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        基于樣條偏最小二乘法的中藥量效關(guān)系研究

        2023-06-25 07:42:18李歡萬(wàn)珊聶斌
        現(xiàn)代信息科技 2023年7期
        關(guān)鍵詞:非線性

        李歡 萬(wàn)珊 聶斌

        摘? 要:中藥量效之間呈現(xiàn)多成分、多靶點(diǎn)的非線性關(guān)系,偏最小二乘回歸是一種線性回歸方法,不能充分表達(dá)中藥量效之間的非線性關(guān)系。基于此,文章建立基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型,該模型先對(duì)自變量進(jìn)行三次B樣條變化,再進(jìn)行偏最小二乘回歸建模。分別在6組UCI數(shù)據(jù)集、2組中藥數(shù)據(jù)上展開實(shí)驗(yàn),結(jié)果表明,基于樣條偏最小二乘回歸模型能夠很好地?cái)M合非線性數(shù)據(jù),并且對(duì)中藥量效關(guān)系研究可行有效。

        關(guān)鍵詞:量效關(guān)系;非線性;中醫(yī)藥信息學(xué);偏最小二乘;樣條函數(shù)

        中圖分類號(hào):TP391? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A? 文章編號(hào):2096-4706(2023)07-0131-04

        Abstract: There is a nonlinear relationship between the dosage and effect of Traditional Chinese Medicine (TCM) with multi components and multi targets, and Partial Least Squares Regression (PLSR) is a linear regression that does not adequately express the nonlinear relationship between dosage and effect of TCM. Based on this, this paper establishes a dose-effect relationship model for TCM based on spline partial least squares. The model firstly performs three B-spline changes on the independent variables, and then conducts PLSR modeling. Experiments are carried out on 6 sets of UCI datasets and 2 sets of TCM datasets. The results show that the spline PLSR model can fit the nonlinear data well, and it is feasible and effective for the study of the dose-effect relationship of TCM.

        Keywords: dose-effect relationship; nonlinear; Chinese Medicine Informatics; PLSR; spline function

        0? 引? 言

        中藥量效關(guān)系[1]是指藥物的劑量在一定范圍內(nèi)變化時(shí),藥物對(duì)機(jī)體產(chǎn)生的效應(yīng)也會(huì)隨之變化,量效關(guān)系是保障臨床用藥安全的關(guān)鍵。中藥成分的復(fù)雜性決定了中藥作用于機(jī)體具有多成分、多靶點(diǎn)、多藥效指標(biāo)的特點(diǎn),進(jìn)而決定了中藥量效呈現(xiàn)出多自變量與多因變量的非線性關(guān)系。目前,研究中藥量效關(guān)系主要從臨床病癥[2,3]、效應(yīng)物質(zhì)[4,5]、數(shù)據(jù)挖掘[6,7]等角度。其中,臨床病癥存在周期長(zhǎng)、倫理學(xué)審核嚴(yán)格的問(wèn)題;效應(yīng)物質(zhì)局限于基礎(chǔ)研究;常用于數(shù)據(jù)挖掘的方法只適用于足量樣本量的數(shù)據(jù),難以適應(yīng)中藥數(shù)據(jù)的自變量多樣本少,且存在多重共線性的分析。

        偏最小二乘回歸法[8]是集主成分分析、典型相關(guān)分析和多元線性回歸于一體的多元線性統(tǒng)計(jì)分析方法,PLSR適用于具有自變量多、樣本量少,且存在多重共線性特點(diǎn)的數(shù)據(jù),但其外部提取成分和內(nèi)部回歸都是采用線性的方法,無(wú)法滿足中藥量效之間的非線性關(guān)系。朱志鵬等[9]運(yùn)用稀疏自編碼器提取主成分,使PLSR取得了非線性效果,并用于擬合中藥量效之間的非線性關(guān)系,但模型可解釋性不強(qiáng);曾青霞等[10]將隨機(jī)森林嵌入到PLSR中,并應(yīng)用于中藥量效關(guān)系分析,但隨機(jī)森林是一種集成算法,需要一定的存儲(chǔ)空間。

