王建鳳,王澤昊,2,張藝楷,劉 艷*,馮月超*
(1.北京市科學(xué)技術(shù)研究院分析測(cè)試研究所(北京市理化分析測(cè)試中心),北京市食品安全分析測(cè)試工程技術(shù)研究中心,北京 100089;2.首都師范大學(xué) 化學(xué)系,北京 100048)
代謝組學(xué)利用高通量技術(shù)對(duì)生物體內(nèi)代謝產(chǎn)物進(jìn)行系統(tǒng)性分析。通過(guò)代謝組學(xué)研究,可以發(fā)現(xiàn)與疾病、環(huán)境、遺傳等因素有關(guān)的代謝物的變化規(guī)律和代謝途徑,從而為疾病的早期診斷和治療提供新的思路和方法。相關(guān)研究主要使用的技術(shù)包括質(zhì)譜、核磁共振和色譜等[1]。質(zhì)譜是目前最常用的技術(shù),其中氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)、液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(LC-MS)技術(shù)應(yīng)用最為廣泛[2]。目前代謝組學(xué)研究仍存在數(shù)據(jù)的豐富性和復(fù)雜性等挑戰(zhàn),因此,需要不斷完善相應(yīng)的研究技術(shù)和數(shù)據(jù)分析方法,進(jìn)一步提高代謝組學(xué)研究的可信度和廣泛性。
分子網(wǎng)絡(luò)是基于串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的組織和可視化,根據(jù)相關(guān)化合物二級(jí)質(zhì)譜碎片的相似性[3],計(jì)算光譜相似度,揭示同源質(zhì)譜片段的存在[4]。根據(jù)碎片相似度的高低,運(yùn)用MS-聚類(lèi)算法[5]可將質(zhì)譜碎片圖整合為一種能夠可視化的網(wǎng)絡(luò)圖譜[6],譜圖以節(jié)點(diǎn)形式聚集形成類(lèi)似物簇[7]。在簇中,每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一種化合物,彼此之間通過(guò)直接或間接的方式進(jìn)行節(jié)點(diǎn)連接,表示一些簡(jiǎn)單的生化反應(yīng)。相連化合物可能互為轉(zhuǎn)化產(chǎn)物,可通過(guò)將邊緣的質(zhì)量差異轉(zhuǎn)換成結(jié)構(gòu)差異,來(lái)推測(cè)識(shí)別新的化合物,進(jìn)一步揭示藥物和轉(zhuǎn)化產(chǎn)物之間的作用關(guān)系[8],輔助人們理解這些代謝物在生物過(guò)程中的生理和病理意義。目前分子網(wǎng)絡(luò)被廣泛應(yīng)用于化合物的鑒定及發(fā)現(xiàn)、天然產(chǎn)物的代謝產(chǎn)物鑒定、天然產(chǎn)物化學(xué)成分的定性及定量等。該技術(shù)可與多種質(zhì)譜數(shù)據(jù)處理工具連接,如代謝組學(xué)軟件Progenesis QI 等,作為代謝組學(xué)數(shù)據(jù)處理的補(bǔ)充。
氧氟沙星是一種人工合成的氟喹諾酮類(lèi)抗生素,應(yīng)用較為廣泛。研究表明氟喹諾酮類(lèi)抗生素會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重或致殘的副作用,這些副作用可能是不可逆的[9]。目前關(guān)于氧氟沙星體外降解產(chǎn)物的研究較多[10-18],體內(nèi)代謝產(chǎn)物的研究尚未成熟。
本文以氧氟沙星為研究對(duì)象,利用超高效液相色譜-四極桿串聯(lián)飛行時(shí)間質(zhì)譜(UHPLC-Q-TOF MS),建立特征分子網(wǎng)絡(luò)(FBMN),并結(jié)合Progenesis QI和分子網(wǎng)絡(luò)(GNPS)平臺(tái)提供的特征分子網(wǎng)絡(luò)快速分析氧氟沙星在小鼠肌肉、結(jié)腸、肝臟、腎臟、回腸和內(nèi)容物中的代謝產(chǎn)物。
氧氟沙星標(biāo)準(zhǔn)品(純度99.3%,德國(guó)Dr.Ehrenstorfer公司);二甲基亞砜、乙腈、甲醇、甲酸、甲酸銨(色譜純,美國(guó)Thermo Fisher Scientific 有限公司);有機(jī)尼龍濾膜(0.22 μm,天津津騰公司);FaVEx-NM50獸藥殘留凈化柱(巨研科技股份有限公司)。
