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        辣椒株高主基因多基因混合遺傳模型分析

        2023-11-28 06:53:02郭勤衛(wèi)劉慧琴俞佳虹宋秋平萬(wàn)紅建
        中國(guó)蔬菜 2023年11期
        關(guān)鍵詞:模型

        龐 欣 郭勤衛(wèi) 張 婷 劉慧琴 劉 佳 俞佳虹 宋秋平 萬(wàn)紅建*

        (1 蘇州農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院園藝科技學(xué)院,江蘇蘇州 215008;2 衢州市農(nóng)林科學(xué)研究院,浙江衢州 324003;3 省部共建農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全危害因子與風(fēng)險(xiǎn)防控國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所,浙江杭州 310021)

        辣椒(CapsicumanmuumL.)屬茄科辣椒屬,是一種世界范圍內(nèi)廣泛種植且具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值的蔬菜作物,可鮮食也可加工食用,同時(shí)也是重要的調(diào)味品。中國(guó)是世界上辣椒栽培面積最大的國(guó)家,“十三五”以來(lái),辣椒的年播種面積占全國(guó)所有蔬菜總播種面積的8%~10%,產(chǎn)值約2 500 億元,不論是播種面積還是產(chǎn)值均居蔬菜首位(王立浩 等,2021;鄒學(xué)校 等,2022)。在辣椒栽培上,株型與產(chǎn)量密不可分,良好的株型可以有效吸收利用更多的光能。根據(jù)《辣椒種質(zhì)資源描述規(guī)范和數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)》的描述,辣椒株型分為開展型、半直立型和直立型3 類(李錫香和張寶璽,2006)。株高是辣椒株型的重要構(gòu)成性狀,直接影響辣椒的產(chǎn)量和抗倒伏能力。因此,研究辣椒株高性狀遺傳規(guī)律,進(jìn)而創(chuàng)制合理的株高種質(zhì)資源,對(duì)辣椒株型改良具有重要的指導(dǎo)作用。

        目前,在同科的番茄、茄子等蔬菜作物上已有關(guān)于株高遺傳的研究。周慧等(2015)在對(duì)潘那利番茄漸滲群體的研究中發(fā)現(xiàn)3 個(gè)與株高性狀相關(guān)的QTL 位點(diǎn);楊錦坤等(2019)通過(guò)構(gòu)建茄子6 個(gè)世代遺傳群體進(jìn)行多世代聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn),茄子株高遺傳符合C-0 模型,是多基因控制的加性-顯性-上位性遺傳模式,不存在主基因遺傳效應(yīng)。在辣椒株高的研究中,株高表現(xiàn)為一個(gè)復(fù)雜的數(shù)量性狀指標(biāo),不論是在廣義遺傳力和狹義遺傳力的大小,還是在遺傳效應(yīng)等方面均沒(méi)有較為一致的結(jié)論。陳學(xué)軍和陳勁楓(2006)以2 個(gè)自交系構(gòu)建的6 世代群體,發(fā)現(xiàn)辣椒株高遺傳符合1 對(duì)主基因 + 多基因遺傳模型,高稈對(duì)矮稈表現(xiàn)為不完全顯性;劉夏冬(2018)以辣椒自交系BB3、G-1 以及它們的F1和F2群體為材料,利用植物數(shù)量性狀混合模型,發(fā)現(xiàn)主莖長(zhǎng)度遺傳符合E-0 模型,即2 對(duì)加性-顯性主基因 + 加性-顯性-上位性多基因控制;Yang 等(2020)利用EMS 處理獲得了1 個(gè)突變體E29,發(fā)現(xiàn)矮化性狀由1 個(gè)單隱性基因控制,并將其定位在第12 號(hào)染色體上;胡能兵等(2022)以矮化種質(zhì)SSI9024a 和杭椒為材料構(gòu)建4 世代分離群體,發(fā)現(xiàn)矮化性狀受單個(gè)隱性基因控制,該基因定位在6 號(hào)染色體上;肖佳林等(2022)以辣椒自交系6421 和其EMS 誘變獲得的半矮稈突變體E483為材料,遺傳分析表明半矮化突變性狀為隱性單基因遺傳;陳楠(2022)以辣椒品系A(chǔ)A5 和CK18 為親本,構(gòu)建4 世代群體,發(fā)現(xiàn)株高性狀主要受2 對(duì)加性-顯性主基因調(diào)控。