        樣條偏最小二乘回歸方法[11]能夠適應(yīng)數(shù)據(jù)間的非線性關(guān)系,模型簡(jiǎn)單易理解。因此,本文建立SPLSR的中藥量效關(guān)系模型,該模型既適用于自變量多、樣本量少的中藥數(shù)據(jù),又能解決自變量間的多重共線性,并且能夠很好地?cái)M合中藥量效之間的非線性關(guān)系。

        1? 樣條偏最小二乘回歸模型

        1.1? 樣條函數(shù)

        樣條函數(shù)[11-13]采用光滑對(duì)接的分段多項(xiàng)式,是一種按需裁剪、適應(yīng)任何連續(xù)變化的擬合方法。函數(shù)思想為:已知函數(shù)點(diǎn)[xi, yi] (i=0,1,…,n),在x的取值區(qū)間[a,b]內(nèi)插入(M-1)分點(diǎn),使其得到一個(gè)分劃π:a=ζ0<ζ1<…ζM-1<ζM=b,若函數(shù)s(x)滿足以下兩個(gè)條件:

        2? 實(shí)驗(yàn)分析

        2.1? 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)說(shuō)明

        首先,為了驗(yàn)證樣條偏最小二乘模型能夠很好地?cái)M合非線性數(shù)據(jù),本文運(yùn)用6組非線性的UCI數(shù)據(jù)集[14]進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。其次,為了進(jìn)一步驗(yàn)證基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型能夠解決自變量間的多重共線性,并且能夠很好地?cái)M合中藥量效之間的非線性關(guān)系,本文采用現(xiàn)代中藥制劑教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的麻杏石甘湯止咳和大承氣湯2組方藥的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。如表1所示,分別介紹了上述6組UCI數(shù)據(jù)和2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的自變量數(shù)、因變量數(shù)、樣本數(shù)和數(shù)據(jù)名稱的縮寫形式。

        將上述8組數(shù)據(jù)集在實(shí)驗(yàn)環(huán)境為win 10操作系統(tǒng)(64位)、Intel(R)Core(TM)i5-3470 CPU、8 GB的RAM以及Spyder開發(fā)平臺(tái)上展開實(shí)驗(yàn),測(cè)定系數(shù)R2為模型評(píng)價(jià)指標(biāo),R2越接近于1代表模型的擬合效果越好。將樣條偏最小二乘模型與偏最小二乘模型進(jìn)行比較,驗(yàn)證樣條偏最小二乘的有效性。R2的計(jì)算公式如下,式中n為數(shù)據(jù)集的樣本總數(shù):

        2.2? 非線性擬合結(jié)果分析

        將上述6組UCI數(shù)據(jù)集,按照7:3的比例劃分訓(xùn)練集和測(cè)試集,在訓(xùn)練集上,分別建立偏最小二乘模型和樣條偏最小二乘模型,調(diào)整參數(shù)使模型達(dá)到最優(yōu)。將建立好的模型,在測(cè)試集上進(jìn)行測(cè)試,得到R2值。如表2所示,為上述2種模型在6組UCI數(shù)據(jù)集上確定提取成分的個(gè)數(shù),如表3所示,為上述2種模型在6組UCI數(shù)據(jù)集上,得到測(cè)試集的R2值,為了更加直觀的比較實(shí)驗(yàn)結(jié)果,將表3的數(shù)據(jù)繪制對(duì)應(yīng)的折線圖,如圖1所示。

        圖1中,橫坐標(biāo)代表6組UCI數(shù)據(jù)集,縱坐標(biāo)代表模型的R2值。從圖1中可明顯看出,在6組數(shù)據(jù)集上,樣條偏最小二乘模型的圖形在偏最小二乘的上方,代表樣條偏最小二乘模型的R2值最接近于1。結(jié)合圖1和表3可看出,在WR數(shù)據(jù)集上,2種模型的R2值都較低,原因是WR數(shù)據(jù)更適合分類任務(wù)。在ccpp數(shù)據(jù)集上,樣條偏最小二乘模型的R2值達(dá)到了0.996 2。綜上所述,樣條偏最小二乘回歸模型擬合非線性數(shù)據(jù)的效果好于偏最小二乘回歸模型。

