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        當歸治療乳腺癌網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機制研究

        2023-04-12 00:00:00曾慶濤吳紅彥王斌許苗張倫廣
        甘肅科技 2023年3期

        摘 要:運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討當歸治療乳腺癌的作用機制。運用中藥藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(TCMSP)設(shè)定藥物口服利用度(OB)≥30%、類藥性(DL)≥0.18,篩選出當歸125種活性成分,通過GeneCards、OMIM 等數(shù)據(jù)庫查尋乳腺癌基因。使用Cytoscape軟件構(gòu)建當歸治療乳腺癌的“成分-靶標-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖,將關(guān)鍵核心靶點導(dǎo)入STRING庫,繪制蛋白質(zhì)互作(PP2)網(wǎng)絡(luò)圖,對PPI可視化分析。對核心靶點進行GO、KEGG分析,探究當歸治療乳腺癌的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機制。篩選出當歸主要有效活性成分2個,作用于40個靶標,GO功能富集提示的生物學(xué)過程及功能集中在G蛋白偶聯(lián)胺受體活性(9個蛋白)、突觸后神經(jīng)遞質(zhì)受體活性(7個蛋白)、神經(jīng)遞質(zhì)受體活性(7個蛋白)、被動跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性(7個蛋白)等。KEGG分析揭示當歸治療本病主要以Ca信號、p53信號、Estrogen信號等通路為主。通過本次研究可探討當歸治療乳腺癌的機制,為新藥等研發(fā)提供依據(jù)。

        關(guān)鍵詞:當歸;乳腺癌;網(wǎng)絡(luò)藥理;有效成分;靶點

        中圖分類號:R258

        全球乳腺癌(HCC)是婦科疾病中最常見、最多發(fā)的惡性腫瘤之一[1],目前根據(jù)美國癌癥協(xié)會2019年相關(guān)統(tǒng)計,美國女性乳腺癌的新發(fā)病例在其他癌癥類型中位居首位[2]。生活節(jié)奏的加快、生活方式的改變,以及生活壓力的增大,導(dǎo)致中國乳腺癌的發(fā)病率逐年呈增高態(tài)勢[3]。隨著臨床上針對乳腺癌手術(shù)、化療、內(nèi)分泌等多種診療模式的高速發(fā)展,該病死亡率已逐年遞減,但2020年全球范圍女性因乳腺癌死亡的病人大約有69萬人[4]。現(xiàn)代醫(yī)家將“乳石癰”“乳巖”“奶巖”等中醫(yī)病名歸乳腺癌范疇內(nèi),其病位涉及的臟腑主要為肝、脾、腎。乳腺癌的主要病機是氣滯血瘀痰凝,機體的氣血運行不暢,氣血瘀滯最終形成“瘤”[5-6]。尋找高效低毒的藥物是科研人員亟須解決的熱點問題。

        當歸首載《神農(nóng)本草經(jīng)》,是傘形科屬植物當歸 Angelica sinensis(Oliv.)Diel 的干燥根[7],主產(chǎn)甘肅。秋末采挖,采挖后去除泥沙和根須,捆成小把,用煙火緩緩熏干,切成片,生用或酒炙。藥性:甘、辛、溫。歸肝、心、脾經(jīng)。補血活血,調(diào)經(jīng)止痛,潤腸通便?,F(xiàn)代研究發(fā)現(xiàn),多糖為當歸的主要有效成分,主要包括阿拉伯糖、半乳糖、葡萄糖等糖類,當歸多糖可抑制腫瘤生長,增加機體巨噬細胞的數(shù)目、增強機體的吞噬功能[8]。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是現(xiàn)代新發(fā)展起來專門研究中藥藥理的熱門領(lǐng)域,整合了現(xiàn)代系統(tǒng)生物學(xué)和中藥藥理學(xué),以促進中藥以發(fā)現(xiàn)、開發(fā)和治療疾病機制的研究[9]?;谠撗芯靠煞从持兴幓衔锱c疾病靶點之間的相互作用[10],如治療疾病機制闡釋,中藥藥理作用的預(yù)測和潛在成分的篩選等[11]。該研究將中藥中各化合物與疾病的相互作用網(wǎng)絡(luò)集合生成網(wǎng)絡(luò)圖[12],促使我們更直觀地發(fā)現(xiàn)中藥和疾病之間的相互作用,也促使我們從宏觀的角度理解中藥,為研究中藥復(fù)雜的作用機制提供了新思路和新方法[13]。因此,本研究對當歸的有效化學(xué)成分進行分析,更科學(xué)、更深層次的闡釋了當歸治療乳腺癌的作用機制,為進一步探索當歸治療乳腺癌的作用機制奠定基礎(chǔ)[14]。

