任廣明,林玉杰,徐黎明,趙景壯,邵軼智,盧彤巖
(中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黑龍江水產(chǎn)研究所,黑龍江省水生動物病害與免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,黑龍江 哈爾濱 150070)
脂肪酸結(jié)合蛋白(fatty acid binding proteins,F(xiàn)abps)是一類分子量14~15 kDa 的脂質(zhì)伴侶蛋白,隸屬于脂質(zhì)結(jié)合蛋白(lipid-binding proteins,Lbps)超家族[1,2]。Fabps 不僅廣泛分布在哺乳動物的所有組織中,也存在于鳥類、魚類、昆蟲的腦、心臟、腸、脂肪等組織中[3]。不同動物的Fabps 組織特異性不同,在國際上通常以Fabps 被分類或鑒定的第一個組織進(jìn)行命名。至今為止,已命名為9 種組織特異性的胞質(zhì)Fabps,分別為腦型(brain Fabp,B-Fabp)、肝臟型(liver Fabp,L-Fabp)、腸型(intestinal Fabp,I-Fabp)、心臟型(heart Fabp,H-Fabp)、脂肪細(xì)胞型(adipocyte Fabp,A-Fabp)、回腸型(ileum Fabp,I-Fabp)、睪丸型(testis Fabp,T-Fabp)、表皮型(epidermal Fabp,E-Fabp)和髓磷脂型(myelin Fabp,My-Fabp)[4,5]。
Fabps 作為重要的脂質(zhì)信號,對脂肪酸具有高的親和力,能夠以非共價鍵形式結(jié)合疏水性配體,如飽和長鏈脂肪酸、不飽和長鏈脂肪酸、類花生酸、血色素、類視黃醇等[6]。Fabps 與這些脂肪酸結(jié)合后可被攜帶至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)進(jìn)行信號傳遞與膜的合成;攜帶至胞質(zhì)進(jìn)行酶活性的調(diào)控;攜帶至線粒體和過氧化物酶體中進(jìn)行氧化功能;攜帶至核內(nèi)進(jìn)行基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控[7,8]。Fabps 與配體有效結(jié)合后,一方面提高了脂肪酸的轉(zhuǎn)運(yùn)速率,被運(yùn)送到各個細(xì)胞器中參與脂質(zhì)的存儲、轉(zhuǎn)運(yùn)、氧化、脂化與合成以維持細(xì)胞內(nèi)游離脂肪酸較低的濃度,緩解高濃度脂肪酸對細(xì)胞的損傷;另一方面可與JAK2、C36 和PPARγ 等因子直接作用,調(diào)節(jié)胞內(nèi)信號通路,調(diào)控細(xì)胞內(nèi)炎癥反應(yīng)過程[9-11]??梢?,F(xiàn)abps 通過參與調(diào)節(jié)脂肪酸和胞內(nèi)重要的信號通路來影響宿主細(xì)胞脂質(zhì)代謝、能量代謝和炎癥反應(yīng)。
Fabp10 是一種只在非哺乳脊椎動物的肝臟中檢測到,在哺乳動物肝臟中未被檢出的脂肪酸結(jié)合蛋白[3]。目前,關(guān)于虹鱒fabp10 基因的序列、結(jié)構(gòu)功能、不同組織中分布等的研究還較少,其參與調(diào)節(jié)虹鱒機(jī)體脂肪酸代謝與炎癥反應(yīng)的分子機(jī)制尚不明確。本實(shí)驗(yàn)旨在構(gòu)建fabp10 真核表達(dá)載體,研究其結(jié)構(gòu)、功能及在虹鱒各組織中的轉(zhuǎn)錄活性,為進(jìn)一步探討fabp10 基因在虹鱒脂質(zhì)代謝及機(jī)體炎癥過程中的作用提供重要的參考。
采集健康虹鱒腦、肝臟、心臟、脾臟、頭腎、腸和肌肉組織用于RNA 的提取。轉(zhuǎn)染用細(xì)胞為本實(shí)驗(yàn)室保存的EPC 細(xì)胞系。
TrizoL 試劑、Premix Taq 酶、實(shí)時熒光定量PCR試劑盒、RT-PCR 試劑盒、限制性內(nèi)切酶BamHⅠ和EcoRⅠ、pMD18-T 載體、大腸桿菌DH5α 感受態(tài)細(xì)胞、T4 DNA 連接酶等購自生工生物工程(上海)股份有限公司;膠回收試劑盒、無內(nèi)毒素質(zhì)粒大提取試劑盒,購自北京天根生化科技有限公司,LipofectamineTM2000 轉(zhuǎn)染試劑盒購自賽默飛世爾科技(Thermo Fisher Scientific)公司。
1.3.1 引物的設(shè)計(jì)與合成
