張昌政，李德森，黃 敏，方曉敏，趙為民，任守文，董煥聲 任 軍 周李生*

(1.青島農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院，青島 266109； 2.華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院，廣州 510642；3.江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧研究所，南京 210014)

豬的初生體尺和乳頭數(shù)性狀是衡量豬生長和繁殖性能的重要指標(biāo)，直接影響?zhàn)B豬業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益。已有研究表明，初生體尺作為衡量仔豬生存能力和生長發(fā)育的可靠預(yù)測(cè)指標(biāo)，與后期的生長速度和成活率呈顯著正相關(guān)[1-3]；初生重較高的仔豬在達(dá)到屠宰體重后，具有更好的胴體品質(zhì)[4]和更優(yōu)秀的體尺特征[5]。有效乳頭數(shù)是評(píng)價(jià)母豬哺乳能力的基礎(chǔ)[6]，當(dāng)能繁母豬的有效乳頭數(shù)無法滿足后代的哺乳需求，仔豬死亡率將顯著增加，從而造成較大的經(jīng)濟(jì)損失[7-8]。同時(shí)，乳頭數(shù)與產(chǎn)仔數(shù)存在一定程度的表型相關(guān)和遺傳相關(guān)[9-10]，核心母豬群體的平均有效乳頭數(shù)與產(chǎn)仔數(shù)存在較為一致的趨勢(shì)[11]。因此，鑒別影響仔豬的初生體尺和乳頭數(shù)性狀的分子標(biāo)記有助于豬生長和繁殖性能的遺傳改良。

蘇山豬是江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧研究所團(tuán)隊(duì)利用太湖豬、丹麥長白豬和英國約克夏豬雜交育成的優(yōu)質(zhì)瘦肉豬新品種。本研究采用全基因組重測(cè)序結(jié)合基因型填充策略，在蘇山豬群體中開展Fst與GWAS分析，挖掘與初生體尺和乳頭數(shù)性狀顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)與候選基因，為探究影響豬生長發(fā)育和乳頭數(shù)形成的遺傳機(jī)制提供借鑒，且為蘇山豬核心種群的進(jìn)一步選育提高奠定理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 樣本采集及表型記錄

試驗(yàn)群體為269頭蘇山豬初生仔豬，均飼養(yǎng)于江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院六合基地實(shí)驗(yàn)豬場(chǎng)。仔豬在出生后24 h內(nèi)測(cè)定并記錄體重(body weight, BW)、體長(body length, BL)、胸圍(chest circumference, ChC)、管圍(cannon circumference, CaC)、左乳頭數(shù)(number of teats on the left side, LTN)、右乳頭數(shù)(number of teats on the right side, RTN)、總?cè)轭^數(shù)(total teat number, TTN)表型數(shù)據(jù)，并采集耳組織樣品保存于含75%乙醇的2 mL離心管中。

體尺的測(cè)量方法：1)體長：在豬自然站立狀態(tài)下，使用軟尺自兩耳連線的額頂中心起，沿背線至尾根緊貼體表量取；2)胸圍：在豬自然站立狀態(tài)下，切于肩胛骨后緣用軟尺測(cè)量胸部垂直周徑，軟尺自然貼近體表為宜；3)管圍：在豬自然站立狀態(tài)下，使用軟尺測(cè)量左前肢管部最細(xì)處的周徑，測(cè)量時(shí)軟尺緊貼體表。

1.2 DNA提取、基因分型和質(zhì)量控制

使用常規(guī)酚氯仿法從豬耳組織樣本中提取基因組DNA，使用Affymetrix Porcine SNP 55 K Array進(jìn)行基因分型，并用Plink v1.9軟件對(duì)所得SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，標(biāo)準(zhǔn)：剔除SNPs檢出率(call rate)小于90%，次等位基因頻率(minor allele frequency, MAF)小于0.01，最后得到39 032個(gè)SNPs用于后續(xù)分析。

1.3 全基因組重測(cè)序分析

在269頭蘇山豬中挑選20個(gè)能夠代表群體全部血緣的個(gè)體，采用Illumina NovaSeq platforms 的150 bp paired-end libraries，進(jìn)行全基因組重測(cè)序(平均測(cè)序深度為20×)。此外，在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上下載了367頭豬重測(cè)序數(shù)據(jù)，其中包括184頭中國地方豬，13頭中國野豬，142頭歐洲商品豬，21頭歐洲野豬和7頭外群豬種。針對(duì)測(cè)序和下載的共387個(gè)個(gè)體的原始數(shù)據(jù)(raw data)進(jìn)行質(zhì)控，得到能滿足數(shù)據(jù)分析要求的有效數(shù)據(jù)(clean data)。

