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        計(jì)算機(jī)模擬法探討沒(méi)藥治療骨肉瘤的作用機(jī)制

        2023-02-28 16:10:52楊燕妮勾偉穎段辛威李西海陳友琴馬德尊葉錦霞付長(zhǎng)龍鄭春松
        福建中醫(yī)藥 2023年1期
        關(guān)鍵詞:靶點(diǎn)通路化學(xué)

        楊燕妮,勾偉穎,段辛威,李西海,陳友琴,馬德尊,葉錦霞,付長(zhǎng)龍,鄭春松*

        (1.福建中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院,福建 福州 350122;2.福建中醫(yī)藥大學(xué)中西醫(yī)結(jié)合研究院,福建 福州 350122;3.福建中醫(yī)藥大學(xué)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)院,福建 福州 350122;4.美國(guó)凱斯西儲(chǔ)大學(xué)醫(yī)學(xué)院,美國(guó) 俄亥俄州 44106;5.福建省中西醫(yī)結(jié)合老年性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,福建 福州 350122)

        骨肉瘤(osteosarcoma,OS)是一種高發(fā)于青少年的常見(jiàn)原發(fā)性惡性骨腫瘤,具有發(fā)病率高、惡性度大、轉(zhuǎn)移較早的特點(diǎn)[1]。目前西醫(yī)治療多采用手術(shù)治療,輔以化療等,但即使采用較強(qiáng)殺傷力的術(shù)前化療方案,仍有20%~30%的患者療效欠佳,表現(xiàn)為復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移和最終死亡。而且,在治療過(guò)程中發(fā)現(xiàn)化療藥物對(duì)血液系統(tǒng)、胃腸道、肝臟、心臟、神經(jīng)系統(tǒng)及泌尿系統(tǒng)等方面具有毒副作用[2]。因此,尋找安全、高效的藥物來(lái)治療OS 是急需解決的問(wèn)題。

        近年來(lái),中醫(yī)藥在治療OS 上發(fā)揮越來(lái)越重要的作用,有學(xué)者查閱了1979 年1 月—2014 年12 月中醫(yī)診療OS 的文獻(xiàn),總結(jié)其用藥規(guī)律,發(fā)現(xiàn)沒(méi)藥是OS 臨床中使用頻次高的活血化瘀中藥[3]?,F(xiàn)代藥理研究表明,沒(méi)藥中天竺葵素(pelargonidin)、鞣花酸(ellagic acid)和槲皮素(quercetin)等化合物具有抑制OS 細(xì)胞增殖的作用,提示沒(méi)藥及其活性成分在治療OS 方面有一定的開(kāi)發(fā)價(jià)值[4-6]。但是,沒(méi)藥治療OS 的具體作用機(jī)制未見(jiàn)相關(guān)報(bào)道。因此,本研究基于化學(xué)空間、相似度分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)及分子對(duì)接的計(jì)算機(jī)模擬策略[7-8],探討沒(méi)藥治療OS 多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的整體調(diào)節(jié)作用機(jī)制,并將篩選出來(lái)的核心靶基因與對(duì)應(yīng)的沒(méi)藥活性成分進(jìn)行對(duì)接,以初步驗(yàn)證沒(méi)藥治療OS 的主要成分和靶點(diǎn),進(jìn)而為其治療OS 的后續(xù)實(shí)驗(yàn)提供方向,有助于沒(méi)藥的進(jìn)一步開(kāi)發(fā)和應(yīng)用。

        1 方 法

        1.1 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集建立 利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及分析平臺(tái)(TCMSP,https://tcmsp-e.com/)檢索沒(méi)藥的化學(xué)成分[9],以口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、類藥性(drug likeness,DL)≥0.18 為閾值[7],篩選出其潛在活性成分。從中國(guó)知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索具有抗OS作用的化合物,在Discovery Studio 2.0(簡(jiǎn)稱DS 2.0)模擬平臺(tái)[10],轉(zhuǎn)化成三維分子結(jié)構(gòu),用MMFF 力場(chǎng)優(yōu)化,分別建立沒(méi)藥潛在活性成分及已報(bào)道活性化合物的數(shù)據(jù)集sd 文件。

