許薇,陳振林,劉英健,勞琪珍,宋慕波
(1.賀州學院食品科學與工程技術(shù)研究院,廣西 賀州 542899;2.大連工業(yè)大學食品學院,遼寧 大連 116034)
三華李(Prunus salicinaLindl.cv.Sanhua)屬于薔薇科李亞科,是華南地區(qū)著名特色水果,原產(chǎn)自廣東翁源縣,后逐漸擴展至南方各省份[1,2]。三華李果實為圓形或近圓形,果肉紫紅色,肉質(zhì)爽脆,酸甜可口,營養(yǎng)價值高[3]。 三華李成熟果實中富含花青素,這是其重要特點[4];有研究表明三華李中總花青素含量僅次于黑布李,花青素主要成分為矢車菊素[5]。 目前針對三華李果實花青素合成的相關(guān)研究較少。
花青素是植物中廣泛存在的一種水溶性天然色素,屬于類黃酮化合物,在新鮮的蔬菜和水果中大量存在,使其呈現(xiàn)出明亮的顏色,從而吸引消費者;同時,花青素類物質(zhì)也具有抗氧化、清除自由基等多種生理活性功能[6-9]。 花青素的合成主要分3 個階段:第一階段是苯丙氨酸經(jīng)過多步反應(yīng)生成4-香豆酰CoA;第二階段是4-香豆酰CoA在系列酶的催化作用下生成黃酮類物質(zhì)(二氫槲皮素、二氫楊梅素)和黃酮醇;第三階段是二氫槲皮素、二氫楊梅素和黃酮醇這三類物質(zhì)在二氫黃酮醇-4-還原酶(dihydroflavonol-4-reductase,DFR)的作用下生成無色的花青素(無色矢車菊素、無色天竺葵素和無色翠雀素),然后花青素合成酶(ANS)將無色的花青素轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的花青素類物質(zhì)(矢車菊素、天竺葵素和翠雀素),再經(jīng)過糖基化、?;⒓谆冗^程的修飾作用,最終形成穩(wěn)定可見的花青素[10]。 可見,ANS 是花青素生物合成途徑后期的關(guān)鍵酶,能催化無色花青素脫水氧化形成有色花青素。 編碼ANS 的基因首先在紫蘇中被克隆[11],在多數(shù)植物中,ANS由一個小基因家族所編碼。 已有研究發(fā)現(xiàn),在參薯[12]、紫色不結(jié)球白菜[13]、蘋果梨[14]和鳳丹牡丹[15]中ANS基因的表達與組織中花青素含量呈正相關(guān)。 然而,草莓果實從轉(zhuǎn)紅到完全成熟的過程中,雖然花青素含量呈上升趨勢,但ANS基因表達量卻有所下降[16]。 葡萄果實經(jīng)乙醇處理后花青素含量增加,但基因表達水平?jīng)]有變化[17]。 由此可見,花青素的生物合成存在復雜的調(diào)控機制。
三華李屬呼吸躍變型果實,后熟過程中花青素快速積累,但目前尚未有針對三華李花青素合成基因的系統(tǒng)研究。 雖然三月李的基因組測序工作已由國內(nèi)課題組完成,為李屬果樹的分子生物學研究奠定了基礎(chǔ)[18],但仍未有針對三華李A(yù)NS基因的相關(guān)研究。 本研究從三華李果實中克隆獲得ANS基因,對其序列進行生物信息學分析,并研究其在三華李不同組織和果實后熟過程中的表達模式,為進一步探究三華李花青素合成途徑及其調(diào)控機理奠定基礎(chǔ)。
供試三華李植株種植于廣西賀州市賀街鎮(zhèn)三華李驛站果園。 2021 年6 月1 日(花后約130天)采集七八成熟的果實及莖、葉。 果實采后立即運回實驗室,挑選大小均一、無病害及機械損傷的果實,分為兩組,分別作為對照組和乙烯處理組,分別用自來水和5 mL/L 乙烯利溶液浸泡1 min,撈出晾干后自封袋密封24 h,之后打開自封口通風透氣,于25℃下貯藏;每兩天取樣一次,放入-80℃超低溫冰箱保存。 莖、葉及果皮和果肉各組織用液氮速凍,-80℃保存待用。
1.2.1 RNA 的提取與cDNA 合成 利用華越洋植物RNA 提取試劑盒提取三華李不同組織和不同后熟階段的總RNA,具體操作方法依照說明書進行。 得到總RNA 后通過超微量分光光度計測定其濃度。 以提取的總RNA 為模板,利用反轉(zhuǎn)錄試劑盒進行反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,合成方法參照試劑盒說明書,保存于-20℃冰箱中,用于后續(xù)實驗。
