFP)2種TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法,以熒光定量PCR 法作為對(duì)照,對(duì)同一鴨源核酸進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)表3。

        表3 不同檢測(cè)體系的檢測(cè)結(jié)果Table 3 Results of the different detection systems

        結(jié)果顯示,所建立的恒溫檢測(cè)方法(Ct值對(duì)應(yīng)的即為檢測(cè)時(shí)間)相對(duì)于熒光定量PCR 法(Ct值為17.57,對(duì)應(yīng)的PCR 檢測(cè)時(shí)間約為32 min),檢測(cè)時(shí)間更短。雙環(huán)引物L(fēng)AMP 比無(wú)環(huán)引物及單環(huán)引物的檢測(cè)時(shí)間均更短,表明體系中加入的環(huán)引物在形成擴(kuò)增元過(guò)程中起到了加速的作用。將其中一條環(huán)引物引入熒光/淬滅基團(tuán),由于LAMP(LBP+LF)較LAMP(LB+LFP)檢測(cè)時(shí)間更短,故優(yōu)選LAMP(LBP+LF)為TaqMan-LAMP 檢測(cè)體系進(jìn)行鴨源性成分檢測(cè)。

        2.2 特異性檢測(cè)結(jié)果

        為驗(yàn)證引物的特異性,本研究分別以提取的鴨肉、牛肉、羊肉、豬肉、雞肉、馬肉、驢肉、蝦肉、鴿子肉、鸚鵡肉、狐貍?cè)狻Ⅳ滛~(yú)、鯉魚(yú)、鼠肉和水貂等基因組DNA 作為模板,以ddH2O 作為陰性對(duì)照,采用TaqMan-LAMP 方法進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果如圖1 所示,只有鴨肉出現(xiàn)典型的“S”型擴(kuò)增曲線,呈現(xiàn)陽(yáng)性結(jié)果,而其他動(dòng)物源性成分均未出現(xiàn)擴(kuò)增曲線,判定為陰性結(jié)果。表明TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法具有良好的特異性。

        圖1 TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法特異性檢測(cè)結(jié)果Fig. 1 Specificity result of TaqMan-LAMP method

        2.3 靈敏度檢測(cè)結(jié)果

        將鴨肉分別與生羊肉混合,使其質(zhì)量濃度(w/w)依次為10%、1%、0.1%、0.01%、0.001%、0.0001%,充分混勻后,進(jìn)行核酸提取,分別采用LAMP、TaqMan-LAMP 和熒光定量PCR 法進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)表4。

        表4 靈敏度檢測(cè)結(jié)果Table 4 Test results of sensibility

        結(jié)果顯示,與LAMP 檢測(cè)方法相比,TaqMan-LAMP 法靈敏度一致,均為0.001%(w/w),且陰性對(duì)照無(wú)“假陽(yáng)性”結(jié)果;與熒光定量PCR 法相比,TaqMan-LAMP 法擴(kuò)增結(jié)果的線性相關(guān)系數(shù)(R2)相當(dāng),均大于0.999,且可在更短時(shí)間(25.92 min)內(nèi)完成靈敏度為0.001%(w/w)的準(zhǔn)確檢測(cè)。

        2.4 重復(fù)性檢測(cè)結(jié)果

        采用TaqMan-LAMP 檢測(cè)體系對(duì)低質(zhì)量濃度0.001%鴨源核酸樣品進(jìn)行8 次重復(fù)測(cè)試,以ddH2O為陰性對(duì)照,檢測(cè)結(jié)果如圖2 所示。

        圖2 重復(fù)性檢測(cè)結(jié)果Fig. 2 Repeatability of test results

        對(duì)Ct值的變異系數(shù)CV值進(jìn)行計(jì)算,CV值為1.99%。TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法靈敏度合格,檢測(cè)結(jié)果穩(wěn)定。

        2.5 實(shí)際樣品結(jié)果

        以GB/T38164-2019 實(shí)時(shí)熒光PCR 法鴨源檢測(cè)方法為對(duì)照,使用TaqMan-LAMP 和LAMP(LB/LF)檢測(cè)體系同時(shí)對(duì)收集的47 份肉制品進(jìn)行平行測(cè)試,見(jiàn)表5。結(jié)果顯示,LAMP(LB/LF)檢測(cè)體系的相對(duì)敏感性為100%,但出現(xiàn)了2 份“假陽(yáng)性”結(jié)果,故影響了相對(duì)特異性和相對(duì)符合率(分別為88.89%和95.74%);而本研究所建立的TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法相對(duì)敏感性、相對(duì)特異性和相對(duì)符合率均為100%。

        表5 實(shí)際樣品檢測(cè)結(jié)果Table 5 Accuracy of test results

        3 結(jié)論

        本研究建立了快速有效的TaqMan-LAMP 檢測(cè)方法,用于檢測(cè)肉制品中的鴨源性成分。結(jié)果表明,該檢測(cè)方法的特異性良好,可在30 min 內(nèi)完成準(zhǔn)確檢測(cè),靈敏度為0.001%(w/w),重復(fù)性好。通過(guò)對(duì)47 份實(shí)際樣品檢測(cè),與國(guó)標(biāo)法相比,該方法相對(duì)敏感性、特異性和符合率均為100%??傊狙芯拷⒌镍喸葱猿煞諸aqMan-LAMP 檢測(cè)方法快速、特異性強(qiáng)、靈敏度高,適用于肉制品中鴨源性成分的快速檢測(cè),為肉制品中摻假成分的檢測(cè)提供了一種新方法。

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