        1.2 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集化學(xué)空間構(gòu)建與分析 在DS QSAR 模塊下,選擇分子量、氫鍵受體數(shù)目、氫鍵給體數(shù)目、脂水分配系數(shù)和可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目等84 個(gè)分子描述符參數(shù),分別構(gòu)建沒(méi)藥和已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集化合物的多維化學(xué)空間[11-12];利用主成分分析技術(shù)[13],降維到三維化學(xué)空間上。若兩數(shù)據(jù)集中的化合物在化學(xué)空間上距離越近,代表具有相似作用的可能性越大[14],由此揭示沒(méi)藥治療OS 的可能性。

        1.3 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集的相似分子搜索 在DS Library Analysis 模塊下,選擇“Find Similar Molecular by Fingerprints”,以已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集為Reference Ligands,以沒(méi)藥潛在活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集為Input Ligands,其余參數(shù)為缺省值。運(yùn)行此Protocol,獲得沒(méi)藥中與已報(bào)道活性成分結(jié)構(gòu)特征相似的分子,以進(jìn)一步確定沒(méi)藥治療OS 的作用。

        1.4 沒(méi)藥活性成分相關(guān)靶點(diǎn)與OS 疾病靶點(diǎn)收集 通過(guò)TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)獲取沒(méi)藥活性成分對(duì)應(yīng)的潛在靶點(diǎn),利用DAVID 數(shù)據(jù)庫(kù)的基因名稱轉(zhuǎn)換工具,將蛋白靶點(diǎn)轉(zhuǎn)換為基因名,得到?jīng)]藥活性成分相關(guān)靶點(diǎn)基因。在GEO DataSets(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出同時(shí)含有OS 與正常骨組織樣本的基因芯片為GSE36004、GSE36001、GSE33383、GSE33382 和GSE14359,利用Log2 算法對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行整理,篩選出每個(gè)芯片中差異表達(dá)基因,同時(shí)在OMIM(https://www.omim.org/)、PharmGkb(https://www.pharmgkb.org/)、DrugBank(https://go.drugbank.com/)和GeneCards(https://www.genecards.org/)數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取OS 疾病相關(guān)靶點(diǎn),將上述數(shù)據(jù)庫(kù)中的差異基因取并集,刪除重復(fù)基因[15],作為OS 疾病基因集。

        1.5 沒(méi)藥活性成分-OS 靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將沒(méi)藥活性成分的潛在靶基因與OS 疾病基因取交集,獲得共同靶點(diǎn),將共同靶點(diǎn)及其對(duì)應(yīng)的沒(méi)藥活性成分導(dǎo)入Cytoscape 3.8.1 軟件[16],構(gòu)建沒(méi)藥活性成分-OS 靶點(diǎn)作用的網(wǎng)絡(luò)。

        1.6 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心靶點(diǎn)篩選 將“1.5”項(xiàng)下得到的交集基因?qū)隨TRING 11.5 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://cn.string-db.org/cgi/input)中,物種設(shè)置為“Homo sapiens”,選打分值高于0.9 的蛋白并除去網(wǎng)絡(luò)中與其他靶點(diǎn)斷開(kāi)連接的節(jié)點(diǎn),建立蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò),在Cytoscape 3.8.1 軟件中對(duì)PPI 網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析[17],獲得各節(jié)點(diǎn)介數(shù)中心性(betweenness centrality,BC)、接近中心性(closenness centrality,CC)、度中心(degree centrality,DC)、特征向量中心(eigenvector centrality,EC)、局部邊聯(lián)通性(local average centrality,LAC)和網(wǎng)絡(luò)中心性(network centrality,NC)數(shù)值,以各拓?fù)鋵W(xué)參數(shù)值均大于對(duì)應(yīng)中位數(shù)值作為篩選條件[18],得到核心靶基因。