根據(jù)GenBank 數(shù)據(jù)庫公布的河鱒(Salmo trutta)fabp10 基因CDS 序列(XM _029737487.1),利用premier 5.0 軟件設(shè)計(jì)1 對基因克隆引物和2 對熒光定量PCR 引物。其中,基因克隆引物由吉林庫美生物有限公司合成擴(kuò)增全長引物,并分別在上、下游引物的5'端添加BamHⅠ和EcoRⅠ的酶切位點(diǎn)(下劃線部分)。所有引物均由吉林庫美生物有限公司合成,引物信息見表1。
表1 虹鱒fabp10 基因引物信息Tab.1 Primers of rainbow trout fabp10 gene
1.3.2 虹鱒fabp10 基因CDS 序列全長擴(kuò)增
采用Trizol 法提取虹鱒肝臟總RNA,利用RTPCR 試劑盒進(jìn)行PCR 擴(kuò)增。PCR 反應(yīng)體系:Taq 酶1 μL、buffer 12 μL,上、下游引物(100 pmol/μL)各1 μL、模板5 μL、ddH2O 補(bǔ)足至25 μL。PCR 反應(yīng)條件為:50℃30 min,94℃預(yù)變性5 min,94℃變性30 s,58℃退火30 s,72℃延伸30 s,30 個循環(huán);72℃徹底延伸10 min。采用1.0%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳驗(yàn)證。
1.3.3 虹鱒fabp10 基因克隆載體構(gòu)建
采用膠回收試劑盒膠回收fabp10 基因PCR 產(chǎn)物,回收后的目的片段與pMD-18-T 載體16℃過夜連接。其中連接體系:pMD-18-T 1 μL,膠回收產(chǎn)物4.0 μL,Solution I 5.0 μL。采用熱激法將過夜連接的產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至DH5α 感受態(tài)細(xì)胞中,均勻涂布到含氨芐抗性的LB 培養(yǎng)基固體平板上,37 ℃倒置培養(yǎng)。隨機(jī)挑取單個陽性菌落接種于含氨芐抗性的LB 液體培養(yǎng)基中擴(kuò)繁。提取質(zhì)粒,雙酶切鑒定質(zhì)粒,將酶切鑒定成功的質(zhì)粒送至吉林庫美生物有限公司測序。測序鑒定后與河鱒fabp10 基因CDS 序列進(jìn)行序列比對,匹配度高的克隆載體將其命名為pMD-18-T-fabp10。
1.3.4 虹鱒fabp10 基因真核表達(dá)載體構(gòu)建
使用BamHⅠ和EcoRⅠ對pMD-18-T-fabp10和pcDNA3.1(+)進(jìn)行雙酶切,膠回收fabp10 基因片段和線性化pcDNA3.1(+)。利用T4 DNA 連接酶進(jìn)行連接,其中連接體系:T4 DNA 連接酶1 μL,fabp10 基因片段7 μL,線性化pcDNA3.1(+)1 μL,10×Buffer 1 μL,16℃連接過夜。隨后過夜連接的產(chǎn)物進(jìn)行轉(zhuǎn)化、酶切鑒定(參照1.3.3),經(jīng)測序鑒定后與河鱒fabp10 基因CDS 序列進(jìn)行序列比對,匹配度高的真核表達(dá)載體命名為pcDNA3.1-fabp10。
1.3.5 生物信息學(xué)分析
利用NCBI 數(shù)據(jù)庫中Blast 功能對虹鱒fabp10基因編碼氨基酸序列進(jìn)行同源性比對;使用在線軟件ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)和ProScale(https://www.expasy.org/resources/protscale)分 析fabp10 基因的基本理化性質(zhì),包括基因理論分子質(zhì)量、編碼的氨基酸組成、等電點(diǎn)、疏水性等;利用在線軟件NetPhos3.1(http://www.cbs.dtu.dk/ services/NetPhos/)分析Fabp10 蛋白的潛在磷酸化位點(diǎn);采用在線分析軟件TMHMM(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM)預(yù)測Fabp10 蛋白跨膜區(qū);利用TargetP 1.1 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)和PSORT Ⅱ(https://psort.hgc.jp/form2.html)預(yù) 測Fabp10 蛋白的亞細(xì)胞定位;利用在線分析軟件SOPMA(http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)、SWISSMODEL(https://swissmodel.expasy.org/)預(yù)測虹鱒Fabp10 蛋白的二級、三級結(jié)構(gòu)。