        傳統(tǒng)的遺傳學(xué)分析模型對(duì)性狀的遺傳規(guī)律研究不能區(qū)分主基因和多基因效應(yīng)(曹齊衛(wèi) 等,2018),而利用主基因 + 多基因混合遺傳模型分析方法(蓋鈞鎰 等,2000,2003;章元明 等,2000;章元明和蓋鈞鎰,2000),不僅可以初步判斷性狀的主基因數(shù)量和基因的效應(yīng),更可以清晰計(jì)算出基因間互作及其上位性、基因與環(huán)境間相互作用的數(shù)值。目前,該模型已在亞麻(王利民 等,2022)、谷子(郭淑青 等,2021)、煙草(吳興富 等,2021)、小麥(解松峰 等,2020)、蓖麻(崔月 等,2019)、綠豆(徐寧 等,2019)、高粱(李延玲 等,2018)、甘藍(lán)型油菜(劉霞 等,2018)、玉米(吳元奇 等,2022)、油菜(李軍慶 等,2013)等植物株高性狀遺傳分析中得到了廣泛應(yīng)用。同時(shí)利用該方法,不少研究者也深入分析了辣椒不同性狀的遺傳,如抗病性(張曉芬 等,2011)、育性(魏兵強(qiáng) 等,2013)、產(chǎn)量(隋益虎 等,2014)、果皮顏色(陳鵬 等,2017)等。

        為進(jìn)一步探明辣椒株高的遺傳特性和規(guī)律,本研究以2 個(gè)株高性狀存在差異的辣椒高代自交系B1-2 和D50 為親本,創(chuàng)建6 世代群體,采用主基因 + 多基因混合遺傳模型分析方法,對(duì)6 個(gè)世代群體的株高性狀開展多世代聯(lián)合遺傳分析,探討多世代辣椒株高性狀的遺傳規(guī)律,并估測(cè)遺傳參數(shù),旨在探索辣椒株高的遺傳機(jī)制,為QTL 定位和新品種選育提供參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        供試親本材料為株高較矮的中國(guó)地方辣椒品種龍游小辣椒B1-2 和株高較高的辣椒自交系D50,均由浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所茄果課題組提供。2019 年春季以B1-2 為母本(P1)、D50 為父本(P2),雜交構(gòu)建F1。2020 年春季利用F1配制B1(F1×P1)和B2(F1× P2),并進(jìn)行自交獲得F2群體。

        2021 年2 月在浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院溫室播種2020 年收獲的B1-2 × D50 的6 世代群體,P1、P2、F1、B1、B2和F2分別定植22、22、21、100、78 株和2 918 株。株距45 cm,行距50 cm,采取常規(guī)田間管理。

        1.2 性狀調(diào)查

        株高調(diào)查方法及標(biāo)準(zhǔn)參照《辣椒種質(zhì)資源描述規(guī)范和數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)》(李錫香和張寶璽,2006),利用鋼尺測(cè)量辣椒親本及群體株高(植株基部與最高點(diǎn)的高度差),將獲得的株高數(shù)據(jù)進(jìn)行記錄整理,用于后續(xù)6 世代遺傳分析。

        1.3 遺傳模型分析

        利用Microsoft Excel 2016 軟件對(duì)6 個(gè)世代辣椒株高數(shù)據(jù)的平均值、標(biāo)準(zhǔn)差、變異系數(shù)、偏度、峰度和頻次分布圖等進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。

        利用曹錫文等(2013)的Windows 軟件包SEA-G6,對(duì)親本及群體的株高進(jìn)行主基因 + 多基因混合遺傳模型分析。各世代的相應(yīng)參數(shù)利用極大似然估計(jì)法(maximum likelihood method,MLV)和迭代最大期望算法(iterated expectation and conditional maximization,IECM)進(jìn)行估計(jì)。然后按照最小赤池信息量準(zhǔn)則(Akaike’s information criterion,AIC),選擇3 個(gè)AIC值最小或較小的模型作為最優(yōu)模型的備選模型,對(duì)其進(jìn)行適合性檢驗(yàn),即均勻性檢驗(yàn)(,,)、Smirnov 檢驗(yàn)(nW2)及Kolmogorov 檢驗(yàn)(Dn),3 個(gè)備選模型里統(tǒng)計(jì)量達(dá)到顯著水平個(gè)數(shù)最少的確定為最優(yōu)模型。最后,最優(yōu)模型下主基因和多基因等一階遺傳參數(shù)和遺傳率等二階遺傳參數(shù)利用最小二乘法原理進(jìn)行估計(jì)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 辣椒株高的表型變異及頻率分布