        1.7 GO 和KEGG 富集分析 利用基于R 語(yǔ)言、面向基因組信息分析的Bioconductor 軟件合集[19],對(duì)交集基因進(jìn)行基因本體論(gene ontology,GO)和京都基因和基因組百科全書(shū)(Kyoto encyclopedia of genes genomes,KEGG)富集分析,設(shè)定閾值P<0.05,探索沒(méi)藥中各化合物作用潛在靶點(diǎn)的生物學(xué)功能及可能參與的代謝通路。

        1.8 核心靶點(diǎn)的分子對(duì)接驗(yàn)證 選擇“1.6”項(xiàng)下核心靶基因及其對(duì)應(yīng)的活性成分進(jìn)行分子對(duì)接[20],即在PubChem 數(shù)據(jù)庫(kù)中查找沒(méi)藥活性成分的2D 化學(xué)結(jié)構(gòu),用ChemOffice 軟件轉(zhuǎn)化為3D 結(jié)構(gòu)并進(jìn)行能量最小化優(yōu)化,保存為MOL2 格式。使用PBD 網(wǎng)站(https://www.rcsb.org/)下載靶蛋白的3D 結(jié)構(gòu),保存為pbd 格式,導(dǎo)入PyMol 2.4.1 軟件中,刪除水分子以及原配體,然后導(dǎo)入AutoDockTools 1.5.6 軟件,對(duì)靶蛋白與藥物小分子進(jìn)行處理并轉(zhuǎn)換為pdbqt 格式,并設(shè)置活性口袋(Grid Box)大小,運(yùn)用Vina 進(jìn)行分子對(duì)接,獲取沒(méi)藥活性成分與靶蛋白的對(duì)接結(jié)果,用PyMol 軟件打開(kāi)查看對(duì)接圖片結(jié)果,繪制結(jié)合模式圖。

        2 結(jié) 果

        2.1 沒(méi)藥潛在活性成分篩選 根據(jù)篩選條件OB≥30%和DL≥0.18,從TCMSP 平臺(tái)中篩選出沒(méi)藥有45 個(gè)潛在活性成分,其中有槲皮素、豆甾醇、鞣花酸等,見(jiàn)表1。

        表 1 沒(méi)藥活性成分及其參數(shù)值

        2.2 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集的化學(xué)空間和相似度分析 沒(méi)藥潛在活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集在化學(xué)空間上具有較好的分散性,與已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集有相同或相近的化學(xué)空間,見(jiàn)圖1。兩者在分子量、氫鍵受體、氫鍵給體、脂水分配系數(shù)、環(huán)數(shù)目和可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)方面,具有很大部分的重疊,見(jiàn)表2。

        2.3 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集的相似分子搜索 以已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集為參照配體,以Tanimoto相似系數(shù)為評(píng)價(jià)指標(biāo),從沒(méi)藥潛在活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集篩選出相似的分子MOL000098、MOL001001、MOL001126、MOL000358和MOL000449,相似度值分別為1、0.733、0.544、0.472 和0.466。

        2.4 沒(méi)藥活性成分-靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)中收集到?jīng)]藥潛在活性成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)基因共393 個(gè);在OMIM、PharmGkb、DrugBank、GEO 和GeneCards 數(shù)據(jù)庫(kù)中共得到5 114 個(gè)OS 疾病差異表達(dá)基因。取交集,得到共同靶點(diǎn)129個(gè),在TCMSP中對(duì)應(yīng)的沒(méi)藥潛在活性成分32 個(gè),在Cyotoscape 3.8.1軟件中構(gòu)建沒(méi)藥活性成分-靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò),結(jié)果顯示,網(wǎng)絡(luò)中有161 個(gè)節(jié)點(diǎn),283 條邊;且有3 個(gè)化合物只作用1 個(gè)靶點(diǎn),有8 個(gè)作用2 個(gè)靶點(diǎn),有21 個(gè)作用3 個(gè)及以上靶點(diǎn),見(jiàn)圖2。

