潘 雨 重慶市沙坪壩區(qū)中醫(yī)院放射科 400030

肺部感染包括社區(qū)獲得性肺炎(CAP)、醫(yī)院獲得性肺炎、支氣管炎、細支氣管炎和氣管炎,是第五大死亡原因[1]。肺部感染是由多種病原體引起的,如細菌、病毒、支原體和真菌,這些病原體的臨床表現(xiàn)難以區(qū)分,盡管進行了全面的診斷檢查,但高達62%的CAP病因仍未確診。曲霉菌和耶氏肺孢子菌是真菌病原體,均為機會性感染,常常發(fā)生在免疫功能低下的患者中,且病情發(fā)展迅速、病死率高,尤其是曲霉菌感染,已經(jīng)成為免疫功能低下患者中與感染相關的主要死亡原因[1]。細菌培養(yǎng)作為微生物鑒定的金標準,具有耗時長、靈敏度低、需要對病原微生物類型的先驗知識或假設的缺點,尤其對少見的微生物。宏基因組二代測序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)也被稱為高通量或大規(guī)模并行測序,是一種可進行數(shù)千到數(shù)十億個DNA片段同時和獨立測序的技術類型[2],是一種用來檢測病原體的無偏倚方法。它可以廣泛識別已知和意外的病原體,可以同時識別樣本中的所有潛在感染因子,避免預先確定診斷目標,mNGS是一種檢測新型或稀有微生物的有用技術[3],也有效地提高了鑒定挑剔微生物和診斷肺部合并感染的分析靈敏度。本文探討1例慢性腎功能不全患者耶氏肺孢子菌合并曲霉肺部感染,患者病情重,發(fā)展快,病死率高,預后差,隨著宏基因二代測序技術的發(fā)展,對免疫缺陷伴重癥肺炎患者提供的新的診斷依據(jù),大大提高了患者的存活率。

1 病例資料

1.1 入院情況 患者為老年男性,69歲,8d前無明顯誘因出現(xiàn)腹瀉,3～4次/d,清水樣便,輕微腹痛,無嘔吐、發(fā)熱、畏寒、暈厥等癥狀,自行口服“消炎藥及止瀉藥”效果不佳,于4d前開始出現(xiàn)發(fā)熱,最高體溫可達39.8℃,于2022年6月26日在重慶市江津某醫(yī)院感染科住院治療,其間完善大便常規(guī)檢查未見明顯異常,胸部CT提示肺部感染較重,給予亞胺培南抗感染治療?，F(xiàn)患者仍有間斷發(fā)熱,需要無創(chuàng)呼吸機輔助通氣治療,2022年6月28日我院門診以“重癥肺炎”收入住院?；颊呒韧新阅I功能不全病史1年,長期口服他克莫司膠囊、阿魏酸哌嗪片、腎炎康復片、醋酸潑尼松片維持治療。入院查體:體溫36.4℃,心率91次/min,呼吸37次/min,血壓113/76mmHg(1mmHg=0.133kPa),外周指氧飽和度90%。輪椅推入病房,神志清楚,口唇發(fā)紺,氣促明顯,雙肺呼吸音低,雙下肺可聞及濕啰音。

1.2 診療經(jīng)過 入院完善相關檢查:2022年6月28日肝功:總蛋白41g/L、白蛋白23.7g/L、乳酸脫氫酶549U/L。血氣分析:二氧化碳分壓 26.00mmHg、氧分壓 119.0mmHg、實際碳酸氫鹽15.00mmol/L。血常規(guī):白細胞數(shù)10.54×109/L、中性粒細胞數(shù) 10.35×109/L、淋巴細胞數(shù) 0.09×109/L、嗜酸性粒細胞數(shù)0.01×109/L ,C反應蛋白 123.07mg/L。胸部CT提示雙肺間質性改變、伴雙肺彌漫感染,見圖1,建議治療后復查。入院診斷:(1)重癥肺炎,(2)重度免疫缺陷,(3)呼吸衰竭,(4)冠狀動脈粥樣硬化性心臟病,(5)心功能Ⅱ～Ⅲ級,(6)慢性腎功能不全,(7)低蛋白血癥,(8)凝血功能異常。治療予以無創(chuàng)呼吸機輔助呼吸,予注射用美羅培南1g q12h聯(lián)合氟康唑0.2g qd解痙平喘,吸入用乙酰半胱氨酸溶液0.3g+吸入用沙丁胺醇5mg祛痰擴張支氣管,由于患者嚴重白蛋白降低,予人血清白蛋白20g靜脈輸注。2022年7月1日復查胸部CT顯示肺部感染較前新增加重,見圖2。2022年7月2日宏基因二代測序外檢結果:真菌類:耶氏肺孢子菌、煙曲霉感染,病毒類均陰性。結合肺部影像學表現(xiàn)考慮耶氏肺孢子菌及煙曲霉感染導致。根據(jù)藥敏結果停用美羅培南+氟康唑,調整抗感染方案為:替加環(huán)素+復方磺胺甲噁唑+伏立康唑+西多福韋。調整治療方案后2022年7月3日血常規(guī):白細胞數(shù)6.42×109/L,中性粒細胞數(shù)5.73×109/L、淋巴細胞數(shù) 0.43×109/L、嗜酸性粒細胞數(shù)0.01×109/L ,C反應蛋白 24.49mg/L?；颊吒腥景Y狀較前減輕,喘累較前好轉。2022年7月6日復查胸部CT,對比2022年7月1日 CT雙肺散在感染,較前病灶大部分吸收,提示患者肺部情況較前明顯好轉,見圖3。繼續(xù)當前支持治療,患者精神較前明顯改善,無喘累不適,偶有咳嗽,患者于2022年7月17日病情好轉出院。