        2.3? 中藥量效關(guān)系擬合結(jié)果分析

        為了驗(yàn)證基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型能夠解決自變量間的多重共線性,以及能夠很好地?cái)M合中藥量效之間的非線性關(guān)系,本文在MXSGTZK和DCQT這2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)上展開實(shí)驗(yàn)。MXSGTZK數(shù)據(jù)集中自變量為麻黃堿、偽麻黃堿、甲基麻黃堿、苦杏仁苷、野黑櫻苷的含量,因變量為一天的咳嗽次數(shù),通過(guò)建立基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型,分析MXSGTZK中每味中藥的含量與一天咳嗽次數(shù)的關(guān)系。DCQT數(shù)據(jù)集中自變量為大黃、厚樸、枳實(shí)、芒硝的含量,因變量為機(jī)體中d-乳酸、SOD、丙二醛、內(nèi)毒素、小腸的周長(zhǎng)、胃動(dòng)素血流量的值,通過(guò)建立基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型,分析DCQT中每味中藥的含量與藥效之間的關(guān)系。

        將MXSGTZK和DCQT2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),按照7:3的比例劃分訓(xùn)練集和測(cè)試集,分別建立基于偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型和基于樣條偏最小二乘的中藥量效關(guān)系模型,調(diào)整參數(shù)使模型達(dá)到最優(yōu),將建立好的上述2種模型,在測(cè)試集上進(jìn)行測(cè)試,得到R2值。如表4所示,為上述2種模型在2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集上提取成分的個(gè)數(shù)。如表5所示,為上述2種模型在2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集上,測(cè)試集的R2值,為了更加直觀地比較實(shí)驗(yàn)結(jié)果,將表5的數(shù)據(jù)繪制對(duì)應(yīng)的折線圖,如圖2所示。

        圖2中,橫坐標(biāo)為兩種中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集MXSGTZK和DCQT,縱坐標(biāo)為R2值。從圖2中可看出,在2組數(shù)據(jù)集上,樣條偏最小二乘回歸模型比偏最小二乘回歸模型更接近于1。從表5中可得出,在MXSGTZK數(shù)據(jù)集上,樣條偏最小二乘回歸模型的R2值為0.947 5,偏最小二乘回歸模型的R2值只有0.688 9;在DCQT數(shù)據(jù)集上,樣條偏最小二乘回歸模型的R2值為0.985 2,非常接近于1,偏最小二乘回歸模型的R2值為0.924 7。綜上所述,基于樣條偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型能夠很好地?cái)M合中藥量效之間的非線性關(guān)系。

        3? 結(jié)? 論

        本文提出的基于樣條偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型,能夠充分表達(dá)中藥量效之間的非線性關(guān)系。實(shí)驗(yàn)中,首先采用6組UCI數(shù)據(jù)集構(gòu)建偏最小二乘回歸模型和樣條偏最小二乘回歸模型,比較上述2種模型的R2值,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,樣條偏最小二乘回歸模型能夠更加有效地?cái)M合非線性數(shù)據(jù)。其次,使用來(lái)自現(xiàn)代中藥制劑教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的2組中藥實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),分別建立基于偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型和基于樣條偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型,結(jié)果表明,基于樣條偏最小二乘回歸的中藥量效關(guān)系模型能夠有效地?cái)M合中藥量效之間的關(guān)系。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中發(fā)現(xiàn),首先,由于樣條函數(shù)采用分段擬合,模型容易過(guò)擬合,在訓(xùn)練過(guò)程中要注意。其次,模型的擬合效果和提取成分的個(gè)數(shù)有一定的關(guān)系,因此,在使用偏最小二乘回歸方法研究中藥量效關(guān)系時(shí),要注意提取的成分盡可能攜帶自變量的信息,且與因變量的相關(guān)性較大,模型的擬合效果才會(huì)更優(yōu)。

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        作者簡(jiǎn)介:李歡(1995.11—),女,漢族,江西萍鄉(xiāng)人,助教,碩士研究生,研究方向:中醫(yī)藥信息學(xué);萬(wàn)珊(1985.08—),女,漢族,江西南昌人,講師,碩士研究生,研究方向:大學(xué)生思想政治教育;聶斌(1972.10—),男,漢族,江西吉安人,教授,博士在讀,研究方向:數(shù)據(jù)挖掘、機(jī)器學(xué)習(xí)、人工智能、中醫(yī)藥信息學(xué)。

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