1.3.6 陽離子脂質(zhì)體法轉(zhuǎn)染EPC 細(xì)胞
將EPC 細(xì)胞接種于6 孔板中,接種密度為7.5×105個/孔。轉(zhuǎn)染前將6 孔板中培養(yǎng)液更換成無抗生素的培養(yǎng)基,按照LipofectamineTM2000 試劑盒說明書進(jìn)行操作轉(zhuǎn)染EPC 細(xì)胞。試驗(yàn)設(shè)置pcDNA3.1-fabp10 轉(zhuǎn)染組與pcDNA3.1(+)處理組,分別在轉(zhuǎn)染24 h、36 h、48 h 后收集細(xì)胞,利用RT-qPCR檢測fabp10 基因的表達(dá)情況。
1.3.7 fabp10 在虹鱒組織中的分布與表達(dá)
采用Trizol 法提取虹鱒各組織中的總RNA,利用RT-qPCR 技術(shù)檢測不同組織fabp10 基因的轉(zhuǎn)錄活性,每個樣本重復(fù)3 次,以內(nèi)參β-actin 矯正個體之間的差異,采用2-△△Ct方法進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。
采用GraphPad prism 5.0 繪圖,利用SPSS 17.0對數(shù)據(jù)進(jìn)行單因素方差分析(one-way ANOVA),實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)用“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”表示,差異顯著性水平P <0.05。
以虹鱒肝臟組織提取的RNA 為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,經(jīng)1.0%瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證,條帶大小約378 bp。測序結(jié)果經(jīng)Blast 比對,目的片段與Gen-Bank 數(shù)據(jù)庫公布的預(yù)測的河鱒fabp10 基因CDS 區(qū)同源性高達(dá)100%,說明成功擴(kuò)增出虹鱒fabp10 基因CDS 序列。與O.mykiss L-fabp 基因CDS 區(qū)同源性達(dá)99.47%,這一結(jié)果證實(shí)虹鱒fabp10 是一種肝臟型脂肪酸結(jié)合蛋白。
經(jīng)連接、轉(zhuǎn)化DH5α 感受態(tài)細(xì)胞,提取質(zhì)粒,使用BamHⅠ和EcoRⅠ對虹鱒fabp10 基因的克隆載體pMD-18-T-fabp10 和真核表達(dá)載體pcDNA3.1-fabp10 進(jìn)行雙酶切鑒定(圖1)。結(jié)果表明,酶切條帶符合預(yù)期片段大小,約為378 bp。
圖1 pcDNA3.1-fabp10 雙酶切驗(yàn)證Fig.1 Double enzyme digestion of pcDNA3.1-fabp10
2.3.1 理化性質(zhì)預(yù)測
虹鱒fabp10 基因分子式為C612H1003N163O194S6,總原子數(shù)1978,分子量為13.94 ku,理論等電點(diǎn)為8.53,不穩(wěn)定指數(shù)(Instability index)為23.29,平均親水性(GRAVY)水平為-0.36,脂肪系數(shù)(Alippahtic index)為80.40。這一結(jié)果說明Fabp10 蛋白為相對穩(wěn)定的脂溶性蛋白。
Fabp10 蛋白共包含18 種氨基酸,其中賴氨酸數(shù)量最高,為11.10%,其次是蘇氨酸(10.30%)、甘氨酸(7.90%)和絲氨酸(7.90%)。虹鱒Fabp10 蛋白中天冬氨酸與谷氨酸(負(fù)電荷氨基酸)總數(shù)量為16,精氨酸與賴氨酸(正電荷氨基酸)總數(shù)量為18(表2)。ProtScale 軟件預(yù)測分析,F(xiàn)abp10 蛋白整個肽鏈中含有親水性和疏水性氨基酸,其中得分最大值為1.43(第116 氨基酸處);最小值為-1.96(第43 個氨基酸處),氨基酸的負(fù)值分值相對較大,根據(jù)得分判定Fabp10 蛋白為疏水性蛋白(圖2)。通過TMHMM軟件分析預(yù)測,F(xiàn)abp10 蛋白的1~126 位氨基酸位于細(xì)胞膜表面,其他位氨基酸未形成跨膜螺旋區(qū)。
表2 Fabp10 蛋白氨基酸組成Tab.2 Amino acids composition of Fabp10 protein in rainbow trout
圖2 虹鱒Fabp10 蛋白親水/疏水性分析Fig.2 Hydrophilic/hydrophobic analysis of Fabp10 protein in rainbow trout