1.2.2PsANS基因的克隆 從三華李轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中獲得ANS 序列信息,利用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計特異性引物,引物序列見表1。 以三華李不同后熟階段的cDNA 為模板,克隆PsANS基因的CDS 序列,進行PCR 擴增。 PCR 反應(yīng)程序為:94℃預(yù)變性3 min;95℃變性15 s,55℃退火30 s,72℃延伸2 min,35 個循環(huán);72℃延伸10 min,于4℃保存。 PCR 產(chǎn)物經(jīng)過回收、連接并轉(zhuǎn)化至DH5α 感受態(tài)細胞,鑒定陽性克隆后測序。 引物合成和基因測序全部交由上海生物科技有限公司完成。
表1 三華李A(yù)NS 基因克隆和表達所用引物
1.2.3PsANS基因生物信息學分析 利用NCBI中的BLASTN、BLASTP 進行基因和蛋白序列比對;通過Expasy-ProtParam Tool 在線軟件對蛋白的基本理化性質(zhì)進行預(yù)測,初步分析目的基因的功能;親疏水性利用ProtScale 以Hphob./Kyte &Doolittle 算法進行預(yù)測;采用TMHMM 2.0 進行跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測;采用SignalP-5.0 預(yù)測蛋白質(zhì)有無信號肽;采用ProtComp Version 9.0 進行蛋白亞細胞定位預(yù)測;采用NCBI 的Conserved Domains 分析功能結(jié)構(gòu)域;使用SMART 在線數(shù)據(jù)庫分析蛋白結(jié)構(gòu)域;蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)采用ExPaSy-SOPMA在線軟件進行分析;蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)采用SWISSMODEL 進行在線預(yù)測。 利用在線軟件STRING預(yù)測ANS 與其他蛋白之間的互作情況(以擬南芥蛋白數(shù)據(jù)庫為參考);蛋白序列和同源比對分別使用DNAMAN 和ClustaX 軟件。 采用MEGA 5 軟件的Neighbor-Joining 法構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。
1.2.4PsANS表達分析 根據(jù)獲得的PsANS基因cDNA 序列設(shè)計熒光定量PCR 特異引物(表1)。 以三華李莖、葉、果皮、果肉不同組織以及三華李后熟過程中的樣品cDNA 為模板,參考TaKa-Ra 公司的SYBR Green qPCR Master Mix 說明書進行熒光定量PCR 擴增。 試驗設(shè)置3 個生物學重復,用2-ΔΔCt方法計算PsANS的相對表達量,采用SPSS 26 軟件進行LSD 方差分析。
三華李果實二代有參轉(zhuǎn)錄組參考物種為三月李(Prunus salicina),參考基因組版本為GCA_014863905.1_SCAU_Psal_1.0。 在三華李果實二代有參轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中篩選初步注釋為ANS基因的轉(zhuǎn)錄本,其在轉(zhuǎn)錄組中的編號為evm.TU.UTG5995.3;在NCBI 中的比對結(jié)果表明,該片段與其他物種ANS基因的蛋白序列同源性在80%以上,其中與日本裸櫻(Prunus yedoensisvar.nudiflora, PQQ12998) 和 歐 洲 李(Prunus domestica,AHZ30597)ANS的蛋白序列同源性最高。 參考轉(zhuǎn)錄組中該基因序列設(shè)計引物,以三華李的cDNA為模板進行特異性PCR 擴增,獲得ANS基因的CDS 序列(圖1);將獲得的目的片段與pMD18-T載體連接并轉(zhuǎn)化DH5α 大腸桿菌,挑選陽性克隆測序。 經(jīng)測序后發(fā)現(xiàn)該片段長度為1 074 bp,可編碼357 個氨基酸,將其命名為PsANS,GenBank登錄號為OP131916。 將該cDNA 片段與三月李基因組序列進行比對,發(fā)現(xiàn)該轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的DNA序列在510~726 bp 間有1 個長度為217 bp 的內(nèi)含子,其基因結(jié)構(gòu)如圖2 所示。