1.4 變異位點(diǎn)檢測(cè)

1.5 基因型填充

將269頭蘇山豬的55K SNP芯片數(shù)據(jù)作為目標(biāo)數(shù)據(jù)集，387個(gè)重測(cè)序個(gè)體的SNP數(shù)據(jù)集作為參考數(shù)據(jù)集，利用Beagle軟件進(jìn)行基因型填充。隨后利用等位基因準(zhǔn)確性(allelic correct rate, CR)和基因型相關(guān)系數(shù)(correlation)對(duì)20頭同時(shí)具有芯片數(shù)據(jù)和重測(cè)序數(shù)據(jù)的蘇山豬進(jìn)行基因型填充準(zhǔn)確度的估計(jì)。最后綜合基因型準(zhǔn)確度和SNP的分布密度，保留call rate>0.9、MAF>0.01和correlation>0.8的SNPs用于后續(xù)分析。

1.6 選擇信號(hào)分析

按照每個(gè)性狀表型值的前10%和后10%分別分成兩個(gè)亞群，基于填充后的SNP數(shù)據(jù)集，利用VCFtools v0.1.17軟件，窗口大小為50 kb，以20 kb步長對(duì)每個(gè)SNPs進(jìn)行滑窗計(jì)算Fst值?；贔st的結(jié)果，使用R語言的Cmplot程序包繪制曼哈頓圖，F(xiàn)st閾值為按大小排序Fst值的前1%，高于閾值的點(diǎn)視為顯著分化的區(qū)域。

1.7 全基因組關(guān)聯(lián)分析

基于基因型填充后的SNP數(shù)據(jù)集，利用GEMMA軟件對(duì)蘇山豬的7個(gè)性狀進(jìn)行GWAS，為了校正由于親緣關(guān)系、性別以及胎次等其他因素對(duì)關(guān)聯(lián)分析造成的影響，本研究使用混合線性模型(mixed linear model, MLM)進(jìn)行分析，模型如下：

y=Wα+Xβ+u+ε

y為表型向量；W為協(xié)變量(固定效應(yīng))的關(guān)聯(lián)矩陣，將體重、性別和胎次作為初生體尺性狀的協(xié)變量；α為包括截距在內(nèi)的相應(yīng)系數(shù)的向量；X為SNP矩陣；β為SNP的效應(yīng)；u為一個(gè)m×1的隨機(jī)效應(yīng)向量，其中u～MVNm(0,λτ-1K)，τ-1為殘差的方差，λ為τ-1和ε的比值，K為n×n親屬關(guān)系矩陣；ε為隨機(jī)殘差的向量，ε～MVNn(0,τ-1In)，In為單位矩陣；MVNn表示n維多元正態(tài)分布。

Bonferroni方法常被用來界定顯著性閾值：0.05/N，N為研究SNPs的總數(shù)?？紤]到Bonferroni校正對(duì)于本研究過于嚴(yán)格，則根據(jù)前人研究自定義P=1×10-5[12]為顯著閾值線。使用R語言的Cmplot程序包對(duì)GWAS結(jié)果進(jìn)行可視化。

1.8 基因功能富集分析

基于GWAS和Fst的結(jié)果，篩選出共有的顯著SNPs，以這些SNPs為中心，利用R語言的GALLO程序包，參考基因組為11.1版本的豬基因組(Sus scrofa 11.1)，在其上、下游500 kb范圍內(nèi)搜尋候選基因。為更好的了解基因的功能，精準(zhǔn)地鑒別出與目標(biāo)性狀相關(guān)的候選基因，本研究利用Metascape(http://metascape.org)數(shù)據(jù)庫對(duì)搜尋到的基因進(jìn)行GO(gene ontology)分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析，搜尋與目標(biāo)性狀相關(guān)的通路。利用在線富集分析可視化網(wǎng)站(http://www.bioinformatics.com.cn)對(duì)顯著富集的基因繪制柱狀圖和氣泡圖。