        1 資料與方法

        1.1 當歸活性成分篩選

        運用中藥藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(TCMSP)[15](http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),以“當歸”為關(guān)鍵檢索詞,檢索到當歸全部有效活性化學(xué)成分,依據(jù)藥物口服利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)值≥0.18[16],進一步篩選出當歸中DL和OB較好的優(yōu)效化合物。

        1.2 當歸成分獲取與收集

        將得到的“當歸”主要活性成分,導(dǎo)入Perl軟件校正,校正當歸靶點的名稱,構(gòu)建主要有效活性成分的靶點庫。

        1.3 乳腺癌靶點構(gòu)建

        通過在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫OMIM(http:/ /www.omim.org/)[17],GeneCards (https://www.genecards.org/)[18]查找該疾病的靶點,將收集好的靶點整理,使用R語言進行分析,先將Venny包導(dǎo)入R語言中,將藥物主要有效活性成分與乳腺癌疾病靶點取交集,獲得當歸治療乳腺癌的核心靶點,并繪制韋恩圖。

        1.4 藥物-靶點-疾病網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建

        將藥物靶點、成分、疾病基因等導(dǎo)入Cytoscape 3.7.1 軟件(http://www.cytoscape.org)[19]中,構(gòu)建出“藥物-靶點-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖。該圖揭示了藥物-靶點-疾病之間的關(guān)聯(lián)及相互作用,可進一步探討當歸治療乳腺癌的機制。

        1.5 構(gòu)建蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)圖

        將當歸治療乳腺癌的核心靶點導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫[20](https://string-db.org),繪制分析蛋白質(zhì)之間的作用。將篩選蛋白質(zhì)的條件設(shè)置“MultipleProteins”“物種”設(shè)定為人類(Homo Sapiens),將當歸治療乳腺癌的核心靶點導(dǎo)入STRING系統(tǒng),設(shè)定分值>0.9,并隱藏游離蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相關(guān)作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)圖之外的點蛋白,得到PPI網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.6 生物功能注釋(GO)及通路分析(KEGG)

        將得到的核心靶點運用R語言進行GO注釋和KEGG進行富集分析,得到的結(jié)果進行可視化處理。 P<0.05為篩選條件,分析生物學(xué)過程與篩選通路,繪制成氣泡圖并進行可視化處理。

        2 結(jié)果

        2.1 當歸活性成分篩選

        通過TCMSP檢索到當歸全部有效有化學(xué)成分125個,依據(jù)OB≥30%和 DL≥0.18進行篩選,得到主要潛在的有效活性化學(xué)成分2個,見表 1。

        2.2 當歸治療乳腺癌潛在靶點

        當歸主要潛在的有效活性成分2個,利用GeneCards 和OMIM 收集乳腺癌基因靶點,合并剔除重復(fù)的靶點。運用R語言安裝“VennDiagram”程序包,將當歸和疾病關(guān)鍵靶點取交集,得到當歸治療乳腺癌的核心靶點,并繪制韋恩圖(圖 1)。獲得關(guān)鍵核心靶點共用40個。

        2.3 當歸治療乳腺癌網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建

        將當歸的化學(xué)成分、靶點,疾病基因等導(dǎo)入到Cytoscape軟件中,繪制藥物-靶點-疾病網(wǎng)絡(luò)圖(圖2),不同的節(jié)點代表不同的意義。

        2.4 關(guān)鍵靶點PPI網(wǎng)絡(luò)圖

        將當歸治療乳腺癌的共同核心靶點上傳到在線STRING 蛋白庫中,評分值設(shè)置為>0.9,將PPI游離的單個蛋白予以隱藏,得到PPI 網(wǎng)絡(luò)圖(圖 3)。該PPI圖中蛋白節(jié)點有40個,邊數(shù)為117條,蛋白平均度值為5.85。蛋白邊數(shù)越多,揭示該節(jié)點對應(yīng)的相關(guān)靶點的地位作用越顯著。通過R語言得到關(guān)鍵靶點的條形圖(圖4)。結(jié)果揭示ADRA2A、ADRA1B、CASP3、JUN、MAOA等蛋白的度值較其他蛋白高,揭示了這些蛋白在疾病中的作用越顯著,也是和其他蛋白互通的紐帶。