圖2 患者治療后7月1日復查胸部CT雙肺上葉病灶部分吸收,雙肺下葉病灶實變,新增雙側少量胸腔積液

圖3 患者宏基因DNA檢測調整用藥方案后復查胸部CT雙肺大部分病灶吸收,遺留雙肺部分間質性改變

2 討論

在沒有明確微生物學診斷的情況下,嚴重肺部感染患者通常在初始治療期間使用經(jīng)驗性廣譜抗生素來緩解癥狀[4]。一旦發(fā)現(xiàn)病原體,臨床醫(yī)生應調整或停止經(jīng)驗性治療。然而,如果患者反映良好或未檢測到致病病原體,則通常會繼續(xù)這種治療,這導致了廣譜抗生素的濫用。此外,在缺乏微生物病原學的情況下,臨床醫(yī)生可能會錯誤地將癥狀歸類為非傳染性炎癥狀態(tài),并經(jīng)驗性給予皮質類固醇進行治療,這可能導致再次感染。糖皮質激素及免疫抑制劑的廣泛使用,造成非HIV免疫功能低下患者日益增多,免疫功能低下患者伴發(fā)的感染常常具有病情重、病情反復、病原學不典型、混合感染等特點,給臨床的診斷與治療帶來極大困難[5]。免疫功能低下患者肺部感染中,耶氏肺孢子菌合并曲霉感染少見,近年來隨著診斷技術的改良發(fā)展,陸續(xù)有個案報道。快速和準確地識別病原體可以實現(xiàn)針對性的治療,減少廣譜抗生素的濫用,并促使患者最終康復。宏基因組下一代測序(mNGS)成為克服傳統(tǒng)診斷方法缺點的一種新工具。mNGS的主要優(yōu)勢在于其無偏采樣,可以同時識別樣本中的所有潛在感染因子,避免預先確定診斷目標。因此,它在診斷不明原因和合并感染的肺部感染方面具有明顯的優(yōu)勢。mNGS是一種檢測新型或稀有微生物的有用技術,也有效地提高了鑒定挑剔微生物和診斷肺部合并感染的分析靈敏度。與依賴培養(yǎng)的方法[6]相比,mNGS的結果不太可能受到先前抗生素暴露的影響。除了病原體鑒定外,mNGS還為氣道微生物組分析、人類宿主反應分析和耐藥性預測提供了額外的基因組信息,所有這些都有助于肺部感染患者的臨床管理[7]。mNGS作為一種不依賴培養(yǎng)、無偏倚和無假設的方法,近年來已成為呼吸道感染的診斷方法[8-9]。目前用于肺部感染診斷的分子檢測通常是病原體特異性的,臨床醫(yī)生根據(jù)患者的癥狀選擇相關檢測,當出現(xiàn)新的或意想不到的病原體時,造成臨床診斷的困難。相比之下,mNGS可以提供給定樣本中病原體的全面視圖,從而能夠在原因不明的肺炎診斷中檢測出新的和罕見的致病病原體。mNGS可以為識別罕見病原體和減少不明原因肺炎診斷的延遲提供線索。傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法對難以培養(yǎng)或需要長時間培養(yǎng)的病原體檢出率較低。mNGS檢測范圍廣,且對疑似致病菌不需要假設,是診斷耶氏肺孢子菌、曲霉感染肺炎的有效工具。mNGS作為一種不依賴培養(yǎng)的檢測方法,有望在較短的反饋時間內檢測出這些挑剔的生物。mNGS的分析性能優(yōu)于培養(yǎng),特別是對挑剔的生物,如結核分枝桿菌、病毒、厭氧菌和真菌。據(jù)報道,與組織病理學方法[10-11]相比,mNGS在評估肺活檢組織中的真菌時達到100%的特異性。結核分枝桿菌(MTB)培養(yǎng)時間長,檢出率低。目前,大多數(shù)mNGS平臺從樣本接收到最終結果的平均典型周轉時間(tat)為48h[12-13]。目前,mNGS已越來越多地應用于臨床感染患者樣本的病原體無偏檢測。肺部感染是mNGS可以發(fā)揮作用的領域。隨著自動化技術的發(fā)展,包括復雜的人工操作、復雜的數(shù)據(jù)分析和高成本在內的障礙將被消除。mNGS將在未來十年成為傳染病診斷領域的重要工具。

綜上所述,對于免疫功能低下的患者來說,混合感染及機會性感染的可能性都大,并且此類患者往往病情發(fā)展迅速,進展快,病死率高,臨床診斷卻十分困難。對于此類患者臨床在考慮混合感染的同時,也要考慮到機會性感染的可能,對于微生物的鑒別應考慮得更廣泛,在應用mNGS 檢測的同時,也需要結合患者的宿主因素、臨床癥狀、實驗室檢查、影像學表現(xiàn)等綜合考慮。