圖1 三華李A(yù)NS 基因cDNA 片段瓊脂糖凝膠電泳圖譜
圖2 三華李A(yù)NS 基因DNA 結(jié)構(gòu)圖
通過在線軟件Expasy-ProtParam Tool 分析,該蛋白質(zhì)的分子式為C1901H3048N508O566S19,分子量為40 401.37,總原子數(shù)為5 717。 組成PsANS 蛋白的氨基酸中占比最多的是谷氨酸(Glu),達10.9%,其次為亮氨酸(Leu),占比10.1%。 PsANS蛋白的理論等電點為5.46,不穩(wěn)定系數(shù)為47.96,屬于不穩(wěn)定蛋白。
預(yù)測發(fā)現(xiàn)(圖3),PsANS 的氨基端和羧基端表現(xiàn)出疏水性,親水性大部分集中在中心區(qū)域;疏水出現(xiàn)在第191 位的氨基酸殘基,親水出現(xiàn)在第65 位氨基酸殘基。 PsANS 蛋白的親水性總平均值(GRAVY)為-0.371,預(yù)測該蛋白屬于親水性蛋白。 PsANS 蛋白不存在跨膜區(qū),無信號肽,為非分泌蛋白。 通過ProtComp Version 9.0 在線軟件預(yù)測PsANS 蛋白在植物細胞中可能定位在細胞質(zhì)。
圖3 PsANS 蛋白疏水/親水性預(yù)測
在線軟件ExPaSy-SOPMA 預(yù)測PsANS 蛋白的二級結(jié)構(gòu),結(jié)果(圖4)表明該蛋白二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋(h)占35.29%,β-折疊(t)占5.32%,無規(guī)則卷曲(c)占41.18%,延伸鏈(e)占18.21%。 利用SWISS-MODEL 以擬南芥ANS 蛋白為模板構(gòu)建PsANS 蛋白的三維結(jié)構(gòu)模型(圖5)。 以擬南芥蛋白數(shù)據(jù)庫為參考,通過STRING 預(yù)測PsANS 潛在的互作關(guān)系,結(jié)果(圖6)表明,ANS 蛋白主要與TT8(LDOX,無色花青素雙加氧酶)、TT4(CHS,查爾酮合成酶)、DFR(二氫黃酮醇-4-還原酶)、UF3GT(類黃酮3-O-葡萄糖基轉(zhuǎn)移酶)等存在互作關(guān)系。
圖4 PsANS 蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
圖5 PsANS 編碼蛋白三級結(jié)構(gòu)模型
圖6 ANS 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)模型預(yù)測
利用NCBI-CDD 對PsANS 蛋白的結(jié)構(gòu)域進行分析,顯示PsANS 為PLN03178(花青素合成酶)多域蛋白,有1 個保守結(jié)構(gòu)域,屬于2-酮戊二酸-Fe2+-雙加氧酶家族[2OG-Fe(Ⅱ)-Oxy,第216 ~311位];該保守結(jié)構(gòu)域含有與2-酮戊二酸特異性結(jié)合的精氨酸Arg(R293,302)和絲氨酸Ser(S240,270,283,289,304)位點7 個,與Fe2+結(jié)合具有雙加氧功能的組氨酸His(H236,238,247,274,292)和天冬氨酸Asp(D277)位點6個,這些位點在不同物種的ANS 序列中高度保守。通過與其他12 種植物的ANS 蛋白進行同源性多重比對發(fā)現(xiàn),ANS 氨基酸序列較為保守(圖7),PsANS 與同為薔薇科的歐洲李更近源(圖8)