        供試?yán)苯冯p親B1-2 和D50 具有明顯差異,B1-2 表現(xiàn)為分枝角度大,幼果乳白色,成熟果紅色,植株明顯矮化;而辣椒D50 分枝角度較小,幼果綠色,成熟果黃色,植株較高(圖1)。

        圖1 辣椒親本的形態(tài)特征

        由表1 可知,B1-2 × D50 的6 世代群體中,P1和P2株高的平均值分別為20.15、40.07 cm;B1和F2株高分別為28.51、38.72 cm,介于雙親之間;B2的株高是46.65 cm,高于高值親本。B1、B2和F23 個(gè)分離世代的變異系數(shù)為11.17%~18.63%,大于P1、P2和F13 個(gè)非分離世代的變異系數(shù),說(shuō)明分離世代群體離散度高,變異幅度大,具有較高的遺傳多樣性。此外,分離群體株高的偏度為-0.42~0.31, 峰度為-0.44~-0.16, 偏度和峰度的絕對(duì)值均小于1,即表現(xiàn)為近似正態(tài)分布。

        表1 辣椒6 個(gè)世代群體株高性狀統(tǒng)計(jì)分析

        對(duì)3 個(gè)分離世代B1、B2和F2株高數(shù)據(jù)頻次分布進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果顯示(圖2),各分離世代頻次分布呈連續(xù)分布,分離世代表現(xiàn)出偏正態(tài)分布的單峰,呈明顯的主基因 + 多基因遺傳特征。

        圖2 3 個(gè)分離世代B1、B2、F2 群體株高的頻次分布

        2.2 辣椒株高最優(yōu)遺傳模型的確定

        采用植物數(shù)量性狀主基因 + 多基因混合遺傳模型的6 個(gè)世代(P1、P2、F1、B1、B2和F2)聯(lián)合分析方法,共得到5 類24 種遺傳模型的MLV值(極大似然函數(shù)值)和AIC值(表2)。其中,E-1 模型AIC值最?。?0 905.734 2),其次為D-0(20 909.671 6)和E-0(20 921.672 3),根據(jù)遺傳模型選取原則,將這3 個(gè)遺傳模型列入最優(yōu)模型的備選模型。

        表2 各遺傳模型的MLV 值及AIC 值

        在適合性檢驗(yàn)中,D-0、E-0 和E-1 3 個(gè)備選模型都僅有1 個(gè)統(tǒng)計(jì)量達(dá)到顯著水平(表3)。當(dāng)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量達(dá)到顯著或極顯著水平的數(shù)量相同時(shí),結(jié)合AIC值,E-1 模型的AIC值最小,所以確定E-1(MX2-ADI-AD)為最適遺傳模型,即辣椒株高表現(xiàn)為2 對(duì)加性-顯性-上位性主基因 + 加性-顯性多基因混合遺傳模型。

        表3 辣椒株高備選遺傳模型的適合性檢驗(yàn)

        2.3 辣椒株高遺傳模型的參數(shù)估計(jì)

        辣椒株高最適模型遺傳參數(shù)估計(jì)結(jié)果見(jiàn)表4。辣椒株高的2 對(duì)主基因加性效應(yīng)相等,均為3.408 7,說(shuō)明2 對(duì)主基因的加性效應(yīng)相同,且為正向遺傳效應(yīng)。2 對(duì)主基因的顯性效應(yīng)分別為1.369 8和-0.734 6,2 對(duì)主基因的加性效應(yīng)均高于顯性效應(yīng)絕對(duì)值,表明辣椒株高遺傳主要受2 對(duì)主基因加性效應(yīng)控制。在上位性作用中,2 對(duì)主基因的加性×加性、顯性×顯性互作效應(yīng)分別是-8.172 3、-7.807 3;2 對(duì)主基因的加性×顯性、顯性×加性互作效應(yīng)分別為-7.384 5、-5.278 0,均表現(xiàn)為負(fù)向減效。多基因的加性效應(yīng)和顯性效應(yīng)分別為-19.341 8 和4.380 1,顯性度的絕對(duì)值小于1,表明多基因的加性效應(yīng)起主導(dǎo)作用。由二階遺傳參數(shù)可知,B1、B2和F2主基因遺傳率分別為34.18%、67.48%、66.45%,多基因遺傳率分別為46.84%、12.85%、21.99%。F2分離群體中主基因 +多基因的遺傳率為88.44%,環(huán)境因素占11.56%。