2.3.2 蛋白磷酸化位點(diǎn)與亞細(xì)胞定位
運(yùn)用在線軟件在虹鱒Fabp10 蛋白中共預(yù)測到23 個磷酸化位點(diǎn),均為蘇氨酸磷酸化位點(diǎn)。TargetP軟件預(yù)測Fabp10 蛋白的分泌信號作用位點(diǎn)占比8.15%,其他占比91.85%。Fabp10 蛋白主要分布在細(xì)胞質(zhì)中,其次分布在細(xì)胞核內(nèi),在線粒體、過氧化物酶體和液泡中也有分布(表3)。
表3 Fabp10 蛋白亞細(xì)胞定位Tab.3 Sub-cellular localization of Fabp10 protein in rainbow trout
2.3.3 Fabp10 二級、三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
SOPMA 在線分析軟件預(yù)測虹鱒Fabp10 蛋白18.25%可能性形成螺旋,38.89%可能性形成延伸鏈,8.73%可能性形成轉(zhuǎn)角,34.13%可能性形成無規(guī)則卷曲。該蛋白無二硫鍵的形成,且無特殊的二級結(jié)構(gòu)。SWISS-MODEL 對Fabp10 蛋白三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測發(fā)現(xiàn),該蛋白在二級結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上進(jìn)一步盤繞、折疊,依靠次級鍵形成了具有空穴的高級結(jié)構(gòu),而這種結(jié)構(gòu)有利于與其配體分子結(jié)合,即可能是某些分子的結(jié)合位點(diǎn)(圖3)。
圖3 虹鱒Fabp10 蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.3 Tertiary structure prediction of Fabp10 protein in rainbow trout
基于20 個物種Fabp10 氨基酸序列,采用MEGA 6.0 軟件,利用N-J 法構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示(圖4),虹鱒Fabp10 氨基酸序列與褐鼠(Rattus norvegicus)、人(Homo sapiens)Fabp 氨基酸序列同源性分別為29.10%和30.08%。進(jìn)化樹中所有魚類聚為一大支,虹鱒Fabp10 氨基酸序列與大麻哈魚(Oncorhynchus kisutch)Fabp10 氨基酸序列、虹鱒(O.mykiss)L-Fabp氨基酸序列、大鱗大馬哈魚(O.tshawytscha)Fabp10 氨基酸序列、鯡形白鮭(Coregonus clupeaformis)Fabp10 氨基酸序列和白斑狗魚(Esox lucius)Fabp10 氨基酸序列聚為一支,其氨基酸序列同源性高達(dá)96%以上;與奧利亞羅非魚(Oreochromis aureus)、紅鰭東方鲀(Takifugu rubripes)、鱖(Siniperca chuatsi)、斑馬魚(Danio rerio)、鯉(Cyprinus carpio)等聚為一大支,其氨基酸序列同源性在80%以上。
圖4 不同物種Fabp10 氨基酸序列系統(tǒng)進(jìn)化樹分析Fig.4 Phylogenetic tree of Fabp10 amino acid sequences among different species
與對照組(pcDNA3.1 處理組)相比,轉(zhuǎn)染24 h、36 h、48 h 后虹鱒fabp10 基因的表達(dá)量均顯著升高(P<0.05)。其中,在轉(zhuǎn)染36 h 時EPC 細(xì)胞中fabp10基因的表達(dá)量相對最高,為對照組的1848 倍。轉(zhuǎn)染48 h 后其表達(dá)量與36 h 相比顯著下降(P<0.05)(圖5)。
圖5 不同轉(zhuǎn)染時間fabp10 基因的表達(dá)分析Fig.5 Analysis of fabp10 gene expression during the different transfection time
如圖6 所示,除腸與脾臟fabp10 基因表達(dá)量差異不顯著外,各組織中fabp10 基因的相對表達(dá)量均差異顯著(P<0.05)。fabp10 基因在肝臟中表達(dá)豐度最高,為84 798.03,隨之為腎臟、肌肉、腸、脾臟、心臟,在腦中表達(dá)量最低,而肝臟中fabp10 高水平的表達(dá)與肝臟行使虹鱒機(jī)體脂肪酸代謝密切相關(guān)。