        圖1 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集的化學(xué)空間圖

        表2 沒(méi)藥潛在及已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集的描述符值

        圖2 沒(méi)藥活性成分-交集靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        2.5 沒(méi)藥治療OS 的PPI 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及其核心靶點(diǎn)篩選 把129 個(gè)交集基因?qū)隨TRING 數(shù)據(jù)庫(kù)中,得到?jīng)]藥治療OS 的PPI 網(wǎng)絡(luò),結(jié)果顯示,網(wǎng)絡(luò)中有116 個(gè)節(jié)點(diǎn),449 條邊,見(jiàn)圖3。在Cyotoscape 3.8.1軟件中對(duì)119 個(gè)基因進(jìn)行2 次網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)篩選,得到?jīng)]藥治療OS 的8 個(gè)潛在核心基因,分別為Akt 絲氨酸/蘇氨酸激酶(Akt serine/threonine kinase 1,Akt1)、絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、FOS 原癌基因(fos proto-oncogene,F(xiàn)OS)、熱 休 克蛋 白90 α 家 族A 類 成員1(heat shock protein 90 alpha family class A member 1,HSP90AA1)、JUN 原 癌 基 因(Jun proto-oncogene,JUN)、雌激素受體相關(guān)受體1(estrogen receptor 1,ESR1)、RELA 原癌基因(RELA proto-oncogene,RELA)和MYC 原癌基因(MYC proto-oncogene,MYC),結(jié)果見(jiàn)圖4。

        圖3 沒(méi)藥治療骨肉瘤的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖

        2.6 GO 和KEGG 富集分析

        2.6.1 GO 功能富集分析 對(duì)129 個(gè)交集基因進(jìn)行GO 富集分析,共有2 174 條結(jié)果,其中BP 共有1 987 條結(jié)果,主要集中在對(duì)藥物的應(yīng)答(response to drug)、輻射的應(yīng)答(response to radiation)、化學(xué)應(yīng)激(cellular response to chemical stress)、脂多糖的應(yīng)答(response to lipopolysaccharide)、細(xì)菌來(lái)源分子的應(yīng)答(response to molecule of bacterial origin)、金屬離子的應(yīng)答(response to metalion)、氧水平的應(yīng)答(response to oxygen levels)、類固醇激素的應(yīng)答(response to steroid hormone)、活性氧代謝過(guò)程(reactive oxygen species metabolic process)等;CC 共 有40 條結(jié)果,主要集中在膜筏(membrane raft)、膜微區(qū)(membrane microdomain)、細(xì)胞器外膜(organelle outer membrane)、外膜(outer membrane)、線粒體外膜(mitochondrial outer membrane)、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶復(fù)合物(serine/threonine protein kinase complex)、蛋白激酶復(fù)合物(protein kinase complex)、髓鞘(myelin sheath)等;MF 富集共有147 條結(jié)果,主要有DNA-轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合(DNA-binding transcription factor binding)、RNA 聚合酶Ⅱ-特異性DNA-轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合(RNA polymerase Ⅱ-specific dna-binding transcription factor binding)、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合(ubiquitin-like protein ligase binding)、泛素蛋白連接酶結(jié)合(ubiquitin protein ligase binding)、核受體活性配體激活(ligand-actived nuclear receptor activity)、轉(zhuǎn)錄因子活性(transcription factor activity)、絲氨酸水解酶活性(serine hydrolase activity)、類固醇激素受體活性(steroid hormone receptor activity)、轉(zhuǎn)錄共調(diào)節(jié)結(jié)合(transcription coregulator binding)、轉(zhuǎn)錄共激活劑結(jié)合(transcription coactivator binding)等。取各類富集分析前10 個(gè)結(jié)果作氣泡圖,見(jiàn)圖5。