1.2.1 儀 器ACQUITYTM超高效液相色譜儀、SYNAPT G2-Si 四極桿飛行時(shí)間質(zhì)譜儀(美國(guó)Waters公司)[19-20]。GR22GⅢ高速冷凍離心機(jī)(日本Hitachi公司);N-EVAPTM112氮吹儀配備OA-SYSTM 水浴加熱裝置(美國(guó)Organomation 公司);MS200 多管渦旋混勻儀(杭州瑞誠(chéng)儀器有限公司);Vortex-genie 2渦旋混合器(美國(guó)Scientific Industries公司);Milli-Q Integral 5超純水制備系統(tǒng)(法國(guó)默克公司)。
1.2.2 軟 件數(shù)據(jù)采集軟件MassLynx 4.1,數(shù)據(jù)處理軟件Progenesis QI 3.0(均為Waters公司提供);GNPS(https://gnps.ucsd.edu);可視化軟件Cytoscape3.7.2。
1.3.1 給藥方法實(shí)驗(yàn)選用6周齡C57小鼠10只,隨機(jī)分為兩組:對(duì)照組(10%二甲基亞砜)和氧氟沙星組(50 mg/mL,10%二甲基亞砜),每組5 只小鼠。于每日上午9:30 對(duì)小鼠進(jìn)行灌胃,換算小鼠的每日灌胃劑量為200 μL,每天稱量小鼠體重。實(shí)驗(yàn)期為14 d,實(shí)驗(yàn)結(jié)束后取小鼠肌肉、結(jié)腸、回腸、肝臟、腎臟及內(nèi)容物樣本。
1.3.2 樣品處理取均質(zhì)后的樣品0.15 g(精確至0.01 g)于50 mL 聚丙烯離心管中,先加入10 mL 0.5%(體積分?jǐn)?shù))甲酸-乙腈溶液,2 500 r/min 振蕩提取30 min,10 000 r/min 離心10 min,轉(zhuǎn)移全部上清液;再加入10 mL 甲醇,2 500 r/min 振蕩提取30 min,10 000 r/min 離心10 min,轉(zhuǎn)移全部上清液。分別準(zhǔn)確移取兩次上清液各5 mL于FaVEx-NM50快速柱,以每秒1滴流速加壓,收集濾液,于40 ℃氮吹至近干,用0.1%甲酸-乙腈∶0.1%甲酸-5 mmol/L 甲酸銨(13∶87,體積比)溶液定容至1 mL,渦旋復(fù)溶,經(jīng)0.22 μm有機(jī)尼龍濾膜過(guò)濾,待上機(jī)[21]。
1.3.3 色譜與質(zhì)譜條件色譜條件:色譜柱為Waters Acquity BEH C18(2.1 mm×100 mm,1.7 μm);流動(dòng)相A 為含0.1%甲酸的乙腈溶液,B 為pH 3.0 的5 mmol/L 甲酸銨溶液。梯度洗脫程序:0~0.50 min,87% B;0.50~10.00 min,87%~50% B;10.00~10.75 min,50%~5% B;10.75~12.25 min,5%B;12.25~12.50 min,5%~87% B;12.50~15.00 min,87% B。流速為0.4 mL/min;柱溫為40 ℃。
質(zhì)譜條件:采用電噴霧(ESI)離子源正離子模式;質(zhì)量數(shù)掃描范圍為m/z50~1 200;源溫為150 ℃,毛細(xì)管電壓為3.0 kV,錐孔電壓為40 V,脫溶劑氣為800 L/h,脫溶劑溫度為400 ℃,掃描時(shí)間:0~15 min;掃描間隔時(shí)間:0.1 s;全信息串聯(lián)質(zhì)譜(MSE)模式檢測(cè);分辨率模式,連續(xù)掃描數(shù)據(jù)采集,低碰撞能量為6 eV,高碰撞能量為25~45 eV。質(zhì)量校正液為亮氨酸腦啡肽。