圖7 PsANS 與其他已知ANS 蛋白的同源性比較
圖8 三華李與其他植物ANS 蛋白系統(tǒng)進化樹
植物次生代謝合成相關(guān)基因往往具有特異性的時空表達模式,即在代謝旺盛的組織中,相關(guān)基因的表達水平較高[10]。 由圖9 可見,PsANS在三華李的4 個不同組織中均有表達,其表達量在三華李果肉中最高,其余依次是果皮、葉、莖,各組織間存在顯著的表達差異。
圖9 PsANS 在三華李不同組織中的表達
利用熒光定量PCR 技術(shù)分析PsANS在三華李后熟過程中的表達變化,結(jié)果(圖10)顯示,對照組和乙烯處理組PsANS表達量在后熟過程中都增加,貯藏6 d 的表達量分別是0 d 的3.6 倍和6.2 倍。 與對照組相比,乙烯處理組PsANS表達顯著上調(diào)(P<0.05)。 貯藏4 d 時,乙烯處理組的PsANS達到表達高峰,是0 d 的8.9 倍。
三華李因富含花青素等抗氧化活性物質(zhì)深受廣大消費者喜愛和科研工作者關(guān)注[7]。 研究三華李果實花青素合成關(guān)鍵基因可為培育具有優(yōu)良外觀品質(zhì)的李子品種提供理論依據(jù)。 花青素合成酶(ANS)是花青素合成通路末端的酶,參與花青素的合成和累積,在果實著色及花色形成中具有重要作用[12]。
本研究首次從三華李果實中克隆獲得ANS基因,并將其命名為PsANS,該序列的編碼區(qū)長度為1 074 bp,可編碼一個由357 個氨基酸組成的蛋白質(zhì);與同屬薔薇科的蘋果梨[14]ANS基因長度一致。 本研究發(fā)現(xiàn)ANS 的氨基酸序列在不同植物中具有較高的保守性,都具有典型的2OG-Fe(Ⅱ)-Oxy 家族保守結(jié)構(gòu)域和花青素合成酶催化位點Arg、Ser、His、Asp。 PsANS 與其他植物ANS蛋白性質(zhì)相似,為無跨膜區(qū)、無信號肽的不穩(wěn)定親水性蛋白,是一種非分泌性蛋白[19]。 花青素主要貯藏于植物細胞的液泡中,但其合成主要在細胞質(zhì)的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)表面進行,需經(jīng)各種修飾后才被運至液泡等部位儲存[20],因此,包括ANS 在內(nèi)的一系列酶集中形成多酶復合體在細胞質(zhì)中催化花青素的合成[21]。 本研究預(yù)測發(fā)現(xiàn)PsANS 也定位于細胞質(zhì)中。
以往研究發(fā)現(xiàn)ANS基因表達具有明顯的組織特異性,在植物體的各個組織中均有表達,但表達量存在差異[12,22,23]。 本研究發(fā)現(xiàn),PsANS基因在三華李不同組織中均有表達,果肉中的表達量最高,莖中最低,暗示PsANS在三華李果肉花青素合成過程中扮演重要角色。 花青素含量是判斷三華李果實成熟度的顯著標志,在成熟過程中快速上升。 三華李是呼吸躍變型果實,后熟過程中果肉的花青素快速合成,而外源乙烯處理能促進果實快速軟化和轉(zhuǎn)紅。 以往研究表明外源乙烯對果實花青素合成有顯著影響,例如乙烯處理可上調(diào)桑椹ANS的表達并促進果實花青素合成[24];但紅梨和桃果實的花青素合成受乙烯處理顯著抑制[25,26]。 可見,乙烯對不同植物花青素合成的影響較為復雜。 本研究發(fā)現(xiàn),三華李果實后熟過程中PsANS表達呈上升趨勢,外源乙烯處理進一步促進其表達,表明PsANS響應(yīng)乙烯信號,在李果實后熟轉(zhuǎn)色過程中起重要作用。 但乙烯信號途徑和花青素合成途徑中轉(zhuǎn)錄因子間的作用機制還需進一步研究。
本研究首次克隆得到三華李果實花青素合成酶基因PsANS全長cDNA,該序列長度為1 074 bp,編碼357 個氨基酸。 PsANS 蛋白具有花青素合成酶的典型結(jié)構(gòu)特征,氨基酸序列與日本裸櫻和歐洲李的ANS 氨基酸序列相似度高;三華李花青素合成酶基因的表達存在組織器官差異性,果肉中表達量最高,莖中最低;三華李后熟轉(zhuǎn)色過程中PsANS表達呈上升趨勢,乙烯處理進一步上調(diào)了PsANS的表達,表明其對三華李果實發(fā)育和后熟過程中花青素的合成起著重要作用。