圖6 虹鱒組織中fabp10 基因的表達(dá)量分析Fig.6 Analysis of fabp10 gene expression levels in rainbow trout
20 世紀(jì)70 年代早期在哺乳動物中發(fā)現(xiàn)了能與長鏈脂肪酸結(jié)合的脂肪酸結(jié)合蛋白(Fabp)[12,13]。Fabps 家族成員眾多,具有一定的組織特異性,但種間同型的Fabps 具有較高的同源性,尤其是三維結(jié)構(gòu)上的高度保守性[2]。本研究中系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,哺乳動物Fabp10 蛋白聚為一大支,魚類聚為一大支,且虹鱒Fabp10 氨基酸序列與大麻哈魚、鯡形白鮭等硬骨魚類其氨基酸序列同源性較高。結(jié)合蛋白三級機(jī)構(gòu)分析顯示,fabp10 基因在進(jìn)化過程中具有較高的保守性。Fabps 的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和組織器官的特異性決定了Fabps 在不同細(xì)胞內(nèi)的生物功能?;蚝桶被嵝蛄斜葘Y(jié)果表明,虹鱒Fabp10 蛋白是一種肝臟型脂肪酸結(jié)合蛋白,推測其具有與L-Fabp相近的生物學(xué)功能。與其他類型脂肪酸蛋白不同,L-Fabp一般通過與兩個配體分子結(jié)合而行使其生物學(xué)功能[14]。例如,雞fabp10 基因通過與兩個配體分子結(jié)合而發(fā)揮調(diào)節(jié)脂肪酸的作用[7]。而Pietro等[15]發(fā)現(xiàn),鯰(Rhamdia sapo)fabp10 基因則是與一個配體分子結(jié)合發(fā)揮其生物學(xué)活性,這種差異極有可能與蛋白的三級結(jié)構(gòu)有關(guān)[16]。對蛋白的磷酸位點(diǎn)預(yù)測發(fā)現(xiàn),F(xiàn)abp10 蛋白有23 個磷酸化位點(diǎn),而蛋白磷酸化對細(xì)胞信號傳導(dǎo)具有著重要作用。這說明Fabp10 很可能通過參與調(diào)節(jié)細(xì)胞信號傳導(dǎo)來影響宿主的生命過程。
本實(shí)驗(yàn)構(gòu)建了虹鱒fabp10 真核表達(dá)載體并轉(zhuǎn)染EPC 細(xì)胞,在不同轉(zhuǎn)染時間其表達(dá)量均顯著高于對照組,表明載體構(gòu)建成功,為進(jìn)一步研究Fabp10對脂肪酸的調(diào)控作用奠定了基礎(chǔ)。虹鱒fabp10 基因在肝臟中表達(dá)豐度最高,這可能與其具有調(diào)節(jié)脂肪酸代謝的功能有關(guān)。L-Fabps 負(fù)責(zé)脂質(zhì)的吸收和轉(zhuǎn)運(yùn),在調(diào)節(jié)脂肪酸氧化、減少細(xì)胞氧化應(yīng)激和影響細(xì)胞生長分化中發(fā)揮重要作用[17,18]。L-Fabp主要負(fù)責(zé)從血漿中攝取脂肪酸,快速在肝細(xì)胞內(nèi)將其脂化成三?;视秃土字瑸樗拗魈峁┠芰縖19]。在細(xì)胞核中L-Fabp可直接與PPARα/PPARγ 等核受體相互作用[20],通過激活A(yù)kt/mTOR/、Src/FAK/cdc42 等通路參與調(diào)控細(xì)胞內(nèi)代謝與炎癥反應(yīng)[21]??梢姡琪Vfabp10 基因具有調(diào)節(jié)宿主細(xì)胞脂質(zhì)沉積和肝臟代謝的作用。此外,L-Fabp還可介導(dǎo)脂肪酸由胞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)至多種細(xì)胞器中,直接影響脂肪酸在線粒體或過氧化物酶體的β-氧化比率,調(diào)節(jié)機(jī)體的抗氧化水平[22]。定位分析發(fā)現(xiàn),虹鱒Fabp10 不僅分布在細(xì)胞質(zhì)中,還存在于細(xì)胞核、線粒體、過氧化物酶體等細(xì)胞器中,說明虹鱒Fabp10 具有緩解機(jī)體氧化應(yīng)激損傷的能力。而Fabp10 的抗氧化水平主要與其蛋白結(jié)構(gòu)中富含的半胱氨酸、甲硫氨酸有關(guān)。這些殘基具有調(diào)節(jié)巰基氧化還原反應(yīng),可提高谷胱甘肽的生成率[23]。綜上所述,fabp10 基因在虹鱒脂質(zhì)代謝、炎癥反應(yīng)等過程中發(fā)揮重要的作用。本研究在虹鱒fabp10 基因序列信息及其所編碼蛋白的結(jié)構(gòu)上進(jìn)行了初步研究,但fabp10 基因在虹鱒代謝與炎癥等反應(yīng)中的作用仍需深入地探索與研究。