        圖4 沒(méi)藥治療骨肉瘤的核心靶基因網(wǎng)絡(luò)圖

        圖5 沒(méi)藥GO 功能富集分析圖

        2.6.2 KEGG 富集分析 KEGG 富集分析有172 條信號(hào)通路,主要有脂質(zhì)和動(dòng)脈粥樣硬化(lipid and atherosclerosis)、卡波西肉瘤相關(guān)化學(xué)致癌-受體活化(Kaposi sarcoma-associated chemical carcinogenesis-receptor activation)、皰疹病毒感染(herpesvirus infection)、人類巨細(xì)胞病毒感染(human cytomegalovirus infection)、乙型肝炎(hepatitis B)、前列腺癌(prostate cancer)、流體剪切應(yīng)力和動(dòng)脈粥樣硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、丙 型 肝 炎(hepatitis C)、愛(ài)潑斯坦-巴爾病毒感染(Epstein-Barr virus infection)、糖尿病并發(fā)癥中AGE-RAGE信號(hào)通路作用(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、人T 細(xì) 胞 白 血 病 病 毒1 感 染(human T-cell leukemia virus 1 infection)、腫瘤壞死因子信號(hào)通路(TNF signaling pathway)、癌癥中蛋白聚糖(proteoglycans in cancer)、IL-17 信號(hào)通路(IL-17 signaling pathway)、內(nèi)分泌抵抗(endocrine resistance)、細(xì)胞衰老(cellular senescence)、雌激素信號(hào)通路(estrogen signaling pathway)細(xì)胞凋亡(apoptosis)、C-型凝集素受體信號(hào)通路(C-type lectin receptor signaling pathway)、p53 信 號(hào)(p53 signaling pathway)通路、慢性骨髓性白血?。╟hronic myeloid leukemia)以及肝細(xì)胞癌(hepatocellular carcinoma)、小細(xì)胞肺癌(small cell lung cancer)、乳腺癌(breast cancer)等癌癥相關(guān)通路等,前30 條富集結(jié)果見(jiàn)圖6。

        圖6 沒(méi)藥KEGG 富集分析結(jié)果圖

        2.7 分子對(duì)接 對(duì)8 個(gè)沒(méi)藥治療OS 的核心靶點(diǎn)及其對(duì)應(yīng)的活性成分進(jìn)行分子對(duì)接,結(jié)果顯示沒(méi)藥的化學(xué)成分與上述8 個(gè)核心靶點(diǎn)的結(jié)合能均<-4 kcal/mol,表現(xiàn)出良好的結(jié)合能力,見(jiàn)表3。

        3 討 論

        中醫(yī)學(xué)認(rèn)為,血瘀日久致毒,瘀毒相互膠著,合而為害,蘊(yùn)而生變,終成肉瘤,提示瘀血內(nèi)阻為OS 的重要病機(jī)之一,治療上可從活血化瘀論治[3]。而且,現(xiàn)代藥理學(xué)研究也表明活血化瘀法可通過(guò)調(diào)節(jié)機(jī)體的HIF-1α、CD4+T 細(xì)胞發(fā)揮對(duì)荷骨肉瘤裸鼠的治療作用[21]。因此,本文選擇臨床上治療OS常用的活血化瘀藥沒(méi)藥為研究對(duì)象,進(jìn)一步探究其治療OS 的機(jī)制。

        本文先通過(guò)化學(xué)空間和相似度搜索技術(shù),預(yù)測(cè)沒(méi)藥治療OS 的可能性,根據(jù)化學(xué)空間理論,相似化學(xué)空間的化合物往往具有相似的藥理活性[22],提示沒(méi)藥與已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集有相同或相近的化學(xué)空間,即沒(méi)藥具有潛在抗OS 的作用。另外,相似度搜索發(fā)現(xiàn)沒(méi)藥中quercetin(MOL000098)、quercetin-3-O-β-D-glucuronide(MOL001001)等與已報(bào)道活性成分?jǐn)?shù)據(jù)集具有相似的結(jié)構(gòu)特征,根據(jù)“結(jié)構(gòu)類似的化合物具有類似的生物活性”[23],揭示沒(méi)藥中存在抗OS 的活性化合物,為進(jìn)一步研究沒(méi)藥治療OS 的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機(jī)制提供新依據(jù)。