        2.5 生物功能及通路分析

        在R語言中安裝“clusterProfiler”生物程序包,利用該包Bioconductor 的 GO 注釋信息和 KEGG 庫進行富集分析。GO 揭示當歸治療乳腺癌形成的關(guān)鍵靶點,富集顯著的前10個生物學(xué)功能主要為G蛋白偶聯(lián)胺受體活性(9個蛋白)、突觸后神經(jīng)遞質(zhì)受體活性(7個蛋白)、神經(jīng)遞質(zhì)受體活性(7個蛋白)、被動跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性(7個蛋白)、蛋白質(zhì)異二聚活性(6個蛋白)、金屬離子跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性(6個蛋白)、G蛋白偶聯(lián)神經(jīng)遞質(zhì)受體活性(5個蛋白)、乙酰膽堿受體活性(5個蛋白)、泛素蛋白連接酶結(jié)合(5個蛋白)、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合(5個蛋白)。表明當歸主要潛在有效成分可以通過調(diào)控多種生物學(xué)途徑而發(fā)揮治療乳腺癌的作用(圖5)。

        通過KEGG富集分析,按照P值<0.01篩選出3條通路。結(jié)果表明,基因顯著富集在鈣信號通路(8個基因靶點)、p53信號通路(5個基因靶點)、Estrogen信號通路(6個基因靶點),如圖6所示。

        3 討論

        當歸主要活性成分中β-谷甾醇可通過抑制PI3K/Akt 通路,逆轉(zhuǎn)上皮-間質(zhì)之間的轉(zhuǎn)化,同時誘導(dǎo)乳腺癌細胞的凋亡而抑制其轉(zhuǎn)移[21]。

        研究發(fā)現(xiàn)RNA結(jié)合域ADAR1對暴露于8-Cl-Ado的乳腺癌細胞細胞生長抑制至關(guān)重要。8-Cl-Ado共同抑制細胞增殖,至少通過靶向ADAR1/p53/p21信號通路誘導(dǎo)G1期阻滯和凋亡[22]。研究揭示了Met-和p53介導(dǎo)的信號通路之間的串擾,這些信號通路在基因調(diào)控中起著重要作用,具有管腔祖細胞功能。特別是,它表明p53的缺失既不是單獨的,也不是與Met信號結(jié)合的激活導(dǎo)致管腔祖細胞中早期可檢測到的細胞命運改變??梢韵胂?,還需要其他活動為管腔源性TNBC賦予基礎(chǔ)特異性特征。這是第一項在乳腺癌外顯體中發(fā)現(xiàn)核因子MTA1的研究,證明了MTA1通過外顯體轉(zhuǎn)移,并表征外顯子MTA1如何影響癌癥信號通路。這項工作表明,外顯子介導(dǎo)的MTA1是乳腺癌的重要驅(qū)動力靶向外顯子MTA1信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的進展和機制或活動是乳腺癌潛在的治療策略[23]。在乳腺癌患者中對hnRNPK進行免疫定位,這表明hnRNPKERα陽性癌細胞的免疫反應(yīng)性顯著較高,而ERα陽性癌細胞的免疫反應(yīng)性顯著較低,Ki67陽性或增殖性癌細胞。這些結(jié)果表明hnRNPK直接相互作用與ERα結(jié)合,參與乳腺癌ER介導(dǎo)的信號通路。此外,hnRNPK表達可能是ERα陽性患者內(nèi)分泌治療的另一個靶點乳腺癌[24]。

        總之,乳腺癌的病因多樣、發(fā)病機制未闡明、病情變化迅速、病程進展快、治療療效不佳,目前仍是全球性難題。西醫(yī)主要以手術(shù)、放化療等治療為主,仍存在一定的局限性,當歸以“多成分、多靶點、多通路”的特點在乳腺癌防治方面呈現(xiàn)出獨特優(yōu)勢。本次研究分析當歸對治療乳腺癌的有效主要活性成分、關(guān)鍵核心靶點和主要通路,得到了治療乳腺癌的關(guān)鍵核心靶點、生物分子及通路,一方面從微觀方面佐證了當歸治療乳腺癌的作用機制;另一方面本次研究的結(jié)果可指導(dǎo)研究者開展實驗研究驗證,為更深層次的闡明當歸治療乳腺癌作用機制奠定了一定的基礎(chǔ)。

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        △通信作者:吳紅彥,主任醫(yī)師,從事中醫(yī)老年病學(xué)研究,E-mail:wu.hy@163.com。

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