        表4 辣椒株高最適模型遺傳的參數(shù)估算

        3 結(jié)論與討論

        株高是辣椒株型的一個(gè)重要農(nóng)藝性狀,合理的植株高度對(duì)提高辣椒的抗倒伏能力、保障高產(chǎn)增收具有重要意義。辣椒的根系不如番茄、茄子發(fā)達(dá),根系數(shù)量少,入土較淺,在辣椒生產(chǎn)中后期,通常需要進(jìn)行搭架或吊蔓,以防倒伏影響產(chǎn)量。因此,適宜的株高不僅有利于株型緊湊,提高產(chǎn)量和品質(zhì),還能節(jié)約勞動(dòng)成本。

        適宜的遺傳群體和有效的方法是分析性狀遺傳規(guī)律的基礎(chǔ)。本試驗(yàn)利用主基因 + 多基因混合遺傳模型,對(duì)B1-2 和D50 構(gòu)建的6 世代群體P1、P2、F1、B1、B2和F2的辣椒株高遺傳規(guī)律進(jìn)行了初步分析。結(jié)果表明,F(xiàn)1的株高介于兩親本之間。在3個(gè)分離群體B1、B2和F2株高的變化范圍內(nèi)可以發(fā)現(xiàn),株高有小于親本P1和大于親本P2的極端表現(xiàn),這可能是由于種植群體的加大,本試驗(yàn)中,F(xiàn)2群體共有2 918 株,因此辣椒株高極端值的出現(xiàn)概率也增大。B1、B2和F2群體的株高分布頻次都傾向于正態(tài)分布,可以看出,群體越大,結(jié)果也相對(duì)更加可靠。6 世代群體中,非分離群體的變異系數(shù)均小于分離群體,李光慶等(2017)研究花椰菜內(nèi)葉蓋球性狀的變異系數(shù)時(shí)也得到了相同的規(guī)律,這說(shuō)明群體的數(shù)據(jù)符合遺傳多態(tài)性分布要求。

        陳學(xué)軍和陳勁楓(2006)研究發(fā)現(xiàn)辣椒株高遺傳符合1 對(duì)主基因 + 多基因遺傳模型;劉夏冬(2018)以辣椒自交系BB3 和G-1 為親本構(gòu)建4個(gè)世代,利用植物數(shù)量性狀混合模型,對(duì)辣椒株型相關(guān)性狀進(jìn)行了遺傳分析,發(fā)現(xiàn)其主莖長(zhǎng)度遺傳符合E-0 模型,即受2 對(duì)加性-顯性主基因 + 加性-顯性-上位性多基因控制;陳楠(2022)以辣椒品系A(chǔ)A5 和CK18 為親本構(gòu)建F2群體,統(tǒng)計(jì)了株高等10 個(gè)數(shù)量性狀,發(fā)現(xiàn)株高性狀主要受2 對(duì)加性-顯性主基因調(diào)控。本試驗(yàn)中,株高性狀符合2 對(duì)加性-顯性-上位性主基因 + 加性-顯性多基因遺傳模型(E-1)。在不同植物株高遺傳的研究中發(fā)現(xiàn),油菜(李軍慶 等,2013)、蓖麻(崔月 等,2019)株高受1 對(duì)主基因 + 多基因控制,谷子(郭淑青 等,2021)株高服從多基因遺傳,亞麻(王利民 等,2022)、煙草(吳興富 等,2021)、綠豆(徐寧 等,2019)、甘藍(lán)型油菜(劉霞 等,2018)株高符合2對(duì)主基因 + 多基因控制,本試驗(yàn)辣椒株高的遺傳模型與煙草、綠豆一致,因此可以看出,研究結(jié)果的不同,可能是由于作物類型不同、材料基因型不同所致。

        本試驗(yàn)中,辣椒株高在分離群體B1、B2和F2主基因 + 多基因的遺傳率分別為81.02%、80.33%、88.44%,說(shuō)明辣椒株高受環(huán)境影響較小。2 對(duì)主基因的加性效應(yīng)相等,均為正向遺傳效應(yīng)。在顯性效應(yīng)中,第1 對(duì)主基因的絕對(duì)值較大。上位效應(yīng)以2 對(duì)主基因間的加性互作和顯性互作效應(yīng)為主,多基因則是以負(fù)向的加性效應(yīng)為主。下一步,可以結(jié)合高通量測(cè)序?qū)苯分旮咝誀钸M(jìn)行QTL 定位并驗(yàn)證遺傳規(guī)律結(jié)果,進(jìn)而挖掘候選基因,為辣椒株高性狀的分子標(biāo)記輔助育種提供依據(jù)。

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