1.3.4 數(shù)據(jù)采集與處理方法采用MassLynx 進(jìn)行數(shù)據(jù)采集,將采集的數(shù)據(jù)導(dǎo)入Progenesis QI 軟件中,進(jìn)行峰識(shí)別、峰對(duì)齊、基線校正、去卷積和歸一化等預(yù)處理,依據(jù)人類(lèi)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)(HMDB)對(duì)代謝物進(jìn)行鑒定。鑒定結(jié)果以化合物ID(包括質(zhì)量數(shù)、保留時(shí)間、碎片離子譜圖等信息)方式呈現(xiàn)。用Progenesis QI 處理數(shù)據(jù)篩選出豐度值大于3 000 的化合物,將csv 和MSP 文件登錄并上傳至GNPS 平臺(tái),建立FBMN。在分析計(jì)算界面,基礎(chǔ)設(shè)置中將數(shù)據(jù)來(lái)源設(shè)置為Progenesis QI,母離子質(zhì)量誤差和碎片離子質(zhì)量誤差均設(shè)置為0.02 Da。高級(jí)分子網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中,最小成對(duì)余弦分?jǐn)?shù)設(shè)置為0.7,碎片離子最小匹配數(shù)設(shè)置為6,單節(jié)點(diǎn)最大連接節(jié)點(diǎn)數(shù)設(shè)置為10,單個(gè)網(wǎng)絡(luò)最大節(jié)點(diǎn)數(shù)設(shè)置為100。在高級(jí)譜庫(kù)搜索選項(xiàng)中,導(dǎo)入speclibs 文件,庫(kù)中搜索最小匹配峰數(shù)設(shè)置為6,得分閾值設(shè)置為0.7。多變量統(tǒng)計(jì)選項(xiàng)中,距離度量設(shè)置為cosine,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行分析,所得結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape 軟件,將分析計(jì)算結(jié)果可視化為分子網(wǎng)絡(luò)圖。
樣品的總離子流色譜圖如圖1所示。利用Progenesis QI結(jié)合HMDB庫(kù)對(duì)所有小鼠組織樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行鑒定,共篩選出54 種小鼠體內(nèi)可能的代謝物,信息包括代謝化合物的名稱、質(zhì)荷比、保留時(shí)間、P值、偏差(ppm)。由顯著性檢驗(yàn)得到P值,判斷化合物間的差異,結(jié)果均小于0.05,表示鑒定結(jié)果為碰巧出現(xiàn)的可能性小于5%,具有顯著意義。在鑒定的54種化合物中,大部分為內(nèi)源性代謝物,共有2個(gè)與氧氟沙星代謝直接相關(guān)的化合物,即培氟沙星、N-氧化產(chǎn)物。其保留時(shí)間、加合離子以及母離子、子離子質(zhì)量數(shù)的理論值和實(shí)際值偏差如表1所示,偏差均小于5 ppm。
表1 基于Progenesis QI軟件的氧氟沙星及代謝產(chǎn)物鑒定結(jié)果Table 1 The identified results of ofloxacin and its metabolites based on Progenesis QI software
圖1 代表性樣品的總離子流色譜圖Fig.1 Total ion chromatograms of representative samples
在生成的FBMN 中,喹諾酮類(lèi)成分可以被聚集,且質(zhì)譜裂解存在一定的規(guī)律,所形成的特征分子網(wǎng)絡(luò)可視化圖如圖2所示。在GNPS庫(kù)中進(jìn)行代謝物匹配,通過(guò)化合物二級(jí)質(zhì)譜相似性原理,匹配到化合物氧氟沙星,分子式為C18H20FN3O4,加合離子為[M+H]+,中性離子質(zhì)量為361.14 Da,質(zhì)荷比為362.150 6,匹配度為0.941 496。
圖2 小鼠體內(nèi)氧氟沙星及代謝產(chǎn)物的分子網(wǎng)絡(luò)圖Fig.2 Molecular network diagram of ofloxacin and its metabolites in mice