2 結(jié) 果

2.1 表型描述統(tǒng)計(jì)

本研究統(tǒng)計(jì)269頭蘇山豬的7種表型的平均值、標(biāo)準(zhǔn)差、最大值、最小值和變異系數(shù)，結(jié)果如表1所示。結(jié)果顯示，體重、體長、胸圍、管圍、左乳頭數(shù)、右乳頭數(shù)和總?cè)轭^數(shù)性狀的變異系數(shù)為26.87%、8.97%、10.31%、9.54%、12.28%、12.69%和11.63%，其中體重的變異系數(shù)最大，高達(dá)26.87%，表明體重?cái)?shù)據(jù)中存在較大的變異?；跇?biāo)準(zhǔn)差可以看出，右乳頭數(shù)的變異程度大于左乳頭數(shù)。

表1 蘇山豬初生體尺和乳頭數(shù)性狀表型值的統(tǒng)計(jì)結(jié)果Table 1 Statistical results of phenotypic values of body conformation at birth and teat number traits in Sushan pigs

2.2 基因型填充準(zhǔn)確度

經(jīng)過利用Beagle軟件對(duì)269頭蘇山豬的55K芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行基因型填充，共獲得31 123 761個(gè)SNPs，剔除MAF<0.01的SNPs后，得到8 547 616個(gè)SNPs。利用CR和correlation估算每條染色體的基因型填充準(zhǔn)確度(圖1)，結(jié)果顯示，平均CR為0.71，最大值和最小值分別為0.83(SSC X)和0.67(SSC 5)；平均correlation為0.58，最大值和最小值分別為0.75(SSC X)和0.52(SSC 5)，基因型填充后，顯著增加了55K芯片的密度(圖2)。通過call rate<0.1、MAF<0.01和correlation<0.8過濾掉不符合分析要求的SNPs后，最終有2 676 280個(gè)SNPs用于后續(xù)數(shù)據(jù)分析，其平均相關(guān)性為0.93。

橫坐標(biāo)以蘇山豬染色體繪制，縱坐標(biāo)表示填充準(zhǔn)確度，correct rate和correlation為過濾前的等位基因準(zhǔn)確性和相關(guān)性，filter為過濾后的相關(guān)性The x-axis represents the chromosomes of Sushan pigs, and the y-axis represents the imputation accuracy, correct rate and correlation represent CR and correlation before filtering, filter is the correlation after filtering圖1 蘇山豬染色體填充準(zhǔn)確度Fig.1 Imputation accuracy across whole chromosomes in Sushan pig population

上圖和下圖分別為染色體填充前和填充后的SNP密度分布，橫坐標(biāo)表示染色體大小，縱坐標(biāo)表示染色體，刻度顏色表示1 Mb窗口內(nèi)的SNP數(shù)目Above and below are figures respectively represent the SNP density distribution before and after imputation, the x-axis denotes the size of chromosomes, the y-axis denotes the chromosomes, color scale denotes the number of SNP within 1 Mb window size圖2 蘇山豬染色體填充前后SNP密度分布比對(duì)Fig.2 Comparison of SNP density distribution before and after imputation of chromosomes in Sushan pig population

2.3 選擇信號(hào)分析和全基因組關(guān)聯(lián)分析

按照各性狀Fst值的前1%為標(biāo)準(zhǔn)，可得體重、體長、胸圍、管圍、左乳頭數(shù)、右乳頭數(shù)和總?cè)轭^數(shù)性狀的Fst閾值分別為0.16、0.20、0.20、0.17、0.14、0.14和0.15，與Wright[13]定義的高度分化的閾值范圍接近(0.15

初生體尺和乳頭數(shù)性狀的群體分化指數(shù)和全基因組關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖進(jìn)行組合。群體分化指數(shù)曼哈頓圖中虛線為Top1%的閾值線，橫坐標(biāo)以蘇山豬染色體繪制，縱坐標(biāo)表示群體分化指數(shù)；全基因組關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖中橫坐標(biāo)以染色體繪制，縱坐標(biāo)表示 -lg(P)，虛線表示顯著閾值線Population differentiation index and genome-wide association analysis Manhattan plots were combined for body conformation at birth and teat number traits. The dotted lines indicate the threshold line of top1% in the population differentiation Manhattan plots, the x-axis represents the chromosomes of Sushan pigs, and the y-axis represents the Fst value; genome-wide association analysis Manhattan plots are plotted with chromosomes on the abscissa, the y-axis represents the -lg(P), and the dashed lines represents significance thresholds圖3 蘇山豬初生體尺和乳頭數(shù)性狀群體分化指數(shù)和全基因組關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖Fig.3 Manhattan plots of fixation index and genome-wide association analysis for body conformation at birth and teat number traits in Sushan pig population