        表3 沒(méi)藥活性成分與核心靶點(diǎn)分子對(duì)接結(jié)果

        從沒(méi)藥治療OS的活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)得到32個(gè)活性成分,包括槲皮素(quercetin)、鞣花酸(ellagic acid)、β-谷甾醇(β-sitosterol)、天竺葵素(pelargonidin)等。文獻(xiàn)報(bào)道,槲皮素能夠影響骨肉瘤細(xì)胞增殖、凋亡、侵襲和化療耐藥的能力,起到抗OS 的作用[6];鞣花酸能抑制骨肉瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)、遷移和侵襲,并通過(guò)抑制c-Jun 的轉(zhuǎn)錄誘導(dǎo)G1 細(xì)胞周期阻滯[5];天竺葵素能通過(guò)誘導(dǎo)自噬、線粒體膜電位喪失、G2/M 細(xì)胞周期和下調(diào)PI3K/Akt 信號(hào)通路誘導(dǎo)人骨肉瘤細(xì)胞的抗腫瘤作用[4]。因此,沒(méi)藥可通過(guò)槲皮素、鞣花酸、天竺葵素等多成分治療OS。

        從沒(méi)藥治療OS 的PPI 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龅玫胶诵幕駻kt1、MAPK1、FOS、HSP90AA1、JUN、ESR1、RELA、MYC。研究發(fā)現(xiàn),上調(diào)Akt1的表達(dá)可促進(jìn)OS的肺轉(zhuǎn)移,下調(diào)AKT1 的表達(dá)可明顯抑制MAT1 介導(dǎo)的骨肉瘤細(xì)胞遷移和侵襲的促進(jìn)作用,抑制裸鼠移植瘤生長(zhǎng),減少轉(zhuǎn)移性肺腫瘤的數(shù)量[24];HSP90AA1作為一種重要的自噬調(diào)節(jié)劑,抑制HSP90AA1 可減弱骨肉瘤細(xì)胞對(duì)化療的自噬保護(hù)作用[25];MYC 高表達(dá)與OS轉(zhuǎn)移及不良預(yù)后顯著相關(guān),降低MYC蛋白的表達(dá),導(dǎo)致骨肉瘤細(xì)胞增殖、遷移等能力下降[26]。因此,沒(méi)藥可通過(guò)多個(gè)靶點(diǎn)影響骨肉瘤細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲等。

        通過(guò)KEGG 富集分析發(fā)現(xiàn),沒(méi)藥活性成分治療OS 的基因主要集中在TNF、IL-17、p53 和凋亡等信號(hào)通路。研究表明,TNF 通路參與調(diào)節(jié)細(xì)胞炎癥反應(yīng)、細(xì)胞生存、凋亡等重要生物過(guò)程,TNF 可以和其受體TNFR 結(jié)合,作用于下游信號(hào)NF-κB,TNF/NF-κB 信號(hào)通路被激活后,可以增加CRL4BDACF11的活性,提高P21Cip蛋白的表達(dá)水平,從而阻滯骨肉瘤細(xì)胞生長(zhǎng)周期,發(fā)揮抑制OS 的作用[27-28];IL-17 信號(hào)通路與OS 呈負(fù)相關(guān),與轉(zhuǎn)移呈正相關(guān)[29];激活p53 信號(hào)通路可抑制骨肉瘤細(xì)胞增殖,促進(jìn)骨肉瘤細(xì)胞凋亡[30-31]。因此,沒(méi)藥可通過(guò)多通路影響骨肉瘤細(xì)胞的增殖、凋亡等方面,發(fā)揮抗OS 的作用。

        綜上所述,本研究通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬方法,初步預(yù)測(cè)沒(méi)藥治療OS 的作用及其機(jī)制,從結(jié)果可知,沒(méi)藥可通過(guò)槲皮素、鞣花酸和天竺葵素等成分,作用于Akt1、JUN 和MYC 等靶點(diǎn),在TNF 信號(hào)通路、IL-17 信號(hào)通路、p53 信號(hào)通路等參與下,抑制骨肉瘤細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲等,發(fā)揮治療OS 的作用,為后期實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步研究提供方向。

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