圖2 為氧氟沙星(m/z362.150 6[M+H]+,化學(xué)式C18H20FN3O4,保留時(shí)間2.48 min)分子集群,該集群包括16 個(gè)化合物節(jié)點(diǎn),其中與氧氟沙星直接相連的有9個(gè)節(jié)點(diǎn),經(jīng)鑒定有5個(gè)化合物與氧氟沙星直接相關(guān),推測(cè)的代謝化合物信息如表2所示。m/z334.156 2[M+H]+(保留時(shí)間為2.37 min)的節(jié)點(diǎn),分子量與氧氟沙星相差CO 的精確質(zhì)量數(shù),是氧氟沙星開(kāi)環(huán)氧化形成分子式為C17H20FN3O3的代謝產(chǎn)物;m/z378.145 5[M+H]+(保留時(shí)間為2.40 min)的節(jié)點(diǎn),分子量與氧氟沙星相差1 個(gè)O 的精確質(zhì)量數(shù),是氧氟沙星的羥基化或某個(gè)N 上發(fā)生氧化,分子式為C18H20FN3O5的代謝產(chǎn)物,這兩個(gè)化合物與上述Progenesis QI 方法中鑒定出培氟沙星、N-氧化產(chǎn)物的結(jié)果一致。m/z318.160 9[M+H]+(保留時(shí)間為2.49 min)的節(jié)點(diǎn),分子量與氧氟沙星相差CO2的精確質(zhì)量數(shù),是氧氟沙星發(fā)生了脫羧反應(yīng),形成分子式為C17H20FN3O2的代謝產(chǎn)物。m/z261.102 5[M+H]+(保留時(shí)間為2.50 min)的節(jié)點(diǎn)與m/z318.160 9[M+H]+的節(jié)點(diǎn)相差C3H7N 的精確質(zhì)量數(shù),是脫羧、N-脫烷基化后,分子式為C14H13FN2O2的代謝產(chǎn)物。m/z183.090 8[M+H]+(保留時(shí)間為2.71 min)的節(jié)點(diǎn),推斷為脫氨基并開(kāi)環(huán)脫羧后,分子式為C9H11FN2O 的代謝產(chǎn)物。根據(jù)小鼠體內(nèi)代謝產(chǎn)物和分子網(wǎng)絡(luò)中的連接關(guān)系,推斷小鼠體內(nèi)氧氟沙星可能的斷裂途徑如圖3所示。
表2 特征分子網(wǎng)絡(luò)推測(cè)氧氟沙星及代謝產(chǎn)物的結(jié)果Table 2 The results of ofloxacin and its metabolites speculated by FBMN
圖3 特征分子網(wǎng)絡(luò)分析推斷小鼠體內(nèi)氧氟沙星可能的斷裂途徑Fig.3 Possible rupture pathways of ofloxacin in mice inferred by FBMN analysis
在代謝產(chǎn)物分析中,依據(jù)化合物的響應(yīng)值,在各組織樣本中均檢出大量氧氟沙星原藥殘留,肝臟和回腸樣本中氧氟沙星原型累積最多,其次是腎臟、內(nèi)容物和肌肉樣本,在結(jié)腸樣本中含量最少。如圖4 所示,代謝產(chǎn)物以脫羧產(chǎn)物為主,在各組織樣本中的響應(yīng)值較高,在肝臟和回腸樣本中的含量最高,腎臟、肌肉和內(nèi)容物樣本中較高,結(jié)腸樣本中的含量較少;脫羧后N-脫烷基化產(chǎn)物在肝臟和回腸樣本中的含量最高,在腎臟、肌肉和內(nèi)容物樣本中較高,結(jié)腸樣本中的含量較少;N-氧化產(chǎn)物在肝臟樣本中的含量最高,在回腸、結(jié)腸和肌肉樣本中的含量較少;脫氨后開(kāi)環(huán)脫羧產(chǎn)物在肝臟樣本中的含量最高,腎臟其次,在肌肉和內(nèi)容物樣本中較少;培氟沙星在肝臟樣本中的含量最高,內(nèi)容物樣本中其次,其他樣本中較少。綜上,肝臟是氧氟沙星的主要代謝場(chǎng)所,其代謝產(chǎn)物以脫羧產(chǎn)物為主。
圖4 氧氟沙星及代謝產(chǎn)物在不同樣本中的相對(duì)含量Fig.4 The relative contents of ofloxacin and its metabolites in different samples
本研究借助UHPLC-Q-TOF MS,使用Progenesis QI 進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理和鑒定,并首次使用GNPS 平臺(tái)的FBMN工具,建立特征分子網(wǎng)絡(luò)探究氧氟沙星在小鼠體內(nèi)的代謝產(chǎn)物,得到小鼠體內(nèi)氧氟沙星的5種代謝產(chǎn)物,分別為脫羧產(chǎn)物、培氟沙星、N-氧化產(chǎn)物、脫羧后N-脫烷基化產(chǎn)物、脫氨后開(kāi)環(huán)脫羧產(chǎn)物,并得到小鼠體內(nèi)氧氟沙星可能的斷裂途徑,發(fā)現(xiàn)肝臟為氧氟沙星主要的代謝場(chǎng)所。