蘇山豬群體初生體尺和乳頭數(shù)性狀的GWAS分析結(jié)果顯示，與體尺性狀顯著關(guān)聯(lián)的SNP有32個(gè)，乳頭數(shù)性狀顯著關(guān)聯(lián)的SNP有90個(gè)。其中，與體重顯著關(guān)聯(lián)的SNP有1個(gè)，位于X染色體；與體長顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)有13個(gè)，全部位于14號(hào)染色體；與胸圍顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)有9個(gè)，分別位于14和X染色體；與管圍顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)有9個(gè)，位于X染色體；與左乳頭數(shù)顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)有6個(gè)，分別位于1、13和16號(hào)染色體；與右乳頭數(shù)顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)有53個(gè)，分別位于1和13號(hào)染色體；與總?cè)轭^數(shù)顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)有31個(gè)，分別位于13、16和X染色體。QQ-plot分析結(jié)果見圖4，圖中膨脹系數(shù)(λ)介于0.884～1.062之間，表明本研究試驗(yàn)群體中不存在明顯的種群分層現(xiàn)象。

λ為基因組膨脹系數(shù)λ represents coefficient of expansion圖4 蘇山豬初生體尺和乳頭數(shù)性狀分位數(shù)-分位數(shù)圖Fig.4 The quantitle-quantitle plots for body conformation at birth and teat number traits in Sushan pig population

通過對(duì)蘇山豬群體初生體尺和乳頭數(shù)性狀進(jìn)行Fst和GWAS分析，篩選出與體長、胸圍、管圍和總?cè)轭^數(shù)性狀顯著關(guān)聯(lián)的4個(gè)候選位點(diǎn)，定位在13、14和X染色體上(表2，圖3)。與體長性狀顯著相關(guān)的候選位點(diǎn)位于14號(hào)染色體，ACTA2基因?yàn)槲恢霉δ芎蜻x基因。與管圍和胸圍性狀都顯著相關(guān)的候選位點(diǎn)位于X染色體上，COL4A5和COL4A6基因?yàn)槲恢霉δ芎蜻x基因?？?cè)轭^數(shù)性狀顯著相關(guān)的候選位點(diǎn)分別在13和X染色體上，ATP1B4、UBE2A、NKRF、SEPTIN6、NKAP、ZBTB33、CRTAP、TRIM71、FBXL2基因?yàn)槲恢霉δ芎蜻x基因。

表2 蘇山豬初生體尺和乳頭數(shù)性狀顯著相關(guān)SNPsTable 2 The SNPs significantly associated with body conformation at birth and teat number traits in Sushan pigs

2.4 富集分析

本研究基于Metascape在線網(wǎng)站中的小鼠數(shù)據(jù)庫開展了 GO和KEGG功能富集分析。共富集到了46條顯著GO條目(圖5)，其中參與生物過程的GO條目為34條，參與形成細(xì)胞成分的GO 條目為11條，能解釋分子功能的GO條目為1條。圖6顯示了基因富集GO 條目的顯著性。候選基因的KEGG通路富集分析中發(fā)現(xiàn)4條通路與蛋白質(zhì)消化、松弛素信號(hào)通路、溶酶體生物發(fā)生以及細(xì)胞自噬功能有關(guān)(表3)。

橫坐標(biāo)表示GO條目；縱坐標(biāo)表示GO條目富集的基因數(shù)The x-axis represents GO term; the y-axis represents the number of genes enriched by GO term圖5 候選基因GO富集分析柱狀圖Fig.5 Histogram of GO enrichment analysis of the candidate genes

橫坐標(biāo)表示rich factor，rich factor 為位于該通路的差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)/位于該通路的所有注釋基因個(gè)數(shù)；縱坐標(biāo)表示GO 條目The x-axis represents the rich factor, rich factor indicate the number of differentially expressed genes in this pathway/the number of all annotated genes in this pathway; the y-axis represents the GO terms圖6 候選基因GO富集分析氣泡圖Fig.6 Bubble plot of GO enrichment analysis of the candidate genes

表3 蘇山豬初生體尺和乳頭數(shù)性狀KEGG分析顯著富集Table 3 Significant kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) pathway associated with body conformation at birth and teat number traits in Sushan pig population

3 討 論

本研究利用387頭豬的重測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)269頭豬已有的SNP芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行填充，得到更高質(zhì)量和更高密度的基因數(shù)據(jù)集，以CR和相關(guān)性作為基因型填充準(zhǔn)確性的評(píng)估指標(biāo)[14]。據(jù)研究表明，影響填充準(zhǔn)確性的因素主要包括參考群體大小[15]、群體結(jié)構(gòu)[16]、最小等位基因頻率[17]、填充群體之間的遺傳距離[18]和填充方法[19]。Ye等[16]在對(duì)雞的研究中使用60K數(shù)據(jù)對(duì)基因組序列進(jìn)行填充，填充的準(zhǔn)確性為0.62。Van Binsbergen等[20]在對(duì)奶牛的研究中使用基因型填充手段，填充的準(zhǔn)確性范圍分別為0.77～0.83、0.37和0.46。本研究與先前兩個(gè)研究的填充準(zhǔn)確性較為接近，表明本研究填充后的數(shù)據(jù)可用于后續(xù)分析。

先前對(duì)豬乳頭數(shù)的數(shù)量基因座(QTL)研究過程中，除了3、4、5、18和19號(hào)染色體上沒有發(fā)現(xiàn)與乳頭數(shù)相關(guān)的QTL外，其余的染色體上均有QTL存在，有趣的是，在豬QTL庫中發(fā)現(xiàn)和乳頭數(shù)相關(guān)的QTL與胸椎數(shù)的QTN存在一些重疊[21-23]。Duijvesteijn等[24]發(fā)現(xiàn)，乳頭數(shù)的QTL包含了與椎體發(fā)育相關(guān)的基因，從而解釋了乳頭數(shù)和脊椎數(shù)之間存在相關(guān)的生物機(jī)制[25]，乳頭數(shù)和脊椎數(shù)呈正相關(guān)，并且豬體長性狀與胸椎數(shù)和脊椎數(shù)密切相關(guān)，體長性狀相關(guān)聯(lián)的基因很可能會(huì)影響豬乳頭數(shù)[26-27]。rs331034247位于ACTA2基因附近，與體長性狀顯著關(guān)聯(lián)。根據(jù)先前報(bào)道，Weigand等[28]利用正常女性和患有乳腺癌女性的乳腺細(xì)胞，分別進(jìn)行培養(yǎng)并開展一系列表達(dá)分析，發(fā)現(xiàn)ACTA2與脂肪干細(xì)胞(adipose derived stem cells,ADSC)和乳腺上皮細(xì)胞(mammary epithelial cells,MES)之間存在正相關(guān)[29]。黃京書和熊遠(yuǎn)著[30]利用RT-PCR探究了ACTA2基因在多個(gè)品種豬的骨骼肌表達(dá)分析，結(jié)果顯示處于不同發(fā)育階段的骨骼肌中基因的表達(dá)量存在較大差異，ACTA2基因很可能與骨骼肌發(fā)育存在一定的相關(guān)性。由上可知，ACTA2基因很可能是體長和乳頭數(shù)的候選基因。

rs1108457554位于CRTAP基因的蛋白編碼區(qū)域以及FBXL2基因的下游，與TTN性狀顯著相關(guān)。Tang等[31]、Grol等[32]和Tonelli等[33]在人類、小鼠和斑馬魚的研究中發(fā)現(xiàn)，CRTAP基因中存在導(dǎo)致隱性成骨發(fā)育不全癥的致病雜合致病突變，由此推斷CRTAP基因也可能會(huì)導(dǎo)致豬椎體發(fā)育異常，從而影響乳頭數(shù)量。FBXL2基因在調(diào)節(jié)骨骼成肌細(xì)胞增殖和成肌分化中發(fā)揮著重要作用，該基因的沉默會(huì)導(dǎo)致骨骼肌中的成肌細(xì)胞增殖[34-35]，骨骼肌的發(fā)育異常很可能會(huì)引起動(dòng)物椎骨畸形和體尺特征較差，進(jìn)而導(dǎo)致乳頭數(shù)減少和死亡率增加。在rs1108457554的下游搜尋到TRIM71 基因，Connacher和Goldstrohm[36]發(fā)現(xiàn)TRIM71 基因促進(jìn)干細(xì)胞增殖，誘導(dǎo)成纖維細(xì)胞重編程為多功能干細(xì)胞，也有研究表明[37]該基因與骨骼肌的發(fā)育有關(guān)。

rs332938314與TTN性狀顯著相關(guān)，位于SEPTIN6、UBE2A、NKRF和ATP1B4基因的附近。Li等[38]研究發(fā)現(xiàn)，SEPTIN6 基因是影響氨基酸介導(dǎo)的奶牛乳腺上皮細(xì)胞生長和酪蛋白合成的關(guān)鍵積極調(diào)控因子，SEPTIN6 基因參與細(xì)胞的生理過程，包括胞質(zhì)分裂、囊泡運(yùn)輸、細(xì)胞形態(tài)、細(xì)胞運(yùn)動(dòng)和細(xì)胞周期[39]。Fingar等[40]研究發(fā)現(xiàn)，氨基酸可以影響細(xì)胞增殖和牛奶的生成，由此推斷該基因很可能與豬的乳頭數(shù)以及泌乳能力存在一定關(guān)聯(lián)。在對(duì)人的研究中發(fā)現(xiàn)，UBE2A和NKRF基因發(fā)生突變或者缺失會(huì)導(dǎo)致乳頭間距增大、智力障礙、全身多毛癥和泌尿生殖系統(tǒng)發(fā)育異常等癥狀[41-43]，這兩個(gè)基因突變和缺失是否會(huì)導(dǎo)致豬出現(xiàn)相同的癥狀，還需要開展相關(guān)研究。Pestov等[44]在對(duì)小鼠的研究中發(fā)現(xiàn)，ATP1B4基因表達(dá)量會(huì)對(duì)表皮的生長產(chǎn)生影響，在其他研究中發(fā)現(xiàn)ATP1B4基因編碼的蛋白質(zhì)βm主要在骨骼肌中高水平表達(dá)[45-47]。

rs324391601位于COL4A5基因內(nèi)和COL4A6基因上游附近，與ChC顯著關(guān)聯(lián)。Jiang 等[48]在對(duì)湖羊的研究中發(fā)現(xiàn)，COL4A6基因是ChC的候選基因，本研究中對(duì)蘇山豬胸圍性狀候選基因搜尋中也得出相同的結(jié)果，因此COL4A6基因可以作為ChC的候選基因。在對(duì)日本和牛的研究中發(fā)現(xiàn)，COL4A5基因在肌內(nèi)脂肪組織中高特異性表達(dá)，與日本和牛的肌內(nèi)脂肪形成有關(guān)，可以將該基因作為豬肌內(nèi)脂肪研究的相關(guān)基因。

富集分析結(jié)果表明，ACTA2、CRTAP、TRIM71、COL4A5和COL4A6基因主要顯著富集在跨膜受體蛋白酪氨酸激酶信號(hào)通路，該通路可以影響乳腺癌細(xì)胞增殖和凋亡[49]。ACTA2、COL4A5和COL4A6基因同時(shí)顯著富集在松弛素信號(hào)通路，通路異常可以影響小鼠的乳頭嚴(yán)重發(fā)育不良，造成無法哺乳后代[50]。結(jié)果表明，這些候選基因可能在豬胚胎發(fā)育過程中對(duì)體形態(tài)和乳頭數(shù)性狀起重要作用。

4 結(jié) 論

本研究基于SNP數(shù)據(jù)集進(jìn)行了Fst和GWAS分析，對(duì)顯著性SNPs進(jìn)行注釋和富集分析之后，發(fā)現(xiàn)了1個(gè)與體長性狀相關(guān)的候選基因ACTA2；發(fā)現(xiàn)了1個(gè)與胸圍性狀相關(guān)的候選基因COL4A6；發(fā)現(xiàn)了3個(gè)與乳頭數(shù)性狀相關(guān)的候選基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6，為蘇山豬體尺性狀和乳頭數(shù)性狀的遺傳改良提供了新的視角。